Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F178 I1 R1
|
28 |
89.4 |
2015306 |
95.8% |
1930663 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
195,286 |
T→A |
intergenic (‑97/‑82) |
USA300HOU_RS00900 ← / → USA300HOU_RS00905 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 195,286 | 0 | T | A | 97.0%
| 310.5
/ ‑3.6
| 100 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_RS00900/USA300HOU_RS00905 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base A (52/44); total (56/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑TAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAA > USA300TCH1516_ALE/195148‑195421
|
tttGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTACCATGTTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTTTCTAAATATT‑Ta > 1:277839/1‑140 (MQ=255)
tGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTTACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑aaaa < 1:29414/140‑1 (MQ=255)
tGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATTTTTTTTTTAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑aaaa > 2:183977/1‑140 (MQ=255)
tGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑aaaa < 1:260623/140‑1 (MQ=255)
gCTAAACTTGCTACAACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑ACAAAAAATATc > 1:524144/1‑140 (MQ=255)
cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATCTGTTTATTTTCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTACCTAAATATT‑AAAAAAAATATCt > 1:85393/1‑140 (MQ=255)
atcaaCATGCTACTACAGATTCTTTATCCATAATGATATACCTCTATATATATGTTTATTTTCTTATACCCTAACATGATTTTCATAATCGTTAAAAACATATTTTACAGAATTTTATCTAAATACT‑AAAAAAAATATCt < 2:306341/137‑1 (MQ=255)
aaCTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCACCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑CAAAAAGATATCTTaa > 2:50531/1‑140 (MQ=255)
ttGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAatat < 1:574733/140‑1 (MQ=255)
gCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAatatag > 2:360428/1‑138 (MQ=255)
gCTACGACAAATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACATATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATcc > 2:78301/1‑140 (MQ=255)
aCGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACCGAATTTTATCTTAGTATT‑TATATAAATATCTTTATATACTTg > 1:528306/1‑140 (MQ=255)
aCGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACACTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTg < 1:396981/140‑1 (MQ=255)
aTTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCg < 1:889991/140‑1 (MQ=255)
ttCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGa < 1:188298/140‑1 (MQ=255)
ttCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGa < 1:96841/140‑1 (MQ=255)
ttttcaTCTATAATGATAGCACACTATAGATATGTTTATTTACTTATACCCCAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAAAAAA‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGAt < 2:624808/135‑1 (MQ=255)
cTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa < 1:913822/140‑1 (MQ=255)
tAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATtata > 1:890963/1‑140 (MQ=255)
aTGATAGCCCCCTTTTTTTATGGTGATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACATTATTTTATAAAAAAAAA‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGt < 2:695258/140‑1 (MQ=255)
tGATTGCCCCCTAGATTAAGGTCTAATTCCTTATACCCTTACATCATTTTTATACTCTGTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTa < 2:67759/140‑1 (MQ=255)
gATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATTATAATTATAGTaa > 2:605285/1‑140 (MQ=255)
gATAGCCCCCTATATATATCTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAtaataa > 2:558261/1‑140 (MQ=255)
gATAGCCCCCTAGATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATGTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAGAAATAGCTTAATATCCTTGTAATCCGAGAAGAATTATAGTaa > 1:708186/1‑140 (MQ=255)
aTAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAat > 1:312289/1‑140 (MQ=255)
aTAGACCCCTATATAAAGGTTTATTTACTTAAACCCTAACATGATTTTTATACTTTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATAAAAAAAAA‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAat < 2:766777/140‑1 (MQ=255)
tAGGCCCCTATATATATGTTTATTTTCTTATACGCTAACATGATTTTTATGCTCTTTGAAAATATATTTTATAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAata < 2:39999/140‑1 (MQ=255)
tAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCATTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAata > 1:427447/1‑140 (MQ=255)
tAGCCCCCCATTTATATGGTTATTTACTTATACCCTTACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAata < 1:956057/140‑1 (MQ=255)
aGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATCAGAATTATAGTAatat > 1:811242/1‑140 (MQ=255)
gCCCCCTATATATATGATTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAGTATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtt > 1:558118/1‑140 (MQ=255)
ccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCCTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATG‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttt > 2:740062/1‑140 (MQ=255)
tccgatagatatGTTTATTTTCTTATACTCTAACATGATTTTTATACTCCTTGAATATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 2:360754/136‑1 (MQ=255)
cccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATTATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATATAAATATA‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt < 2:913279/140‑1 (MQ=255)
cccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAttttt > 2:960036/1‑140 (MQ=255)
cccTATATATATGTTTATTTACATATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAAATTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATTCGATAATAATTATAGTAATAttttt < 2:333229/140‑1 (MQ=255)
ccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATCtttttt > 1:599489/1‑140 (MQ=255)
ccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTGGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttttt < 1:310942/140‑1 (MQ=255)
tatatataTGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCa < 1:363807/140‑1 (MQ=255)
aaataaatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCat < 2:869905/138‑2 (MQ=255)
atatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAAcc < 1:120001/140‑1 (MQ=255)
tatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGTTAAGAATTATAGTAATATTTTTTTaatct > 2:93503/1‑137 (MQ=255)
gTTTATTTACTTATACGCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGtt > 1:597207/1‑140 (MQ=255)
gTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGtt > 1:100093/1‑140 (MQ=255)
ttatttaCTTATATCATAGCAGGCTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATTTAAATATT‑AAAAAAAATATATTAATATCCTTGTATTCCGATAAGAATTATAGTACTATTTTTTCAACCATTGttgg < 2:417660/140‑3 (MQ=255)
ttatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTtat < 2:122468/140‑1 (MQ=255)
ttattgaTTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTtat < 2:321624/140‑1 (MQ=255)
tatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTtata > 2:508538/1‑140 (MQ=255)
tttaCTTATACCCTAACATGGTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATagg < 2:939490/140‑1 (MQ=255)
tttaCTTATACCCTAACATCATATATATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTGATTACCCTTGTAATCTGATAAGAATTAAAATAATAATTTTTCAACCAATCTTATaga > 2:602110/1‑139 (MQ=255)
ttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATagga > 1:126849/1‑140 (MQ=255)
ttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTAACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATGGTCATagga > 2:326341/1‑140 (MQ=255)
taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATaggag > 2:327728/1‑140 (MQ=255)
aCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGATTTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATaggagg > 1:236803/1‑140 (MQ=255)
ttATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCATTGTAATGCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTc > 1:741430/1‑140 (MQ=255)
cTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTaa > 1:801379/1‑140 (MQ=255)
tAACATGACTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACCGAATTTTATCGAAATATT‑AAAAAAAATATATTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTAGAGTAATATTTTTTCAACCTGCGTTGTATGAGGTCtaattaat > 2:269026/1‑140 (MQ=255)
aaCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTTAATTTT‑AAAAAAAATATTTAAATATCCTTGTAATCGCATAAGAATTATAGTAATCTTTTTTCAACCCTTGTTATGAGAGGTCTTATGAATg > 2:292215/1‑140 (MQ=255)
aaCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTAGAGGAGGGCTTATTAATg > 2:665926/1‑140 (MQ=255)
aaCATGATTTTTAAACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTATTTCAAACTTTGTTATAGGCGGTCTTTTTCAta > 2:816604/1‑139 (MQ=255)
cATTATTATTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGAc < 2:1001325/140‑1 (MQ=255)
cATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATATGAGGTCTTATTAATGAc > 1:183243/1‑140 (MQ=255)
cATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGAc > 1:653424/1‑140 (MQ=255)
cATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGAc > 1:329165/1‑140 (MQ=255)
cATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATAAATGAc > 2:344503/1‑140 (MQ=255)
actGATTTTTTGAGTCTTCGATAATATATTTTCCAGAATTTTATATTAATCAT‑ACAACAAATATCTTAATATACATGTATAACGATAAGAATTATAGTTATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGAc < 2:456740/138‑1 (MQ=255)
aatgatgTTTATACTCTATGAAAATATATTTTACAGAATTTTATAAAAAAAAA‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGAc < 2:890121/139‑1 (MQ=255)
attaTTTTTATACTCTTTGAATATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACa < 2:508033/137‑1 (MQ=255)
tGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACat > 2:641531/1‑140 (MQ=255)
aTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTGATAGGAGGTCTTATTGATGACctta > 1:332502/1‑140 (MQ=255)
tttttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACattat > 1:182357/1‑140 (MQ=255)
ttttaATACGCGGTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACattat > 2:615480/1‑140 (MQ=255)
ttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCTACTATTTTTATAGGAGGTCTTATTAATAGCATTAtttt > 2:664480/1‑140 (MQ=255)
ttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAtttt > 2:670706/1‑140 (MQ=255)
ataCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTtta > 1:933901/1‑140 (MQ=255)
taCTCTTTGAAGATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTGAACAATTGTTATGGGGGGTCTTATTCATGACATAATTTttat > 1:412790/1‑140 (MQ=255)
taCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCTACTATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttat > 2:576145/1‑140 (MQ=255)
taCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCATTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGTACTTATTAATGAAATTATTTttat > 2:877372/1‑140 (MQ=255)
taCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAAGATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCGTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttat < 2:432111/140‑1 (MQ=255)
ctctTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatta > 1:675010/1‑140 (MQ=255)
gagaaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATA‑T‑TAAAAGAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTTTTTTTTTTTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGATa > 2:247961/4‑140 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATTTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTCTAGTAATATTTTTTCAACCATAGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAACCTAAAAAt > 2:472414/1‑140 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTTTTAGAAGCTAACAAt > 2:478790/1‑140 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACCAt > 1:104934/1‑140 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAAt > 1:788328/1‑140 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCTAAATAGT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTTTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAAt < 1:75413/140‑1 (MQ=255)
atatTTTACAGAATTTTATCGAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTTATCGGGTGAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATACGAGCTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAAt < 2:912718/140‑1 (MQ=255)
tatTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTCATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATc < 1:628068/140‑1 (MQ=255)
tatTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATACGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATc < 1:308262/140‑1 (MQ=255)
aCATAATTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAtt < 2:890685/140‑1 (MQ=255)
aaaaTTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAAAATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAtttt < 1:78557/138‑1 (MQ=255)
aaTTTTCTCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGc < 1:638347/140‑1 (MQ=255)
aaTTTTATCTAAATATT‑AAAAAAAAGATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGGTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGATGCTAACAATCTTGATTTTGc < 1:612964/140‑1 (MQ=255)
ttATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATGTCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCa < 1:794724/140‑1 (MQ=255)
ttATCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCa < 1:102308/140‑1 (MQ=255)
tATCTAAATATTAAAAAAAAATATCTCAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGGAAGACTTATTTATGACATTATTTTTATTTAGAGCTAGCAAAATTGATTTTTCATct > 2:603459/1‑139 (MQ=255)
tCTAAATATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACg < 1:960036/140‑1 (MQ=255)
aaTATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaag < 2:130038/140‑1 (MQ=255)
aaTATT‑AAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAAAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGTTCTTATTAATGGCATTATTTTTATTAAAGACTAACAATCTTTATTTTGCATAAACGcaac > 1:224876/1‑139 (MQ=255)
tatT‑AAAAAAAATATCTTAATTTCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaagaa < 2:279978/140‑1 (MQ=255)
|
TTTGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATT‑TAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAA > USA300TCH1516_ALE/195148‑195421
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
