Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F1 I2 R1 1873 183.1 9376148 98.2% 9207377 93.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 3,904,345 T→C intergenic (‑150/+136) bglG ← / ← phoU BglG/PhoU

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009133,904,3450TC100.0% 453.4 / NA 142intergenic (‑150/+136)bglG/phoUBglG/PhoU
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (29/113);  total (29/113)

Only 100 of 146 total aligned reads displayed.

CAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTAT  >  NC_000913/3904255‑3904434
                                                                                          |                                                                                         
 aGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCa                                                                                        >  1:1416932/1‑93 (MQ=255)
  ggTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCag                                                                                       >  1:1346619/1‑93 (MQ=255)
     tttGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAgaga                                                                                    <  1:1587426/93‑1 (MQ=255)
     tttGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAgaga                                                                                    <  2:2970131/93‑1 (MQ=255)
       tGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGaaa                                                                                  <  2:3174562/93‑1 (MQ=255)
        gCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGaaaa                                                                                 <  2:4439573/93‑1 (MQ=255)
         ccTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAAt                                                                                <  2:1457841/93‑1 (MQ=255)
         ccTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAAt                                                                                <  1:1790111/93‑1 (MQ=255)
          cTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATa                                                                               <  1:3543474/93‑1 (MQ=255)
          cTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATa                                                                               <  2:1162149/93‑1 (MQ=255)
          cTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATa                                                                               >  2:4356090/1‑93 (MQ=255)
           tGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAg                                                                              >  2:4342318/1‑93 (MQ=255)
            gCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGc                                                                             <  2:3278685/93‑1 (MQ=255)
              gAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCaa                                                                           <  1:3429508/93‑1 (MQ=255)
               aaTGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAAt                                                                          <  1:3740134/93‑1 (MQ=255)
               aaTGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAAt                                                                          <  2:2813227/93‑1 (MQ=255)
                aTGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATg                                                                         >  2:3650055/1‑93 (MQ=255)
                aTGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATg                                                                         >  2:4023293/1‑93 (MQ=255)
                 tGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATgc                                                                        <  2:4650296/93‑1 (MQ=255)
                 tGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATgc                                                                        <  1:1251915/93‑1 (MQ=255)
                 tGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATgc                                                                        <  1:985896/93‑1 (MQ=255)
                 tGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATgc                                                                        <  1:4295242/93‑1 (MQ=255)
                 tGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATgc                                                                        >  2:2771461/1‑93 (MQ=255)
                  gCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATgcg                                                                       >  1:1002267/1‑93 (MQ=255)
                   cAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATgcgc                                                                      <  2:3068804/93‑1 (MQ=255)
                   cAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATgcgc                                                                      <  1:3886311/93‑1 (MQ=255)
                   cAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATgcgc                                                                      <  1:323226/93‑1 (MQ=255)
                     gTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTa                                                                    <  2:2128454/93‑1 (MQ=255)
                      tAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTAt                                                                   <  2:339593/93‑1 (MQ=255)
                        aCAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTg                                                                 >  1:2468569/1‑93 (MQ=255)
                             ccAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATaaa                                                            <  1:3084345/93‑1 (MQ=255)
                             ccAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATaaa                                                            <  2:398852/93‑1 (MQ=255)
                                  cATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAatat                                                       <  1:3971954/93‑1 (MQ=255)
                                  cATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAatat                                                       >  1:3028232/1‑93 (MQ=255)
                                   aTTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATg                                                      >  2:4194500/1‑93 (MQ=255)
                                    tttATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGa                                                     <  1:3475012/93‑1 (MQ=255)
                                    tttATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGa                                                     <  1:2719682/93‑1 (MQ=255)
                                    tttATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGa                                                     <  1:4450221/93‑1 (MQ=255)
                                    tttATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGa                                                     <  1:4483278/93‑1 (MQ=255)
                                    tttATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGa                                                     >  1:460897/1‑93 (MQ=255)
                                     ttattaATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGAc                                                    <  1:683823/93‑1 (MQ=255)
                                      tattaATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGAcc                                                   >  2:1989284/1‑93 (MQ=255)
                                       attaATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCa                                                  >  2:492526/1‑93 (MQ=255)
                                       attaATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCa                                                  <  1:868120/93‑1 (MQ=255)
                                       attaATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCa                                                  <  1:4658709/93‑1 (MQ=255)
                                         taATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATg                                                <  2:4180151/93‑1 (MQ=255)
                                         taATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATg                                                >  2:2710509/1‑93 (MQ=255)
                                          aaTGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGc                                               <  2:1823791/93‑1 (MQ=255)
                                           aTGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCt                                              <  1:2047959/93‑1 (MQ=255)
                                           aTGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCt                                              >  1:2557360/1‑93 (MQ=255)
                                                ttttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAg                                         >  1:1504482/1‑93 (MQ=255)
                                                 tttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGt                                        <  1:3621826/93‑1 (MQ=255)
                                                 tttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGt                                        <  1:1088789/93‑1 (MQ=255)
                                                 tttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGt                                        >  2:4136308/1‑93 (MQ=255)
                                                 tttATAACGAACATCCAGGTGCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGt                                        <  1:4314017/93‑1 (MQ=255)
                                                  ttATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCGATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGtt                                       >  1:2220823/1‑93 (MQ=255)
                                                   tataACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGtta                                      <  1:3292182/93‑1 (MQ=255)
                                                      aaCGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGttatta                                   <  1:567369/93‑1 (MQ=255)
                                                       aCGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTaa                                  <  2:3498406/93‑1 (MQ=255)
                                                         gAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACt                                >  2:2547156/1‑93 (MQ=255)
                                                         caaCATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACt                                <  2:3745740/92‑1 (MQ=255)
                                                          aaCATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACtt                               <  1:600555/93‑1 (MQ=255)
                                                          aaCATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACtt                               <  1:2660858/93‑1 (MQ=255)
                                                          aaCATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACtt                               <  2:4274889/93‑1 (MQ=255)
                                                          aaCATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACtt                               <  2:111312/93‑1 (MQ=255)
                                                            cATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTtg                             <  2:1773608/93‑1 (MQ=255)
                                                             aTCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTtgt                            <  2:121851/93‑1 (MQ=255)
                                                             aTCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTtgt                            <  2:121842/93‑1 (MQ=255)
                                                               ccAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTgtgt                          <  1:2883812/93‑1 (MQ=255)
                                                                cAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTa                         <  2:4286807/93‑1 (MQ=255)
                                                                 aGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTaa                        <  1:1069994/93‑1 (MQ=255)
                                                                 aGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTaa                        <  1:1972922/93‑1 (MQ=255)
                                                                  ggTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAAt                       <  1:3899628/93‑1 (MQ=255)
                                                                  ggTTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAAt                       <  2:2712988/93‑1 (MQ=255)
                                                                    ttCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAAttt                     <  1:1219816/93‑1 (MQ=255)
                                                                    ttCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAAttt                     <  1:174745/93‑1 (MQ=255)
                                                                     tCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAAtttt                    <  2:343382/93‑1 (MQ=255)
                                                                      cGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTa                   <  1:2313301/93‑1 (MQ=255)
                                                                       ggAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAg                  <  1:2250488/93‑1 (MQ=255)
                                                                            ttaatttaatTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAAtt             <  2:2986604/93‑1 (MQ=255)
                                                                            ttaatttaatTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAAtt             >  2:1768218/1‑93 (MQ=255)
                                                                              aatttaattGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTta           <  1:936806/93‑1 (MQ=255)
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                                                                              aatttaattGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTta           <  2:2063322/93‑1 (MQ=255)
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CAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTAT  >  NC_000913/3904255‑3904434

Alignment Legend
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Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

BRESEQ :: bam2aln output
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                                                                                           |                                                                                             
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                                                                     TTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTT                        <  SRR4302535.1228563/94‑1 (MQ=60)
                                                                     TTCGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTT                        <  SRR4302535.175954/94‑1 (MQ=60)
                                                                       CGGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAG                      <  SRR4302535.2329856/94‑1 (MQ=60)
                                                                        GGAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGG                     <  SRR4302535.2266515/94‑1 (MQ=60)
                                                                         GAAATTAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGA                    <  SRR4302535.2397353/94‑1 (MQ=60)
                                                                              TAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTA               <  SRR4302535.4635359/94‑1 (MQ=60)
                                                                              TAATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTA               >  SRR4302535.2582418/1‑94 (MQ=60)
                                                                              TAATTTAATTGCGCACAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTA               >  SRR4302535.420466/1‑94 (MQ=60)
                                                                               AATTTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTAT              <  SRR4302535.943442/94‑1 (MQ=60)
                                                                                  TTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAA           <  SRR4302535.3087693/94‑1 (MQ=60)
                                                                                  TTAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAA           <  SRR4302535.4611856/94‑1 (MQ=60)
                                                                                   TAATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAG          <  SRR4302535.4351191/94‑1 (MQ=60)
                                                                                     ATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTT        <  SRR4302535.1001345/94‑1 (MQ=60)
                                                                                     ATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTT        <  SRR4302535.2451725/94‑1 (MQ=60)
                                                                                     ATTGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTT        >  SRR4302535.3203268/1‑94 (MQ=60)
                                                                                       TGCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTAT      <  SRR4302535.4414990/94‑1 (MQ=60)
                                                                                        GCGCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATA     <  SRR4302535.401848/94‑1 (MQ=60)
                                                                                          GCGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATA   <  SRR4302535.4414472/94‑1 (MQ=60)
                                                                                           CGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATAT  <  SRR4302535.4306694/94‑1 (MQ=60)
                                                                                           CGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATAT  <  SRR4302535.4017005/94‑1 (MQ=60)
                                                                                           |                                                                                             
TCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATAT  >  NC_000913/3904254‑3904438

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑