Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,275,617 |
A→G |
intergenic (+105/‑441) |
soxR → / → yjcD |
SoxR/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,275,617 | 0 | A | G | 99.2%
| 720.6
/ ‑3.5
| 234 | intergenic (+105/‑441) | soxR/yjcD | SoxR/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (101/131); total (103/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.24e-01 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GCTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCACGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCGCA > NC_000913/4275527‑4275705
|
cTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgt > 1:1256453/1‑93 (MQ=255)
cTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgt > 2:3484792/1‑93 (MQ=255)
cTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgt > 2:1685269/1‑93 (MQ=255)
tttAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgtg < 1:1509994/93‑1 (MQ=255)
tAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGCGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgtggt < 1:3299908/93‑1 (MQ=255)
tAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCgtggt < 2:3113076/93‑1 (MQ=255)
gtttgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGtggtgg > 2:2432563/1‑93 (MQ=255)
gtttgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGtggggg > 2:3244801/1‑93 (MQ=255)
tttgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGa < 2:1358051/93‑1 (MQ=255)
tttgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGa < 2:1456723/93‑1 (MQ=255)
tttgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGa < 2:2221591/93‑1 (MQ=255)
ttgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAg < 1:1321103/93‑1 (MQ=255)
tgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAgg < 2:3669896/93‑1 (MQ=255)
tgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAgg > 2:1999705/1‑93 (MQ=255)
tgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAgg > 1:1468980/1‑93 (MQ=255)
tgtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCACGTGGTGGAgg > 1:3180698/1‑93 (MQ=255)
tttttCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGt < 2:2509176/92‑1 (MQ=255)
gtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGt < 2:3848121/93‑1 (MQ=255)
gtttTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGt > 2:4460869/1‑93 (MQ=255)
ttCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTcc < 2:1020275/93‑1 (MQ=255)
ttCAGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTcc < 2:941897/93‑1 (MQ=255)
cGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGt < 2:4614166/93‑1 (MQ=255)
gtctttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTg > 2:1182090/1‑93 (MQ=255)
gtctttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGCTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTg > 1:4035964/1‑93 (MQ=255)
actttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTTGAGGGTCCGGTTgg > 2:3945719/2‑93 (MQ=255)
ttttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGgt < 2:214964/92‑1 (MQ=255)
ttttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGgt < 2:3352896/92‑1 (MQ=255)
ctttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGgt < 1:2836277/93‑1 (MQ=255)
ctttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGgt > 2:2249318/1‑93 (MQ=255)
ctttgtctttCGCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGgt < 1:1839388/93‑1 (MQ=255)
tttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGgtg > 1:3492473/1‑93 (MQ=255)
tttgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGgtg < 2:3051319/93‑1 (MQ=255)
tgtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGtt < 1:246654/93‑1 (MQ=255)
tgtctttCTCTCTACCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGtt < 1:4162729/93‑1 (MQ=255)
gtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTg > 2:3803323/1‑93 (MQ=255)
gtctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTg > 2:1915465/1‑93 (MQ=255)
tctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGa < 1:2086584/93‑1 (MQ=255)
ctttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGCGTTGAt > 1:912877/1‑93 (MQ=255)
tctctctcTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATg < 2:372537/91‑1 (MQ=255)
ttCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGc < 1:4292080/93‑1 (MQ=255)
ctctctATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCtt > 1:1667417/1‑93 (MQ=255)
tctATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTaa > 2:4283085/1‑93 (MQ=255)
tctATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTaa < 1:4097847/93‑1 (MQ=255)
ctATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAAt > 1:968143/1‑93 (MQ=255)
tATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAAtt > 1:449665/1‑93 (MQ=255)
tATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAAtt < 1:4439334/93‑1 (MQ=255)
tATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAAtt > 1:2898772/1‑93 (MQ=255)
tATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTGCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAAtt < 1:728878/93‑1 (MQ=255)
aTCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTg > 1:1117136/1‑93 (MQ=255)
tCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGt < 1:2157457/93‑1 (MQ=255)
tCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGCGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGt > 1:1086672/1‑93 (MQ=255)
cccGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTa < 2:2275977/93‑1 (MQ=255)
cccGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTa < 1:2169812/93‑1 (MQ=255)
cccGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTa < 1:1578489/93‑1 (MQ=255)
cccGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGGTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTa > 2:1494715/1‑93 (MQ=255)
ccGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTAt < 2:1307322/93‑1 (MQ=255)
ccGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTAt < 2:3019495/93‑1 (MQ=255)
cGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATg < 1:3662299/93‑1 (MQ=255)
gCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGt > 1:238654/1‑93 (MQ=255)
gCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGt < 1:46362/93‑1 (MQ=255)
cTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTc > 2:4330609/1‑93 (MQ=255)
tGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCa > 2:496235/1‑93 (MQ=255)
tGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCa > 2:2670549/1‑93 (MQ=255)
ggTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCAc < 1:3226937/93‑1 (MQ=255)
gTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCAcc < 2:2759116/93‑1 (MQ=255)
cacaGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGGTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGAc > 2:1802456/1‑93 (MQ=255)
acaGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACg > 2:1074550/1‑93 (MQ=255)
caGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGt > 2:573447/1‑93 (MQ=255)
caGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGt > 2:2850126/1‑93 (MQ=255)
aggaggGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGtt > 1:1953403/1‑93 (MQ=255)
aggaggGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGtt > 1:1044457/1‑93 (MQ=255)
gaggGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTttc < 2:1616101/93‑1 (MQ=255)
aggGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTttct < 2:2957713/93‑1 (MQ=255)
gggTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTttctt < 1:4093091/93‑1 (MQ=255)
gttttCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCGCCGACGTttcttc < 2:4662817/91‑1 (MQ=255)
tttCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGc > 1:887273/1‑93 (MQ=255)
tCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGTCa > 1:4572627/1‑93 (MQ=255)
ccccGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAgt < 1:566836/93‑1 (MQ=255)
cccGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAgtg < 1:3829097/93‑1 (MQ=255)
cccGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAgtg > 1:1706296/1‑93 (MQ=255)
ccGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAgtgt < 1:4019302/93‑1 (MQ=255)
cGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTa < 2:1877314/93‑1 (MQ=255)
aCGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTaaa < 2:3563789/93‑1 (MQ=255)
tCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTAAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGt < 1:3426129/93‑1 (MQ=255)
tCAACACACCTCATTCGACCGCGTGGCGGAGGTTCCCGTTGGGGCTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGCTTCTTCTCCAGCGTAAAAGt > 2:4097088/1‑93 (MQ=255)
cAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGta < 2:826226/93‑1 (MQ=255)
cAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGta < 2:4184240/93‑1 (MQ=255)
aaCACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGtat < 2:633958/93‑1 (MQ=255)
acacacCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGtata < 1:4202329/93‑1 (MQ=255)
acacacCTCATTCGAGCACGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGtata > 2:2456599/1‑93 (MQ=255)
ccacCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACt < 1:296572/92‑1 (MQ=255)
acacCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACt < 2:3729147/93‑1 (MQ=255)
acCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACttt > 1:4105843/1‑93 (MQ=255)
cTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACttttt > 2:1404668/1‑93 (MQ=255)
tCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTa > 1:2270656/1‑93 (MQ=255)
aTTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGGTGCTTTAATTGTATGTCCCCGACGTTTCTTCGCCAGTGTACAAGTATACTTTTTAAc > 1:822516/1‑93 (MQ=255)
aTTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAAc > 2:4018157/1‑93 (MQ=255)
ttCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAAcc < 2:1742879/93‑1 (MQ=255)
tCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCg < 2:1310988/93‑1 (MQ=255)
gAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCGCa < 1:2639150/93‑1 (MQ=255)
|
GCTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCACGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCGCA > NC_000913/4275527‑4275705
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGCGCTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCACGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCGCAATATT > NC_000913/4275524‑4275710
|
GGCGCTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCG < SRR4302535.594809/94‑1 (MQ=60)
CGCTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCG > SRR4302535.785523/1‑94 (MQ=60)
GCTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGT > SRR4302535.1265440/1‑94 (MQ=60)
CTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGCTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTG > SRR4302535.3152006/1‑94 (MQ=60)
TTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGG < SRR4302535.1520874/94‑1 (MQ=60)
TTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGG > SRR4302535.3221707/1‑94 (MQ=60)
TATTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTG < SRR4302535.4286067/94‑1 (MQ=60)
TAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGCGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTG < SRR4302535.3322857/94‑1 (MQ=60)
TAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTG < SRR4302535.1397345/94‑1 (MQ=60)
AGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGG > SRR4302535.1140087/1‑94 (MQ=60)
AGTTTGTTTGCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGG < SRR4302535.1625006/94‑1 (MQ=60)
TTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGG < SRR4302535.1330535/94‑1 (MQ=60)
TTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGG > SRR4302535.1479504/1‑94 (MQ=60)
TTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCACGTGGTGGAGG > SRR4302535.3202685/1‑94 (MQ=60)
TCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGG < SRR4302535.3028927/94‑1 (MQ=60)
CGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTT > SRR4302535.4097158/1‑94 (MQ=60)
GGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTG > SRR4302535.3822621/1‑94 (MQ=60)
GGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTG > SRR4302535.3516343/1‑94 (MQ=60)
GGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGCTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTG > SRR4302535.4063591/1‑94 (MQ=60)
CTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTG > SRR4302535.3516746/1‑94 (MQ=60)
CTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTG < SRR4302535.2856404/94‑1 (MQ=60)
CTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTG < SRR4302535.4540324/94‑1 (MQ=60)
CTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTG > SRR4302535.1107854/1‑94 (MQ=60)
CTTTGTCTTTCGCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTG < SRR4302535.1852655/94‑1 (MQ=60)
TTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGT < SRR4302535.1625762/94‑1 (MQ=60)
TGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTG < SRR4302535.248345/94‑1 (MQ=60)
TGTCTTTCTCTCTACCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTG < SRR4302535.4191223/94‑1 (MQ=60)
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GTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGA > SRR4302535.930425/1‑94 (MQ=60)
TCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGAT > SRR4302535.678077/1‑94 (MQ=60)
TCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGAT < SRR4302535.2101614/94‑1 (MQ=60)
TCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGAT > SRR4302535.169231/1‑94 (MQ=60)
TCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGAT < SRR4302535.4519804/94‑1 (MQ=60)
TCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGCGTTGAT > SRR4302535.919365/1‑94 (MQ=60)
CTTGCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATG < SRR4302535.2275563/94‑1 (MQ=60)
TTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCT > SRR4302535.1301175/1‑94 (MQ=60)
TTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCT < SRR4302535.4676926/94‑1 (MQ=60)
TTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCT < SRR4302535.4321456/94‑1 (MQ=60)
TTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCT > SRR4302535.2578507/1‑94 (MQ=60)
TCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTT > SRR4302535.1679480/1‑94 (MQ=60)
CTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAT > SRR4302535.3586303/1‑94 (MQ=60)
CTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAT > SRR4302535.2479125/1‑94 (MQ=60)
CTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAA < SRR4302535.4249369/94‑1 (MQ=60)
TCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTCAT > SRR4302535.2127837/1‑94 (MQ=60)
TCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAAT < SRR4302535.4125896/94‑1 (MQ=60)
TCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAAT > SRR4302535.975023/1‑94 (MQ=60)
CTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATT > SRR4302535.452814/1‑94 (MQ=60)
CTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATT > SRR4302535.2919270/1‑94 (MQ=60)
TATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTG < SRR4302535.4469764/94‑1 (MQ=60)
TATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTG > SRR4302535.1125102/1‑94 (MQ=60)
TATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTGCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTG < SRR4302535.733991/94‑1 (MQ=60)
ATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGT < SRR4302535.3660723/94‑1 (MQ=60)
ATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGCGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGT > SRR4302535.1094398/1‑94 (MQ=60)
TCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTA < SRR4302535.2172965/94‑1 (MQ=60)
CCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTAT > SRR4302535.17403/1‑94 (MQ=60)
CCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTAT < SRR4302535.1589884/94‑1 (MQ=60)
CCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTAT < SRR4302535.2185351/94‑1 (MQ=60)
CCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTAT > SRR4302535.332221/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGT < SRR4302535.4469668/94‑1 (MQ=60)
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CGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGT < SRR4302535.3687658/94‑1 (MQ=60)
CGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGA > SRR4302535.239094/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTC < SRR4302535.46713/94‑1 (MQ=60)
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CTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCA > SRR4302535.793350/1‑94 (MQ=60)
CTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCA > SRR4302535.1483037/1‑94 (MQ=60)
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GTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGC > SRR4302535.893555/1‑94 (MQ=60)
GTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGC < SRR4302535.2867753/94‑1 (MQ=60)
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CCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGT < SRR4302535.3855507/94‑1 (MQ=60)
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GTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGT > SRR4302535.1577018/1‑94 (MQ=60)
GTCAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGT < SRR4302535.4031443/94‑1 (MQ=60)
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CAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTAT > SRR4302535.535319/1‑94 (MQ=60)
CAACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTAT < SRR4302535.2472370/94‑1 (MQ=60)
ACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATAC < SRR4302535.2181923/94‑1 (MQ=60)
ACACACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATAC < SRR4302535.4231080/94‑1 (MQ=60)
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ACCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTT < SRR4302535.2832359/94‑1 (MQ=60)
CCTCATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTT < SRR4302535.1984665/94‑1 (MQ=60)
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CATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGGTGCTTTAATTGTATGTCCCCGACGTTTCTTCGCCAGTGTACAAGTATACTTTTTAAC > SRR4302535.828281/1‑94 (MQ=60)
CATTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAAC > SRR4302535.4053532/1‑94 (MQ=60)
TTCGAGCGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCG < SRR4302535.926780/94‑1 (MQ=60)
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CGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCGCAATAT < SRR4302535.2624993/94‑1 (MQ=60)
CGCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCGCAATAT < SRR4302535.3323714/94‑1 (MQ=60)
GCGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCGCAATATT < SRR4302535.4039398/94‑1 (MQ=60)
|
GGCGCTTTAGTTTGTTTTCCGGTCTTTGTCTTTCTCTCTATCCCGCTGGTACACAGGAGGGTTTCCCCCGACGTCAACACACCTCATTCGAGCACGTGGTGGAGGTTCCGGTTGGTGTTGATGCTTTAATTGTATGTCACCGACGTTTCTTCGCCAGTGTAAAAGTATACTTTTTAACCGCAATATT > NC_000913/4275524‑4275710
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
