Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,463,677 |
C→T |
G166G (GGC→GGT) |
hofD → |
leader peptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,463,677 | 0 | C | T | 99.4%
| 1089.6
/ NA
| 314 | G166G (GGC→GGT) | hofD | leader peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (152/158); minor base G (2/0); total (155/159) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
GGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCA > NC_000913/3463587‑3463766
|
ggTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGgtgc < 1:6396801/93‑1 (MQ=255)
tGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAATTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCAt < 1:7084607/93‑1 (MQ=255)
gCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATg < 1:4775073/93‑1 (MQ=255)
gCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATg > 2:3425728/1‑93 (MQ=255)
tgtgGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATggg > 2:7190575/1‑92 (MQ=255)
tgtgGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGgt > 1:1817196/1‑93 (MQ=255)
ggtgTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGtgtg > 2:5449407/1‑93 (MQ=255)
ggtgTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGtgtg < 2:6330760/93‑1 (MQ=255)
tgtgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggc > 1:7649197/1‑93 (MQ=255)
tgtgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggc > 1:7502271/1‑93 (MQ=255)
tgtgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggc > 2:7337831/1‑93 (MQ=255)
tgtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggctg < 1:5419880/93‑1 (MQ=255)
gtTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGtggctgg > 2:4112983/1‑93 (MQ=255)
ttACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCa < 1:1239044/93‑1 (MQ=255)
aCTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCaaa < 1:1570630/93‑1 (MQ=255)
aCTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCaaa < 1:5106535/93‑1 (MQ=255)
tGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGGAAACg > 2:4712123/1‑93 (MQ=255)
tGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACg < 1:3392483/93‑1 (MQ=255)
gggCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGtt < 1:2823291/93‑1 (MQ=255)
gggCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGtt < 1:5655846/93‑1 (MQ=255)
gCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCGAACGTTGc > 2:2282491/1‑93 (MQ=255)
cGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGcc < 2:1459825/93‑1 (MQ=255)
cGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGcc > 2:497390/1‑93 (MQ=255)
tCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAAAGTTGccca > 2:4615581/1‑91 (MQ=255)
tCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGGGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCaa > 1:3176250/1‑93 (MQ=255)
ggTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGa > 1:498193/1‑93 (MQ=255)
ggTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGa < 1:2368871/93‑1 (MQ=255)
ttAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATa < 2:5688671/93‑1 (MQ=255)
tAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTTCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAc < 2:3113631/93‑1 (MQ=255)
tAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAc > 1:4265431/1‑93 (MQ=255)
tAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAc > 1:3917751/1‑93 (MQ=255)
tAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAc < 2:6102366/93‑1 (MQ=255)
tAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAc > 1:7248558/1‑93 (MQ=255)
tAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAc < 2:5119315/93‑1 (MQ=255)
aGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGGTGCCCATGATAct > 2:1631633/1‑93 (MQ=255)
gTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATActg < 1:5928621/93‑1 (MQ=255)
gTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATActg > 1:4409645/1‑93 (MQ=255)
gTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGa < 2:2104723/93‑1 (MQ=255)
gTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGa < 1:5569351/93‑1 (MQ=255)
tCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGAt > 2:3252123/1‑93 (MQ=255)
tCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGGTGCCAATGATACTGCTGAt > 1:7395564/1‑93 (MQ=255)
cacaAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGAtt < 1:3116096/93‑1 (MQ=255)
cacaAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGAtt < 1:3609330/93‑1 (MQ=255)
cacaAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGAtt < 2:371626/93‑1 (MQ=255)
acaAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTg > 1:1303482/1‑93 (MQ=255)
caAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGc < 1:3208647/93‑1 (MQ=255)
aaGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCt > 2:6954641/1‑93 (MQ=255)
aaGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCt > 1:372695/1‑93 (MQ=255)
agagGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTc > 2:128713/1‑93 (MQ=255)
gagGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCg > 2:5098852/1‑93 (MQ=255)
gATTGGGCTACGGTGATTTCAAGTTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGAAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTgg < 1:701147/93‑1 (MQ=255)
aTTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCCCGCTggg > 1:5716742/1‑93 (MQ=255)
ttGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCCATGATACTGCTGATTGCCTCGCTgggg > 2:3557240/1‑92 (MQ=255)
ttGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGt < 2:6663938/93‑1 (MQ=255)
gggCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTgggggg > 2:852855/1‑93 (MQ=255)
ggCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGc < 1:5299207/93‑1 (MQ=255)
tACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCAtt > 1:4121378/1‑93 (MQ=255)
aCGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGGAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGTATTg > 1:6316826/1‑93 (MQ=255)
aCGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTg < 1:6626723/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTg < 1:811694/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTg > 1:2897288/1‑93 (MQ=255)
aCGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTg < 2:1851203/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTg > 2:2974382/1‑93 (MQ=255)
gTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGtt < 2:4586651/93‑1 (MQ=255)
tGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTa > 1:5244850/1‑93 (MQ=255)
tGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTa < 2:7872033/93‑1 (MQ=255)
gATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTAc > 2:3304973/1‑93 (MQ=255)
gATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTAc < 2:6723107/93‑1 (MQ=255)
gATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTAc > 1:2917830/1‑93 (MQ=255)
aTTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACg > 1:1349622/1‑93 (MQ=255)
ttCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGcc < 2:7604147/93‑1 (MQ=255)
tCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCa < 2:6526505/93‑1 (MQ=255)
tCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCa > 2:638332/1‑93 (MQ=255)
tCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCa > 2:767044/1‑93 (MQ=255)
cAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCAt < 2:5988226/93‑1 (MQ=255)
cAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCAt < 2:2373141/93‑1 (MQ=255)
aaGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATc > 2:2602916/1‑93 (MQ=255)
aaGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATc < 2:1314182/93‑1 (MQ=255)
aaGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATc > 2:4301612/1‑93 (MQ=255)
aaGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATc > 1:2290162/1‑93 (MQ=255)
gCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGt < 2:5613234/93‑1 (MQ=255)
acTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGt < 2:1799604/92‑1 (MQ=255)
tACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGttt < 1:948532/93‑1 (MQ=255)
aCTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTc > 2:2453405/1‑93 (MQ=255)
tGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTcac > 2:5942306/1‑93 (MQ=255)
aggCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTcac > 1:2744988/2‑93 (MQ=255)
ggCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTcaca < 2:1918188/93‑1 (MQ=255)
gCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACaa < 2:7437972/93‑1 (MQ=255)
gCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACaa < 1:3696192/93‑1 (MQ=255)
ccGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAAc > 1:5853688/1‑93 (MQ=255)
gCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACtt < 2:1107938/93‑1 (MQ=255)
cTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTc < 2:7741600/93‑1 (MQ=255)
tGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCt < 2:5852218/93‑1 (MQ=255)
gCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGtt < 2:6806393/81‑1 (MQ=255)
gCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCtc > 1:6715864/1‑92 (MQ=255)
gCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTg > 1:1455666/1‑93 (MQ=255)
cAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGc > 2:281329/1‑93 (MQ=255)
cAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGc < 2:533237/93‑1 (MQ=255)
aGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCa < 2:5782592/93‑1 (MQ=255)
aGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCa > 2:4395599/1‑93 (MQ=255)
|
GGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCA > NC_000913/3463587‑3463766
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGGGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAACGC > NC_000913/3463584‑3463770
|
TGGGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGT > SRR4302543.1785503/1‑94 (MQ=60)
GGGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTG < SRR4302543.1623760/94‑1 (MQ=60)
GGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGC > SRR4302543.2031737/1‑94 (MQ=60)
GGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCA < SRR4302543.6457020/94‑1 (MQ=60)
TGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATG < SRR4302543.7153411/94‑1 (MQ=60)
TGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATG < SRR4302543.3740773/94‑1 (MQ=60)
TGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAATTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATG < SRR4302543.7153410/94‑1 (MQ=60)
GCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGG < SRR4302543.4818717/94‑1 (MQ=60)
CTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGT < SRR4302543.4119457/94‑1 (MQ=60)
CTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGT > SRR4302543.1833495/1‑94 (MQ=60)
TGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTG < SRR4302543.4549735/94‑1 (MQ=60)
TGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTG > SRR4302543.960897/1‑94 (MQ=60)
GGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGG < SRR4302543.3349232/94‑1 (MQ=60)
GTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGC > SRR4302543.5473646/1‑94 (MQ=60)
GTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGC > SRR4302543.7721723/1‑94 (MQ=60)
GTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGC > SRR4302543.7574000/1‑94 (MQ=60)
TGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCT < SRR4302543.587088/94‑1 (MQ=60)
TGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCT > SRR4302543.2983712/1‑94 (MQ=60)
GTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTG < SRR4302543.6397940/94‑1 (MQ=60)
GTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTG > SRR4302543.2884442/1‑94 (MQ=60)
TGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGG < SRR4302543.5469166/94‑1 (MQ=60)
TGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGG < SRR4302543.6855450/94‑1 (MQ=60)
GTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGC < SRR4302543.2683910/94‑1 (MQ=60)
TTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAA < SRR4302543.1250182/94‑1 (MQ=60)
ACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAAC < SRR4302543.2321795/94‑1 (MQ=60)
ACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAAC < SRR4302543.5152746/94‑1 (MQ=60)
ACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAAC < SRR4302543.6426962/94‑1 (MQ=60)
ACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAAC > SRR4302543.7338747/1‑94 (MQ=60)
ACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAAC < SRR4302543.1584652/94‑1 (MQ=60)
CTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACG > SRR4302543.5279848/1‑94 (MQ=60)
TGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGT < SRR4302543.3422900/94‑1 (MQ=60)
TGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGT < SRR4302543.2933834/94‑1 (MQ=60)
GGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTT < SRR4302543.369253/94‑1 (MQ=60)
GGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTT < SRR4302543.6641215/94‑1 (MQ=60)
GGGGCGGCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTT < SRR4302543.3456509/94‑1 (MQ=60)
GGGCGTCTGGTTGGTTTGTCACAAGGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTG < SRR4302543.7106416/94‑1 (MQ=60)
GGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTG < SRR4302543.5707418/94‑1 (MQ=60)
GGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTG < SRR4302543.834078/94‑1 (MQ=60)
GGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTG < SRR4302543.2849118/94‑1 (MQ=60)
GGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTG < SRR4302543.1956504/94‑1 (MQ=60)
CGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCA < SRR4302543.1734955/94‑1 (MQ=60)
GTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGGGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAA > SRR4302543.3204869/1‑94 (MQ=60)
CTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATG > SRR4302543.3313584/1‑94 (MQ=60)
CTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGAGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATG > SRR4302543.6727719/1‑94 (MQ=60)
TGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGA < SRR4302543.454088/94‑1 (MQ=60)
TGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGA > SRR4302543.502796/1‑94 (MQ=60)
GGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGAT < SRR4302543.2390341/94‑1 (MQ=60)
GGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGAT < SRR4302543.3046514/94‑1 (MQ=60)
GTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATA > SRR4302543.2791613/1‑94 (MQ=60)
GTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATA < SRR4302543.3224629/94‑1 (MQ=60)
TTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAC > SRR4302543.3952330/1‑94 (MQ=60)
TTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAC > SRR4302543.4304175/1‑94 (MQ=60)
TTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAC > SRR4302543.7318671/1‑94 (MQ=60)
TTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAC < SRR4302543.784005/94‑1 (MQ=60)
TCAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAC < SRR4302543.784006/94‑1 (MQ=60)
AGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTG < SRR4302543.5171579/94‑1 (MQ=60)
AGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTG > SRR4302543.4449615/1‑94 (MQ=60)
GTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGC < SRR4302543.5982823/94‑1 (MQ=60)
TTTGTCACAATGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCTAACGTTGCCAATGATACTGCT < SRR4302543.88057/94‑1 (MQ=60)
TTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCT < SRR4302543.2746897/94‑1 (MQ=60)
TGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGA > SRR4302543.540322/1‑94 (MQ=60)
GTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGAT < SRR4302543.344725/94‑1 (MQ=60)
GTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGAT < SRR4302543.7375071/94‑1 (MQ=60)
GTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGAT < SRR4302543.6225433/94‑1 (MQ=60)
GTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGAT < SRR4302543.5620026/94‑1 (MQ=60)
GTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGGTGCCAATGATACTGCTGAT > SRR4302543.7466585/1‑94 (MQ=60)
TCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATT < SRR4302543.6518387/94‑1 (MQ=60)
TCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATT < SRR4302543.3216706/94‑1 (MQ=60)
CACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTG > SRR4302543.1315058/1‑94 (MQ=60)
CACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTG < SRR4302543.3641169/94‑1 (MQ=60)
CACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTG < SRR4302543.1539297/94‑1 (MQ=60)
CACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTG < SRR4302543.3144123/94‑1 (MQ=60)
CACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTG < SRR4302543.2832819/94‑1 (MQ=60)
CAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCC < SRR4302543.3237606/94‑1 (MQ=60)
AAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCT > SRR4302543.376127/1‑94 (MQ=60)
AAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCT > SRR4302543.3705870/1‑94 (MQ=60)
AAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTC < SRR4302543.7240812/94‑1 (MQ=60)
AGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCG < SRR4302543.6368013/94‑1 (MQ=60)
GAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGC > SRR4302543.4274251/1‑94 (MQ=60)
AGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCT > SRR4302543.2932637/1‑94 (MQ=60)
AGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCT < SRR4302543.5729091/94‑1 (MQ=60)
GGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGG < SRR4302543.1516062/94‑1 (MQ=60)
GGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGG > SRR4302543.4858293/1‑94 (MQ=60)
GATTGGGCTACGGTGATTTCAAGTTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGAAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGG < SRR4302543.707557/94‑1 (MQ=60)
GATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGGAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGG > SRR4302543.1399047/1‑94 (MQ=60)
GATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGG > SRR4302543.2351438/1‑94 (MQ=60)
GATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGG > SRR4302543.3840212/1‑94 (MQ=60)
GATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGG > SRR4302543.3201244/1‑94 (MQ=60)
GATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGG > SRR4302543.3201243/1‑94 (MQ=60)
GATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCCCGCTGGG > SRR4302543.5768907/1‑94 (MQ=60)
TGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGG > SRR4302543.5708235/1‑94 (MQ=60)
GGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGC > SRR4302543.602276/1‑94 (MQ=60)
GGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCA < SRR4302543.5968822/94‑1 (MQ=60)
GGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCA < SRR4302543.5347041/94‑1 (MQ=60)
GGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCA > SRR4302543.5349068/1‑94 (MQ=60)
CTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATT > SRR4302543.863725/1‑94 (MQ=60)
CTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATT > SRR4302543.4158526/1‑94 (MQ=60)
CTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATT < SRR4302543.2957795/94‑1 (MQ=60)
CTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGGGGCATT > SRR4302543.4340547/1‑94 (MQ=60)
TACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGGAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGTATTG > SRR4302543.6376235/1‑94 (MQ=60)
TACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTG > SRR4302543.2923625/1‑94 (MQ=60)
TACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTG < SRR4302543.3992749/94‑1 (MQ=60)
TACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTG < SRR4302543.1764890/94‑1 (MQ=60)
ACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGG < SRR4302543.7647482/94‑1 (MQ=60)
ACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGG < SRR4302543.6689218/94‑1 (MQ=60)
ACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGG > SRR4302543.4738075/1‑94 (MQ=60)
ACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGG < SRR4302543.4819292/94‑1 (MQ=60)
ACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGG < SRR4302543.818842/94‑1 (MQ=60)
CGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGT < SRR4302543.3741019/94‑1 (MQ=60)
GTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGCTACTGCTGCTTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTC > SRR4302543.5292130/1‑94 (MQ=60)
GTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTA > SRR4302543.5292129/1‑94 (MQ=60)
TGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTAC > SRR4302543.755489/1‑94 (MQ=60)
TGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTAC > SRR4302543.2944343/1‑94 (MQ=60)
GATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACG > SRR4302543.1361699/1‑94 (MQ=60)
GATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGGGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGACACTGCTGATTGCCTCGCGGGGTGGCATTGGTTACG > SRR4302543.1361698/1‑94 (MQ=60)
TTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCC > SRR4302543.128606/1‑94 (MQ=60)
TTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGGATTGGTTACtgca > SRR4302543.5696509/1‑90 (MQ=60)
TTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCA < SRR4302543.5679627/94‑1 (MQ=60)
TCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCAT < SRR4302543.1340683/94‑1 (MQ=60)
CAAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATC > SRR4302543.2311066/1‑94 (MQ=60)
AAGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCG < SRR4302543.7127331/94‑1 (MQ=60)
AGCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGGAGTGGTTACGCCATCGT > SRR4302543.4169507/1‑94 (MQ=60)
GCTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTT < SRR4302543.3816047/94‑1 (MQ=60)
CTACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTT > SRR4302543.4349141/1‑94 (MQ=60)
TACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATTCTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTC < SRR4302543.5553876/94‑1 (MQ=60)
TACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTC < SRR4302543.956816/94‑1 (MQ=60)
ACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCA < SRR4302543.2882729/94‑1 (MQ=60)
ACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCA < SRR4302543.7700121/94‑1 (MQ=60)
ACTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCA > SRR4302543.1365446/1‑94 (MQ=60)
CTGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCAC > SRR4302543.372236/1‑94 (MQ=60)
CAGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCAC > SRR4302543.2769943/1‑94 (MQ=60)
TGGCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACA > SRR4302543.5072978/1‑94 (MQ=60)
GCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAAC < SRR4302543.3728689/94‑1 (MQ=60)
GCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAAC < SRR4302543.5978493/94‑1 (MQ=60)
GCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAAC > SRR4302543.5906960/1‑94 (MQ=60)
GCCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGGGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAAC > SRR4302543.5906959/1‑94 (MQ=60)
GCGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACT < SRR4302543.2169765/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTT > SRR4302543.1256336/1‑94 (MQ=60)
CGCTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTAAGCCATCGTTTCACAACTT > SRR4302543.5089661/1‑94 (MQ=60)
CTGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCT > SRR4302543.5314726/1‑94 (MQ=60)
TGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCTAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCTTCGCTGGGTGTTATTGGTTACGCCTTCGTTTCACAACTTTTG > SRR4302543.7098126/1‑94 (MQ=60)
TGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTagagtggagat > SRR4302543.6870660/1‑83 (MQ=60)
TGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTG > SRR4302543.1468805/1‑94 (MQ=60)
TGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTC > SRR4302543.6779339/1‑94 (MQ=60)
TGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTCGTTACGCCATCGGTTCAAAACTTCTG > SRR4302543.7469839/1‑94 (MQ=60)
TGCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATAATGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCCCAACTTCTG > SRR4302543.6779338/1‑94 (MQ=60)
GCAGGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGC > SRR4302543.989833/1‑94 (MQ=60)
GGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAAC < SRR4302543.5806124/94‑1 (MQ=60)
GGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAAC < SRR4302543.5331670/94‑1 (MQ=60)
GGTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAAC < SRR4302543.3682314/94‑1 (MQ=60)
GTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAACG < SRR4302543.661835/94‑1 (MQ=60)
GTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAACG > SRR4302543.5290160/1‑94 (MQ=60)
GTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAACG > SRR4302543.5290159/1‑94 (MQ=60)
GTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAACG > SRR4302543.2761929/1‑94 (MQ=60)
GTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAACG > SRR4302543.1269485/1‑94 (MQ=60)
GTGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAACG > SRR4302543.1110522/1‑94 (MQ=60)
TGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAACGC > SRR4302543.4679571/1‑94 (MQ=60)
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TGGGGTGCTGTGGTGTGTTTACTGGGGCGTCTGGTTAGTTTGTCACAAAGAGGGATTGGGCTACGGTGATTTCAAGCTACTGGCCGCTGCAGGCGCATGGTGTGGCTGGCAAACGTTGCCAATGATACTGCTGATTGCCTCGCTGGGTGGCATTGGTTACGCCATCGTTTCACAACTTCTGCAACGC > NC_000913/3463584‑3463770
|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
