Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A1 F1 I1 R1	1696	279.3	15874187	97.8%	15524954	93.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	3,243,762	T→C	V340A (GTT→GCT)	exuT →	ExuT

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	3,243,762	0	T	C	100.0%	1036.8 / NA	332	V340A (GTT→GCT)	exuT	ExuT
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (166/166); total (166/166)

Only 100 of 345 total aligned reads displayed.

GGATGCCGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGTTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTA  >  NC_000913/3243672‑3243851

ggATGCCGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGctt                                                                                         >  1:2817557/1‑93 (MQ=255)

ggATGCCGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGctt                                                                                         >  1:7394853/1‑93 (MQ=255)

  aTGCCGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTcc                                                                                       <  1:2520275/93‑1 (MQ=255)

  aTGCCGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTACCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTcc                                                                                       <  1:7274851/93‑1 (MQ=255)

       gATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTaa                                                                                  >  2:4382705/1‑93 (MQ=255)

       gATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTaa                                                                                  >  1:2149079/1‑93 (MQ=255)

       gATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTaa                                                                                  <  2:1342922/93‑1 (MQ=255)

        aTGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAg                                                                                 <  1:2034914/93‑1 (MQ=255)

        aTGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAg                                                                                 >  1:3949787/1‑93 (MQ=255)

        aTGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAg                                                                                 >  1:5778144/1‑93 (MQ=255)

         tGCTTTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGa                                                                                <  1:1767350/93‑1 (MQ=255)

         tGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAgt                                                                                >  1:3622741/1‑92 (MQ=255)

         tGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCGCGTTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGa                                                                                <  1:7115310/93‑1 (MQ=255)

          gCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGAt                                                                               >  1:4769790/1‑93 (MQ=255)

           cTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATg                                                                              >  2:3543777/1‑93 (MQ=255)

            tGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATgg                                                                             <  1:5685309/93‑1 (MQ=255)

             gTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGt                                                                            >  1:2070747/1‑93 (MQ=255)

             gTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGt                                                                            <  1:6126720/93‑1 (MQ=255)

              tttGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTc                                                                           >  1:1718223/1‑93 (MQ=255)

              tttGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTc                                                                           <  1:5616630/93‑1 (MQ=255)

                tGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGt                                                                         >  2:582434/1‑93 (MQ=255)

                 gCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTa                                                                        >  2:7857149/1‑93 (MQ=255)

                   tgcccTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAAc                                                                      <  1:4517817/90‑1 (MQ=255)

                   tGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAAc                                                                      >  1:7003049/1‑93 (MQ=255)

                   tGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAAc                                                                      >  1:3440628/1‑93 (MQ=255)

                      ccTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCt                                                                   >  1:3717016/1‑93 (MQ=255)

                      ccTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCt                                                                   <  2:1439626/93‑1 (MQ=255)

                        tCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTgg                                                                 >  2:3800553/1‑93 (MQ=255)

                        tCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTgg                                                                 <  1:4887520/93‑1 (MQ=255)

                        tCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTgg                                                                 <  2:2733762/93‑1 (MQ=255)

                         cGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTggg                                                                >  2:6288225/1‑93 (MQ=255)

                          ggTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGt                                                               >  1:6623621/1‑93 (MQ=255)

                           gTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTg                                                              >  2:5670946/1‑93 (MQ=255)

                           gTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTg                                                              >  2:509463/1‑93 (MQ=255)

                           gTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTg                                                              <  1:3321227/93‑1 (MQ=255)

                             tGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCa                                                            <  1:1393846/93‑1 (MQ=255)

                             tGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCa                                                            <  2:6470001/93‑1 (MQ=255)

                              gTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAg                                                           <  1:5301009/93‑1 (MQ=255)

                              gTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAg                                                           >  2:1197237/1‑93 (MQ=255)

                               tATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAgg                                                          >  1:3749715/1‑92 (MQ=255)

                               tATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGt                                                          <  1:1312747/93‑1 (MQ=255)

                               tATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGt                                                          >  2:502593/1‑93 (MQ=255)

                               tATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGt                                                          >  2:681971/1‑93 (MQ=255)

                                 tCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGc                                                        >  2:7617234/1‑93 (MQ=255)

                                 tCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGc                                                        >  1:5923387/1‑93 (MQ=255)

                                 tCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGc                                                        >  2:3282583/1‑93 (MQ=255)

                                  ccTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCCGGGTGCAGTGCt                                                       >  2:7021407/1‑93 (MQ=255)

                                    tCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCtga                                                     <  1:4209593/93‑1 (MQ=255)

                                    tCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCtga                                                     >  2:2228264/1‑93 (MQ=255)

                                     cGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCtgat                                                    <  2:1044917/93‑1 (MQ=255)

                                     cGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCtgat                                                    <  1:5460954/93‑1 (MQ=255)

                                      ggtggtTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCtgatg                                                   <  2:7219687/93‑1 (MQ=255)

                                       gtggtTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCtgatga                                                  >  1:6916761/1‑93 (MQ=255)

                                       gtggcTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTTGTTTCGTGTGGACCTGATAGCTTCACGCAAGATGGACGTAACGCTGAGTGCAGTGCtgctga                                                  >  2:4227022/1‑93 (MQ=255)

                                         ggtTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGAtt                                                >  1:83749/1‑93 (MQ=255)

                                          gtTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTg                                               <  2:6557082/93‑1 (MQ=255)

                                           ttACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTgg                                              >  2:3829659/1‑93 (MQ=255)

                                             aCCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGcc                                            >  1:7448954/1‑93 (MQ=255)

                                              ccTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGccc                                           <  2:5968636/93‑1 (MQ=255)

                                                 gccgccGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCggg                                        <  2:324654/93‑1 (MQ=255)

                                                  ccgccgCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGt                                       <  1:3370732/93‑1 (MQ=255)

                                                      cgcTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGa                                   >  1:1139220/1‑93 (MQ=255)

                                                       gcTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGAt                                  <  2:4812906/93‑1 (MQ=255)

                                                       gcTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGAt                                  >  1:5124932/1‑93 (MQ=255)

                                                       gcTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGAt                                  <  2:7581059/93‑1 (MQ=255)

                                                        cTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATc                                 >  2:6434087/1‑93 (MQ=255)

                                                         tGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCg                                >  1:2161363/1‑93 (MQ=255)

                                                         tGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCg                                >  1:7678872/1‑93 (MQ=255)

                                                         cgTTCCAGTGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCg                                <  1:1542537/92‑1 (MQ=255)

                                                              cAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTg                           >  1:2569232/1‑93 (MQ=255)

                                                              cAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTg                           >  1:304825/1‑93 (MQ=255)

                                                                gCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGCCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGACTGATCGGCCTGtt                         >  1:6234712/1‑93 (MQ=255)

                                                                 cGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTc                        <  2:6623953/93‑1 (MQ=255)

                                                                  gTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCa                       >  2:4086318/1‑93 (MQ=255)

                                                                  gTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCa                       >  2:6098089/1‑93 (MQ=255)

                                                                  gTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCa                       <  1:3213319/93‑1 (MQ=255)

                                                                   ttggtttggtGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAc                      <  2:6010772/93‑1 (MQ=255)

                                                                   ttggtttggtGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAc                      <  2:2952377/93‑1 (MQ=255)

                                                                   ttggtttggtGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAc                      <  2:7341540/93‑1 (MQ=255)

                                                                    tggtttggtGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAcc                     <  1:6454580/93‑1 (MQ=255)

                                                                    tggtttggtGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAcc                     <  2:1929771/93‑1 (MQ=255)

                                                                     ggtttggtGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCa                    >  2:5896889/1‑93 (MQ=255)

                                                                         tggtGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAAccc                <  2:3134134/93‑1 (MQ=255)

                                                                            tgtgAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTa             <  2:7467242/93‑1 (MQ=255)

                                                                            tgtgAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTa             <  1:1874953/93‑1 (MQ=255)

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Alignment Legend
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Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

BRESEQ :: bam2aln output

CCTGGATGCCGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GTTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCT  >  NC_000913/3243669‑3243855

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                  TTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGT                                                                             <  SRR4302543.6635318/94‑1 (MQ=60)

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                        ACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCT                                                                       >  SRR4302543.3749702/1‑94 (MQ=60)

                        ACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCT                                                                       <  SRR4302543.4724399/94‑1 (MQ=60)

                         CCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTG                                                                      >  SRR4302543.6714007/1‑94 (MQ=60)

                          CTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGG                                                                     >  SRR4302543.1822448/1‑94 (MQ=60)

                          CTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGG                                                                     >  SRR4302543.3874423/1‑94 (MQ=60)

                          CTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGG                                                                     >  SRR4302543.4959224/1‑94 (MQ=60)

                          CTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGG                                                                     <  SRR4302543.2261672/94‑1 (MQ=60)

                           TCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGG                                                                    <  SRR4302543.4932066/94‑1 (MQ=60)

                           CCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGACCCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGG                                                                    <  SRR4302543.1344331/94‑1 (MQ=60)

                            CGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGT                                                                   >  SRR4302543.6686089/1‑94 (MQ=60)

                             GGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTG                                                                  >  SRR4302543.7891574/1‑94 (MQ=60)

                             GGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTG                                                                  <  SRR4302543.2664432/94‑1 (MQ=60)

                             GGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTG                                                                  >  SRR4302543.7043392/1‑94 (MQ=60)

                             GGTGGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTG                                                                  <  SRR4302543.2664433/94‑1 (MQ=60)

                              GTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGC                                                                 <  SRR4302543.3351188/94‑1 (MQ=60)

                                TGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAG                                                               <  SRR4302543.1406404/94‑1 (MQ=60)

                                TGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAG                                                               >  SRR4302543.275133/1‑94 (MQ=60)

                                TGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAG                                                               >  SRR4302543.7353149/1‑94 (MQ=60)

                                TGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAG                                                               >  SRR4302543.4976780/1‑94 (MQ=60)

                                 tttgCCTCGGTGGTTCCCTGCCGCCACTGTTCCAGAGTTGGTTTGGTGTGATCCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGT                                                              <  SRR4302543.5928268/90‑1 (MQ=60)

                                 GTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGT                                                              <  SRR4302543.4826708/94‑1 (MQ=60)

                                 GTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGT                                                              <  SRR4302543.531689/94‑1 (MQ=60)

                                 GTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGT                                                              <  SRR4302543.5348867/94‑1 (MQ=60)

                                 GTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGG                                                              >  SRR4302543.3782707/1‑94 (MQ=60)

                                  TATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTG                                                             <  SRR4302543.1324413/94‑1 (MQ=60)

                                  TATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTG                                                             >  SRR4302543.3780701/1‑94 (MQ=60)

                                   ATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGC                                                            >  SRR4302543.5977512/1‑94 (MQ=60)

                                   ATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGC                                                            >  SRR4302543.5977513/1‑94 (MQ=60)

                                   ATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGC                                                            >  SRR4302543.3383691/1‑94 (MQ=60)

                                   ATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGC                                                            >  SRR4302543.625171/1‑94 (MQ=60)

                                     CCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTG                                                          >  SRR4302543.2101943/1‑94 (MQ=60)

                                     CCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTG                                                          >  SRR4302543.2173523/1‑94 (MQ=60)

                                      CTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGA                                                         >  SRR4302543.800549/1‑94 (MQ=60)

                                       TCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGAT                                                        <  SRR4302543.4247758/94‑1 (MQ=60)

                                       CCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGAT                                                        <  SRR4302543.6599061/94‑1 (MQ=60)

                                        CGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATG                                                       <  SRR4302543.5510450/94‑1 (MQ=60)

                                         GGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGA                                                      >  SRR4302543.6981784/1‑94 (MQ=60)

                                          GTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGAT                                                     >  SRR4302543.5689888/1‑94 (MQ=60)

                                           TGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATT                                                    <  SRR4302543.5807989/94‑1 (MQ=60)

                                           TGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATT                                                    >  SRR4302543.84524/1‑94 (MQ=60)

                                           TGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATT                                                    <  SRR4302543.347075/94‑1 (MQ=60)

                                             GTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGG                                                  >  SRR4302543.4543322/1‑94 (MQ=60)

                                             GTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGG                                                  >  SRR4302543.4543321/1‑94 (MQ=60)

                                             GTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGG                                                  >  SRR4302543.5823053/1‑94 (MQ=60)

                                             GTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGG                                                  <  SRR4302543.6271327/94‑1 (MQ=60)

                                             GTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGG                                                  <  SRR4302543.6271328/94‑1 (MQ=60)

                                              TTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGCGCAGTGCTGATGATTGGC                                                 >  SRR4302543.6605500/1‑94 (MQ=60)

                                               TACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCC                                                >  SRR4302543.7520338/1‑94 (MQ=60)

                                                ACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCC                                               >  SRR4302543.2074869/1‑94 (MQ=60)

                                                 CCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCG                                              <  SRR4302543.4907807/94‑1 (MQ=60)

                                                 CCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCG                                              <  SRR4302543.4907808/94‑1 (MQ=60)

                                                  CTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTATGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGG                                             >  SRR4302543.7268675/1‑94 (MQ=60)

                                                   TGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGG                                            <  SRR4302543.3347883/94‑1 (MQ=60)

                                                   TGCCGCCGCTGTT‑CAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAAAGCTGGGTGCAGTGGTGGTGGTTGGCCCGGGG                                           >  SRR4302543.3865928/1‑94 (MQ=60)

                                                    GCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGT                                           >  SRR4302543.3216596/1‑94 (MQ=60)

                                                     CCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTA                                          <  SRR4302543.986387/94‑1 (MQ=60)

                                                     CCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTA                                          <  SRR4302543.3401010/94‑1 (MQ=60)

                                                      CGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTAT                                         >  SRR4302543.5729484/1‑94 (MQ=60)

                                                      CGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTAT                                         <  SRR4302543.4109265/94‑1 (MQ=60)

                                                        CCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGA                                       >  SRR4302543.1149592/1‑94 (MQ=60)

                                                         CGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGAT                                      >  SRR4302543.5171268/1‑94 (MQ=60)

                                                          GCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATC                                     <  SRR4302543.7502399/94‑1 (MQ=60)

                                                          GCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATC                                     >  SRR4302543.4383063/1‑94 (MQ=60)

                                                          GCTGTTCCAGCGGTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATC                                     <  SRR4302543.168503/94‑1 (MQ=60)

                                                          GCGGTTCCAGGGTTCGTTTGGTGTGAACCTTCTC‑GCCTCCTGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGCTC                                     <  SRR4302543.1782456/94‑1 (MQ=60)

                                                          CCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATC                                     <  SRR4302543.1782457/94‑1 (MQ=60)

                                                           CTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTACCGCTGGGTGCAGTGGTTATGATTGGTCCGGGTATGATTG                                    >  SRR4302543.1400899/1‑94 (MQ=60)

                                                           CTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCG                                    >  SRR4302543.2180727/1‑94 (MQ=60)

                                                           CTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCG                                    >  SRR4302543.1400898/1‑94 (MQ=60)

                                                           CTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCG                                    <  SRR4302543.3297543/94‑1 (MQ=60)

                                                           CTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCG                                    >  SRR4302543.7751613/1‑94 (MQ=60)

                                                            TGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGG                                   >  SRR4302543.112931/1‑94 (MQ=60)

                                                            TGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGG                                   >  SRR4302543.3683428/1‑94 (MQ=60)

                                                            TGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGG                                   >  SRR4302543.2986984/1‑94 (MQ=60)

                                                            TGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGG                                   >  SRR4302543.7693885/1‑94 (MQ=60)

                                                            TGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGG                                   <  SRR4302543.1862303/94‑1 (MQ=60)

                                                            CGTTCCAGTGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGG                                   <  SRR4302543.1556353/94‑1 (MQ=60)

                                                             GTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGC                                  <  SRR4302543.2587230/94‑1 (MQ=60)

                                                             GTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGC                                  >  SRR4302543.7458594/1‑94 (MQ=60)

                                                              TTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCC                                 <  SRR4302543.7774984/94‑1 (MQ=60)

                                                               TCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCT                                >  SRR4302543.2178406/1‑94 (MQ=60)

                                                                CCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTG                               >  SRR4302543.307577/1‑94 (MQ=60)

                                                                CCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTG                               >  SRR4302543.2592681/1‑94 (MQ=60)

                                                                CCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCCGGGCGCAGCGCTGATGTTGGGCCGGGGTATGACGGGCCTG                               >  SRR4302543.2592680/1‑94 (MQ=57)

                                                                CCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTGCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTG                               <  SRR4302543.3499594/94‑1 (MQ=60)

                                                                 CAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGT                              <  SRR4302543.1672019/94‑1 (MQ=60)

                                                                  AGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTT                             <  SRR4302543.6439754/94‑1 (MQ=60)

                                                                  AGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTT                             <  SRR4302543.6950942/94‑1 (MQ=60)

                                                                  AGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTT                             <  SRR4302543.6019019/94‑1 (MQ=60)

                                                                  AGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGCCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGACTGATCGGCCTGTT                             >  SRR4302543.6293557/1‑94 (MQ=60)

                                                                   GCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTC                            <  SRR4302543.6449075/94‑1 (MQ=60)

                                                                    CGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCA                           >  SRR4302543.7128382/1‑94 (MQ=60)

                                                                     gtgtgttttGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACTCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAC                          <  SRR4302543.3242339/85‑1 (MQ=60)

                                                                     GTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAC                          >  SRR4302543.1978350/1‑94 (MQ=60)

                                                                     GTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAC                          >  SRR4302543.1817927/1‑94 (MQ=60)

                                                                     GTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAC                          >  SRR4302543.7490690/1‑94 (MQ=60)

                                                                     GTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAC                          <  SRR4302543.3242340/94‑1 (MQ=60)

                                                                      TTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACC                         <  SRR4302543.6142514/94‑1 (MQ=60)

                                                                       TGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCA                        <  SRR4302543.6515399/94‑1 (MQ=60)

                                                                         GTTTGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAAC                      >  SRR4302543.82963/1‑94 (MQ=60)

                                                                           TTGGTGTGATCCTGATC‑GCTTCCCGTATGATGGTCGTAACGCTGGGTGAAGTGCTGATGTTTGGCCCGGGTCTGATCGGCCTGTTCTCCGACCC                    <  SRR4302543.7115115/94‑1 (MQ=60)

                                                                            TGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCG                   <  SRR4302543.4821021/94‑1 (MQ=60)

                                                                            TGGTGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCG                   <  SRR4302543.2877812/94‑1 (MQ=60)

                                                                               TGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTAT                >  SRR4302543.6899679/1‑94 (MQ=60)

                                                                               TGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTAT                <  SRR4302543.4054199/94‑1 (MQ=60)

                                                                               TGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTAT                <  SRR4302543.1891798/94‑1 (MQ=60)

                                                                               TGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTAT                <  SRR4302543.1914054/94‑1 (MQ=60)

                                                                               TGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGGATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTAT                >  SRR4302543.608648/1‑94 (MQ=60)

                                                                               GGTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTAT                <  SRR4302543.5527773/94‑1 (MQ=60)

                                                                                GTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATG               >  SRR4302543.7949190/1‑94 (MQ=60)

                                                                                GTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATG               <  SRR4302543.707482/94‑1 (MQ=60)

                                                                                GTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATG               >  SRR4302543.7738875/1‑94 (MQ=60)

                                                                                GTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATG               >  SRR4302543.7452585/1‑94 (MQ=60)

                                                                                GTGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATG               >  SRR4302543.4862279/1‑94 (MQ=60)

                                                                                 TGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGT              >  SRR4302543.7267664/1‑94 (MQ=60)

                                                                                 TGAACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGT              <  SRR4302543.6906976/94‑1 (MQ=60)

                                                                                   AACCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCG            <  SRR4302543.3389040/94‑1 (MQ=60)

                                                                                     CCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCA          <  SRR4302543.1044460/94‑1 (MQ=60)

                                                                                     CCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCA          >  SRR4302543.7062107/1‑94 (MQ=60)

                                                                                     CCTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCA          <  SRR4302543.3723430/94‑1 (MQ=60)

                                                                                      CTGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAA         >  SRR4302543.3415111/1‑94 (MQ=60)

                                                                                       TGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAAT        >  SRR4302543.3371179/1‑94 (MQ=60)

                                                                                       TGATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAAT        >  SRR4302543.105691/1‑94 (MQ=60)

                                                                                        GATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATT       >  SRR4302543.3642322/1‑94 (MQ=60)

                                                                                         ATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTA      <  SRR4302543.6265726/94‑1 (MQ=60)

                                                                                         ATC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTA      <  SRR4302543.6265725/94‑1 (MQ=60)

                                                                                          TC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTAT     >  SRR4302543.7488713/1‑94 (MQ=60)

                                                                                          TC‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTAT     <  SRR4302543.6904829/94‑1 (MQ=60)

                                                                                           C‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATG    >  SRR4302543.714554/1‑94 (MQ=60)

                                                                                           C‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATG    <  SRR4302543.2733368/94‑1 (MQ=60)

                                                                                           C‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATG    >  SRR4302543.3339609/1‑94 (MQ=60)

                                                                                           C‑GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATG    >  SRR4302543.3658004/1‑94 (MQ=60)

                                                                                              CTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCT  <  SRR4302543.3788729/94‑1 (MQ=60)

CCTGGATGCCGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATC‑GTTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGCT  >  NC_000913/3243669‑3243855

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 0 ≤` `ATCG/ATCG` `< 2 ≤` `ATCG/ATCG` `< 25 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`