Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 295 total aligned reads displayed.
AGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACG > NC_000913/1949343‑1949529
|
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CACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACC > SRR4302543.5249538/1‑94 (MQ=60)
CACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACC > SRR4302543.2792473/1‑94 (MQ=60)
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AATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCA < SRR4302543.3816443/94‑1 (MQ=60)
AATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCA > SRR4302543.626825/1‑94 (MQ=60)
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ATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAA > SRR4302543.5180628/1‑94 (MQ=60)
ATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAA < SRR4302543.362135/94‑1 (MQ=60)
TAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAAT > SRR4302543.7967472/1‑94 (MQ=60)
TAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAAT < SRR4302543.5589326/94‑1 (MQ=60)
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AACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATG < SRR4302543.3403249/94‑1 (MQ=60)
AACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATG < SRR4302543.3857464/94‑1 (MQ=60)
AACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATG < SRR4302543.165307/94‑1 (MQ=60)
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cagcattaatCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGT < SRR4302543.1474099/84‑1 (MQ=60)
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agcattaatCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTC < SRR4302543.4316274/85‑1 (MQ=60)
AGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTC < SRR4302543.5960564/94‑1 (MQ=60)
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gcattaatCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCG < SRR4302543.1657129/86‑1 (MQ=60)
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ATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCA < SRR4302543.6735499/94‑1 (MQ=60)
ATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCA > SRR4302543.7148460/1‑94 (MQ=60)
ATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCA > SRR4302543.2478245/1‑94 (MQ=60)
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AACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCC < SRR4302543.2452979/94‑1 (MQ=60)
ATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCT < SRR4302543.4880424/94‑1 (MQ=60)
ATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCT < SRR4302543.2868485/94‑1 (MQ=60)
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CATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGCTTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAA > SRR4302543.1229470/1‑94 (MQ=60)
CATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAA > SRR4302543.2437414/1‑94 (MQ=60)
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ATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAT > SRR4302543.2656426/1‑94 (MQ=60)
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ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATG < SRR4302543.1336366/94‑1 (MQ=60)
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CTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGG > SRR4302543.7215564/1‑94 (MQ=60)
CTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGG < SRR4302543.929723/94‑1 (MQ=60)
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CTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGG < SRR4302543.4823691/94‑1 (MQ=60)
CTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGG > SRR4302543.315661/1‑94 (MQ=60)
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ACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGGAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTG < SRR4302543.6193174/94‑1 (MQ=60)
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CGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGG > SRR4302543.945776/1‑94 (MQ=60)
CGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGG < SRR4302543.2208132/94‑1 (MQ=60)
GCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGT < SRR4302543.4051495/94‑1 (MQ=60)
GCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGT < SRR4302543.7744762/94‑1 (MQ=60)
CGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTT > SRR4302543.5778586/1‑94 (MQ=60)
GCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTG < SRR4302543.7642168/94‑1 (MQ=60)
GCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTG > SRR4302543.4141991/1‑94 (MQ=60)
CATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGG > SRR4302543.5405690/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATGCTAAATGGGTGCGGTTGGG > SRR4302543.7855484/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTACATGGGTGCGGTTGGG > SRR4302543.5922145/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGG > SRR4302543.5746206/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGG > SRR4302543.5922368/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGG > SRR4302543.7473701/1‑94 (MQ=60)
CGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTA > SRR4302543.5195072/1‑94 (MQ=60)
CGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTA > SRR4302543.894671/1‑94 (MQ=60)
GCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTAT > SRR4302543.540111/1‑94 (MQ=60)
GCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTAT > SRR4302543.7040487/1‑94 (MQ=60)
GCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGAT > SRR4302543.1748863/1‑94 (MQ=60)
CCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTAT < SRR4302543.1540948/94‑1 (MQ=60)
ccttgtccgtaccgcGGAAGAGATCCTTCACGCGTCATGATTTACATCGGTCGGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCA < SRR4302543.1089438/79‑1 (MQ=60)
CCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCA < SRR4302543.1089439/94‑1 (MQ=60)
CCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCA > SRR4302543.2913701/1‑94 (MQ=60)
CCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCA > SRR4302543.4030596/1‑94 (MQ=60)
CGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCAC > SRR4302543.1954215/1‑94 (MQ=60)
CGTGTGCGTAGCGGGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGATGGGGATCAC > SRR4302543.277172/1‑94 (MQ=60)
GTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACC > SRR4302543.6926708/1‑94 (MQ=60)
GTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACC < SRR4302543.3169182/94‑1 (MQ=60)
GTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACC > SRR4302543.5755741/1‑94 (MQ=60)
GTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACC > SRR4302543.1064188/1‑94 (MQ=60)
GTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACC > SRR4302543.2256464/1‑94 (MQ=60)
TGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCA > SRR4302543.7883410/1‑94 (MQ=60)
GTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAG > SRR4302543.7972232/1‑94 (MQ=60)
GTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAG < SRR4302543.6778017/94‑1 (MQ=60)
GTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAG < SRR4302543.6778016/94‑1 (MQ=60)
GTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAG < SRR4302543.2848021/94‑1 (MQ=60)
GTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAG > SRR4302543.7157986/1‑94 (MQ=60)
GTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAG < SRR4302543.924953/94‑1 (MQ=60)
GTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAC > SRR4302543.1347278/1‑94 (MQ=60)
CGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCT < SRR4302543.1926128/94‑1 (MQ=60)
CGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCT > SRR4302543.6417984/1‑94 (MQ=60)
GTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTT > SRR4302543.4429086/1‑94 (MQ=60)
GTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTT > SRR4302543.132355/1‑94 (MQ=60)
GAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTG < SRR4302543.3726058/94‑1 (MQ=60)
GCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAA < SRR4302543.4018240/94‑1 (MQ=60)
CGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAG < SRR4302543.5507990/94‑1 (MQ=60)
CGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAG > SRR4302543.749839/1‑94 (MQ=60)
CGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAG < SRR4302543.4474144/94‑1 (MQ=60)
CGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAG < SRR4302543.1854976/94‑1 (MQ=60)
GTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGA > SRR4302543.1766570/1‑94 (MQ=60)
GTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGA < SRR4302543.2686975/94‑1 (MQ=60)
GTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGA < SRR4302543.6145228/94‑1 (MQ=60)
GTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTACGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGA > SRR4302543.882587/1‑94 (MQ=60)
TGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAG < SRR4302543.4640918/94‑1 (MQ=60)
TGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAG > SRR4302543.33901/1‑94 (MQ=60)
TGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCACAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAG < SRR4302543.7094137/94‑1 (MQ=60)
TGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAG > SRR4302543.2107417/1‑94 (MQ=60)
GAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTA > SRR4302543.5137911/1‑94 (MQ=60)
GAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTA > SRR4302543.7861914/1‑94 (MQ=60)
AAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTAT < SRR4302543.3857469/94‑1 (MQ=60)
AAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTAT < SRR4302543.7717598/94‑1 (MQ=60)
AAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTAT > SRR4302543.7527634/1‑94 (MQ=60)
AGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATG < SRR4302543.1566485/94‑1 (MQ=60)
AGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATG > SRR4302543.631442/1‑94 (MQ=60)
AGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATG > SRR4302543.2281076/1‑94 (MQ=60)
GAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGC < SRR4302543.6235064/94‑1 (MQ=60)
AGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCC < SRR4302543.1561703/94‑1 (MQ=60)
AGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCC > SRR4302543.3128958/1‑94 (MQ=60)
AGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCC < SRR4302543.25904/94‑1 (MQ=60)
AGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCC < SRR4302543.1482009/94‑1 (MQ=60)
GATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCC < SRR4302543.6946653/94‑1 (MQ=60)
GATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCC < SRR4302543.4617113/94‑1 (MQ=60)
GATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCC < SRR4302543.5280804/94‑1 (MQ=60)
GATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCC < SRR4302543.6766253/94‑1 (MQ=60)
GATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCC < SRR4302543.3740825/94‑1 (MQ=60)
GATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCC < SRR4302543.3530082/94‑1 (MQ=60)
ATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCG > SRR4302543.5315723/1‑94 (MQ=60)
CCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCC > SRR4302543.3932717/1‑94 (MQ=60)
CCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCC > SRR4302543.5958150/1‑94 (MQ=60)
ttcACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCAC > SRR4302543.4490260/4‑94 (MQ=60)
CAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAGTGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACT < SRR4302543.3111655/94‑1 (MQ=60)
CACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTT > SRR4302543.4555680/1‑94 (MQ=60)
AACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTT > SRR4302543.3804864/1‑94 (MQ=60)
AACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTT > SRR4302543.3186856/1‑94 (MQ=60)
CCGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTT < SRR4302543.3288067/94‑1 (MQ=60)
ACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTT > SRR4302543.2165816/1‑94 (MQ=60)
CGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAAC > SRR4302543.2047649/1‑94 (MQ=60)
CGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAAC > SRR4302543.1691934/1‑94 (MQ=60)
GTTATTATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCCCCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACT < SRR4302543.4460933/94‑1 (MQ=60)
GTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACT > SRR4302543.7787413/1‑94 (MQ=60)
GTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACT > SRR4302543.1930019/1‑94 (MQ=60)
GTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACT > SRR4302543.2747166/1‑94 (MQ=60)
GTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACT > SRR4302543.5012392/1‑94 (MQ=60)
GTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACT > SRR4302543.3919356/1‑94 (MQ=60)
GTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAAGGGGTGCGGTTGGGTATCCCCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACT < SRR4302543.4695271/94‑1 (MQ=60)
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TTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTG < SRR4302543.2116638/94‑1 (MQ=60)
TTGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCG < SRR4302543.6704164/94‑1 (MQ=60)
ATGTTTTACATCAGGCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAGTGGGTGGGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCG < SRR4302543.7949822/94‑1 (MQ=60)
TGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGT < SRR4302543.689494/94‑1 (MQ=60)
TGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGT > SRR4302543.462499/1‑94 (MQ=60)
TATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAAGGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTG < SRR4302543.3975619/94‑1 (MQ=60)
GATTTACATCGGTCTACCGCAGTGGTCGCTTCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCCCCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTG < SRR4302543.5659807/94‑1 (MQ=60)
GATTTACAGCGGTCTACCGCAATGTTCGCATCCTAAGTGGGTGCGGTTGGGGATCACCACCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTG < SRR4302543.2607144/94‑1 (MQ=60)
ATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGA > SRR4302543.4392623/1‑94 (MQ=60)
ATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGA > SRR4302543.6525324/1‑94 (MQ=60)
TTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCTTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGac < SRR4302543.486377/94‑3 (MQ=60)
TTACATCGTTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAAGGGGGGCGTTGGGGTATCCCCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacg < SRR4302543.265484/94‑4 (MQ=59)
TACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGG > SRR4302543.1110339/1‑94 (MQ=60)
ATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCA > SRR4302543.364594/1‑94 (MQ=60)
TCGGTCGGCCGCAAGGGTCGCATCCTAAGTGGGTGCGGTGGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacgcgggc < SRR4302543.2162021/94‑9 (MQ=60)
CGGTCGGCCGCAATGGTCGCATCCTAAAGGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacgcgggca < SRR4302543.627697/94‑10 (MQ=60)
GGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAGTGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacgcgggcat < SRR4302543.7519012/94‑11 (MQ=60)
GGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacgcgggcat > SRR4302543.6497208/1‑84 (MQ=60)
GGTCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacgcgggcat > SRR4302543.1387108/1‑84 (MQ=60)
GGTCGGCCGCAATGGTCGCACCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCCCCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacgcgggcat < SRR4302543.6220077/94‑11 (MQ=60)
GTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACAC > SRR4302543.5646922/1‑94 (MQ=60)
TCTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacgcgggcattt < SRR4302543.6373220/94‑13 (MQ=60)
TCTCCCGCAATGGTCGCTCCCTAAATGGGTGCGTTGGGGGATCACCAGCCTGGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACC < SRR4302543.3976347/94‑1 (MQ=60)
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TCTCCCGAAAGGGTCGCATCCAAAGTGGGTGCGGTGGGTTATCCCCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacgcgggcattt < SRR4302543.1812544/94‑13 (MQ=40)
CTGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacgcgggcatttt > SRR4302543.5675904/1‑81 (MQ=60)
TGCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacgcgggcatttta > SRR4302543.7207160/1‑80 (MQ=60)
TACCGCAATGGTCGCACCCAAAATGGGTGGGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCAC < SRR4302543.6864070/94‑1 (MQ=60)
GCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacgcgggcattttaa > SRR4302543.3251701/1‑79 (MQ=60)
GCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacgcgggcattttaa > SRR4302543.4693214/1‑79 (MQ=60)
GCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacgcgggcattttaa > SRR4302543.4693213/1‑79 (MQ=60)
GCCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGacgcgggcattttaa > SRR4302543.3837291/1‑79 (MQ=60)
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AGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCATCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACG > NC_000913/1949343‑1949529
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
