Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F178 I0 R1
|
41 |
49.4 |
1100758 |
95.6% |
1052324 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
195,286 |
T→A |
100% |
intergenic (‑97/‑82) |
USA300HOU_RS00900 ← / → USA300HOU_RS00905 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 195,286 | 0 | T | A | 95.6%
| 135.9
/ ‑1.0
| 45 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_RS00900/USA300HOU_RS00905 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (22/21); total (23/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.79e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAA > USA300TCH1516_ALE/195150‑195417
|
tGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaaa > 1:398922/1‑140 (MQ=255)
ctttCTAGCTAACCTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATTATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAaaaa < 1:293107/139‑1 (MQ=255)
tatatAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTTCAGAATTTTATCTAAATTTTAAAAAAAata > 2:10080/5‑140 (MQ=255)
tAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAata > 1:50531/1‑140 (MQ=255)
tAAACTTGTTACAACAGATTCTTTTTCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 2:347063/140‑1 (MQ=255)
cGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTATAAAAAATATCTTAATCTCCTTGt > 2:17231/1‑140 (MQ=255)
ttCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATAATTTACAAAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTATAATCCGa > 1:254631/1‑140 (MQ=255)
ccATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCAATAAGAAta > 1:246666/1‑139 (MQ=255)
tAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATtata > 2:399809/1‑140 (MQ=255)
gATAGCCCCCTATAAATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTaa < 2:456088/140‑1 (MQ=255)
aTAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAat > 1:324904/1‑140 (MQ=255)
aGCCCCCTATATATATGATTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAAATATAGTAatat > 2:66214/1‑140 (MQ=255)
catctttatatatTTTTATTTTCTTATATTCTATCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTAGCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATTCTTATTATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttt < 1:131096/134‑1 (MQ=255)
cccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 2:324904/140‑1 (MQ=255)
ccTATATATATGTTTATTCACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAACATCCCTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttttt < 1:416942/140‑1 (MQ=255)
ttatttatGTTTATTTAATTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGGATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCaa < 1:96957/139‑1 (MQ=255)
atatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCAt > 1:317586/1‑140 (MQ=255)
tGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGt > 1:497690/1‑140 (MQ=255)
ttatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTTAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTtat < 1:10080/140‑1 (MQ=255)
ttatttaCTTAGTCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTtat < 2:66165/140‑1 (MQ=255)
ttaattaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTtat < 2:50531/140‑1 (MQ=255)
tatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTtata < 2:497690/140‑1 (MQ=255)
atttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACATAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATag < 1:276214/140‑1 (MQ=255)
ttaCTTATACTTTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTAACTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAAGCCGATGAGAATGATAGTAATATTTTTTCAACCATCGTTATagga < 1:403060/140‑1 (MQ=255)
cTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGTAACTATATTTTACAGAATTTTATCTATATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATTTTTTTTCAACCATTGTTATaggagga > 1:28933/1‑139 (MQ=255)
cTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGt > 1:415226/1‑140 (MQ=255)
cccTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAAGTCttata > 1:273585/1‑139 (MQ=255)
accTAACATGCTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATAAAAATAAAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCttatt < 2:45292/139‑1 (MQ=255)
aTGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAGAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACa > 1:357400/1‑140 (MQ=255)
aTGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACa < 1:6419/140‑1 (MQ=255)
tGATTTTTATACCCTTTTAAATTATGTTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTCTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACat < 2:259035/140‑1 (MQ=255)
aTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACatta < 2:480314/140‑1 (MQ=255)
tttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGAACTTAttt > 2:25153/1‑140 (MQ=255)
tttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGCCTTATTAATGACATTAttt > 2:109919/1‑140 (MQ=255)
ataCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAAAGACATTATTTtta > 2:260404/1‑140 (MQ=255)
actatatGAAAATATATTTTACATAATTTTATCTAAAAAAAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatt < 2:534396/134‑1 (MQ=255)
ttGAAAATATATTTTACAGAAATTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCCTAATTTCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTTATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAg < 1:332569/140‑1 (MQ=255)
tGAAAATATCTTTTACAGAATTTTATATAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTATTGACATTATTTTTATTAGAAGc > 1:154242/1‑140 (MQ=255)
gAAAATATATTTTACAGAATTTTATTTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCt < 1:535227/140‑1 (MQ=255)
aaaaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTTTAGTAATATTTTTTTAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTa > 1:219790/1‑140 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATACGAATTATAGTAATATTTTTTTAACCCTTGTTATAGGAGGGCTTATTAATGCCATTATTTTTCTTAGAAGCTAACAAt > 2:27907/1‑140 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAAt < 2:398922/140‑1 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGATAACAAt > 1:268066/1‑140 (MQ=255)
cAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATATGAATTATAGTAATATTTTTTTAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTATTGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt > 2:108425/1‑140 (MQ=255)
tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACg > 1:408141/1‑140 (MQ=255)
tAAATATTAAAAAAAATATCTTAATCTCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATAGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGaa < 2:243742/140‑1 (MQ=255)
|
TGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAA > USA300TCH1516_ALE/195150‑195417
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
