Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,795,233 |
T→C |
L220P (CTG→CCG) |
rfaL → |
O‑antigen ligase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,795,233 | 0 | T | C | 99.3%
| 866.9
/ ‑3.4
| 276 | L220P (CTG→CCG) | rfaL | O‑antigen ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (171/103); total (171/105) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.91e-01 |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
CTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCTGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTA > NC_000913/3795143‑3795322
|
cTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGt < 2:7725610/93‑1 (MQ=255)
aaGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTc < 2:5626564/93‑1 (MQ=255)
aGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGCTcc > 1:4693446/1‑93 (MQ=255)
gAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTccc < 2:7295728/93‑1 (MQ=255)
gAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTccc < 2:4834945/93‑1 (MQ=255)
aaaaaTCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCt > 1:7474089/1‑93 (MQ=255)
aaaaTCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCta > 1:2384860/1‑93 (MQ=255)
aaaTCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCtat > 2:3443823/1‑93 (MQ=255)
aaTCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCtata > 1:6437897/1‑93 (MQ=255)
atcatcCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATaa < 1:6846270/93‑1 (MQ=255)
tcatcCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAt < 2:786330/93‑1 (MQ=255)
catcCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAtt < 2:7683370/93‑1 (MQ=255)
catcCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAtt < 2:105089/93‑1 (MQ=255)
ctcCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTGCTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAttt < 1:6980508/92‑1 (MQ=255)
ttttttATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTgtgt > 1:4123919/1‑93 (MQ=255)
tttatttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgc < 2:7051845/93‑1 (MQ=255)
tttatttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgc > 1:7758679/1‑93 (MQ=255)
ttatttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgct > 2:1454883/1‑93 (MQ=255)
tatttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgctg > 2:4408951/1‑93 (MQ=255)
tatttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgctg > 1:7823152/1‑93 (MQ=255)
atttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTtgctgc > 1:3604969/1‑93 (MQ=255)
ttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAt < 2:4669/93‑1 (MQ=255)
ttttattAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAt < 2:2628608/93‑1 (MQ=255)
tgttattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCAt < 1:1085614/91‑1 (MQ=255)
tattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTaa < 1:4375989/93‑1 (MQ=255)
tattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTaa < 1:5840583/93‑1 (MQ=255)
tattaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAAACCTACTCCCGTTACCTATAATTTGTGTTGCTGCATTaa > 1:4506089/1‑93 (MQ=255)
attaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAAt > 2:5713739/1‑93 (MQ=255)
attaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAAt > 1:6632687/1‑93 (MQ=255)
ttaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATa > 2:841655/1‑93 (MQ=255)
ttaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATa > 1:6337910/1‑93 (MQ=255)
ttaAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATa > 1:3277452/1‑93 (MQ=255)
taAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAg > 2:545054/1‑93 (MQ=255)
aaaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGc < 1:205796/93‑1 (MQ=255)
aaaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGc < 2:2970266/93‑1 (MQ=255)
aaaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGc > 2:4257026/1‑93 (MQ=255)
aaaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGc > 1:5037224/1‑93 (MQ=255)
aaaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGc > 1:4964591/1‑93 (MQ=255)
aaTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATCTGTGTTGCTGCATTAATAGCt < 1:5987867/93‑1 (MQ=255)
aTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTGCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTACTAGCtt > 1:5137935/1‑93 (MQ=255)
aTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtt > 2:496816/1‑93 (MQ=255)
aTAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtt > 1:3506951/1‑93 (MQ=255)
tAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCTGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtta < 2:5218206/93‑1 (MQ=255)
tAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtta > 2:3231320/1‑93 (MQ=255)
tAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtta < 1:3218499/93‑1 (MQ=255)
tAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtta > 2:2779993/1‑93 (MQ=255)
tAGTTGCGCGGCACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCtta < 2:4723302/93‑1 (MQ=255)
gTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCttatt > 2:1143158/1‑93 (MQ=255)
ttGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCttatta > 1:6828865/1‑93 (MQ=255)
cgcgGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTataa < 2:3643349/93‑1 (MQ=255)
cgcgGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTataa > 1:1393353/1‑93 (MQ=255)
gcgGTACTTTGTGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTataat > 2:5091491/1‑93 (MQ=255)
gcgGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTataat > 2:6640091/1‑93 (MQ=255)
gcgGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTataat > 1:7068528/1‑93 (MQ=255)
gcgGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTataat > 1:7168650/1‑93 (MQ=255)
cgGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTataata > 2:4099217/1‑93 (MQ=255)
cgGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTataata > 2:6550155/1‑93 (MQ=255)
gTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATaaa < 1:3718704/93‑1 (MQ=255)
aCTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATc < 1:4822859/93‑1 (MQ=255)
cTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCa < 2:3346438/93‑1 (MQ=255)
tttATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCAc > 1:5972780/1‑93 (MQ=255)
tttATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCAc > 2:7581114/1‑93 (MQ=255)
ttATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCAcc > 2:2457678/1‑93 (MQ=255)
aTGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCa > 1:3823037/1‑93 (MQ=255)
aTGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCa > 1:3428884/1‑93 (MQ=255)
tGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCaa > 1:6283594/1‑93 (MQ=255)
tGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCaa < 1:3080686/93‑1 (MQ=255)
tGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCaa > 1:532475/1‑93 (MQ=255)
gTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAg > 2:5203682/1‑93 (MQ=255)
ttCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGa > 1:6227818/1‑93 (MQ=255)
ttCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGa > 1:5412455/1‑93 (MQ=255)
cTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGaaa < 2:7444295/93‑1 (MQ=255)
tGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAAt > 1:4795167/1‑93 (MQ=255)
ggCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAAtt > 2:6344880/1‑93 (MQ=255)
gcTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCAc > 2:3955936/1‑93 (MQ=255)
tAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACtt > 1:1852891/1‑93 (MQ=255)
acacAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTcc > 2:3740876/1‑93 (MQ=255)
cacaAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCct < 2:7159706/93‑1 (MQ=255)
cacaAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCct < 1:1199703/93‑1 (MQ=255)
cacaAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCct < 1:3922768/93‑1 (MQ=255)
caAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCctct > 1:3653325/1‑93 (MQ=255)
aaaCCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTa < 1:5896403/93‑1 (MQ=255)
aCCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTAtt > 1:7572623/1‑93 (MQ=255)
ccAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTg < 2:1923023/93‑1 (MQ=255)
agagCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGtt > 1:7201409/1‑93 (MQ=255)
gagCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTc > 2:314449/1‑93 (MQ=255)
gagCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTc < 2:415390/93‑1 (MQ=255)
agCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTct < 2:6065779/93‑1 (MQ=255)
agCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTct > 1:1612274/1‑93 (MQ=255)
gCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTcta < 2:6465031/93‑1 (MQ=255)
gCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTcta > 2:1243709/1‑93 (MQ=255)
cccTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTaa > 1:2809580/1‑93 (MQ=255)
cTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAAtt < 1:2839950/93‑1 (MQ=255)
tACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTg < 2:6753039/93‑1 (MQ=255)
aCTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGc > 2:3691723/1‑93 (MQ=255)
cTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCt > 2:2544746/1‑93 (MQ=255)
tCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCta > 2:7199168/1‑93 (MQ=255)
tCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCta < 1:2692761/93‑1 (MQ=255)
tCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCta > 1:7446078/1‑93 (MQ=255)
tCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCta < 1:3297318/93‑1 (MQ=255)
|
CTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCTGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTA > NC_000913/3795143‑3795322
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATACTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCTGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATATT > NC_000913/3795140‑3795326
|
ATACTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCC < SRR4302543.7816934/94‑1 (MQ=60)
TACTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCG < SRR4302543.2757320/94‑1 (MQ=60)
AAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGCTCC > SRR4302543.4736301/1‑94 (MQ=60)
GAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCT > SRR4302543.7545652/1‑94 (MQ=60)
AAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTA > SRR4302543.2406454/1‑94 (MQ=60)
AAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTAT > SRR4302543.6869824/1‑94 (MQ=60)
AAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTAT < SRR4302543.5451210/94‑1 (MQ=60)
AAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTAT < SRR4302543.6340444/94‑1 (MQ=60)
AAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATA > SRR4302543.6498553/1‑94 (MQ=60)
AATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAA < SRR4302543.1343757/94‑1 (MQ=60)
ATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAT < SRR4302543.6910868/94‑1 (MQ=60)
ATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAT > SRR4302543.3006413/1‑94 (MQ=60)
ATCATCCTGTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAAT < SRR4302543.6910866/94‑1 (MQ=60)
TCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATT > SRR4302543.536580/1‑94 (MQ=60)
CTCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTGCTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTG < SRR4302543.7046201/94‑1 (MQ=60)
ATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTG < SRR4302543.6887935/94‑1 (MQ=60)
CTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGT > SRR4302543.4161096/1‑94 (MQ=60)
TTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGC > SRR4302543.7831904/1‑94 (MQ=60)
TTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTG > SRR4302543.7896847/1‑94 (MQ=60)
TATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGC > SRR4302543.3793775/1‑94 (MQ=60)
TATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGC > SRR4302543.3636779/1‑94 (MQ=60)
TTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATT > SRR4302543.5737240/1‑94 (MQ=60)
TGTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATT < SRR4302543.1095373/94‑1 (MQ=60)
TTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTA < SRR4302543.6365897/94‑1 (MQ=60)
TTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTA > SRR4302543.1301928/1‑94 (MQ=60)
TTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAA > SRR4302543.294042/1‑94 (MQ=60)
TTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAA > SRR4302543.4547059/1‑94 (MQ=60)
TTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAAACCTACTCCCGTTACCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAA > SRR4302543.4547060/1‑94 (MQ=60)
TATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAAT > SRR4302543.6695267/1‑94 (MQ=60)
TATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAAT < SRR4302543.4415638/94‑1 (MQ=60)
TATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAAT < SRR4302543.5893716/94‑1 (MQ=60)
TATTAAATAGTTGCGCAGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTGCTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAAT < SRR4302543.5986722/94‑1 (MQ=60)
ATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATA > SRR4302543.3307049/1‑94 (MQ=60)
ATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATA > SRR4302543.6397508/1‑94 (MQ=60)
ATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATA > SRR4302543.3307048/1‑94 (MQ=60)
TTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAG > SRR4302543.1612627/1‑94 (MQ=60)
TTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAG < SRR4302543.779979/94‑1 (MQ=60)
TAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGC > SRR4302543.5009785/1‑94 (MQ=60)
TAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGC < SRR4302543.5028125/94‑1 (MQ=60)
TAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGC > SRR4302543.5083038/1‑94 (MQ=60)
AAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCT < SRR4302543.3447225/94‑1 (MQ=60)
AAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCT < SRR4302543.207538/94‑1 (MQ=60)
AAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCT < SRR4302543.7847155/94‑1 (MQ=60)
AATAGTTGCGCGGTGCTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTTCTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTT < SRR4302543.6042738/94‑1 (MQ=60)
AATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTGCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTACTAGCTT > SRR4302543.5184381/1‑94 (MQ=60)
AATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTT < SRR4302543.6042739/94‑1 (MQ=60)
AATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTT < SRR4302543.5043747/94‑1 (MQ=60)
AATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTT > SRR4302543.3538299/1‑94 (MQ=60)
AATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTT > SRR4302543.5184380/1‑94 (MQ=60)
AATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATCTGTGTTGCTGCATTAATAGCTT < SRR4302543.6042740/94‑1 (MQ=60)
ATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTA > SRR4302543.3787070/1‑94 (MQ=60)
ATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTA > SRR4302543.6411017/1‑94 (MQ=60)
ATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTA > SRR4302543.2207246/1‑94 (MQ=60)
TAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTAT < SRR4302543.3247582/94‑1 (MQ=60)
TAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTAT > SRR4302543.3469690/1‑94 (MQ=60)
AGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATT > SRR4302543.948770/1‑94 (MQ=60)
AGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATT > SRR4302543.4792883/1‑94 (MQ=60)
AGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATT < SRR4302543.286483/94‑1 (MQ=60)
GTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTA > SRR4302543.6893332/1‑94 (MQ=60)
GTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCACGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTA > SRR4302543.4962319/1‑94 (MQ=60)
TTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTAT > SRR4302543.6634773/1‑94 (MQ=60)
TTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTAT < SRR4302543.703575/94‑1 (MQ=60)
TTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTAT < SRR4302543.2777794/94‑1 (MQ=60)
TTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTAT < SRR4302543.2617313/94‑1 (MQ=60)
GCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAA > SRR4302543.7321859/1‑94 (MQ=60)
GCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAA > SRR4302543.1405902/1‑94 (MQ=60)
CGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAAT > SRR4302543.7137160/1‑94 (MQ=60)
CGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAAT > SRR4302543.3247960/1‑94 (MQ=60)
CGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAAT > SRR4302543.7552587/1‑94 (MQ=60)
CGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAAT > SRR4302543.7238269/1‑94 (MQ=60)
CGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAAT < SRR4302543.723213/94‑1 (MQ=60)
GCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATA < SRR4302543.4822376/94‑1 (MQ=60)
CGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAA > SRR4302543.7054613/1‑94 (MQ=60)
GGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAA < SRR4302543.392678/94‑1 (MQ=60)
GTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAAT < SRR4302543.3751408/94‑1 (MQ=60)
TACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATC > SRR4302543.4559066/1‑94 (MQ=60)
TACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATC < SRR4302543.7263691/94‑1 (MQ=60)
TACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATC < SRR4302543.1554692/94‑1 (MQ=60)
TACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATC < SRR4302543.3577119/94‑1 (MQ=60)
TACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATC > SRR4302543.6470204/1‑94 (MQ=60)
TCTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCA < SRR4302543.6070643/94‑1 (MQ=60)
ACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCA > SRR4302543.119353/1‑94 (MQ=60)
ACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCA > SRR4302543.5435990/1‑94 (MQ=60)
ACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCA < SRR4302543.3498880/94‑1 (MQ=60)
ACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCA < SRR4302543.4866878/94‑1 (MQ=60)
CTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCAC > SRR4302543.6027488/1‑94 (MQ=60)
CTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCAC > SRR4302543.2775000/1‑94 (MQ=60)
CTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCAC > SRR4302543.5912684/1‑94 (MQ=60)
CTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCAC > SRR4302543.557659/1‑94 (MQ=60)
TTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACC > SRR4302543.3650126/1‑94 (MQ=60)
TATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCA > SRR4302543.3459567/1‑94 (MQ=60)
TATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCA > SRR4302543.3856757/1‑94 (MQ=60)
TATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCA > SRR4302543.3856758/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAA > SRR4302543.6342794/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAA > SRR4302543.718740/1‑94 (MQ=60)
ATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAA > SRR4302543.537407/1‑94 (MQ=60)
TGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAG > SRR4302543.3188886/1‑94 (MQ=60)
TGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAG < SRR4302543.3108386/94‑1 (MQ=60)
TGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAG > SRR4302543.4318753/1‑94 (MQ=60)
TGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACACTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAG > SRR4302543.3188885/1‑94 (MQ=60)
GTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGA > SRR4302543.5461689/1‑94 (MQ=60)
GTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGA > SRR4302543.3577498/1‑94 (MQ=60)
GTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGA > SRR4302543.6286606/1‑94 (MQ=60)
GTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGA > SRR4302543.6336041/1‑94 (MQ=60)
CTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAAT > SRR4302543.4838995/1‑94 (MQ=60)
CTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAAT > SRR4302543.4838993/1‑94 (MQ=60)
CTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAAT > SRR4302543.6998918/1‑94 (MQ=60)
CGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCAC > SRR4302543.3741544/1‑94 (MQ=60)
GCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATTGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACT > SRR4302543.7673664/1‑94 (MQ=60)
GCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACGCAAGAAATTCACT > SRR4302543.1853974/1‑94 (MQ=60)
CTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTT > SRR4302543.1869552/1‑94 (MQ=60)
ACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTGATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCT > SRR4302543.409922/1‑94 (MQ=60)
ACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCT > SRR4302543.6054484/1‑94 (MQ=60)
CACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTC < SRR4302543.3957387/94‑1 (MQ=60)
CACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTC < SRR4302543.1210505/94‑1 (MQ=60)
ACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAACTCACCCAACAACTTCACTTCCTCT > SRR4302543.3262597/1‑94 (MQ=60)
ACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCT > SRR4302543.3685419/1‑94 (MQ=60)
ACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCT > SRR4302543.2312810/1‑94 (MQ=60)
ACAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCT > SRR4302543.3685420/1‑94 (MQ=60)
CAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTA > SRR4302543.4524806/1‑94 (MQ=60)
CAAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTA > SRR4302543.421423/1‑94 (MQ=60)
AAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTAT > SRR4302543.6677284/1‑94 (MQ=60)
AAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTAT > SRR4302543.4563392/1‑94 (MQ=60)
AAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTAT < SRR4302543.5950178/94‑1 (MQ=60)
AAACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTAT < SRR4302543.5950179/94‑1 (MQ=60)
AACCAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATT > SRR4302543.7644656/1‑94 (MQ=60)
CAGAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTT > SRR4302543.7271226/1‑94 (MQ=60)
GAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCT > SRR4302543.1626655/1‑94 (MQ=60)
GAGCAACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCT > SRR4302543.1692784/1‑94 (MQ=60)
ATCCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCTCCCATGAAATTCACTTCCTTTATTGTTCTACTA > SRR4302543.7107596/1‑94 (MQ=60)
AACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTA > SRR4302543.7560777/1‑94 (MQ=60)
ACCCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAA > SRR4302543.2835297/1‑94 (MQ=60)
CCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATT < SRR4302543.747697/94‑1 (MQ=60)
CCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATT < SRR4302543.1997563/94‑1 (MQ=60)
CCTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATT > SRR4302543.752985/1‑94 (MQ=60)
CTACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTG < SRR4302543.2865911/94‑1 (MQ=60)
TACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGC > SRR4302543.4883350/1‑94 (MQ=60)
ACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCT > SRR4302543.2538701/1‑94 (MQ=60)
ACTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCT < SRR4302543.3369214/94‑1 (MQ=60)
CTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTA > SRR4302543.7517436/1‑94 (MQ=60)
CTCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTA > SRR4302543.7517435/1‑94 (MQ=60)
TCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTAT < SRR4302543.2717174/94‑1 (MQ=60)
TCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTAT < SRR4302543.3327070/94‑1 (MQ=60)
TCCCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTAT < SRR4302543.5183564/94‑1 (MQ=60)
CCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATAT < SRR4302543.6702750/94‑1 (MQ=60)
CCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATAT < SRR4302543.1516482/94‑1 (MQ=60)
CCGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACACAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATAT > SRR4302543.2439122/1‑94 (MQ=60)
CGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATATT > SRR4302543.4103529/1‑94 (MQ=60)
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ATACTAAGAAAAATCATCCTTTTTTATTTTTATTAAATAGTTGCGCGGTACTTTATGTTCTGGCGCTAACACAAACCAGAGCAACCCTACTCCTGTTCCCTATAATTTGTGTTGCTGCATTAATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATATT > NC_000913/3795140‑3795326
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
