Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F36 I1 R1
|
14 |
89.5 |
2915230 |
98.1% |
2859840 |
144.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
756,623 |
G→A |
W239* (TGG→TGA) |
sdhA → |
succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 756,623 | 0 | G | A | 98.7%
| 265.6
/ ‑5.5
| 78 | W239* (TGG→TGA) | sdhA | succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (42/35); minor base C (0/1); total (42/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
TTTATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCG > NC_000913/756478‑756763
|
tttATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAg > 4:328143/1‑149 (MQ=255)
tttATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAg < 4:166269/149‑1 (MQ=255)
ttATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGt > 6:77808/1‑149 (MQ=255)
tATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGtt > 5:75442/1‑149 (MQ=255)
cAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCAcc > 7:185141/1‑149 (MQ=255)
cAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCAc < 6:18639/148‑1 (MQ=255)
cAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCAc < 3:232277/148‑1 (MQ=255)
cAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCAACAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCAcc > 6:96553/1‑149 (MQ=255)
gCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGAc < 5:77808/149‑1 (MQ=255)
cccGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCCCCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGCCGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGAGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGAcc > 2:359587/1‑149 (MQ=255)
cccGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGAcc > 8:122106/1‑149 (MQ=255)
gcTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGTGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCAc > 2:185458/1‑138 (MQ=255)
gcTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGTGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCAc < 1:185458/138‑1 (MQ=255)
ccGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTg < 7:158778/147‑1 (MQ=255)
ccGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGc < 2:66414/148‑1 (MQ=255)
cGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCg < 8:185141/149‑1 (MQ=255)
cGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGc < 3:133413/149‑1 (MQ=255)
gACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCg > 2:82567/1‑149 (MQ=255)
cTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTa < 7:100633/149‑1 (MQ=255)
gCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTg > 7:38248/1‑149 (MQ=255)
gCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTg > 7:224141/1‑149 (MQ=255)
gCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTg > 1:210924/1‑149 (MQ=255)
cGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTgg > 3:229647/1‑149 (MQ=255)
gAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGt > 6:14129/1‑148 (MQ=255)
gCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCAc < 2:197669/149‑1 (MQ=255)
gggCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCAc > 8:13683/1‑111 (MQ=255)
gggCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCAc < 7:13683/111‑1 (MQ=255)
gCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAg > 7:2660/1‑149 (MQ=255)
cGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGTCGACGTTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGAAATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAgg < 2:360599/149‑1 (MQ=255)
tttATCAGTCAACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCTGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGc > 6:217364/1‑149 (MQ=255)
aTCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGt < 4:254574/119‑1 (MQ=255)
aTCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCgt > 6:205712/1‑149 (MQ=255)
tCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTTGCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCgtg < 5:61651/149‑1 (MQ=255)
accaccaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAgg > 1:339766/1‑149 (MQ=255)
accaccaACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAgg < 2:154989/149‑1 (MQ=255)
gCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATct < 7:13466/149‑1 (MQ=255)
cccACATTAACACCGGCGACGGTGTGGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTTGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATctg < 8:185696/149‑1 (MQ=255)
ccACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAgg > 3:284192/1‑123 (MQ=255)
ccACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAgg < 4:284192/123‑1 (MQ=255)
ccACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATctgc > 2:234509/1‑149 (MQ=255)
cacaTTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATctgct < 3:328143/149‑1 (MQ=255)
acaTTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATctgctg < 1:82567/149‑1 (MQ=255)
acaTTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATctgct > 7:243385/1‑148 (MQ=255)
caTTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGa > 7:306634/1‑149 (MQ=255)
cacCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGaacaaa > 6:58017/1‑148 (MQ=255)
acCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGaacaaaca > 3:53775/1‑149 (MQ=255)
ccGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACAt > 1:161956/1‑149 (MQ=255)
ccGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGGGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACAt < 2:337320/149‑1 (MQ=255)
cGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATg < 5:96553/149‑1 (MQ=255)
cGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATg < 4:231917/149‑1 (MQ=255)
cGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATg > 8:367178/1‑149 (MQ=255)
ggCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATgg < 8:224141/149‑1 (MQ=255)
cGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGc > 4:143327/1‑148 (MQ=255)
cGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAAc < 4:53775/149‑1 (MQ=255)
tGGCTCTCCGTTCCGGCGTACCGGTGCAGTATATGGAACTGTGCCATTTCAACCCGACCGGCTTTGGCGGTTCTGGCTTACTTTTAACCGATGTTTGACGTTGTGAAAGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAg < 5:108298/149‑1 (MQ=255)
ggCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGc > 6:26873/1‑149 (MQ=255)
gCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCgtggt < 4:290163/102‑1 (MQ=255)
gCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCgtggt > 3:290163/1‑102 (MQ=255)
gCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCg > 7:10062/1‑149 (MQ=255)
tATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGATCGt > 1:72429/1‑148 (MQ=255)
tCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTAt > 6:49639/1‑149 (MQ=255)
tCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTAt < 2:60207/149‑1 (MQ=255)
cGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATgc < 6:75442/149‑1 (MQ=255)
gTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATgcg > 6:257337/1‑149 (MQ=255)
cGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCg > 6:279430/1‑148 (MQ=255)
cGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCg > 1:266581/1‑148 (MQ=255)
gTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGc < 2:161956/149‑1 (MQ=255)
tACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGcc < 5:58017/149‑1 (MQ=255)
gCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGaacaaac > 8:355491/1‑104 (MQ=255)
gCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGaacaaac < 7:355491/104‑1 (MQ=255)
gCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAAc > 1:180529/1‑139 (MQ=255)
gCAGGATATGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAAc < 2:180529/139‑1 (MQ=255)
tatGGAAATGTGACAGTGCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCgg < 4:14737/149‑1 (MQ=255)
atGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCggg > 6:30185/1‑149 (MQ=255)
tGGAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGc < 4:229647/149‑1 (MQ=255)
ggAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGACGGCGGTTATCTGCTGAGCAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGcc > 3:69635/1‑149 (MQ=255)
ggAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGcc > 3:172116/1‑149 (MQ=255)
gAAATGTGACAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCg > 2:229606/1‑149 (MQ=255)
|
TTTATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCG > NC_000913/756478‑756763
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTG > NC_000913/756479‑756770
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TTATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGACAGTTC > NB501016:230:HFVJLAFXY:3:11504:9946:8014/1‑151 (MQ=60)
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
