Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
39 |
94.7 |
2129336 |
96.2% |
2048421 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
195,286 |
T→A |
86.5% |
intergenic (‑97/‑82) |
USA300HOU_RS00900 ← / → USA300HOU_RS00905 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 195,286 | 0 | T | A | 86.5%
| 241.8
/ 32.3
| 89 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_RS00900/USA300HOU_RS00905 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/2); new base A (38/39); total (48/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.72e-02 |
TAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAA > USA300TCH1516_ALE/195156‑195417
|
tAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAatat < 2:418142/141‑1 (MQ=255)
tAGCTAAACTTGCTACGACAAATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAatat < 1:706214/141‑1 (MQ=255)
gcaaaaCTTGCTACGAAAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTAAA‑‑TTTATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATA‑TTAAAAAAATATCtt < 1:522573/138‑1 (MQ=255)
gCTAAACTTGCTACGAACGATACTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCt > 2:912753/1‑141 (MQ=255)
cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATC‑‑AATTAGTTGATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 1:993803/141‑1 (MQ=255)
cTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCtt < 1:521741/141‑1 (MQ=255)
aaaCTTGGTACGACAGATTCTTTATCAATAATGATAGCTACCTATT‑‑TTTATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATTTTTTACAGTATTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAATATCTTaa < 2:335835/141‑1 (MQ=255)
aaCTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAat > 1:973468/1‑141 (MQ=255)
cTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTActat < 1:483222/141‑1 (MQ=255)
ttGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTAAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATATTAATATc > 2:292218/1‑141 (MQ=255)
ttGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑GAAATGTTTCTTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATc > 1:250706/1‑141 (MQ=255)
cTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATCTATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATGTATTTTAGAGACTTTTTTCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATcc > 2:222042/1‑141 (MQ=255)
cTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATTTTAATATCCtt > 2:855261/1‑141 (MQ=255)
cTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCtt > 1:611249/1‑141 (MQ=255)
tACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTg > 2:365232/1‑141 (MQ=255)
aCAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAAt > 2:851027/1‑141 (MQ=255)
aTTCTTTATCCATTATAATAGCCTCCTATA‑‑TTTATGTCTACTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTCAAAATATATTTTACATAATTTTATCTAAATAATAACAACAATATCTTAATATACTTGTAATCCGa < 2:1052204/141‑1 (MQ=255)
tCTGTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATa < 2:618474/141‑1 (MQ=255)
ctCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTTTTTACTTATACCCTAACATGCTTTTTATAGTTTTTGAAAATATATTTTAAAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATATTCATCTCCTTGTAATCCGATaaatat > 2:314067/2‑137 (MQ=255)
aTCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAAt > 2:805705/1‑141 (MQ=255)
aTCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATCTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCATTGTAATCCGATAAGAAt > 2:530121/1‑141 (MQ=255)
tCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTATAATCCGATAAGAAtt < 1:529767/141‑1 (MQ=255)
tAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCTTTGTAATCCGATAAGAATTATAg > 2:317579/1‑141 (MQ=255)
tGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTaa > 2:208063/1‑141 (MQ=255)
gATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTTTAATCCGATAAGAATTATAGTAat > 2:78354/1‑141 (MQ=255)
gATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAat > 2:552750/1‑141 (MQ=255)
gATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAat > 2:248392/1‑141 (MQ=255)
atatcgcccTATA‑‑CATCTGTTTATTTCCTTATACCCTGACATGATTTTTATCCCCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAata < 1:796979/135‑1 (MQ=255)
aaatccctcTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTAATTCTCTTTGAAAATTTATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAata < 2:842772/137‑1 (MQ=255)
aTAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAata > 2:942798/1‑141 (MQ=255)
aTAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATAATAGTAata > 2:473528/1‑141 (MQ=255)
cccccTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAATAATAtttt > 2:332395/1‑141 (MQ=255)
cgata‑‑tatatGTTTATTTACTTATACCATAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCa < 1:302726/139‑1 (MQ=255)
ata‑‑tatatGATTATTTACTTGTAACCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAAc < 2:143292/141‑1 (MQ=255)
tatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCAt > 1:293148/1‑141 (MQ=255)
atatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCAtt > 1:151621/1‑141 (MQ=255)
tatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTg > 1:276690/1‑141 (MQ=255)
gTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTta < 1:1050092/141‑1 (MQ=255)
tttatttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTtat < 1:552750/141‑1 (MQ=255)
ctttaCTTATACCATTAAATGATTTTTATACTCGTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATagg < 2:645690/140‑1 (MQ=255)
tttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATagga < 1:910544/141‑1 (MQ=255)
tttaCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTCTTCAACCATTGTTATagga < 1:634965/141‑1 (MQ=255)
taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATaggagg < 2:923814/141‑1 (MQ=255)
taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATaggagg < 1:365232/141‑1 (MQ=255)
taCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTGTTTCAACCATTGTTATaggagg < 2:776325/141‑1 (MQ=255)
aCTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTTTATCATTGTTATAGGAGGt > 2:546688/1‑141 (MQ=255)
ttATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATAGTTATAGGAGGTCt < 1:693531/141‑1 (MQ=255)
ataCCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTCTAGGAGGTGtta > 1:524665/1‑141 (MQ=255)
taCCCTAACATGATTTTTATCCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCCTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCttat < 1:669490/141‑1 (MQ=255)
aaCATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGa > 1:656519/1‑141 (MQ=255)
cATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGTTCTTATTAATGACa > 1:191120/1‑141 (MQ=255)
aTGATTTTTATCCTCTTTGAAAATATATTCTACCGACTTTTACCTAATGATTAAAAAAAATAACTAAAGATGCGGTTATCCCGACATCCGTTATATTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACat < 1:509030/141‑1 (MQ=255)
aTGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACat < 2:186529/141‑1 (MQ=255)
aTGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATGTTATCTTAATATTAAATAAAATATCTTACTATCCTTGTAATCCGTTTAGTATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATATGAGGTCTTATTAATGACat < 2:773407/141‑1 (MQ=255)
aTGATTTTTATACTCTTGGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCCTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACat < 1:906977/141‑1 (MQ=255)
tGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACatt < 1:466956/141‑1 (MQ=255)
tGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACatt < 2:179798/141‑1 (MQ=255)
aTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACattat > 1:349727/1‑141 (MQ=255)
aTTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAAAAAAAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACattat < 2:152318/141‑1 (MQ=255)
ttttATACTCTTTGAAAATATGTTGTACATAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAttt > 2:753393/1‑141 (MQ=255)
ttttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATATTAATATCTTTGTAATATGAAAAGAATTATAGTAATATTATTTCAACCAATGGTATATGAGGTCTTATTAATGACATTAttt > 2:883397/1‑141 (MQ=255)
tttATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAtttt > 2:813091/1‑141 (MQ=255)
ttATACTCTTTCAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAAACCGATAAGAATTATGATAATATTTTTTCAACCTTTGGTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTAttttt < 2:305246/141‑1 (MQ=255)
tataCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTtta > 1:1054153/1‑141 (MQ=255)
aCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACTCTACTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatta > 1:989094/1‑141 (MQ=255)
aCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTGATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTttatta > 1:988979/1‑141 (MQ=255)
aCTCATTGAAAATATATTTTACAGAATGTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAGTGACATTATTTttatta < 2:333558/141‑1 (MQ=255)
ttaatGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGa > 2:535535/5‑141 (MQ=255)
aaaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATA‑TTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACa > 1:186125/1‑141 (MQ=255)
aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAGCCATTGTTATAGGAGGTCCTGTTAATGACCTTATTTTTATTAGAAGCTAACa > 1:1018835/1‑141 (MQ=255)
aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACa > 1:705266/1‑141 (MQ=255)
aaTATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTCTTAGGAGcgacca > 1:266405/1‑136 (MQ=255)
atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACaa > 2:402246/1‑141 (MQ=255)
atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACaa > 2:563888/1‑141 (MQ=255)
atatatTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCAGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACTTTATTTTTATTATACGATAACaa > 1:279717/1‑141 (MQ=255)
ttACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAt < 2:934313/141‑1 (MQ=255)
tACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAtt < 1:876295/141‑1 (MQ=255)
aCAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 1:277165/141‑1 (MQ=255)
aCAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAttt < 1:968138/141‑1 (MQ=255)
cAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGAtttt > 1:716001/1‑141 (MQ=255)
cAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCAAACAATCTTGAtttt > 1:927975/1‑141 (MQ=255)
gAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGc < 1:805705/141‑1 (MQ=255)
aaTTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTTATTTTGCa > 2:816501/1‑141 (MQ=255)
tttATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCa > 1:331548/1‑141 (MQ=255)
ttATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAAGATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTCACAATCTTGATTTTGCATCaa < 1:546688/141‑1 (MQ=255)
tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCTTCATCGa > 2:218492/1‑141 (MQ=255)
tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGa > 1:936789/1‑141 (MQ=255)
cTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGCTAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGaa < 2:539692/141‑1 (MQ=255)
atAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGaa < 1:95990/140‑1 (MQ=255)
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TAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATA‑‑TATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCTTGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAA > USA300TCH1516_ALE/195156‑195417
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
