Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,915,434 |
G→A |
A385T (GCT→ACT) |
b1833 → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,915,434 | 0 | G | A | 98.6%
| 486.5
/ ‑5.7
| 142 | A385T (GCT→ACT) | b1833 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (79/61); total (79/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
GATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTT > NC_000913/1915346‑1915523
|
gATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATTCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACttt > 2:923545/1‑93 (MQ=255)
gATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACttt > 2:1477667/1‑93 (MQ=255)
tGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTa > 2:3317702/1‑93 (MQ=255)
tGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTa < 2:148671/93‑1 (MQ=255)
ggTGACCTGGATTGGTCGCTAGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTAc < 1:4535494/93‑1 (MQ=255)
gTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACt > 2:3543991/1‑93 (MQ=255)
tGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTa < 2:2422316/93‑1 (MQ=255)
tGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTa < 2:1897186/93‑1 (MQ=255)
tGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTa > 2:1687441/1‑93 (MQ=255)
gACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTAt > 2:4675846/1‑93 (MQ=255)
aCCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATg < 1:1162724/93‑1 (MQ=255)
ccTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATgg > 2:3494958/1‑93 (MQ=255)
cTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATggg < 1:4235238/93‑1 (MQ=255)
tGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGa < 1:1402576/93‑1 (MQ=255)
tCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGc < 1:3477702/93‑1 (MQ=255)
cGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCg > 1:1773106/1‑93 (MQ=255)
gCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGt < 1:2378949/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGttt < 2:4182633/93‑1 (MQ=255)
gTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTa > 2:2359384/1‑93 (MQ=255)
gTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTa > 1:2345422/1‑93 (MQ=255)
gTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTa < 2:3607161/93‑1 (MQ=255)
gATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTAttt > 2:531320/1‑93 (MQ=255)
aTGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTc < 2:476393/93‑1 (MQ=255)
tGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCg > 1:3711725/1‑93 (MQ=255)
tGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCg > 1:3711724/1‑93 (MQ=255)
tGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCg > 2:3636016/1‑93 (MQ=255)
gCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCgg > 2:2714891/1‑93 (MQ=255)
cTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGgc < 2:49511/93‑1 (MQ=255)
cGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGgcgc < 1:324518/93‑1 (MQ=255)
aCCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAg > 2:3856023/1‑93 (MQ=255)
aCCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAg > 2:833118/1‑93 (MQ=255)
ccTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGc > 1:3391331/1‑93 (MQ=255)
ccTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGc > 2:2698281/1‑93 (MQ=255)
ccTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGc > 2:607947/1‑93 (MQ=255)
cTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCg < 1:4475786/93‑1 (MQ=255)
tGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCgg < 2:2818164/93‑1 (MQ=255)
tttGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGTCGCAGGGGTa > 2:1211184/1‑93 (MQ=255)
tttGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTa > 2:2050267/1‑93 (MQ=255)
ttGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTaa < 1:212051/93‑1 (MQ=255)
ttGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTaa < 2:4658039/93‑1 (MQ=255)
gTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAAtt > 2:1305540/1‑93 (MQ=255)
gTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAAtt > 2:1109925/1‑93 (MQ=255)
tCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAAttt > 2:4297858/1‑93 (MQ=255)
atatCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTg > 1:830138/1‑93 (MQ=255)
tatCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGa > 2:6032/1‑93 (MQ=255)
tatCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGa > 1:1446253/1‑93 (MQ=255)
tatCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGa > 2:310173/1‑93 (MQ=255)
tatCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGa < 1:3290035/93‑1 (MQ=255)
tatCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGGAATTTTGa > 2:3996795/1‑93 (MQ=255)
atCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGAc > 1:106382/1‑93 (MQ=255)
tCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACt > 1:236883/1‑93 (MQ=255)
tCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACt > 1:3692491/1‑93 (MQ=255)
cTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGGTTTATTTCGGCGCAGCGGGAATTTTGACTa > 1:4210184/1‑93 (MQ=255)
tttAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTAt > 2:2537240/1‑93 (MQ=255)
aaCCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCt < 2:2180766/93‑1 (MQ=255)
aCCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCtt > 1:1112636/1‑93 (MQ=255)
aCCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCtt < 2:2228370/93‑1 (MQ=255)
cATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGc > 1:3882412/1‑93 (MQ=255)
cATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGc < 1:810374/93‑1 (MQ=255)
aTGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCt > 2:3960447/1‑93 (MQ=255)
aTGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCt > 1:2853831/1‑93 (MQ=255)
aTGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCt > 2:1497428/1‑93 (MQ=255)
gTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCtgt < 1:2425091/93‑1 (MQ=255)
gTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCtgt < 2:1218626/93‑1 (MQ=255)
tCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCtgtg < 1:2071374/93‑1 (MQ=255)
tCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCtgtg < 1:2121868/93‑1 (MQ=255)
tCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCtgtg > 1:2626107/1‑93 (MQ=255)
cGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTgg < 1:2504633/93‑1 (MQ=255)
gCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGa > 2:535893/1‑93 (MQ=255)
gCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGa < 2:4147261/93‑1 (MQ=255)
gCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGa > 1:2667299/1‑93 (MQ=255)
tGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGAGTATTCTTGCTGTGGAAt > 2:126702/1‑93 (MQ=255)
tGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAAt < 1:4020203/93‑1 (MQ=255)
tGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACCATTCCTGCTGTGGAAt > 2:3640471/1‑93 (MQ=255)
gATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATg > 2:46121/1‑93 (MQ=255)
gATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATg > 1:11766/1‑93 (MQ=255)
ttAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGc > 1:3052868/1‑93 (MQ=255)
ttAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAACTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGc > 2:2601426/1‑93 (MQ=255)
tAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCt < 1:1022315/93‑1 (MQ=255)
tAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCt > 1:4576120/1‑93 (MQ=255)
aaTCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTg < 2:1469390/93‑1 (MQ=255)
tCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGa < 2:2900213/93‑1 (MQ=255)
cgATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGTGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAg < 1:3388029/93‑1 (MQ=255)
cgATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAg > 1:4058190/1‑93 (MQ=255)
gATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGagagg > 2:829854/1‑92 (MQ=255)
gATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGc > 2:3618555/1‑93 (MQ=255)
gATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGc > 1:3583748/1‑93 (MQ=255)
gATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGc > 1:782578/1‑93 (MQ=255)
aTCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACaagc > 1:1990356/1‑90 (MQ=255)
aTCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGcc < 2:169053/93‑1 (MQ=255)
tCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCg < 2:3883113/93‑1 (MQ=255)
tCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCg > 2:841148/1‑93 (MQ=255)
tCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCg < 1:3928088/93‑1 (MQ=255)
cAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGc > 2:1405123/1‑93 (MQ=255)
gATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCtt > 2:2200647/1‑93 (MQ=255)
aTCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTa > 1:1280297/1‑93 (MQ=255)
tCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTAc > 2:3276787/1‑93 (MQ=255)
ccTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACt > 1:2210795/1‑93 (MQ=255)
cTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACtt > 1:1333951/1‑93 (MQ=255)
cTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACtt > 1:2191502/1‑93 (MQ=255)
|
GATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTT > NC_000913/1915346‑1915523
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGCCGCTTACTTTGGG > NC_000913/1915342‑1915527
|
TGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCAC < SRR4302535.995845/94‑1 (MQ=60)
TGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCAC > SRR4302535.3618004/1‑94 (MQ=60)
GGTGACCTGGATTGGTCGCTAGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACT < SRR4302535.4566527/94‑1 (MQ=60)
ACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGG < SRR4302535.1171033/94‑1 (MQ=60)
CTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGA < SRR4302535.4264226/94‑1 (MQ=60)
TGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGAC < SRR4302535.1412584/94‑1 (MQ=60)
GGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTG > SRR4302535.1191993/1‑94 (MQ=60)
GTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGC > SRR4302535.3882190/1‑94 (MQ=60)
TCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCG < SRR4302535.3501869/94‑1 (MQ=60)
TCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCG > SRR4302535.1785955/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTT < SRR4302535.2396034/94‑1 (MQ=60)
TGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTT < SRR4302535.2798007/94‑1 (MQ=60)
GGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTA > SRR4302535.2362229/1‑94 (MQ=60)
GTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTAT < SRR4302535.3420926/94‑1 (MQ=60)
ATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCG < SRR4302535.2393806/94‑1 (MQ=60)
ATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCG > SRR4302535.3737436/1‑94 (MQ=60)
ATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCG > SRR4302535.3737435/1‑94 (MQ=60)
CTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCG > SRR4302535.1391558/1‑94 (MQ=60)
CGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCA < SRR4302535.326763/94‑1 (MQ=60)
ACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGC > SRR4302535.3414925/1‑94 (MQ=60)
CCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCG < SRR4302535.2104937/94‑1 (MQ=60)
CCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCG < SRR4302535.4347823/94‑1 (MQ=60)
CTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGG < SRR4302535.4506503/94‑1 (MQ=60)
TTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAAT < SRR4302535.213508/94‑1 (MQ=60)
TGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATT > SRR4302535.2320789/1‑94 (MQ=60)
TGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATT < SRR4302535.2483757/94‑1 (MQ=60)
TGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTATACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATT < SRR4302535.3326706/94‑1 (MQ=60)
TCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTT > SRR4302535.2185705/1‑94 (MQ=60)
CATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTG < SRR4302535.821469/94‑1 (MQ=60)
CATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTG > SRR4302535.835952/1‑94 (MQ=60)
ATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGA > SRR4302535.1456597/1‑94 (MQ=60)
TATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGAC < SRR4302535.3312910/94‑1 (MQ=60)
TATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGAC > SRR4302535.107137/1‑94 (MQ=60)
ATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACT > SRR4302535.3718048/1‑94 (MQ=60)
ATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACT > SRR4302535.4109428/1‑94 (MQ=60)
ATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACT > SRR4302535.238518/1‑94 (MQ=60)
TCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGGTTTATTTCGGCGCAGCGGGAATTTTGACTA > SRR4302535.4239003/1‑94 (MQ=60)
AACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTT > SRR4302535.1120573/1‑94 (MQ=60)
CCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGC > SRR4302535.3909050/1‑94 (MQ=60)
CATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCT < SRR4302535.816041/94‑1 (MQ=60)
CATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCT > SRR4302535.2874046/1‑94 (MQ=60)
GTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTG < SRR4302535.2442563/94‑1 (MQ=60)
GTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTG > SRR4302535.2644926/1‑94 (MQ=60)
TCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGG < SRR4302535.2137168/94‑1 (MQ=60)
TCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGG < SRR4302535.2086301/94‑1 (MQ=60)
CGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGA < SRR4302535.2522689/94‑1 (MQ=60)
CGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGA > SRR4302535.2686393/1‑94 (MQ=60)
CTGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAAT > SRR4302535.3721188/1‑94 (MQ=60)
TGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATG > SRR4302535.11857/1‑94 (MQ=60)
TGATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATG < SRR4302535.4047711/94‑1 (MQ=60)
ATTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGC > SRR4302535.3074246/1‑94 (MQ=60)
TTAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCT > SRR4302535.4607303/1‑94 (MQ=60)
TAATCGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTG < SRR4302535.1029579/94‑1 (MQ=60)
TAATCGCGATCAGATCCTCACTTGTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTG < SRR4302535.3963423/94‑1 (MQ=60)
CGCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CA < SRR4302535.3215653/94‑1 (MQ=60)
GCGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAG > SRR4302535.4085968/1‑94 (MQ=60)
CGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGTGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGC < SRR4302535.3411600/94‑1 (MQ=60)
CGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGC > SRR4302535.3608603/1‑94 (MQ=60)
CGATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGC > SRR4302535.788071/1‑94 (MQ=60)
GATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAagc > SRR4302535.2004687/1‑91 (MQ=60)
ATCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGCCG > SRR4302535.4647554/1‑94 (MQ=60)
TCAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGCCGC < SRR4302535.3954919/94‑1 (MQ=60)
CAGATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGCCGCT > SRR4302535.1163499/1‑94 (MQ=60)
GATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGCCGCTTA > SRR4302535.1289436/1‑94 (MQ=60)
ATCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGCCGCTTAC > SRR4302535.1647606/1‑94 (MQ=60)
TCCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGCCGCTTACT > SRR4302535.2226544/1‑94 (MQ=60)
CCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGgcagcgccttcatt > SRR4302535.1343465/1‑80 (MQ=60)
CCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGCCGCTTACTT > SRR4302535.1343466/1‑94 (MQ=60)
CCTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGCCGCTTACTT > SRR4302535.2207098/1‑94 (MQ=60)
CTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGGCTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGATCAG‑CGCTTACTTT > SRR4302535.2909017/1‑94 (MQ=60)
CTCACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGCCGCTTACTTT > SRR4302535.4665524/1‑94 (MQ=60)
CACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGG‑CAGTCGCTTACTTTGG > SRR4302535.48760/1‑94 (MQ=60)
CACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGCCGCTTACTTTGG > SRR4302535.4020902/1‑94 (MQ=60)
ACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGCCGCTTACTTTGGG < SRR4302535.2492948/94‑1 (MQ=60)
ACTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGCCGCTTACTTTGGG < SRR4302535.852501/94‑1 (MQ=60)
|
TGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGA‑CAGCCGCTTACTTTGGG > NC_000913/1915342‑1915527
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
