Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,121,069 |
C→T |
G323D (GGC→GAC) |
cytR ← |
CytR |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,121,069 | 0 | C | T | 99.2%
| 1255.0
/ ‑4.0
| 365 | G323D (GGC→GAC) | cytR | CytR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base T (171/190); total (174/191) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.98e-01 |
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
CTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGCCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTC > NC_000913/4120977‑4121158
|
ttGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCa < 2:3409125/93‑1 (MQ=255)
tGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCAc < 2:5917634/93‑1 (MQ=255)
gACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACt > 2:7669918/1‑93 (MQ=255)
cAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGcc > 1:4467243/1‑93 (MQ=255)
aGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCa > 1:4364270/1‑93 (MQ=255)
aGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCa > 1:6454952/1‑93 (MQ=255)
gTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCac > 1:3928449/1‑92 (MQ=255)
gTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCaa > 2:904830/1‑93 (MQ=255)
tCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAAc > 2:3030844/1‑93 (MQ=255)
cACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACg < 1:2164122/93‑1 (MQ=255)
ccGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACgt < 1:4116062/92‑1 (MQ=255)
aCGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACgt > 2:7885598/1‑93 (MQ=255)
ggCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACgtgt > 1:868553/1‑93 (MQ=255)
gCATTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGtt < 1:2746034/93‑1 (MQ=255)
gCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGtt > 1:560617/1‑93 (MQ=255)
aGTCTTAAAGGTTTGCTTTAAGGTAACGTGCATGGTGATCCCCGGATGATAAGTTCGTAGTCCATTAAGCGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGc < 2:7799436/93‑1 (MQ=255)
aGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGc > 2:4253410/1‑93 (MQ=255)
gTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGCCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGcc < 2:4116832/93‑1 (MQ=255)
tCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGccc > 2:7338904/1‑93 (MQ=255)
tCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGccc > 2:2355316/1‑93 (MQ=255)
cTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGcccc < 2:5286164/93‑1 (MQ=255)
cTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGcccc > 1:3436350/1‑93 (MQ=255)
cTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGcccc < 2:1641763/93‑1 (MQ=255)
tAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTg > 2:5452810/1‑93 (MQ=255)
tAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTg < 1:5908363/93‑1 (MQ=255)
tAAAGGGTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCGCCTg > 2:2910110/1‑93 (MQ=255)
aGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCAt > 2:7066440/1‑93 (MQ=255)
gttttACTTTAAGGTACCGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCAtt < 2:6162295/91‑1 (MQ=255)
ggTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCAtt < 2:1694153/93‑1 (MQ=255)
ggTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCAtt > 2:4654418/1‑93 (MQ=255)
gTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTCAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCAttt > 1:3700210/1‑93 (MQ=255)
gTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCAttt > 2:3809008/1‑93 (MQ=255)
gTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCAttt < 1:2114449/93‑1 (MQ=255)
gTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCAttt > 1:7417554/1‑93 (MQ=255)
tttACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTg > 1:5444320/1‑93 (MQ=255)
tttACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGACTCACTGACAACGTGTTGCCCCTGCAttta > 1:3939155/1‑92 (MQ=255)
tACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGAt < 1:3264203/93‑1 (MQ=255)
cTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCa > 1:1022700/1‑93 (MQ=255)
tttAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCaa < 1:4852829/93‑1 (MQ=255)
ttAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAg > 1:7073212/1‑93 (MQ=255)
tAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGc > 2:3249350/1‑93 (MQ=255)
aaGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCa > 1:4969295/1‑93 (MQ=255)
aaGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCa < 1:1352707/93‑1 (MQ=255)
aGGTAACGTGCGTGTAGATCCCAGGATGATAAGTTTGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCaa < 2:6771083/93‑1 (MQ=255)
aGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCaa > 2:4211269/1‑93 (MQ=255)
gTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATa < 1:7658457/93‑1 (MQ=255)
gTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATa > 1:3132033/1‑93 (MQ=255)
tAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATaa < 1:4179895/93‑1 (MQ=255)
tAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATaa < 2:7432401/93‑1 (MQ=255)
tAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATaa < 2:3890971/93‑1 (MQ=255)
aaCGCGGGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCGCTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAAc < 2:1837173/93‑1 (MQ=255)
aaCGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAAc < 1:1969387/93‑1 (MQ=255)
aaCGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAAc < 1:5079836/93‑1 (MQ=255)
gcgcgTGTTGAGCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGc < 1:2260098/93‑1 (MQ=255)
cgcgTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCa < 1:4734095/93‑1 (MQ=255)
gcgTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCAt > 2:1436713/1‑93 (MQ=255)
cgTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATa < 2:6534993/93‑1 (MQ=255)
cgTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATa < 2:6811618/93‑1 (MQ=255)
cgTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATa < 2:1797778/93‑1 (MQ=255)
cgTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATa > 2:202794/1‑93 (MQ=255)
gtgtTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCATGCAATAAAAGCATAg > 2:2123617/1‑93 (MQ=255)
gtgtTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAg > 2:2579371/1‑93 (MQ=255)
tgtTGATGCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGc < 1:5671544/93‑1 (MQ=255)
tgtTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGc < 1:1701243/93‑1 (MQ=255)
gtTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCt > 2:5171802/1‑93 (MQ=255)
ttGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCtt < 2:4869484/93‑1 (MQ=255)
tGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTc < 1:6204844/93‑1 (MQ=255)
tGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTc < 1:7190741/93‑1 (MQ=255)
ccccGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCccga > 2:2289991/1‑93 (MQ=255)
cccGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCccgac < 1:1207229/93‑1 (MQ=255)
gatgatAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGAt > 2:1862772/1‑93 (MQ=255)
gatgatAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGAt < 1:2697761/93‑1 (MQ=255)
tgatAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGAttt > 1:3780967/1‑93 (MQ=255)
gatAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTc > 2:7201343/1‑93 (MQ=255)
gatAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTc > 1:5119828/1‑93 (MQ=255)
atAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCg < 2:2969409/93‑1 (MQ=255)
aaGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTa < 1:5377641/93‑1 (MQ=255)
gTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAAc < 2:4429531/93‑1 (MQ=255)
atccGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAAc < 1:2427612/90‑1 (MQ=255)
tCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAAcgc < 1:1674757/93‑1 (MQ=255)
cAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGc < 1:7882002/93‑1 (MQ=255)
cAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGc > 2:7571173/1‑93 (MQ=255)
aGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCt > 2:7458058/1‑93 (MQ=255)
aGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCt > 2:4809208/1‑93 (MQ=255)
aGTCCATTAAACGAGAGCCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCt > 1:6681174/1‑93 (MQ=255)
gTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTg > 1:5820760/1‑93 (MQ=255)
tCCATTAAGCGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTgc < 2:5735065/93‑1 (MQ=255)
tCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTgc < 2:3560811/93‑1 (MQ=255)
tCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTgc > 2:112494/1‑93 (MQ=255)
tCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTgc < 2:2664495/93‑1 (MQ=255)
ccATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACCCGGCTgcg > 1:4871689/1‑93 (MQ=255)
aTTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGcgcg > 1:5950057/1‑93 (MQ=255)
ttAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGa > 2:4357047/1‑93 (MQ=255)
tAAACGAGAGTAACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGAt > 2:6322738/1‑93 (MQ=255)
accGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATgg < 2:129061/91‑1 (MQ=255)
aCGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGt < 2:6682225/93‑1 (MQ=255)
aCGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGt < 2:2503008/93‑1 (MQ=255)
aCGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGt < 2:445161/93‑1 (MQ=255)
gagaGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTg < 2:5989711/93‑1 (MQ=255)
gagTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTGACGCGGCTGCGCGATGGTTGTc < 2:4979607/93‑1 (MQ=255)
|
CTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGCCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTC > NC_000913/4120977‑4121158
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGCCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAGCG > NC_000913/4120976‑4121162
|
CCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGT < SRR4302543.1120985/94‑1 (MQ=60)
CCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGT < SRR4302543.1120986/94‑1 (MQ=60)
CCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGT < SRR4302543.3546044/94‑1 (MQ=60)
CCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGT > SRR4302543.3738809/1‑94 (MQ=60)
CCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGT < SRR4302543.78827/94‑1 (MQ=60)
CCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGT < SRR4302543.7480777/94‑1 (MQ=60)
CTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTC > SRR4302543.3197383/1‑94 (MQ=60)
CTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTC < SRR4302543.6146152/94‑1 (MQ=60)
CTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTC > SRR4302543.7266888/1‑94 (MQ=60)
TTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCA > SRR4302543.5692953/1‑94 (MQ=60)
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TGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCC < SRR4302543.6263437/94‑1 (MQ=60)
ATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCG < SRR4302543.6825765/94‑1 (MQ=60)
CCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGAC < SRR4302543.365792/94‑1 (MQ=60)
CCCGGATGATAATTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACC < SRR4302543.5341397/94‑1 (MQ=60)
CCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACC < SRR4302543.1218089/94‑1 (MQ=60)
CCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACC > SRR4302543.7199873/1‑94 (MQ=60)
CCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCG > SRR4302543.3428332/1‑94 (MQ=60)
CCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCG > SRR4302543.2156361/1‑94 (MQ=60)
CCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCG > SRR4302543.4241099/1‑94 (MQ=60)
CGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGA < SRR4302543.3295279/94‑1 (MQ=60)
GGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGAT > SRR4302543.1700391/1‑94 (MQ=60)
GGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGAT > SRR4302543.7304340/1‑94 (MQ=60)
GATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATT < SRR4302543.2722224/94‑1 (MQ=60)
ATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTT > SRR4302543.3814269/1‑94 (MQ=60)
TGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTC > SRR4302543.5166125/1‑94 (MQ=60)
TGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTC > SRR4302543.7995803/1‑94 (MQ=60)
GATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCG > SRR4302543.1147708/1‑94 (MQ=60)
GATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCG > SRR4302543.5999494/1‑94 (MQ=60)
ATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGT < SRR4302543.5465330/94‑1 (MQ=60)
AAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAA < SRR4302543.5426381/94‑1 (MQ=60)
AGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAAC > SRR4302543.4845921/1‑94 (MQ=60)
atcCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACG < SRR4302543.2449521/91‑1 (MQ=60)
TTCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGC < SRR4302543.2422179/94‑1 (MQ=60)
TCGCAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCG < SRR4302543.1689769/94‑1 (MQ=60)
CAGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCT < SRR4302543.7956174/94‑1 (MQ=60)
CAGTCCATTAAACGAGAGCCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCT > SRR4302543.6744248/1‑94 (MQ=60)
AGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTG < SRR4302543.2723008/94‑1 (MQ=60)
AGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTG > SRR4302543.5873689/1‑94 (MQ=60)
AGTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTG > SRR4302543.5873688/1‑94 (MQ=60)
GTCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGC > SRR4302543.2661399/1‑94 (MQ=60)
TCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCG < SRR4302543.5780373/94‑1 (MQ=60)
TCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCG > SRR4302543.4916096/1‑94 (MQ=60)
TCCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACCCGGCTGCG > SRR4302543.4916097/1‑94 (MQ=60)
CCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGC > SRR4302543.2129283/1‑94 (MQ=60)
CCATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGC < SRR4302543.6409104/94‑1 (MQ=60)
CATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCG > SRR4302543.6004510/1‑94 (MQ=60)
ATTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGA > SRR4302543.7442464/1‑94 (MQ=60)
TTAACCGAGCGTCACTGCCCACGGGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAAGAACAGCATAGCTTCCAGACCGCTTTCGTAACGCGGCTcagcgag > SRR4302543.3878177/1‑87 (MQ=59)
TTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGAT > SRR4302543.3878178/1‑94 (MQ=60)
TTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGAT < SRR4302543.5093822/94‑1 (MQ=60)
TTAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGAT > SRR4302543.3203153/1‑94 (MQ=60)
TAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATG < SRR4302543.4460711/94‑1 (MQ=60)
TAAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATG < SRR4302543.7267083/94‑1 (MQ=60)
AAACGAGAGTCACTGCCAGCGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAGTAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGG < SRR4302543.4906848/94‑1 (MQ=60)
AAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGG > SRR4302543.1769986/1‑94 (MQ=60)
AAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGG < SRR4302543.2740307/94‑1 (MQ=60)
AAACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGG < SRR4302543.2683347/94‑1 (MQ=60)
ACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTT < SRR4302543.4855513/94‑1 (MQ=60)
ACGAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTT > SRR4302543.3199290/1‑94 (MQ=60)
GAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGT > SRR4302543.7209502/1‑94 (MQ=60)
GAGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGT > SRR4302543.5131712/1‑94 (MQ=60)
AGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTC < SRR4302543.6174197/94‑1 (MQ=60)
AGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTC > SRR4302543.6961137/1‑94 (MQ=60)
AGAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTC > SRR4302543.475198/1‑94 (MQ=60)
GAGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCA > SRR4302543.2255941/1‑94 (MQ=60)
AGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAG < SRR4302543.7802651/94‑1 (MQ=60)
AGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAG < SRR4302543.4680178/94‑1 (MQ=60)
AGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAG > SRR4302543.6109278/1‑94 (MQ=60)
AGTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAG > SRR4302543.3842555/1‑94 (MQ=60)
AGTCACTGCCAACGTCTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAG < SRR4302543.4680179/94‑1 (MQ=60)
GTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAGC < SRR4302543.7186108/94‑1 (MQ=60)
GTCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAGC > SRR4302543.7891612/1‑94 (MQ=60)
TCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAGCG > SRR4302543.5828619/1‑94 (MQ=60)
TCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAGCG < SRR4302543.4775179/94‑1 (MQ=60)
TCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAGCG > SRR4302543.7027645/1‑94 (MQ=60)
|
CCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGCCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAGCG > NC_000913/4120976‑4121162
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
