Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F1 I2 R1 1873 183.1 9376148 98.2% 9207377 93.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 3,243,762 T→C V340A (GTT→GCT)  exuT → ExuT

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009133,243,7620TC99.4% 549.4 / ‑4.9 179V340A (GTT→GCT) exuTExuT
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (1/0);  new base C (91/87);  total (92/87)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.68e-01

Only 100 of 185 total aligned reads displayed.

CTGGATGCCGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGTTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTA  >  NC_000913/3243670‑3243851
                                                                                            |                                                                                         
   gATGCCGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTCCCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTc                                                                                        <  1:3166273/93‑1 (MQ=255)
   gATGCCGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTc                                                                                        >  1:625631/1‑93 (MQ=255)
     tGCCGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTccc                                                                                      >  1:2646795/1‑93 (MQ=255)
       ccGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGt                                                                                    >  1:2321423/1‑93 (MQ=255)
        cGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTa                                                                                   <  1:4167060/93‑1 (MQ=255)
         gATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTaa                                                                                  >  1:1342628/1‑93 (MQ=255)
          aTGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAg                                                                                 <  2:1102893/93‑1 (MQ=255)
          aTGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAg                                                                                 >  2:3343664/1‑93 (MQ=255)
            gCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGAt                                                                               >  2:55960/1‑93 (MQ=255)
            gCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGAt                                                                               <  1:172090/93‑1 (MQ=255)
             cTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATg                                                                              <  1:1103858/93‑1 (MQ=255)
             cTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATg                                                                              <  1:4001938/93‑1 (MQ=255)
             cTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATg                                                                              >  1:3403683/1‑93 (MQ=255)
              tGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATgg                                                                             <  1:3091932/93‑1 (MQ=255)
               gTTTGCTGATCGCGCTTGTATCCTAGGTCGTTACTTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGt                                                                            <  2:1404555/93‑1 (MQ=255)
               gTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCCTAAGATGGt                                                                            >  2:3587517/1‑93 (MQ=255)
                tttGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTc                                                                           <  1:2269807/93‑1 (MQ=255)
                  tGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGt                                                                         <  2:4442992/93‑1 (MQ=255)
                    cTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTaa                                                                       <  1:3308871/93‑1 (MQ=255)
                      gACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACg                                                                     >  2:3082743/1‑93 (MQ=255)
                       aCCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGc                                                                    >  2:3657411/1‑93 (MQ=255)
                       aCCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGc                                                                    >  2:939737/1‑93 (MQ=255)
                       aCCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGc                                                                    >  1:198879/1‑93 (MQ=255)
                        ccTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCt                                                                   >  2:1995818/1‑93 (MQ=255)
                        ccTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCt                                                                   <  2:193514/93‑1 (MQ=255)
                         cTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTg                                                                  <  2:3513979/93‑1 (MQ=255)
                         cTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTg                                                                  >  1:3465316/1‑93 (MQ=255)
                         cTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTg                                                                  <  1:4005766/93‑1 (MQ=255)
                         cTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTg                                                                  <  1:656810/93‑1 (MQ=255)
                         cTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCATAAGATGGTCGTAACGCTg                                                                  <  2:4562174/93‑1 (MQ=255)
                          tCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTgg                                                                 >  1:2823350/1‑93 (MQ=255)
                          tCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTgg                                                                 <  1:4306389/93‑1 (MQ=255)
                           cGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTggg                                                                <  2:3182867/93‑1 (MQ=255)
                           cGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTCCCAGCGTTGGTTTGGTGTGACCCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTggg                                                                <  2:1664482/93‑1 (MQ=255)
                            ggTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTgggg                                                               >  1:3621578/1‑92 (MQ=255)
                            ggTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGt                                                               <  1:1018807/93‑1 (MQ=255)
                            ggTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGt                                                               <  2:2839588/93‑1 (MQ=255)
                             gTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTggctc                                                              >  1:3579969/1‑90 (MQ=255)
                             gTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTg                                                              >  2:416463/1‑93 (MQ=255)
                              ttGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGc                                                             >  1:2172040/1‑93 (MQ=255)
                                gTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAg                                                           >  1:2395466/1‑93 (MQ=255)
                                gTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAg                                                           >  2:3642806/1‑93 (MQ=255)
                                gTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAg                                                           <  2:72268/93‑1 (MQ=255)
                                 tATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGt                                                          <  2:4314649/93‑1 (MQ=255)
                                 tATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGt                                                          >  1:2329860/1‑93 (MQ=255)
                                 tATCCTCGGTGGTGACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGt                                                          <  2:344824/93‑1 (MQ=255)
                                   tCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGGGCAggac                                                        >  2:538384/1‑90 (MQ=255)
                                    ccTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCt                                                       <  2:1006818/93‑1 (MQ=255)
                                      tCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCtga                                                     <  2:2312157/93‑1 (MQ=255)
                                        ggtggtTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCtgatg                                                   <  1:4635871/93‑1 (MQ=255)
                                          tggtTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTgatgat                                                 <  2:2008307/93‑1 (MQ=255)
                                          gggtTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTgatgat                                                 <  2:3188239/92‑1 (MQ=255)
                                           ggtTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGAtt                                                <  2:615074/93‑1 (MQ=255)
                                           ggtTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGAAGTGCTGATGAtt                                                >  2:2942900/1‑93 (MQ=255)
                                             ttACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTgg                                              >  1:3463257/1‑93 (MQ=255)
                                             ttACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTgg                                              >  1:2777870/1‑93 (MQ=255)
                                               tccTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGcc                                            <  1:4344834/92‑1 (MQ=255)
                                               aCCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGcc                                            >  2:1330620/1‑93 (MQ=255)
                                                 cTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCg                                          <  1:1464100/93‑1 (MQ=255)
                                                 cTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCg                                          >  2:3999706/1‑93 (MQ=255)
                                                 cTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCg                                          <  2:2156275/93‑1 (MQ=255)
                                                    ccgccgCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGt                                       >  1:4436739/1‑93 (MQ=255)
                                                     cgccgcTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTa                                      <  2:1763945/93‑1 (MQ=255)
                                                     cgccgcTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTa                                      >  1:3838937/1‑93 (MQ=255)
                                                       ccgcTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATg                                    >  1:4533131/1‑93 (MQ=255)
                                                        cgcTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGa                                   <  1:2947706/93‑1 (MQ=255)
                                                        cgcTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGa                                   >  2:1993986/1‑93 (MQ=255)
                                                         gcTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGAt                                  <  1:4026640/93‑1 (MQ=255)
                                                           tGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCg                                <  2:1834139/93‑1 (MQ=255)
                                                            gTTCCAGCGTTGGATTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGT‑ACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGGCCGGGCATGATCGGc                              >  2:2322495/1‑93 (MQ=255)
                                                             ttCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCTGc                              >  2:288665/1‑93 (MQ=255)
                                                               ccAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCt                            <  2:1230595/93‑1 (MQ=255)
                                                               ccAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCt                            <  2:559246/93‑1 (MQ=255)
                                                                cAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTg                           >  1:1046465/1‑93 (MQ=255)
                                                                  gCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGtt                         >  2:2466700/1‑93 (MQ=255)
                                                                   cGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTc                        >  2:126921/1‑93 (MQ=255)
                                                                    gTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCa                       <  1:3531491/93‑1 (MQ=255)
                                                                    gTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCa                       <  1:836156/93‑1 (MQ=255)
                                                                    gTTGGTTTGGTGTGAAACTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGGATGATCGGCCTGTTCa                       >  2:867409/1‑93 (MQ=255)
                                                                     ttggtttggtGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAc                      >  1:4577505/1‑93 (MQ=255)
                                                                     ttggtttggtGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAc                      >  1:2202125/1‑93 (MQ=255)
                                                                       ggtttggtGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCa                    >  2:2981777/1‑93 (MQ=255)
                                                                         tttggtGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAAc                  >  2:2809223/1‑93 (MQ=255)
                                                                          ttggtGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAAcc                 >  2:4090073/1‑93 (MQ=255)
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GATK/CNVnator alignment

BRESEQ :: bam2aln output
CCTGGATGCCGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGTTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGC  >  NC_000913/3243669‑3243854
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                                                     CCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTA                                         >  SRR4302535.3865398/1‑94 (MQ=60)
                                                       GCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATG                                       >  SRR4302535.4564155/1‑94 (MQ=60)
                                                         CGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGAT                                     <  SRR4302535.1067416/94‑1 (MQ=60)
                                                         CGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGAT                                     <  SRR4302535.2968418/94‑1 (MQ=60)
                                                          GCTGTTCCAGCGTTTGTTTGGTGTGAACCTAATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTACCGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATC                                    <  SRR4302535.2029780/94‑1 (MQ=60)
                                                          GCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATC                                    <  SRR4302535.4054189/94‑1 (MQ=60)
                                                           CTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCG                                   <  SRR4302535.282800/94‑1 (MQ=60)
                                                                CCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTG                              >  SRR4302535.1053882/1‑94 (MQ=60)
                                                                 CAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGT                             <  SRR4302535.404399/94‑1 (MQ=60)
                                                                 CAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGT                             >  SRR4302535.3396289/1‑94 (MQ=60)
                                                                  AGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTT                            >  SRR4302535.2250590/1‑94 (MQ=60)
                                                                     GTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAC                         >  SRR4302535.2217819/1‑94 (MQ=60)
                                                                     GTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAC                         <  SRR4302535.3556008/94‑1 (MQ=60)
                                                                     GTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAC                         <  SRR4302535.842022/94‑1 (MQ=60)
                                                                     GTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCAC                         >  SRR4302535.4608690/1‑94 (MQ=60)
                                                                      TTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACC                        <  SRR4302535.4630409/94‑1 (MQ=60)
                                                                          TTTGGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACC                    >  SRR4302535.1069922/1‑94 (MQ=60)
                                                                             GGTGTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGT                 >  SRR4302535.2035656/1‑94 (MQ=60)
                                                                                GTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATG              <  SRR4302535.4291796/94‑1 (MQ=60)
                                                                                GTGAACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATG              >  SRR4302535.3623360/1‑94 (MQ=60)
                                                                                   AACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCG           >  SRR4302535.197598/1‑94 (MQ=60)
                                                                                    ACCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGC          >  SRR4302535.2911632/1‑94 (MQ=60)
                                                                                     CCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCA         <  SRR4302535.1169762/94‑1 (MQ=60)
                                                                                     CCTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCA         <  SRR4302535.2980441/94‑1 (MQ=60)
                                                                                      CTGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGGCGCAA        >  SRR4302535.43967/1‑94 (MQ=60)
                                                                                       TGATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAAT       <  SRR4302535.1624312/94‑1 (MQ=60)
                                                                                        GATGGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATT      <  SRR4302535.1188409/94‑1 (MQ=60)
                                                                                        GATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTTCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATT      <  SRR4302535.1989479/94‑1 (MQ=60)
                                                                                        GATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATT      >  SRR4302535.562937/1‑94 (MQ=60)
                                                                                         ATCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTA     <  SRR4302535.3733550/94‑1 (MQ=60)
                                                                                          TCGCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTAT    <  SRR4302535.884600/94‑1 (MQ=60)
                                                                                            GCTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGC  <  SRR4302535.3035680/94‑1 (MQ=60)
                                                                                             |                                                                                            
CCTGGATGCCGATGCTGTTTGCTGACCTCGGTTGTATCCTCGGTGGTTACCTGCCGCCGCTGTTCCAGCGTTGGTTTGGTGTGAACCTGATCGTTTCCCGTAAGATGGTCGTAACGCTGGGTGCAGTGCTGATGATTGGCCCGGGTATGATCGGCCTGTTCACCAACCCGTATGTCGCAATTATGC  >  NC_000913/3243669‑3243854

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑