Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,795,233 |
T→C |
L220P (CTG→CCG) |
rfaL → |
O‑antigen ligase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,795,233 | 0 | T | C | 100.0%
| 463.4
/ NA
| 146 | L220P (CTG→CCG) | rfaL | O‑antigen ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (97/49); total (97/49) |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
CTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCTGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTA > NC_000913/3795143‑3795322
|
cTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGt > 2:810974/1‑93 (MQ=255)
cTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGt > 2:2029062/1‑93 (MQ=255)
gAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTccc < 2:426149/93‑1 (MQ=255)
aaTCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCtata > 1:1785309/1‑93 (MQ=255)
atcatcCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATaa < 2:2364199/93‑1 (MQ=255)
tcatcCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAt < 2:924873/93‑1 (MQ=255)
atcCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAttt < 2:3695415/93‑1 (MQ=255)
atcCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAttt < 2:2840066/93‑1 (MQ=255)
ccTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTtgt > 2:373050/1‑93 (MQ=255)
cTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTtgtg > 2:2577440/1‑93 (MQ=255)
ttttttATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTgtgt > 2:1749/1‑93 (MQ=255)
tatttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgctg > 2:568413/1‑93 (MQ=255)
tatttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgctg > 1:1319900/1‑93 (MQ=255)
tatttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgctg > 1:1319899/1‑93 (MQ=255)
atttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgctgc < 2:2357970/93‑1 (MQ=255)
atttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgctgc > 1:1915167/1‑93 (MQ=255)
tttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCa > 2:3061692/1‑93 (MQ=255)
tttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCa > 2:535016/1‑93 (MQ=255)
ttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAt < 1:4609992/93‑1 (MQ=255)
ttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAt > 2:127516/1‑93 (MQ=255)
tttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAtt > 1:4066476/1‑93 (MQ=255)
tttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAtt > 1:2067996/1‑93 (MQ=255)
ttattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTa > 2:2493734/1‑93 (MQ=255)
ttattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGCTGCTGCATTa > 1:3815356/1‑93 (MQ=255)
tattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTaa > 1:1482079/1‑93 (MQ=255)
tattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTaa > 1:426617/1‑93 (MQ=255)
tattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTaa > 1:4151575/1‑93 (MQ=255)
tattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTaa > 2:495871/1‑93 (MQ=255)
attaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAAt > 2:3922693/1‑93 (MQ=255)
attaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAAt > 2:4062046/1‑93 (MQ=255)
ttaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATa < 1:744321/93‑1 (MQ=255)
aaaTATTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTCCTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGc < 1:4319141/93‑1 (MQ=255)
aaaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGc > 2:3161647/1‑93 (MQ=255)
aaaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGc > 2:3664180/1‑93 (MQ=255)
aaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCt > 2:1814266/1‑93 (MQ=255)
aaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCt > 2:1424867/1‑93 (MQ=255)
aaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCt > 2:2853406/1‑93 (MQ=255)
aTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtt < 2:3513326/93‑1 (MQ=255)
aTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtt > 2:1884361/1‑93 (MQ=255)
tAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtta > 2:1002403/1‑93 (MQ=255)
tAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtta > 1:2621448/1‑93 (MQ=255)
tAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtta > 1:981476/1‑93 (MQ=255)
tAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCC‑ACTCCCGTTCCCTTTAATTTGTGTTGCTTCATTAATTACttat > 1:1868399/1‑93 (MQ=255)
aGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCttat < 1:3504489/93‑1 (MQ=255)
aGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCttat < 1:3929689/93‑1 (MQ=255)
gTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTCATAGCttatt > 1:2531886/1‑93 (MQ=255)
gTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCttatt > 1:566628/1‑93 (MQ=255)
tGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTtattat < 2:1198477/93‑1 (MQ=255)
tGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTtattat < 2:2617494/93‑1 (MQ=255)
tGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTtattat < 2:470799/93‑1 (MQ=255)
gcgcGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATtata < 2:120229/93‑1 (MQ=255)
gcgcGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATtata < 1:1865709/93‑1 (MQ=255)
gcgcGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATtata > 2:3632811/1‑93 (MQ=255)
gcgGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTataat < 1:1080921/93‑1 (MQ=255)
gcgGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTataat > 1:3773848/1‑93 (MQ=255)
cgGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTataata > 2:2502845/1‑93 (MQ=255)
ggTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTAtaataa > 2:2733857/1‑93 (MQ=255)
ggTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTAtaataa > 1:1187133/1‑93 (MQ=255)
ggTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTAtaataa > 1:164230/1‑93 (MQ=255)
ggTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTAtaataa < 2:72864/93‑1 (MQ=255)
ggTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTAtaataa < 2:3350759/93‑1 (MQ=255)
tACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAAt > 2:649261/1‑93 (MQ=255)
tACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAAt > 2:164124/1‑93 (MQ=255)
aCTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATc > 2:67162/1‑93 (MQ=255)
aCTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATc > 1:3800061/1‑93 (MQ=255)
cTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCa > 2:1084699/1‑93 (MQ=255)
ttATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCAcc < 1:2907138/93‑1 (MQ=255)
ttATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCAcc < 1:3758637/93‑1 (MQ=255)
tATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCAccc > 2:3837645/1‑93 (MQ=255)
aTGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCa > 1:1865160/1‑93 (MQ=255)
tGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCACCCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCaa < 2:3460794/93‑1 (MQ=255)
tGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCaa < 1:2209268/93‑1 (MQ=255)
tGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCaa > 2:3152104/1‑93 (MQ=255)
gTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAg < 1:3889982/93‑1 (MQ=255)
gTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAg > 1:2667952/1‑93 (MQ=255)
ttCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGa > 1:2994206/1‑93 (MQ=255)
cTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGaaa < 1:369472/93‑1 (MQ=255)
tGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAAt > 1:3702661/1‑93 (MQ=255)
tGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAAt > 2:2954894/1‑93 (MQ=255)
cgcTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCa < 2:4440711/93‑1 (MQ=255)
ccaaCACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACt > 2:3614262/3‑93 (MQ=255)
tAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACtt > 1:1021768/1‑93 (MQ=255)
aaCACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTc > 2:2718028/1‑93 (MQ=255)
acacAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTcc < 2:3311352/93‑1 (MQ=255)
cacaAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCct > 2:880571/1‑93 (MQ=255)
acaAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCctc > 1:2632223/1‑93 (MQ=255)
aaaCCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTa > 2:4098344/1‑93 (MQ=255)
aaaCCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTa > 1:571607/1‑93 (MQ=255)
aaaCCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTa > 1:1195261/1‑93 (MQ=255)
aaaCCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTa < 2:661441/93‑1 (MQ=255)
aCCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTAtt > 2:423497/1‑93 (MQ=255)
ccACAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTg < 2:2674567/93‑1 (MQ=255)
agagCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGtt > 1:1024533/1‑93 (MQ=255)
agagCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGtt < 2:573731/93‑1 (MQ=255)
agagCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGtt > 2:2161489/1‑93 (MQ=255)
agCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTct > 2:4399467/1‑93 (MQ=255)
cTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAAtt > 1:1535659/1‑93 (MQ=255)
tACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTg > 2:926672/1‑93 (MQ=255)
aCTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGc > 2:1247520/1‑93 (MQ=255)
tCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCta > 1:2433975/1‑93 (MQ=255)
|
CTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCTGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTA > NC_000913/3795143‑3795322
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCTGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATATT > NC_000913/3795145‑3795326
|
AAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACGCTACTCCCGTTCC > SRR4302535.2698371/1‑94 (MQ=60)
AAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATA > SRR4302535.1798229/1‑94 (MQ=60)
ATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAT < SRR4302535.3735480/94‑1 (MQ=60)
CCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTG < SRR4302535.1918782/94‑1 (MQ=60)
CTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGT < SRR4302535.692572/94‑1 (MQ=60)
TTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTG > SRR4302535.1329331/1‑94 (MQ=60)
TTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTG > SRR4302535.1329330/1‑94 (MQ=60)
TATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGC > SRR4302535.3249648/1‑94 (MQ=60)
TATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGC > SRR4302535.1928969/1‑94 (MQ=60)
TTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATT > SRR4302535.4094302/1‑94 (MQ=60)
TTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATT < SRR4302535.4641314/94‑1 (MQ=60)
TTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATT > SRR4302535.2082901/1‑94 (MQ=60)
TTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGCTGCTGCATTA > SRR4302535.3841680/1‑94 (MQ=60)
TTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAA > SRR4302535.1492678/1‑94 (MQ=60)
TTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAA > SRR4302535.429588/1‑94 (MQ=60)
TTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAA > SRR4302535.1851799/1‑94 (MQ=60)
TTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAA > SRR4302535.4180000/1‑94 (MQ=60)
TATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAAT < SRR4302535.1267276/94‑1 (MQ=60)
TTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAG < SRR4302535.749547/94‑1 (MQ=60)
TTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGACCAGCCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAG < SRR4302535.4216236/94‑1 (MQ=60)
TAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGT > SRR4302535.1005562/1‑94 (MQ=60)
AAATATTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTCCTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCT < SRR4302535.4348689/94‑1 (MQ=60)
ATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTA > SRR4302535.988452/1‑94 (MQ=60)
ATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTA > SRR4302535.2640243/1‑94 (MQ=60)
ATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCC‑ACTCCCGTTCCCTTTAATTTGTGTTGCTTCATTAATTACTTAT > SRR4302535.1881867/1‑94 (MQ=60)
AGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTCATAGCTTATT > SRR4302535.2550129/1‑94 (MQ=60)
AGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATT > SRR4302535.570593/1‑94 (MQ=60)
AGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATT < SRR4302535.3956528/94‑1 (MQ=60)
AGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATT < SRR4302535.3528842/94‑1 (MQ=60)
GCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAA < SRR4302535.1879156/94‑1 (MQ=60)
GCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAA > SRR4302535.4032426/1‑94 (MQ=60)
CGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAAT > SRR4302535.3799876/1‑94 (MQ=60)
GCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATA < SRR4302535.1088610/94‑1 (MQ=60)
CGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAA > SRR4302535.1195616/1‑94 (MQ=60)
CGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAA > SRR4302535.165377/1‑94 (MQ=60)
GTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAAT > SRR4302535.138300/1‑94 (MQ=60)
TACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATC > SRR4302535.3826255/1‑94 (MQ=60)
CTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCAC > SRR4302535.2148546/1‑94 (MQ=60)
TTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACC > SRR4302535.3807790/1‑94 (MQ=60)
TTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACC < SRR4302535.1101881/94‑1 (MQ=60)
TTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCC < SRR4302535.2927684/94‑1 (MQ=60)
TTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCC < SRR4302535.3784623/94‑1 (MQ=60)
TATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCA > SRR4302535.1878605/1‑94 (MQ=60)
TGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAG < SRR4302535.2225004/94‑1 (MQ=60)
TGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAG < SRR4302535.2650982/94‑1 (MQ=60)
TGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAG > SRR4302535.2687048/1‑94 (MQ=60)
GTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGA > SRR4302535.3015197/1‑94 (MQ=60)
GTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGA < SRR4302535.3916653/94‑1 (MQ=60)
TTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAA < SRR4302535.1615638/94‑1 (MQ=60)
CTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAAT > SRR4302535.3728305/1‑94 (MQ=60)
CTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAAT < SRR4302535.372024/94‑1 (MQ=60)
CTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTT > SRR4302535.1029027/1‑94 (MQ=60)
CACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTC > SRR4302535.2651087/1‑94 (MQ=60)
CAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTA > SRR4302535.575621/1‑94 (MQ=60)
CAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTA > SRR4302535.1203821/1‑94 (MQ=60)
CAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTT < SRR4302535.3884640/94‑1 (MQ=60)
CAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTT > SRR4302535.1031812/1‑94 (MQ=60)
CCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATT > SRR4302535.2497267/1‑94 (MQ=60)
CCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATT > SRR4302535.1546724/1‑94 (MQ=60)
CTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTG > SRR4302535.4576303/1‑94 (MQ=60)
CTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTA > SRR4302535.2451509/1‑94 (MQ=60)
TCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTAT > SRR4302535.1996825/1‑94 (MQ=60)
CCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATA > SRR4302535.2586824/1‑94 (MQ=60)
CCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATAT > SRR4302535.3610608/1‑94 (MQ=60)
CGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATATT > SRR4302535.367283/1‑94 (MQ=60)
|
AAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCTGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATATT > NC_000913/3795145‑3795326
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
