Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,980,552 |
(A)6→5 |
intergenic (‑141/+26) |
otsB ← / ← araH |
trehalose‑6‑phosphate phophatase/ABC‑type arabinose transport system permease component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,980,547 | 0 | A | . | 97.0%
| 845.0
/ 14.8
| 203 | intergenic (‑136/+31) | otsB/araH | trehalose‑6‑phosphate phophatase/ABC‑type arabinose transport system permease component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); major base . (83/111); minor base G (6/0); total (91/112) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
CGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGG > NC_000913/1980455‑1980635
|
cgcTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGa > 1:7856245/1‑93 (MQ=255)
gcTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaa < 1:51549/93‑1 (MQ=255)
tttACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGGTGGCTATGGTGGGgaaa > 1:3432558/1‑93 (MQ=255)
ttACAGGCATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGGTGGCTATGGTGGGgaaaa > 2:5642136/1‑93 (MQ=255)
ttACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATGTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaa < 1:3203330/93‑1 (MQ=255)
tACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaac < 1:568165/93‑2 (MQ=255)
aCAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATTGTGGGaaaaacg > 2:872466/1‑91 (MQ=255)
aCAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaacg < 2:4591295/93‑3 (MQ=255)
cAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaacgc < 1:5505907/93‑4 (MQ=255)
cAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaacgc < 2:6094210/93‑4 (MQ=255)
cAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTNATGGNGGTTGGCTATGGTGGNgananagc > 2:4707918/1‑91 (MQ=255)
aGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaacgct < 2:5188951/93‑5 (MQ=255)
aGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaaccct > 1:6250417/1‑89 (MQ=255)
gACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTa < 1:3906052/93‑1 (MQ=255)
aCATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTTTTGTGGG‑AAAAACGCTaa > 1:3988319/1‑93 (MQ=255)
aCATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTaa < 1:7616049/93‑1 (MQ=255)
aTGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAt < 1:6647470/93‑1 (MQ=255)
aTGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAt > 1:1837979/1‑93 (MQ=255)
tGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAtt < 1:2732837/93‑1 (MQ=255)
tAAGTATGGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTAGGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAttgt < 2:6975144/93‑1 (MQ=255)
aaGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAttgtt < 2:7672140/93‑1 (MQ=255)
tataGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCa < 1:4555675/93‑1 (MQ=255)
tataGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCa < 2:438736/93‑1 (MQ=255)
ataGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAg > 2:1137388/1‑93 (MQ=255)
taGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGa > 2:7727616/1‑93 (MQ=255)
gACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaa > 2:6204695/1‑93 (MQ=255)
gACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaa > 2:3233732/1‑93 (MQ=255)
aCAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaaa > 1:5096238/1‑93 (MQ=255)
aCAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaaa > 2:7478121/1‑93 (MQ=255)
aCAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaaa < 2:2599875/93‑1 (MQ=255)
cAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaaaa < 1:838992/93‑1 (MQ=255)
aGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaaaaa < 2:2199319/93‑1 (MQ=255)
aGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaaaaa < 1:3603185/93‑1 (MQ=255)
gtgtGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGGAGaaaaaaa > 2:2710428/1‑92 (MQ=255)
gACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATc < 2:6737737/93‑1 (MQ=255)
aCGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCa > 1:4191679/1‑93 (MQ=255)
aCGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCa < 1:6515533/93‑1 (MQ=255)
cGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACTGTGAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAg > 1:7416788/1‑93 (MQ=255)
cGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAg > 1:6383246/1‑93 (MQ=255)
agggggTGCGCTATTTGGAATGAAGAACATCCAAACGTTATGGCGGTGGGCGATGGTGGG‑AAAAACCCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCa < 1:1120011/92‑1 (MQ=255)
gggggT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGa > 1:6137142/1‑93 (MQ=255)
ggggT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAA‑GCTAAATTGTTGCAGAAAACAGCATCacac > 1:3106066/1‑93 (MQ=255)
ggggT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGAc < 1:4728861/93‑1 (MQ=255)
gggT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACa > 2:1917310/1‑93 (MQ=255)
gggT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACa < 2:5481954/93‑1 (MQ=255)
gT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGt < 1:950767/93‑1 (MQ=255)
t‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTg < 2:3303831/93‑1 (MQ=255)
cGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGGTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGc > 2:356769/1‑93 (MQ=255)
ccATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGt > 2:4089959/1‑93 (MQ=255)
cATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGtt > 1:75963/1‑93 (MQ=255)
cATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGtt > 2:5367012/1‑93 (MQ=255)
tttGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTc > 2:3893019/1‑93 (MQ=255)
tttGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTc > 1:6281325/1‑93 (MQ=255)
ttGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGGGCGTTTCg > 2:5998920/1‑93 (MQ=255)
tGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGc < 1:1698345/93‑1 (MQ=255)
aCGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCtttt < 2:6305747/93‑1 (MQ=255)
cGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCttttt < 1:4037054/93‑1 (MQ=255)
gaagaaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTg > 1:977522/1‑93 (MQ=255)
aagaaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGc < 1:5408081/93‑1 (MQ=255)
aagaaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGc < 1:4704828/93‑1 (MQ=255)
agaaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCt < 1:2780627/93‑1 (MQ=255)
gaaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCtt < 1:6905613/93‑1 (MQ=255)
gaaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCtt < 2:5932340/93‑1 (MQ=255)
gaaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCtt > 1:6841956/1‑93 (MQ=255)
gaaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCtt > 2:7845048/1‑93 (MQ=255)
gaaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGG‑GGGGAAAAATGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGGTTTTTGCtt > 2:4972058/1‑93 (MQ=255)
gaaCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGG‑GGGGAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCtt > 2:7473251/1‑93 (MQ=255)
aCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGt > 2:2336432/1‑93 (MQ=255)
aCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGG‑GGGGAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGGGCGGTTCGCTTTTTGCTTGt > 2:3077375/1‑93 (MQ=255)
cAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTa < 2:7274879/93‑1 (MQ=255)
cAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTa < 1:1205041/93‑1 (MQ=255)
aGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTaa < 2:3781792/93‑1 (MQ=255)
ccAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACg < 2:4211549/93‑1 (MQ=255)
ccAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACg < 1:5533918/93‑1 (MQ=255)
ccAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACg < 1:3042485/93‑1 (MQ=255)
cacccGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAATCGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACgg < 1:4959047/90‑1 (MQ=255)
cAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACgg < 2:239006/93‑1 (MQ=255)
aaCCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTTACGGt > 1:4300741/1‑93 (MQ=255)
aaCCGTTATGGCGGTTGGCTATGG‑GGGGAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACATTGCGTTTCGCTGTTGTTTCGTAACGGt > 2:7048480/1‑93 (MQ=255)
aCCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAACAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTc > 1:2645841/1‑93 (MQ=255)
aCCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTc < 2:7561970/93‑1 (MQ=255)
aCCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCCCTTTTTGCTTGTCACGGTc > 1:2827568/1‑93 (MQ=255)
cGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGa > 1:4593977/1‑93 (MQ=255)
cGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGa < 2:6431464/93‑1 (MQ=255)
gTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGaa > 2:4510163/1‑93 (MQ=255)
tATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGa > 2:1592841/1‑93 (MQ=255)
ggCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCa > 2:4746838/1‑93 (MQ=255)
gCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCAc < 1:2098530/93‑1 (MQ=255)
gCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCAc < 2:3016187/93‑1 (MQ=255)
gTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGc > 1:7464426/1‑93 (MQ=255)
gTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGc > 1:2407548/1‑93 (MQ=255)
gTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGc < 2:1804794/93‑1 (MQ=255)
ttGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCt > 1:4336338/1‑93 (MQ=255)
gCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGcc > 2:7300760/1‑93 (MQ=255)
gCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGcc > 1:4891315/1‑93 (MQ=255)
cTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCca > 2:6878688/1‑93 (MQ=255)
tATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCcag > 1:2150646/1‑93 (MQ=255)
tATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCcag < 1:1824952/93‑1 (MQ=255)
tggtggG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCcagca > 2:1578026/1‑93 (MQ=255)
tggtggG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCcagca > 1:5888732/1‑93 (MQ=255)
|
CGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGG > NC_000913/1980455‑1980635
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCG > NC_000913/1980459‑1980644
|
TTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAC < SRR4302543.4348737/94‑1 (MQ=60)
TTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATGTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAC < SRR4302543.3232227/94‑1 (MQ=60)
ACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGC > SRR4302543.84384/1‑94 (MQ=60)
ACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGG‑GGGGAAAAACGC > SRR4302543.1655520/1‑94 (MQ=60)
CAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCT < SRR4302543.5174901/94‑1 (MQ=60)
CAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCT < SRR4302543.5555894/94‑1 (MQ=60)
AGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTA < SRR4302543.6769095/94‑1 (MQ=60)
AGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTA > SRR4302543.7915668/1‑94 (MQ=60)
GACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTTTTGTGGG‑AAAAACGCTAA > SRR4302543.4023755/1‑94 (MQ=60)
GACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAA < SRR4302543.3940535/94‑1 (MQ=60)
ACATGTAAGTATATACAGGGTGACGGGGCTCTCCATTTGCAACGAAGACCAGCCAACCGTTATTGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAA < SRR4302543.7688346/94‑1 (MQ=60)
ACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAA < SRR4302543.7688347/94‑1 (MQ=60)
CATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAT > SRR4302543.1854511/1‑94 (MQ=60)
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CATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAAT < SRR4302543.1802208/94‑1 (MQ=60)
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ACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAG < SRR4302543.6576899/94‑1 (MQ=60)
ACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAG < SRR4302543.1130165/94‑1 (MQ=60)
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GCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCA > SRR4302543.5485905/1‑94 (MQ=60)
CTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAG < SRR4302543.5619972/94‑1 (MQ=60)
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GGGAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATT < SRR4302543.1592508/94‑1 (MQ=60)
GGAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTA < SRR4302543.6225190/94‑1 (MQ=60)
GAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAA > SRR4302543.6255600/1‑94 (MQ=60)
GAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAA < SRR4302543.6608277/94‑1 (MQ=60)
AAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGC > SRR4302543.6941050/1‑94 (MQ=60)
AAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCC > SRR4302543.4987649/1‑94 (MQ=60)
AACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCG > SRR4302543.4972285/1‑94 (MQ=60)
AACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCG < SRR4302543.482544/94‑1 (MQ=60)
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TTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCG > NC_000913/1980459‑1980644
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
