Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,609,699 |
A→G |
V68V (GTA→GTG) |
b3474 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,609,699 | 0 | A | G | 99.4%
| 966.2
/ ‑3.9
| 309 | V68V (GTA→GTG) | b3474 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (164/143); total (166/143) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.59e-01 |
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
ACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAA > NC_000913/3609609‑3609788
|
tcTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGgt < 2:1630335/92‑1 (MQ=255)
cTGGCGCTTTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTgtggtg < 1:2613054/93‑1 (MQ=255)
cTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTgtggtg < 1:2302543/93‑1 (MQ=255)
cTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGACCCGTTGCCATTACGATTgtggtg > 1:7078469/1‑93 (MQ=255)
ggCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGtggtggg > 1:7761055/1‑92 (MQ=255)
ggCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTggtggt < 2:1076420/93‑1 (MQ=255)
cgcTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGtggtggtgg < 2:4869355/93‑1 (MQ=255)
cTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTgtggtggtggtg > 1:7387337/1‑93 (MQ=255)
tGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGa > 1:4741112/1‑93 (MQ=255)
tGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGa < 1:1943722/93‑1 (MQ=255)
tGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGa > 1:141755/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGAt > 1:7227450/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGGGGTGCTGAt > 1:2060185/1‑93 (MQ=255)
gCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATc < 1:672501/93‑1 (MQ=255)
aTCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTTCGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGcc > 2:6638635/1‑92 (MQ=255)
aTCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCa > 2:3911897/1‑93 (MQ=255)
aTCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCa > 1:1223119/1‑93 (MQ=255)
tCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGGCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCAc < 2:4534793/93‑1 (MQ=255)
cGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACt < 1:4922524/93‑1 (MQ=255)
tCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGTGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTaa > 2:7689369/1‑93 (MQ=255)
tCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGGACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGTTGATGGCACTac > 1:5545409/1‑92 (MQ=255)
ccTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAAc < 1:1136724/93‑1 (MQ=255)
ccTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAAc < 2:5732332/93‑1 (MQ=255)
cTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTTCGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAAcc < 2:5071346/93‑1 (MQ=255)
cTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAAcc > 2:1560998/1‑93 (MQ=255)
tCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTTGCGATGCTGATCGCCCTAAccc > 2:4236317/1‑92 (MQ=255)
tCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACcg > 2:7399207/1‑93 (MQ=255)
cAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACcgc > 1:2104575/1‑93 (MQ=255)
aCCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCgcgc < 2:3329937/93‑1 (MQ=255)
aCCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCgcgc > 2:4966997/1‑93 (MQ=255)
aCCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCgcgc < 1:6259000/93‑1 (MQ=255)
cccGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCt > 1:2671803/1‑93 (MQ=255)
cccGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGGGATGCTGATCGCACTAACCGCGCt > 2:4667251/1‑93 (MQ=255)
ccGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTg < 2:4342311/93‑1 (MQ=255)
cGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTgg < 2:1714381/93‑1 (MQ=255)
cGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTgg > 2:590879/1‑93 (MQ=255)
gCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGt < 2:5771492/93‑1 (MQ=255)
cTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTc < 1:443107/93‑1 (MQ=255)
cTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTc < 1:6135293/93‑1 (MQ=255)
cGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCgg < 2:5223045/93‑1 (MQ=255)
cGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCgg > 1:2031392/1‑93 (MQ=255)
gTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGc < 1:4839703/93‑1 (MQ=255)
gTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGc < 1:7650733/93‑1 (MQ=255)
gTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGAGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGc > 1:6406832/1‑93 (MQ=255)
tCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCg > 1:4156614/1‑93 (MQ=255)
cccTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTa < 1:7125760/92‑1 (MQ=255)
aCCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTa > 2:3640177/1‑93 (MQ=255)
aCCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTa > 1:3480900/1‑93 (MQ=255)
ccTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTAc < 1:1661148/93‑1 (MQ=255)
cTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACt > 1:7899719/1‑93 (MQ=255)
tGGTTTAGTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTg < 1:5149796/93‑1 (MQ=255)
ggTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTgg < 2:2928583/93‑1 (MQ=255)
ggTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTgg > 2:1132662/1‑93 (MQ=255)
tttATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTggcg < 2:6790524/93‑1 (MQ=255)
tttATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTggcg > 1:4470366/1‑93 (MQ=255)
ttCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAt < 2:5125000/93‑1 (MQ=255)
ttCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAt < 2:3436040/93‑1 (MQ=255)
ttCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAt < 1:3832964/93‑1 (MQ=255)
cgtcgGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCg < 2:2574207/93‑1 (MQ=255)
gtcgGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGt < 1:4522397/93‑1 (MQ=255)
gtcgGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGt > 1:1380109/1‑93 (MQ=255)
tcgGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGtt < 1:5714199/93‑1 (MQ=255)
ggggAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTa > 1:519687/1‑93 (MQ=255)
ggggAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTa < 2:2718451/93‑1 (MQ=255)
ggggAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTa > 2:3181007/1‑93 (MQ=255)
ggtgTACAACGCCCCGGTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGGACTGGCGGCATCGTTTAAc > 2:7025540/4‑93 (MQ=255)
ggAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAAc > 1:5088986/1‑93 (MQ=255)
gAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACg > 2:6424935/1‑93 (MQ=255)
gAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACg < 2:1889959/93‑1 (MQ=255)
aGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGa > 2:7336894/1‑93 (MQ=255)
gTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGaa > 2:2232339/1‑93 (MQ=255)
gTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGaa > 1:3579343/1‑93 (MQ=255)
gTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGaa > 2:3950887/1‑93 (MQ=255)
tACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAAt < 2:6114921/93‑1 (MQ=255)
tACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAAt < 1:2968819/93‑1 (MQ=255)
aCAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAAtt < 1:2468660/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTa > 2:7315967/1‑93 (MQ=255)
aaCACCCCGTTGCCATTACTATGGTTGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTa < 2:6322204/93‑1 (MQ=255)
cGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTAtc < 1:2358545/93‑1 (MQ=255)
cGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTAtc < 1:2832147/93‑1 (MQ=255)
cGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTAtc < 1:1617395/93‑1 (MQ=255)
cGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTAtc < 2:5508309/93‑1 (MQ=255)
ccccGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTAtctc > 1:6039810/1‑93 (MQ=255)
cccGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATctct < 1:4246177/93‑1 (MQ=255)
ccGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTa < 1:5816218/93‑1 (MQ=255)
ccGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTa > 1:4386388/1‑93 (MQ=255)
ccGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTa < 2:2170233/93‑1 (MQ=255)
ccGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTa < 1:1809177/93‑1 (MQ=255)
cGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAt > 2:1775328/1‑93 (MQ=255)
cGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAt < 2:7467449/93‑1 (MQ=255)
ttGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAtgc > 1:4642565/1‑93 (MQ=255)
tGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAtgct > 1:6862904/1‑93 (MQ=255)
gCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAtgctg > 1:3194727/1‑93 (MQ=255)
cATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGcc < 1:4560339/93‑1 (MQ=255)
ttACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGa > 1:4009865/1‑93 (MQ=255)
ttACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGa > 2:2415145/1‑93 (MQ=255)
ttACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGCTTAACGCATTTATCTCTATGCTGCCGa > 1:5902051/1‑93 (MQ=255)
cGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGt > 2:5414512/1‑93 (MQ=255)
aTTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGttt < 2:3558237/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTtaa < 1:2245247/93‑1 (MQ=255)
|
ACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAA > NC_000913/3609609‑3609788
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 209 total aligned reads displayed.
GTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAG > NC_000913/3609606‑3609792
|
GTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTG > SRR4302543.6359028/1‑94 (MQ=60)
GTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTG < SRR4302543.4128399/94‑1 (MQ=60)
TACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGT > SRR4302543.4681888/1‑94 (MQ=60)
TCTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTG < SRR4302543.3982382/94‑1 (MQ=60)
ACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTG > SRR4302543.7147209/1‑94 (MQ=60)
ACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGACCCGTTGCCATTACGATTGTGGTG > SRR4302543.7147208/1‑94 (MQ=60)
CTGGCGCTTTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGG < SRR4302543.2636758/94‑1 (MQ=60)
CTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGG > SRR4302543.4751411/1‑94 (MQ=60)
CTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGG > SRR4302543.4489181/1‑94 (MQ=60)
CTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGG > SRR4302543.4489182/1‑94 (MQ=60)
CTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGG < SRR4302543.2323521/94‑1 (MQ=60)
CTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGG < SRR4302543.1509113/94‑1 (MQ=60)
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GTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTT < SRR4302543.4563529/94‑1 (MQ=60)
TCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTT < SRR4302543.5766336/94‑1 (MQ=60)
CGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTA < SRR4302543.451492/94‑1 (MQ=60)
CGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTA < SRR4302543.6121569/94‑1 (MQ=60)
CGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTA > SRR4302543.524511/1‑94 (MQ=60)
CGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTA > SRR4302543.5262175/1‑94 (MQ=60)
GGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAAC < SRR4302543.7298876/94‑1 (MQ=60)
GGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAAC > SRR4302543.5135106/1‑94 (MQ=60)
GGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAAC > SRR4302543.6154677/1‑94 (MQ=60)
GAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGA > SRR4302543.6560795/1‑94 (MQ=60)
GAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGA < SRR4302543.227764/94‑1 (MQ=60)
AGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAA > SRR4302543.3610964/1‑94 (MQ=60)
AGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGCGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTGTAACGAA > SRR4302543.7194555/1‑94 (MQ=60)
TACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATT < SRR4302543.7410026/94‑1 (MQ=60)
TACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATT < SRR4302543.2995780/94‑1 (MQ=60)
TACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATT > SRR4302543.2475933/1‑94 (MQ=60)
ACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTT < SRR4302543.3622654/94‑1 (MQ=60)
ACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTT < SRR4302543.2490941/94‑1 (MQ=60)
CAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTA > SRR4302543.7202030/1‑94 (MQ=60)
AACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTAT > SRR4302543.5804019/1‑94 (MQ=60)
AACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTAT < SRR4302543.5220394/94‑1 (MQ=60)
AACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTAT > SRR4302543.4234308/1‑94 (MQ=60)
CGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCT > SRR4302543.1187155/1‑94 (MQ=60)
CGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCT < SRR4302543.2858055/94‑1 (MQ=60)
CGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCT > SRR4302543.4061513/1‑94 (MQ=60)
CGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCT > SRR4302543.4430290/1‑94 (MQ=60)
CGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCT > SRR4302543.2563617/1‑94 (MQ=60)
CGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCT < SRR4302543.1631808/94‑1 (MQ=60)
CGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCT < SRR4302543.2379932/94‑1 (MQ=60)
CGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCT > SRR4302543.5842750/1‑94 (MQ=60)
CGCCCCGTCGCCATTACGATTGTGGTGCTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCT < SRR4302543.2089254/94‑1 (MQ=60)
CGCCCCGGTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCT < SRR4302543.2057891/94‑1 (MQ=60)
GCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTATCCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTC < SRR4302543.4514555/94‑1 (MQ=60)
GCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTC > SRR4302543.1269754/1‑94 (MQ=60)
GCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTC > SRR4302543.6096979/1‑94 (MQ=60)
CCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCT < SRR4302543.5973877/94‑1 (MQ=60)
CCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGGTTAACGAATTTATCTCT > SRR4302543.5203549/1‑94 (MQ=60)
CCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTA > SRR4302543.4426157/1‑94 (MQ=60)
CCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTA > SRR4302543.4324713/1‑94 (MQ=60)
CCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAT < SRR4302543.1825380/94‑1 (MQ=60)
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CCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAT < SRR4302543.1416362/94‑1 (MQ=60)
CCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAT > SRR4302543.1779801/1‑94 (MQ=60)
CCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAT < SRR4302543.2694419/94‑1 (MQ=60)
CCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAT < SRR4302543.725404/94‑1 (MQ=60)
CCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAT < SRR4302543.5869110/94‑1 (MQ=60)
GTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGC > SRR4302543.4684799/1‑94 (MQ=60)
TTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCT > SRR4302543.6927571/1‑94 (MQ=60)
TGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTG > SRR4302543.3526439/1‑94 (MQ=60)
TGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTG > SRR4302543.3223529/1‑94 (MQ=60)
TGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTG > SRR4302543.6437078/1‑94 (MQ=60)
CCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCC < SRR4302543.76164/94‑1 (MQ=60)
CATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCG > SRR4302543.4569627/1‑94 (MQ=60)
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CATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCG > SRR4302543.7807586/1‑94 (MQ=60)
ATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGA > SRR4302543.4045665/1‑94 (MQ=60)
ATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGA > SRR4302543.5955896/1‑94 (MQ=60)
ATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGCTTAACGCATTTATCTCTATGCTGCCGA > SRR4302543.5955900/1‑94 (MQ=60)
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CGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTT > SRR4302543.5925125/1‑94 (MQ=60)
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ATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTA > SRR4302543.6279453/1‑94 (MQ=60)
TGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAAT > SRR4302543.5122544/1‑94 (MQ=60)
TGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAAT < SRR4302543.2265621/94‑1 (MQ=60)
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TGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAA < SRR4302543.6002864/94‑1 (MQ=60)
GGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAG < SRR4302543.7596287/94‑1 (MQ=60)
|
GTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAG > NC_000913/3609606‑3609792
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
