Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F1 I1 R1 1696 279.3 15874187 97.8% 15524954 93.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 3,904,345 T→C intergenic (‑150/+136) bglG ← / ← phoU BglG/PhoU

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009133,904,3450TC98.3% 733.2 / 0.1 238intergenic (‑150/+136)bglG/phoUBglG/PhoU
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (1/3);  new base C (55/179);  total (56/182)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01

Only 100 of 243 total aligned reads displayed.

TCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTAT  >  NC_000913/3904254‑3904434
                                                                                           |                                                                                         
tCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTg                                                                                          <  1:6223692/93‑1 (MQ=255)
    gTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCaga                                                                                      <  2:904513/93‑1 (MQ=255)
        tGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGaaa                                                                                  <  1:4460594/93‑1 (MQ=255)
         gCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGaaaa                                                                                 <  2:2739688/93‑1 (MQ=255)
          ccTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAAt                                                                                <  1:5729130/93‑1 (MQ=255)
          ccTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAAt                                                                                <  2:6166725/93‑1 (MQ=255)
           cTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATa                                                                               <  1:4907750/93‑1 (MQ=255)
            tGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATaa                                                                              >  2:6078093/1‑92 (MQ=255)
             gCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGc                                                                             <  1:2770807/93‑1 (MQ=255)
               gAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCaa                                                                           <  1:2943986/93‑1 (MQ=255)
                aaTGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAAt                                                                          >  2:6690115/1‑93 (MQ=255)
                 aTGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATg                                                                         <  2:1240249/93‑1 (MQ=255)
                  tGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATgc                                                                        <  2:3898571/93‑1 (MQ=255)
                  tGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATgc                                                                        <  2:3217824/93‑1 (MQ=255)
                  tGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGAAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATgc                                                                        <  1:53110/93‑1 (MQ=255)
                    cAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATgcgc                                                                      <  2:536717/93‑1 (MQ=255)
                    cAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATgcgc                                                                      <  2:5101553/93‑1 (MQ=255)
                       tAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTAt                                                                   <  2:7186035/93‑1 (MQ=255)
                        aaCAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTAtt                                                                  >  2:6621471/1‑93 (MQ=255)
                         aCAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTg                                                                 <  1:6416418/93‑1 (MQ=255)
                          cAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGa                                                                <  2:6942465/93‑1 (MQ=255)
                          cAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGa                                                                >  1:840374/1‑93 (MQ=255)
                           aaTCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGAt                                                               >  2:2917374/1‑93 (MQ=255)
                            aTCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATa                                                              >  1:4700026/1‑93 (MQ=255)
                               cAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATaaaa                                                           >  1:3562158/1‑93 (MQ=255)
                                aGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATaaaaa                                                          <  2:4417312/93‑1 (MQ=255)
                                  tCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAata                                                        <  1:6580324/93‑1 (MQ=255)
                                  tCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAata                                                        >  2:6427983/1‑93 (MQ=255)
                                  tCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAata                                                        >  1:6763270/1‑93 (MQ=255)
                                  tCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAata                                                        >  2:6933986/1‑93 (MQ=255)
                                  tCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAata                                                        <  2:3324019/93‑1 (MQ=255)
                                  tCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAata                                                        >  1:142978/1‑93 (MQ=255)
                                    aTTTATTAATGGTTTTTATAACGAATATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATg                                                      <  2:1472837/93‑1 (MQ=255)
                                    aTTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATg                                                      >  2:6831558/1‑93 (MQ=255)
                                     tttATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGa                                                     <  1:2498867/93‑1 (MQ=255)
                                     tttATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGa                                                     >  2:1108453/1‑93 (MQ=255)
                                     tttATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGa                                                     >  1:365133/1‑93 (MQ=255)
                                      ttattaATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGAc                                                    >  2:6422302/1‑93 (MQ=255)
                                      ttattaATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGAc                                                    <  1:2540939/93‑1 (MQ=255)
                                      ttattaATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATT‑ATAAAAATATGaac                                                   >  2:2537075/1‑91 (MQ=255)
                                        attaATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCa                                                  <  2:7546109/93‑1 (MQ=255)
                                        attaATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCa                                                  <  2:7118536/93‑1 (MQ=255)
                                        attaATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCa                                                  <  1:1511583/93‑1 (MQ=255)
                                         ttaATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCAt                                                 <  1:747031/93‑1 (MQ=255)
                                         ttaATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCAt                                                 <  1:519378/93‑1 (MQ=255)
                                          taATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATg                                                <  2:1259033/93‑1 (MQ=255)
                                            aTGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCt                                              >  2:3870110/1‑93 (MQ=255)
                                             tGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTc                                             >  1:7206963/1‑93 (MQ=255)
                                             tGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTc                                             <  1:7809315/93‑1 (MQ=255)
                                                tttttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCa                                          <  1:4569544/93‑1 (MQ=255)
                                                tttttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCa                                          <  1:1649918/93‑1 (MQ=255)
                                                 ttttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAg                                         <  1:7719574/93‑1 (MQ=255)
                                                 ttttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAg                                         <  1:7115101/93‑1 (MQ=255)
                                                 ttttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAg                                         >  1:911548/1‑93 (MQ=255)
                                                  tttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGt                                        <  2:432585/93‑1 (MQ=255)
                                                  tttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGt                                        <  1:3104034/93‑1 (MQ=255)
                                                  tttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGt                                        <  2:1707286/93‑1 (MQ=255)
                                                   ttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGtt                                       <  1:4236899/93‑1 (MQ=255)
                                                   ttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGtt                                       <  2:7241136/93‑1 (MQ=255)
                                                    tataACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGtta                                      >  1:5146790/1‑93 (MQ=255)
                                                      taACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGttatt                                    >  1:3469567/1‑93 (MQ=255)
                                                       aaCGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGttatta                                   <  2:492312/93‑1 (MQ=255)
                                                        aCGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTaa                                  <  2:1910366/93‑1 (MQ=255)
                                                         cGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAAc                                 <  1:2094521/93‑1 (MQ=255)
                                                           aaCATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACtt                               <  2:3496938/93‑1 (MQ=255)
                                                           aaCATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACtt                               <  2:3793658/93‑1 (MQ=255)
                                                            aCATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACttt                              <  1:6792947/93‑1 (MQ=255)
                                                            aCATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACttt                              <  2:7444146/93‑1 (MQ=255)
                                                             cATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTtg                             <  1:1845780/93‑1 (MQ=255)
                                                               tCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTtgtg                           <  2:403346/93‑1 (MQ=255)
                                                               tCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTtgtg                           <  1:3866619/93‑1 (MQ=255)
                                                               tCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTtgtg                           <  1:7398037/93‑1 (MQ=255)
                                                                 cAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTa                         <  1:807524/93‑1 (MQ=255)
                                                                   ggTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAAt                       <  2:5739957/93‑1 (MQ=255)
                                                                    gTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAAtt                      <  2:5262008/93‑1 (MQ=255)
                                                                    gTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAAtt                      <  1:4827882/93‑1 (MQ=255)
                                                                     ttCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAAttt                     <  2:1636466/93‑1 (MQ=255)
                                                                        ggAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAg                  >  2:1951789/1‑93 (MQ=255)
                                                                         gAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAgg                 >  2:3983499/1‑93 (MQ=255)
                                                                          aaaTTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGa                <  1:1228853/93‑1 (MQ=255)
                                                                          aaaTTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGa                <  1:1248070/93‑1 (MQ=255)
                                                                          aaaTTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGa                <  1:1548507/93‑1 (MQ=255)
                                                                           aattaattTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGaa               <  2:3590806/93‑1 (MQ=255)
                                                                            attaattTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAAt              >  2:6265574/1‑93 (MQ=255)
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                                                                                           |                                                                                         
TCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTAT  >  NC_000913/3904254‑3904434

Alignment Legend
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Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

BRESEQ :: bam2aln output
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                                                                                            |                                                                                             
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                                                 TTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAG                                             <  SRR4302543.1664678/94‑1 (MQ=60)
                                                  TTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGT                                            <  SRR4302543.7184219/94‑1 (MQ=60)
                                                  TTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGT                                            <  SRR4302543.7792574/94‑1 (MQ=60)
                                                  TTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGAACATGCTCGCAGT                                            <  SRR4302543.87687/94‑1 (MQ=60)
                                                   TTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTT                                           <  SRR4302543.3131956/94‑1 (MQ=60)
                                                   TTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTT                                           <  SRR4302543.3315649/94‑1 (MQ=60)
                                                    TTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTA                                          <  SRR4302543.4305908/94‑1 (MQ=60)
                                                    TTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTA                                          <  SRR4302543.4275334/94‑1 (MQ=60)
                                                    TTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTA                                          >  SRR4302543.5193314/1‑94 (MQ=60)
                                                      ATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATT                                        <  SRR4302543.5877229/94‑1 (MQ=60)
                                                      ATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATT                                        >  SRR4302543.3500645/1‑94 (MQ=60)
                                                       TAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTA                                       <  SRR4302543.5685552/94‑1 (MQ=60)
                                                        AACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAA                                      <  SRR4302543.5440473/94‑1 (MQ=60)
                                                         ACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAAC                                     <  SRR4302543.7358704/94‑1 (MQ=60)
                                                          CGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACT                                    <  SRR4302543.2113239/94‑1 (MQ=60)
                                                          CGAACATCCAGGCTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACT                                    <  SRR4302543.3564628/94‑1 (MQ=60)
                                                           GAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTT                                   <  SRR4302543.153400/94‑1 (MQ=60)
                                                           GAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTT                                   >  SRR4302543.2162621/1‑94 (MQ=60)
                                                             ACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTG                                 <  SRR4302543.6857095/94‑1 (MQ=60)
                                                             ACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTG                                 <  SRR4302543.5128475/94‑1 (MQ=60)
                                                             ACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTG                                 >  SRR4302543.6004336/1‑94 (MQ=60)
                                                              CATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGT                                <  SRR4302543.1328360/94‑1 (MQ=60)
                                                              CATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGT                                <  SRR4302543.1862378/94‑1 (MQ=60)
                                                              CATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGT                                <  SRR4302543.2546887/94‑1 (MQ=60)
                                                               ATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTG                               <  SRR4302543.1247900/94‑1 (MQ=60)
                                                               ATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTG                               <  SRR4302543.2601498/94‑1 (MQ=60)
                                                               ATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTG                               <  SRR4302543.723874/94‑1 (MQ=60)
                                                                TCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGT                              <  SRR4302543.7469074/94‑1 (MQ=60)
                                                                TCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGT                              <  SRR4302543.3900773/94‑1 (MQ=60)
                                                                TCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGT                              >  SRR4302543.6859860/1‑94 (MQ=60)
                                                                 CCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTA                             <  SRR4302543.6804261/94‑1 (MQ=60)
                                                                 CCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTA                             <  SRR4302543.5194781/94‑1 (MQ=60)
                                                                  CAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAA                            <  SRR4302543.814637/94‑1 (MQ=60)
                                                                   AGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCATAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAAT                           <  SRR4302543.7814499/94‑1 (MQ=60)
                                                                     GTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTT                         <  SRR4302543.4871935/94‑1 (MQ=60)
                                                                     GTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTT                         <  SRR4302543.6568342/94‑1 (MQ=60)
                                                                       TCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTA                       <  SRR4302543.5544909/94‑1 (MQ=60)
                                                                        CGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAG                      >  SRR4302543.7828938/1‑94 (MQ=60)
                                                                          GAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGA                    <  SRR4302543.494800/94‑1 (MQ=60)
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                                                                           AAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAA                   <  SRR4302543.1259272/94‑1 (MQ=60)
                                                                           AAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAA                   <  SRR4302543.1562360/94‑1 (MQ=60)
                                                                             ATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATT                 >  SRR4302543.7295550/1‑94 (MQ=60)
                                                                              TTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTT                <  SRR4302543.5917369/94‑1 (MQ=60)
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                                                                                  TTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAA            <  SRR4302543.2110752/94‑1 (MQ=60)
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                                                                                     AATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTGGCAGTTATTAACTTTTTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGT         >  SRR4302543.1684300/1‑94 (MQ=60)
                                                                                     AATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGT         <  SRR4302543.1640951/94‑1 (MQ=60)
                                                                                     AATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGT         <  SRR4302543.197828/94‑1 (MQ=60)
                                                                                     AATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGT         >  SRR4302543.2285759/1‑94 (MQ=60)
                                                                                      ATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTT        >  SRR4302543.3726043/1‑94 (MQ=60)
                                                                                       TTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTA       <  SRR4302543.3324519/94‑1 (MQ=60)
                                                                                       TTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTA       <  SRR4302543.5099751/94‑1 (MQ=60)
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                                                                                         GCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATA     <  SRR4302543.1033065/94‑1 (MQ=60)
                                                                                         GCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATA     <  SRR4302543.767993/94‑1 (MQ=60)
                                                                                         GCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATA     <  SRR4302543.7487147/94‑1 (MQ=60)
                                                                                         GCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATA     <  SRR4302543.5621818/94‑1 (MQ=60)
                                                                                          CGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATAT    <  SRR4302543.5805784/94‑1 (MQ=60)
                                                                                            CGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATAT  <  SRR4302543.3605334/94‑1 (MQ=60)
                                                                                            |                                                                                             
GTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATAT  >  NC_000913/3904253‑3904438

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑