Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,609,699 |
A→G |
V68V (GTA→GTG) |
b3474 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,609,699 | 0 | A | G | 100.0%
| 547.2
/ NA
| 172 | V68V (GTA→GTG) | b3474 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (92/80); total (92/80) |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
ACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAA > NC_000913/3609609‑3609788
|
tcTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGgt < 2:1034855/92‑1 (MQ=255)
aCTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGgt > 1:3466574/1‑93 (MQ=255)
cTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCACCGTTGCCATTACGATTgtggtg > 2:4254867/1‑93 (MQ=255)
ggCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTggtggt < 2:1947888/93‑1 (MQ=255)
gcgcTTTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTCTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTgtggtggtg < 1:607031/93‑1 (MQ=255)
cgcTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGtggtggtgg < 2:2972949/93‑1 (MQ=255)
gcTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTggtggtggt > 1:1860765/1‑93 (MQ=255)
cTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTgtggtggtggtg < 1:302561/93‑1 (MQ=255)
cTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTgtggtggtggtg < 2:3952954/93‑1 (MQ=255)
tGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGa < 1:3369389/93‑1 (MQ=255)
tttttttGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGAt < 2:3543663/92‑1 (MQ=255)
gTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGAt > 1:1769237/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGAt < 2:615689/93‑1 (MQ=255)
gTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGAt > 1:2980350/1‑93 (MQ=255)
ttttttGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCGCCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATg < 2:778467/93‑1 (MQ=255)
tttttGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGc > 2:4141401/1‑93 (MQ=255)
tttttGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGc > 1:150985/1‑93 (MQ=255)
ttttGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCt < 2:2211232/93‑1 (MQ=255)
ttGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGa < 2:3796698/93‑1 (MQ=255)
gCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATc > 2:3226683/1‑93 (MQ=255)
cATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGc > 1:955557/1‑93 (MQ=255)
cATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATAGc > 1:3011439/1‑93 (MQ=255)
tCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCAc > 1:144749/1‑93 (MQ=255)
tCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCAc < 1:2366164/93‑1 (MQ=255)
cGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACt < 1:2724635/93‑1 (MQ=255)
tCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTaa > 1:4282975/1‑93 (MQ=255)
tCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTaa < 1:7717/93‑1 (MQ=255)
ccTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAAc < 1:4672978/93‑1 (MQ=255)
cTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAAcc < 1:4206288/93‑1 (MQ=255)
tCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACcg > 1:1926487/1‑93 (MQ=255)
tCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACcg > 2:2781906/1‑93 (MQ=255)
cAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACcgc > 2:3152947/1‑93 (MQ=255)
aaCCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGAGGTGATGCTGATCGCACTAACcgcg > 2:3420256/1‑93 (MQ=255)
cccGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCt > 1:919691/1‑93 (MQ=255)
ccGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTg < 2:1728310/93‑1 (MQ=255)
cGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTgg < 2:761827/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGt > 1:3517545/1‑93 (MQ=255)
cTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTc < 1:3331374/93‑1 (MQ=255)
cTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTc < 1:2069752/93‑1 (MQ=255)
tCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCg > 1:3183739/1‑93 (MQ=255)
gTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGc > 2:2551911/1‑93 (MQ=255)
gTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGc > 2:3606117/1‑93 (MQ=255)
gTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGc > 2:144982/1‑93 (MQ=255)
gTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGc > 1:3846280/1‑93 (MQ=255)
tCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCg > 1:116174/1‑93 (MQ=255)
tCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCg > 2:412265/1‑93 (MQ=255)
cACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGt > 2:1959672/1‑93 (MQ=255)
aCCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATTGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTa > 1:3824967/1‑93 (MQ=255)
aCCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTa > 2:56860/1‑93 (MQ=255)
aCCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTa > 1:3833621/1‑93 (MQ=255)
ccTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTAc < 1:4321056/93‑1 (MQ=255)
ccTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTAc < 2:1203285/93‑1 (MQ=255)
cttgTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGACCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACt < 1:663504/90‑1 (MQ=255)
cTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACt < 1:140389/93‑1 (MQ=255)
tGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTg > 1:156859/1‑93 (MQ=255)
ggTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTgg > 2:102033/1‑93 (MQ=255)
ggTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTgg < 1:2914411/93‑1 (MQ=255)
gTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTggc < 1:1433529/93‑1 (MQ=255)
ttATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTggcgg > 1:4575967/1‑93 (MQ=255)
aTTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCa < 1:3758704/93‑1 (MQ=255)
aTTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCa > 1:148652/1‑93 (MQ=255)
ttCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAt < 2:1304363/93‑1 (MQ=255)
cgtcgGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCg < 1:1049990/93‑1 (MQ=255)
cgtcgGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCg < 2:1595310/93‑1 (MQ=255)
cgtcgGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCg < 1:1962347/93‑1 (MQ=255)
gtcgGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGt < 2:2541669/93‑1 (MQ=255)
tcgGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGtt < 2:2955970/93‑1 (MQ=255)
tcgGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTAGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCGGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGtt < 2:4312706/93‑1 (MQ=255)
cgGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGttt < 2:2241480/93‑1 (MQ=255)
ggAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAAc < 1:1356465/93‑1 (MQ=255)
gAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACg < 2:4189238/93‑1 (MQ=255)
aGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGa > 2:1091356/1‑93 (MQ=255)
tACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAAt < 1:405016/93‑1 (MQ=255)
tACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAAt > 1:2397393/1‑93 (MQ=255)
aCAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAAtt > 1:1010480/1‑93 (MQ=255)
cAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAAttt < 1:4084707/93‑1 (MQ=255)
gCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTAtct < 2:720343/93‑1 (MQ=255)
ccccGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTAtctc < 2:1406112/93‑1 (MQ=255)
cccGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATctct < 2:1690858/93‑1 (MQ=255)
cccGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATctct > 2:4447897/1‑93 (MQ=255)
ccGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTa < 1:1031116/93‑1 (MQ=255)
ccGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTa < 2:2604537/93‑1 (MQ=255)
ccGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTa < 1:3851858/93‑1 (MQ=255)
cGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAt < 2:3306299/93‑1 (MQ=255)
cGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAt < 2:3698388/93‑1 (MQ=255)
cGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAt < 2:2872226/93‑1 (MQ=255)
cGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAt < 1:4231123/93‑1 (MQ=255)
gTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAtg > 1:4258029/1‑93 (MQ=255)
ttGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAtgc < 2:3775032/93‑1 (MQ=255)
ttGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAtgc > 1:2611077/1‑93 (MQ=255)
ttGCCATTACGATTGTGGTGGTGGAGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAtgc > 1:4383582/1‑93 (MQ=255)
ccATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTAtgctgc > 2:3640962/1‑93 (MQ=255)
aTTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCg > 2:3119964/1‑93 (MQ=255)
aTTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCg > 2:831242/1‑93 (MQ=255)
aCGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAGCCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAg < 1:537089/93‑1 (MQ=255)
gATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGtt > 1:3415951/1‑93 (MQ=255)
gATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGATGGCGAAGtt > 1:3084545/1‑93 (MQ=255)
aTTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGttt < 1:3927210/93‑1 (MQ=255)
ttGTGGTGGTGGTGATGCTCATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTta > 2:4561843/1‑93 (MQ=255)
tgtgGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTtaa < 1:1036345/93‑1 (MQ=255)
|
ACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAA > NC_000913/3609609‑3609788
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAG > NC_000913/3609606‑3609792
|
TTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCACAGTCCTCAACCCACTCCTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTGCGATTGTG < SRR4302535.2823574/94‑1 (MQ=60)
GTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTG > SRR4302535.2465834/1‑94 (MQ=60)
TTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGG > SRR4302535.2591255/1‑94 (MQ=60)
TACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGT > SRR4302535.3490663/1‑94 (MQ=60)
ACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTAAGATTGTGGTG > SRR4302535.3475487/1‑94 (MQ=60)
ACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTAAAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTG > SRR4302535.3083465/1‑94 (MQ=60)
GCGCTTTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTCTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGG < SRR4302535.611269/94‑1 (MQ=60)
GCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGG < SRR4302535.1969801/94‑1 (MQ=60)
CGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGT > SRR4302535.1874182/1‑94 (MQ=60)
GCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTG > SRR4302535.2971101/1‑94 (MQ=60)
CTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGA < SRR4302535.304666/94‑1 (MQ=60)
TGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGAT < SRR4302535.3392833/94‑1 (MQ=60)
TGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGAT > SRR4302535.1782065/1‑94 (MQ=60)
TGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGAT > SRR4302535.3001258/1‑94 (MQ=60)
TTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGC > SRR4302535.152043/1‑94 (MQ=60)
TTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCT < SRR4302535.1387742/94‑1 (MQ=60)
TTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCT > SRR4302535.3006258/1‑94 (MQ=60)
TTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCT > SRR4302535.2134238/1‑94 (MQ=60)
TGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATC > SRR4302535.3359663/1‑94 (MQ=60)
GCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCG < SRR4302535.1039962/94‑1 (MQ=60)
GCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCG > SRR4302535.1817506/1‑94 (MQ=60)
CCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGC > SRR4302535.962330/1‑94 (MQ=60)
CCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATAGC > SRR4302535.3032537/1‑94 (MQ=60)
CCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGGGGTGGGGATGCTGATCGC > SRR4302535.4284364/1‑94 (MQ=60)
ATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCAC > SRR4302535.145760/1‑94 (MQ=60)
TCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACT < SRR4302535.56283/94‑1 (MQ=60)
TCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACT < SRR4302535.2383150/94‑1 (MQ=60)
CGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTA < SRR4302535.2744094/94‑1 (MQ=60)
GTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAA > SRR4302535.4312277/1‑94 (MQ=60)
GTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAA > SRR4302535.4340058/1‑94 (MQ=60)
TCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAAC < SRR4302535.7777/94‑1 (MQ=60)
CCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACC < SRR4302535.4704534/94‑1 (MQ=60)
CTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCG < SRR4302535.4235073/94‑1 (MQ=60)
CTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCG > SRR4302535.1940371/1‑94 (MQ=60)
CTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCG > SRR4302535.1054522/1‑94 (MQ=60)
CTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCG > SRR4302535.4231472/1‑94 (MQ=60)
TCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGC < SRR4302535.4250007/94‑1 (MQ=60)
AACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGC > SRR4302535.332880/1‑94 (MQ=60)
ACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCT > SRR4302535.926213/1‑94 (MQ=60)
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CCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTAGAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGCGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGG > SRR4302535.1081812/1‑94 (MQ=60)
CGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACNACGCCCCGTTGCCANTANGATTGTGGTGGTGGNGATNNNGNTCGCACTAACnnnnntnnt > SRR4302535.4368790/1‑85 (MQ=60)
CGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGT > SRR4302535.3541981/1‑94 (MQ=60)
CGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGT > SRR4302535.3863562/1‑94 (MQ=60)
CGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGT > SRR4302535.3877927/1‑94 (MQ=60)
CTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCG > SRR4302535.135314/1‑94 (MQ=60)
CTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCG < SRR4302535.3354563/94‑1 (MQ=60)
CTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCG > SRR4302535.3205732/1‑94 (MQ=60)
CTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCG < SRR4302535.2084671/94‑1 (MQ=60)
CGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGC > SRR4302535.3872760/1‑94 (MQ=60)
CGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGC < SRR4302535.1462886/94‑1 (MQ=60)
GTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATGGCACTAACCGCGCTGGTCGGCG > SRR4302535.2699737/1‑94 (MQ=60)
GTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCG > SRR4302535.116992/1‑94 (MQ=60)
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TATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCA > SRR4302535.149688/1‑94 (MQ=60)
TATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCA > SRR4302535.373344/1‑94 (MQ=60)
TATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCA < SRR4302535.3036118/94‑1 (MQ=60)
tgtcggCGGGGAGTACAACGCCCCTTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAT < SRR4302535.2401692/88‑1 (MQ=60)
ATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCAT < SRR4302535.3784690/94‑1 (MQ=60)
CGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGT < SRR4302535.1057457/94‑1 (MQ=60)
CGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGT < SRR4302535.1976496/94‑1 (MQ=60)
TCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTT < SRR4302535.661612/94‑1 (MQ=60)
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GGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAA < SRR4302535.1446867/94‑1 (MQ=60)
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AACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTAT < SRR4302535.1775120/94‑1 (MQ=60)
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CCATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCC > SRR4302535.3414982/1‑94 (MQ=60)
CATTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCG > SRR4302535.4529601/1‑94 (MQ=60)
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TTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAA < SRR4302535.4288324/94‑1 (MQ=60)
TTACGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAA > SRR4302535.3497023/1‑94 (MQ=60)
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CGATTGTGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGATGGCGAAGTT > SRR4302535.3106036/1‑94 (MQ=60)
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TGGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAA < SRR4302535.1089674/94‑1 (MQ=60)
GGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAG < SRR4302535.4272700/94‑1 (MQ=60)
GGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAG < SRR4302535.811582/94‑1 (MQ=60)
|
GTTACTGGCGCTGTTTTTTGCCATCGTCCTCAACCCGCTCGTCACCTGGTTTATTCGTCGGGGAGTACAACGCCCCGTTGCCATTACGATTGTAGTGGTGGTGATGCTGATCGCACTAACCGCGCTGGTCGGCGTACTGGCGGCATCGTTTAACGAATTTATCTCTATGCTGCCGAAGTTTAATAAG > NC_000913/3609606‑3609792
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
