Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,108,194 |
T→C |
Q283R (CAG→CGG) |
rfbA ← |
glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,108,194 | 0 | T | C | 99.3%
| 424.6
/ ‑4.9
| 135 | Q283R (CAG→CGG) | rfbA | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (64/70); total (65/70) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
AATACTCTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACTGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTCAGGA > NC_000913/2108105‑2108283
|
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tACTCTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACTGCCCa > 2:3237789/1‑93 (MQ=255)
ctctTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATa < 2:4659840/93‑1 (MQ=255)
ctctTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATa > 1:3503927/1‑93 (MQ=255)
ctctTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATa > 2:1533595/1‑93 (MQ=255)
ctctTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATa > 2:2174805/1‑93 (MQ=255)
tctTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATaa < 1:4099744/93‑1 (MQ=255)
tctTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATaa < 2:236025/93‑1 (MQ=255)
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cTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTc < 1:2751847/93‑1 (MQ=255)
tCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATTCCGCCCATAATTATTCt < 2:3091409/93‑1 (MQ=255)
ccAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCtt < 1:1330669/93‑1 (MQ=255)
aGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTtta < 1:1001183/93‑1 (MQ=255)
gAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTttat < 2:3358348/93‑1 (MQ=255)
gAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTttat > 2:3660206/1‑93 (MQ=255)
gAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTttat > 2:4004993/1‑93 (MQ=255)
gAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTttat > 1:2479193/1‑93 (MQ=255)
aaTTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTttatt > 2:783097/1‑93 (MQ=255)
aTTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTttatta < 2:2456097/93‑1 (MQ=255)
ttAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAg > 1:1744872/1‑93 (MQ=255)
atAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAg < 2:3586014/92‑1 (MQ=255)
tAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGt < 1:356999/93‑1 (MQ=255)
gCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTgg > 2:1965323/1‑93 (MQ=255)
cacaTCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGt > 1:3549142/1‑93 (MQ=255)
acaTCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTa < 2:529003/93‑1 (MQ=255)
acaTCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTa > 1:849337/1‑93 (MQ=255)
acaTCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTa > 1:816138/1‑93 (MQ=255)
caTCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTAc < 2:2438452/93‑1 (MQ=255)
cTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGc < 2:1815610/93‑1 (MQ=255)
ttCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCt > 1:1675788/1‑93 (MQ=255)
cAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATCCCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTaa < 2:4499631/93‑1 (MQ=255)
cAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTaa > 2:209410/1‑93 (MQ=255)
cAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTaa < 1:3874776/93‑1 (MQ=255)
aTTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAAtt < 1:1911835/93‑1 (MQ=255)
aTTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAAtt < 1:3136984/93‑1 (MQ=255)
tttCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAAttt < 2:1105144/93‑1 (MQ=255)
tCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTc < 1:2136378/93‑1 (MQ=255)
cAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCt > 2:2628910/1‑93 (MQ=255)
gTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTa > 1:1331463/1‑93 (MQ=255)
ttCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTAc < 1:1294071/93‑1 (MQ=255)
ttCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTAc < 2:2341832/93‑1 (MQ=255)
tCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTAATAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACt > 1:4528488/1‑93 (MQ=255)
cTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACtt < 2:362326/93‑1 (MQ=255)
cTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACtt < 1:2909306/93‑1 (MQ=255)
tAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTg > 2:2776411/1‑93 (MQ=255)
tAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTg > 2:3810596/1‑93 (MQ=255)
aaTCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGc < 1:369476/93‑1 (MQ=255)
aTCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCt > 2:2363724/1‑93 (MQ=255)
aTCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCt < 2:349885/93‑1 (MQ=255)
tCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTc > 2:164944/1‑93 (MQ=255)
cattcattAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAAc > 2:1493305/1‑93 (MQ=255)
attcattAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACa > 2:473876/1‑93 (MQ=255)
ttcattAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACAt > 1:4680836/1‑93 (MQ=255)
ttcattAATTTGAATCCTTAGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACAt > 1:1519242/1‑93 (MQ=255)
tcattAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATc > 2:4371065/1‑93 (MQ=255)
attAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTATTTGTCTTACTTGCTCAACATCaa < 2:3829563/93‑1 (MQ=255)
attAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCaa < 2:2051441/93‑1 (MQ=255)
attAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCaa > 1:2555930/1‑93 (MQ=255)
attAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCaa > 2:4182438/1‑93 (MQ=255)
ttAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCTACATCAAt > 1:3276472/1‑93 (MQ=255)
ttAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAAt > 2:4293813/1‑93 (MQ=255)
aaTTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATaa < 2:3123145/93‑1 (MQ=255)
aTTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATaaa > 2:2988594/1‑93 (MQ=255)
aTTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATaaa < 2:2740104/93‑1 (MQ=255)
tttGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATaaaa > 2:1232389/1‑93 (MQ=255)
aaTCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCtt < 1:1220506/93‑1 (MQ=255)
aTCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCttt > 1:2660199/1‑93 (MQ=255)
tCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAACCCTTTa < 2:2616460/93‑1 (MQ=255)
ccTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTAc > 1:1095525/1‑93 (MQ=255)
ccTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTAc < 1:2456512/93‑1 (MQ=255)
ccTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTAc < 1:2796582/93‑1 (MQ=255)
tCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGaa > 2:445212/1‑93 (MQ=255)
tCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGaa > 1:19775/1‑93 (MQ=255)
cGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGaaa < 1:4659765/93‑1 (MQ=255)
gTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAGAt > 1:793504/1‑93 (MQ=255)
gTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAAt < 2:769822/93‑1 (MQ=255)
gTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAAt < 1:2216164/93‑1 (MQ=255)
gTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAAt > 2:3344369/1‑93 (MQ=255)
gTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATGATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTCCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAAt < 2:3978369/93‑1 (MQ=255)
cATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGc < 2:3602696/93‑1 (MQ=255)
aTTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCa > 1:4497754/1‑93 (MQ=255)
aTTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCa > 1:4148455/1‑93 (MQ=255)
ttttATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGACATGCaa > 2:4504375/1‑93 (MQ=255)
ttttATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCaa < 1:1764098/93‑1 (MQ=255)
tttATAAAGATACCGCCCATAGTTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAAt < 2:2601001/93‑1 (MQ=255)
tttATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAAt > 1:3097051/1‑93 (MQ=255)
ttATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAAtc < 1:4514674/93‑1 (MQ=255)
taAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATctct < 2:2082813/93‑1 (MQ=255)
taAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATctct < 2:1243402/93‑1 (MQ=255)
taAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATctct < 2:3020517/93‑1 (MQ=255)
aaaGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCtt < 1:247865/93‑1 (MQ=255)
aaGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTc > 1:2294756/1‑93 (MQ=255)
aGATACCGCCCATATTTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTca > 2:2793459/1‑93 (MQ=255)
aGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTca < 1:4037811/93‑1 (MQ=255)
aGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTca > 1:127449/1‑93 (MQ=255)
aGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTca < 2:1645447/93‑1 (MQ=255)
gATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTcag > 2:3220289/1‑93 (MQ=255)
gATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTcag < 2:2228825/93‑1 (MQ=255)
tACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTcagga < 1:3823768/93‑1 (MQ=255)
tACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTcagga < 2:2848048/93‑1 (MQ=255)
|
AATACTCTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACTGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTCAGGA > NC_000913/2108105‑2108283
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACCAAATACTCTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACTGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTCAGGACAG > NC_000913/2108101‑2108286
|
ACCAAATACTCTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACC < SRR4302535.914945/94‑1 (MQ=60)
ACCAAATACTCTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACC < SRR4302535.399730/94‑1 (MQ=60)
ACCAAATACTCTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACC > SRR4302535.1980813/1‑94 (MQ=60)
CCAAATACTCTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCG < SRR4302535.3675322/94‑1 (MQ=60)
AAATACTCTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCC > SRR4302535.3936995/1‑94 (MQ=60)
ACTCTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATA > SRR4302535.3528278/1‑94 (MQ=60)
TCTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAAT < SRR4302535.4127814/94‑1 (MQ=60)
CTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATT > SRR4302535.4546683/1‑94 (MQ=60)
GCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTC > SRR4302535.1011524/1‑94 (MQ=60)
CTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCT < SRR4302535.2771461/94‑1 (MQ=60)
CCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTT < SRR4302535.1340160/94‑1 (MQ=60)
CAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTA < SRR4302535.2002414/94‑1 (MQ=60)
AGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTAT < SRR4302535.1008297/94‑1 (MQ=60)
AGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTAT > SRR4302535.2497074/1‑94 (MQ=60)
AATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTA > SRR4302535.1889298/1‑94 (MQ=60)
ATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAG > SRR4302535.1757498/1‑94 (MQ=60)
TAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTG < SRR4302535.359465/94‑1 (MQ=60)
GCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGT > SRR4302535.3573777/1‑94 (MQ=60)
ACACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGT < SRR4302535.2441747/94‑1 (MQ=60)
CACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTA > SRR4302535.821861/1‑94 (MQ=60)
CACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTA > SRR4302535.855312/1‑94 (MQ=60)
CATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACA < SRR4302535.1129746/94‑1 (MQ=60)
CTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCT > SRR4302535.1687922/1‑94 (MQ=60)
CTTCAATTCCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATTCCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCT < SRR4302535.1315342/94‑1 (MQ=60)
CAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAAT > SRR4302535.60299/1‑94 (MQ=60)
CAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAAT < SRR4302535.3901399/94‑1 (MQ=60)
ATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTT < SRR4302535.3158815/94‑1 (MQ=60)
ATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTT < SRR4302535.1925614/94‑1 (MQ=60)
TCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCT < SRR4302535.2151769/94‑1 (MQ=60)
AGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTA > SRR4302535.1340962/1‑94 (MQ=60)
TTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACT < SRR4302535.1303296/94‑1 (MQ=60)
TTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTAATAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACT > SRR4302535.4559499/1‑94 (MQ=60)
CTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTG < SRR4302535.2929864/94‑1 (MQ=60)
AATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCT < SRR4302535.372028/94‑1 (MQ=60)
ATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACAT > SRR4302535.4712456/1‑94 (MQ=60)
ATTCATTAATTTGAATCCTTAGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACAT > SRR4302535.1530184/1‑94 (MQ=60)
CATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAA > SRR4302535.2574334/1‑94 (MQ=60)
ATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCTACATCAAT > SRR4302535.3299232/1‑94 (MQ=60)
ATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATNNTCTTACTTGCTCANNANCNAT > SRR4302535.4222774/1‑94 (MQ=60)
TTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAAC > SRR4302535.2520824/1‑94 (MQ=60)
GAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTT > SRR4302535.4433802/1‑94 (MQ=60)
AATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTT > SRR4302535.2679255/1‑94 (MQ=60)
AATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTT < SRR4302535.1229254/94‑1 (MQ=60)
TCCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTAC > SRR4302535.1103320/1‑94 (MQ=60)
CCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACG < SRR4302535.2474227/94‑1 (MQ=60)
CCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACG < SRR4302535.3623954/94‑1 (MQ=60)
CCTTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACG < SRR4302535.2816484/94‑1 (MQ=60)
TTCGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAA > SRR4302535.19924/1‑94 (MQ=60)
CGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAGAT > SRR4302535.799078/1‑94 (MQ=60)
CGTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAAT < SRR4302535.4691283/94‑1 (MQ=60)
GTCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATG < SRR4302535.2231943/94‑1 (MQ=60)
TCATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGC > SRR4302535.1532600/1‑94 (MQ=60)
CATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCA > SRR4302535.4528635/1‑94 (MQ=60)
CATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCA > SRR4302535.4176858/1‑94 (MQ=60)
ATTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAA > SRR4302535.2797258/1‑94 (MQ=60)
TTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAAT > SRR4302535.3118616/1‑94 (MQ=60)
TTTTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAAT < SRR4302535.1776882/94‑1 (MQ=60)
TTATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCT < SRR4302535.4545630/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCT > SRR4302535.3457452/1‑94 (MQ=60)
AAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTC < SRR4302535.249567/94‑1 (MQ=60)
AAAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTC > SRR4302535.2311171/1‑94 (MQ=60)
AAGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTCA > SRR4302535.128349/1‑94 (MQ=60)
AGATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTCAG < SRR4302535.4065450/94‑1 (MQ=60)
GATACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTCAGG < SRR4302535.3088934/94‑1 (MQ=60)
TACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTCAGGAC < SRR4302535.3850144/94‑1 (MQ=60)
TACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTCAGGAC > SRR4302535.3623855/1‑94 (MQ=60)
ACCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTCAGGACA < SRR4302535.2839547/94‑1 (MQ=60)
CCGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTCAGGACAG < SRR4302535.2515333/94‑1 (MQ=60)
|
ACCAAATACTCTTGGCTCCAGAATTAGCACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACTGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTCAGGACAG > NC_000913/2108101‑2108286
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
