Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,143,530 |
T→C |
L748P (CTG→CCG) |
yegE → |
putative sensor‑type protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,143,530 | 0 | T | C | 99.5%
| 662.0
/ NA
| 209 | L748P (CTG→CCG) | yegE | putative sensor‑type protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (126/82); minor base G (1/0); total (127/82) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGC > NC_000913/2143440‑2143619
|
tATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAg > 1:4284778/1‑93 (MQ=255)
tCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTa < 1:4435556/93‑1 (MQ=255)
tCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTa < 2:3109541/93‑1 (MQ=255)
tCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTa > 2:2585518/1‑93 (MQ=255)
tCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTa < 2:1870830/93‑1 (MQ=255)
tCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTa > 2:1663023/1‑93 (MQ=255)
tCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTa > 1:5686252/1‑93 (MQ=255)
tCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTa > 1:843326/1‑93 (MQ=255)
tCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTa < 1:6218346/93‑1 (MQ=255)
cGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAt > 2:4082721/1‑93 (MQ=255)
cGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAt > 1:6081340/1‑93 (MQ=255)
cGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGGAt > 1:4214719/1‑93 (MQ=255)
gATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAtg > 2:1289943/1‑93 (MQ=255)
gATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAtg > 1:2879727/1‑93 (MQ=255)
gATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAtg > 2:461223/1‑93 (MQ=255)
gATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGGGACGCGTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAtg > 1:3211723/1‑93 (MQ=255)
aTCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAtgc > 2:6837490/1‑93 (MQ=255)
aTCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAtgc > 2:5494940/1‑93 (MQ=255)
aTCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAtgc > 2:6041768/1‑93 (MQ=255)
tCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAtgct < 1:5628234/93‑1 (MQ=255)
tCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAtgct > 1:554053/1‑93 (MQ=255)
tCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAtgct > 2:3623717/1‑93 (MQ=255)
tCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAtgct > 1:1477157/1‑93 (MQ=255)
tCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAtgct > 2:6506836/1‑93 (MQ=255)
cTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAtgctg > 1:5852858/1‑93 (MQ=255)
ttGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAtgctgc < 1:7653381/93‑1 (MQ=255)
ttGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGGCGCGATTTGGTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCAAGTAtgctgc > 1:336976/1‑93 (MQ=255)
gATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGt > 1:7348521/1‑93 (MQ=255)
aTCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGtt > 2:3900420/1‑93 (MQ=255)
tCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCGGAGTATGCTGCGTTc > 1:1105942/1‑93 (MQ=255)
tCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTc > 1:4018739/1‑93 (MQ=255)
tCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGGTc > 1:6886532/1‑93 (MQ=255)
cGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTcc < 1:7429497/93‑1 (MQ=255)
cTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAg > 1:2295160/1‑93 (MQ=255)
tttAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGc > 2:1126932/1‑93 (MQ=255)
tAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGa < 1:194577/93‑1 (MQ=255)
tAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGa > 1:3590644/1‑93 (MQ=255)
aaaGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGATGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGAc < 2:2142070/93‑1 (MQ=255)
aaGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACg > 2:4394224/1‑93 (MQ=255)
aaGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGGGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACg > 1:2389892/1‑93 (MQ=255)
gCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGTGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTg > 1:350110/1‑93 (MQ=255)
gCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTg > 1:2075418/1‑93 (MQ=255)
ggTGACAGACAGCGCCGGGCAAGCGGAGGGTGACGCTATGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAGTGCCGAAACTACTGCGTTCCAGCGGCGTGCt < 1:6994107/93‑1 (MQ=255)
ggTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCt > 1:5393010/1‑93 (MQ=255)
ggTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTAACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCt > 2:7742368/1‑93 (MQ=255)
gAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGgc > 1:4881702/1‑93 (MQ=255)
aaTGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGgcg > 1:672631/1‑93 (MQ=255)
tGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGcgcg > 1:1668856/1‑93 (MQ=255)
tGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGcgcg > 2:2684729/1‑93 (MQ=255)
aCAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGAc < 1:3358668/93‑1 (MQ=255)
aGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTc < 1:3062240/93‑1 (MQ=255)
aGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTc < 1:5171955/93‑1 (MQ=255)
gcgcCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCg > 2:2278642/1‑93 (MQ=255)
gcgcCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCg > 1:2171926/1‑93 (MQ=255)
gcCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGt < 1:4967716/93‑1 (MQ=255)
gcCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGt < 2:7659460/93‑1 (MQ=255)
gcCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACCCggg > 2:1466421/1‑92 (MQ=255)
ccGGGCATGGGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTGCCAGCGACGCGCTGGCGCGCCTCCGTg > 2:3033756/1‑93 (MQ=255)
ccGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTg > 2:6734082/1‑93 (MQ=255)
gggCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTggg > 1:1582141/1‑93 (MQ=255)
ggCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTgggg > 2:5678798/1‑93 (MQ=255)
ggCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTgggg > 2:243782/1‑93 (MQ=255)
gCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGa < 1:1791818/93‑1 (MQ=255)
tGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGa < 1:4115669/93‑1 (MQ=255)
tGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGa > 2:5486921/1‑93 (MQ=255)
cggcggGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAAt < 2:348534/93‑1 (MQ=255)
cggGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTg < 1:7875511/93‑1 (MQ=255)
gggTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTgg < 2:3739192/93‑1 (MQ=255)
ggTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGt < 1:2407607/93‑1 (MQ=255)
aCGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTctgc > 1:3248854/1‑93 (MQ=255)
aCGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTctgc < 2:5207345/93‑1 (MQ=255)
gCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTctgctg < 2:400504/93‑1 (MQ=255)
gCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTctgctg > 1:6390555/1‑93 (MQ=255)
gCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTctgctg > 2:7585452/1‑93 (MQ=255)
ttGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTa > 2:1958111/1‑93 (MQ=255)
gctgcGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTAcc > 1:3637561/1‑93 (MQ=255)
ctgcGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCa < 1:5778157/93‑1 (MQ=255)
tgcGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAg > 1:7478847/1‑93 (MQ=255)
gcgcGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGa > 1:4507025/1‑93 (MQ=255)
gcgcGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTACAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGa > 2:1361080/1‑93 (MQ=255)
gcgAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACt < 1:2667592/93‑1 (MQ=255)
gcgAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACt < 2:7814762/93‑1 (MQ=255)
aCTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTaa < 2:6472826/93‑1 (MQ=255)
aCTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTaa < 1:2835540/93‑1 (MQ=255)
aCTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTaa < 1:4295933/93‑1 (MQ=255)
aCTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTCGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTaa < 2:4953432/93‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAAt < 2:4550865/93‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAAt > 1:5020469/1‑93 (MQ=255)
tGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATg > 1:6923553/1‑93 (MQ=255)
tGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATg < 1:342357/93‑1 (MQ=255)
cgtcgtTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTg < 1:3980991/93‑1 (MQ=255)
tcgtTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGaa > 1:6405349/1‑93 (MQ=255)
tcgtTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGaa > 1:4755077/1‑93 (MQ=255)
gtTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAg > 1:4942846/1‑93 (MQ=255)
gtTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAg > 2:7059458/1‑93 (MQ=255)
ttAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAgc > 1:1415987/1‑93 (MQ=255)
ttAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGATGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAgc > 2:3520134/1‑93 (MQ=255)
tAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAgcg > 2:696361/1‑93 (MQ=255)
tGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAgcgcgc < 1:7898905/93‑1 (MQ=255)
tGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAgcgcgc > 2:7356498/1‑93 (MQ=255)
|
TTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGC > NC_000913/2143440‑2143619
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCGTTT > NC_000913/2143437‑2143623
|
TGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGCACTGGCGTCGTTAATGCC > SRR4302543.7932385/1‑94 (MQ=60)
TGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCC < SRR4302543.6865394/94‑1 (MQ=60)
TGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCC < SRR4302543.2969080/94‑1 (MQ=60)
TGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCC < SRR4302543.4910132/94‑1 (MQ=60)
TGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCC > SRR4302543.3753772/1‑94 (MQ=60)
GTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCG > SRR4302543.531150/1‑94 (MQ=60)
GTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCG < SRR4302543.5216849/94‑1 (MQ=60)
GTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCG > SRR4302543.7834073/1‑94 (MQ=60)
GTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCG > SRR4302543.6847958/1‑94 (MQ=60)
TTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGA > SRR4302543.4801025/1‑94 (MQ=60)
TTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAG > SRR4302543.1502575/1‑94 (MQ=60)
TTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAG > SRR4302543.4323718/1‑94 (MQ=60)
ATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTA > SRR4302543.5738149/1‑94 (MQ=60)
ATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTA > SRR4302543.6570450/1‑94 (MQ=60)
ATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTA > SRR4302543.850786/1‑94 (MQ=60)
ATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGCA > SRR4302543.5993347/1‑94 (MQ=60)
ATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCCCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGGA > SRR4302543.5046363/1‑94 (MQ=60)
TCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAT < SRR4302543.5001665/94‑1 (MQ=60)
TCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAT < SRR4302543.5691014/94‑1 (MQ=60)
TCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAT < SRR4302543.4475727/94‑1 (MQ=60)
TCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAT > SRR4302543.6138966/1‑94 (MQ=60)
TCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTAT < SRR4302543.6277049/94‑1 (MQ=60)
TCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGGAT > SRR4302543.4252938/1‑94 (MQ=60)
CGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATG > SRR4302543.3240728/1‑94 (MQ=60)
CGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATG > SRR4302543.2905931/1‑94 (MQ=60)
CGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATG > SRR4302543.430590/1‑94 (MQ=60)
CGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGGGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATG > SRR4302543.4155497/1‑94 (MQ=60)
CGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGGGACGCGTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATG > SRR4302543.3240727/1‑94 (MQ=60)
GATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGC > SRR4302543.3612617/1‑94 (MQ=60)
GATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGC > SRR4302543.2471041/1‑94 (MQ=60)
ATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCT > SRR4302543.559143/1‑94 (MQ=60)
ATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCT > SRR4302543.1456420/1‑94 (MQ=60)
ATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCT > SRR4302543.1490469/1‑94 (MQ=60)
ATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCG > SRR4302543.2718716/1‑94 (MQ=60)
TCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTG < SRR4302543.5679523/94‑1 (MQ=60)
TCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTG < SRR4302543.5868683/94‑1 (MQ=60)
TCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTG > SRR4302543.5906119/1‑94 (MQ=60)
CTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGC > SRR4302543.410660/1‑94 (MQ=60)
CTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGC > SRR4302543.7956576/1‑94 (MQ=60)
CTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGC > SRR4302543.340070/1‑94 (MQ=60)
CTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGGGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGC > SRR4302543.2586895/1‑94 (MQ=60)
CTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGGCGCGATTTGGTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCAAGTATGCTGC > SRR4302543.340069/1‑94 (MQ=60)
TTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCG < SRR4302543.7725944/94‑1 (MQ=60)
TGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGT < SRR4302543.7943425/94‑1 (MQ=60)
TGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGT > SRR4302543.7419208/1‑94 (MQ=60)
ATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCGGAGTATGCTGCGTTC > SRR4302543.1115917/1‑94 (MQ=60)
ATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTC > SRR4302543.4752129/1‑94 (MQ=60)
ATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTC > SRR4302543.4054628/1‑94 (MQ=60)
ATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGGTC > SRR4302543.6951304/1‑94 (MQ=60)
CGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCA < SRR4302543.7378139/94‑1 (MQ=60)
CGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCA < SRR4302543.7500734/94‑1 (MQ=60)
CGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCA > SRR4302543.4488436/1‑94 (MQ=60)
GCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAG > SRR4302543.2316093/1‑94 (MQ=60)
TTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGA > SRR4302543.3622342/1‑94 (MQ=60)
TTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGA > SRR4302543.2902/1‑94 (MQ=60)
TAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGAC < SRR4302543.196222/94‑1 (MQ=60)
AAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACG < SRR4302543.7532389/94‑1 (MQ=60)
AAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGGGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACG > SRR4302543.2411521/1‑94 (MQ=60)
AGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGTGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTG > SRR4302543.353349/1‑94 (MQ=60)
AGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTG < SRR4302543.2064635/94‑1 (MQ=60)
AGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTG > SRR4302543.2093956/1‑94 (MQ=60)
CGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCT > SRR4302543.5576527/1‑94 (MQ=60)
CGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCT > SRR4302543.7461987/1‑94 (MQ=60)
CGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCT > SRR4302543.5442044/1‑94 (MQ=60)
CGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGAGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGAATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCT > SRR4302543.3923399/1‑94 (MQ=60)
GGTGACAGACAGCGCCGGGCAAGCGGAGGGTGACGCTATGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAGTGCCGAAACTACTGCGTTCCAGCGGCGTGCTG < SRR4302543.7060007/94‑1 (MQ=32)
GGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTG < SRR4302543.4268928/94‑1 (MQ=60)
TGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGC < SRR4302543.401891/94‑1 (MQ=60)
TGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGC > SRR4302543.4926191/1‑94 (MQ=60)
GAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCG > SRR4302543.678821/1‑94 (MQ=60)
ATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCG > SRR4302543.1683809/1‑94 (MQ=60)
ATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCG > SRR4302543.50282/1‑94 (MQ=60)
ATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGGGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTACAGCGACGTGCCGGCGCG > SRR4302543.1683810/1‑94 (MQ=60)
GACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGAC > SRR4302543.2421186/1‑94 (MQ=60)
ACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACT < SRR4302543.5928218/94‑1 (MQ=60)
ACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACT < SRR4302543.3388880/94‑1 (MQ=60)
AGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCG < SRR4302543.5218664/94‑1 (MQ=60)
AGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCG < SRR4302543.3089782/94‑1 (MQ=60)
AGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCG > SRR4302543.2191382/1‑94 (MQ=60)
GCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTG < SRR4302543.5012935/94‑1 (MQ=60)
CGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGG > SRR4302543.1596257/1‑94 (MQ=60)
CGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGG > SRR4302543.5122163/1‑94 (MQ=60)
GCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGAT < SRR4302543.1807856/94‑1 (MQ=60)
GCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGAT < SRR4302543.6452912/94‑1 (MQ=60)
ATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGA > SRR4302543.3650388/1‑94 (MQ=60)
ATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGGGGGGATGA > SRR4302543.2158873/1‑94 (MQ=60)
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GCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAAT < SRR4302543.209496/94‑1 (MQ=60)
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CGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGG < SRR4302543.7949644/94‑1 (MQ=60)
GGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTC < SRR4302543.2429367/94‑1 (MQ=60)
TGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTG < SRR4302543.1878411/94‑1 (MQ=60)
TGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTG < SRR4302543.7063867/94‑1 (MQ=60)
GACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGC > SRR4302543.3278227/1‑94 (MQ=60)
ACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGACTGCT > SRR4302543.1354235/1‑94 (MQ=60)
CGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTG > SRR4302543.6595340/1‑94 (MQ=60)
CGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTG > SRR4302543.6450709/1‑94 (MQ=60)
CTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCT < SRR4302543.1651833/94‑1 (MQ=60)
TGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACC > SRR4302543.3669577/1‑94 (MQ=60)
CTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAG > SRR4302543.7550442/1‑94 (MQ=60)
CTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAG < SRR4302543.5830750/94‑1 (MQ=60)
TGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGA > SRR4302543.4548006/1‑94 (MQ=60)
TGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTAGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGC > SRR4302543.3370719/1‑94 (MQ=60)
CGCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACT < SRR4302543.2337398/94‑1 (MQ=60)
GCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTG > SRR4302543.885201/1‑94 (MQ=60)
GCGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTG < SRR4302543.2691780/94‑1 (MQ=60)
CGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGT > SRR4302543.5663085/1‑94 (MQ=60)
CGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGT < SRR4302543.3077033/94‑1 (MQ=60)
CGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGT > SRR4302543.3470810/1‑94 (MQ=60)
CGAACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGT > SRR4302543.5377760/1‑94 (MQ=60)
AACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAA > SRR4302543.3695974/1‑94 (MQ=60)
AACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAA < SRR4302543.7563190/94‑1 (MQ=60)
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ACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAAT < SRR4302543.2219612/94‑1 (MQ=60)
ACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAAT < SRR4302543.2861471/94‑1 (MQ=60)
ACTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCACGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAAT < SRR4302543.4334980/94‑1 (MQ=60)
CTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATG > SRR4302543.6988655/1‑94 (MQ=60)
CTGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATG > SRR4302543.6988656/1‑94 (MQ=60)
TGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGT > SRR4302543.4947709/1‑94 (MQ=60)
TGGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGT < SRR4302543.345513/94‑1 (MQ=60)
GGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTT > SRR4302543.3403729/1‑94 (MQ=60)
GGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTT > SRR4302543.5808519/1‑94 (MQ=60)
GGCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTG > SRR4302543.823884/1‑94 (MQ=60)
GCGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTG < SRR4302543.3400026/94‑1 (MQ=60)
CGTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGA < SRR4302543.4016298/94‑1 (MQ=60)
GTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAA > SRR4302543.6465672/1‑94 (MQ=60)
GTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAA > SRR4302543.6304056/1‑94 (MQ=60)
GTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAA > SRR4302543.4554422/1‑94 (MQ=60)
GTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAA > SRR4302543.3227492/1‑94 (MQ=60)
GTCGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAA > SRR4302543.4798533/1‑94 (MQ=60)
CGTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAG > SRR4302543.4987854/1‑94 (MQ=60)
GTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGC > SRR4302543.1428807/1‑94 (MQ=60)
GTTAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGC > SRR4302543.6140672/1‑94 (MQ=60)
TAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGC > SRR4302543.4399474/1‑94 (MQ=60)
TAATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGC < SRR4302543.7924666/94‑1 (MQ=60)
AATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCG < SRR4302543.6985147/94‑1 (MQ=60)
ATGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGC < SRR4302543.681263/94‑1 (MQ=60)
TGCCGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCG < SRR4302543.7973161/94‑1 (MQ=60)
CGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCGTTT > SRR4302543.7015570/1‑94 (MQ=60)
CGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCGTTT < SRR4302543.4394430/94‑1 (MQ=60)
CGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCGTTT > SRR4302543.2568332/1‑94 (MQ=60)
CGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCGTTT > SRR4302543.3539679/1‑94 (MQ=60)
CGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCGTTT < SRR4302543.4547689/94‑1 (MQ=60)
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TGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCGTTT > NC_000913/2143437‑2143623
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
