Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,560,261 |
C→T |
intergenic (‑17/+51) |
yjiJ ← / ← yjiK |
putative transport protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,560,261 | 0 | C | T | 100.0%
| 801.7
/ NA
| 219 | intergenic (‑17/+51) | yjiJ/yjiK | putative transport protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (104/115); total (104/115) |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
AAGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTCATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATAAAAACGATT > NC_000913/4560171‑4560350
|
aaGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTAt < 1:3931903/93‑1 (MQ=255)
aaGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTAt > 1:3489071/1‑93 (MQ=255)
aGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTAtt < 2:1947598/93‑1 (MQ=255)
ggTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTAttt < 2:1074942/93‑1 (MQ=255)
gAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTttgtt > 1:2239046/1‑93 (MQ=255)
gAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTttgtt > 1:4434400/1‑93 (MQ=255)
aCCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTtgttgt < 1:4519256/93‑1 (MQ=255)
aCCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTtgttgt > 1:2845606/1‑93 (MQ=255)
aCCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTtgttgt > 1:1930980/1‑93 (MQ=255)
aCCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTtgttgt < 2:2961707/93‑1 (MQ=255)
ccAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTgttgtt > 2:4671973/1‑93 (MQ=255)
cAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTa > 2:1809254/1‑93 (MQ=255)
aGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTaa > 2:3666856/1‑93 (MQ=255)
tCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAg > 1:424124/1‑93 (MQ=255)
tCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAg < 1:3790485/93‑1 (MQ=255)
ccGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGtt > 1:4317668/1‑93 (MQ=255)
gAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTtaa < 2:4479549/93‑1 (MQ=255)
gAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGCGATGCGTGGACGAAGGGATGTTTAACCTTCTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTtaa > 2:657080/1‑93 (MQ=255)
caaaaGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTtaa < 1:2616600/92‑1 (MQ=255)
aaaaGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTtaat < 1:2036159/93‑1 (MQ=255)
aaaGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTtaata < 1:2999969/93‑1 (MQ=255)
aaaGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTtaata < 2:3242610/93‑1 (MQ=255)
aGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAAc < 2:1663730/93‑1 (MQ=255)
gcgcGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACa > 2:406725/1‑93 (MQ=255)
gcgcGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACa < 1:2823418/93‑1 (MQ=255)
gcgGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACaaa > 1:4070534/1‑93 (MQ=255)
cgGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACaaaa > 1:140155/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACaaaaa < 2:3271341/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACaaaaa < 2:2025345/93‑1 (MQ=255)
gTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAg > 2:1004232/1‑93 (MQ=255)
gTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAg < 2:3420095/93‑1 (MQ=255)
tGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAgg < 2:2135919/93‑1 (MQ=255)
gCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGt < 1:3106649/93‑1 (MQ=255)
cTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTg > 2:385836/1‑93 (MQ=255)
cTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTg < 2:587769/93‑1 (MQ=255)
gaaagaaaAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGaa < 2:4579888/93‑1 (MQ=255)
gaaagaaaAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGaa > 1:231630/1‑93 (MQ=255)
aagaaaAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAga > 1:3243058/1‑92 (MQ=255)
aagaaaAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGc > 2:2304313/1‑93 (MQ=255)
agaaaAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCa < 1:4037642/93‑1 (MQ=255)
agaaaAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCa > 1:710044/1‑93 (MQ=255)
gaaaAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCAt > 1:1226896/1‑93 (MQ=255)
aaaaGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATg < 2:3516626/93‑1 (MQ=255)
aaaGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGc > 1:3874839/1‑93 (MQ=255)
gTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGcc > 1:1720788/1‑93 (MQ=255)
ttCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCt < 1:336070/93‑1 (MQ=255)
cTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGt < 1:4425207/93‑1 (MQ=255)
cTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGt < 1:2072813/93‑1 (MQ=255)
gggATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAAt > 2:4100442/1‑93 (MQ=255)
gggATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAAt < 1:3456119/93‑1 (MQ=255)
gggATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAAt < 1:1880270/93‑1 (MQ=255)
ggATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATg > 2:2773239/1‑93 (MQ=255)
gATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGc < 2:370639/93‑1 (MQ=255)
gATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGc < 2:4363778/93‑1 (MQ=255)
gATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGc < 2:721555/93‑1 (MQ=255)
tGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCga > 1:4072029/1‑93 (MQ=255)
tGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCga < 2:3976543/93‑1 (MQ=255)
gCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCgat < 1:3800110/93‑1 (MQ=255)
gCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCgat < 2:2262859/93‑1 (MQ=255)
gTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCgatga < 1:549988/93‑1 (MQ=255)
gTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCgatga < 1:776395/93‑1 (MQ=255)
ggACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGAtt < 2:1435104/93‑1 (MQ=255)
aCGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGa < 2:2523867/93‑1 (MQ=255)
cGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAg < 2:3128093/93‑1 (MQ=255)
gAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAgg > 1:2450344/1‑93 (MQ=255)
gAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAgg > 2:1107013/1‑93 (MQ=255)
aaGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAggg < 2:550453/93‑1 (MQ=255)
aaGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAggg < 2:1688902/93‑1 (MQ=255)
aaGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAggg < 1:4297811/93‑1 (MQ=255)
aaGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAggg > 2:736891/1‑93 (MQ=255)
aGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTTATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAgggg > 2:2722993/1‑93 (MQ=255)
aGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAgggg > 1:8173/1‑93 (MQ=255)
aGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAgggg > 2:3494525/1‑93 (MQ=255)
gCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTa > 2:134646/1‑93 (MQ=255)
gCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTa > 1:4567234/1‑93 (MQ=255)
aTGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTaaa > 2:3777798/1‑93 (MQ=255)
tGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAg > 2:844443/1‑93 (MQ=255)
gTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGc > 2:1460458/1‑93 (MQ=255)
gTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGc < 2:3577260/93‑1 (MQ=255)
tttAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCg > 2:3401948/1‑93 (MQ=255)
ttAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGa < 2:761144/93‑1 (MQ=255)
ttAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGa > 1:1763422/1‑93 (MQ=255)
tAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGAt < 2:4205442/93‑1 (MQ=255)
aCCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATaa > 1:1016849/1‑93 (MQ=255)
aCCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATaa > 1:4204396/1‑93 (MQ=255)
ccTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATaaa > 2:1564285/1‑93 (MQ=255)
cTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATaaaa > 1:1357040/1‑93 (MQ=255)
cTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATaaaa > 2:3459852/1‑93 (MQ=255)
ttgtttgtTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATaaaaa < 2:1468830/93‑1 (MQ=255)
ttgtttgtTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATaaaaa > 1:4062556/1‑93 (MQ=255)
ttgtttgtTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATaaaaa < 1:3612761/93‑1 (MQ=255)
ttgtttgtTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATaaaaa < 1:2791611/93‑1 (MQ=255)
tgtttgttATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATAAAAAc < 1:1512772/93‑1 (MQ=255)
tgtttgttATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATAAAAAc < 2:4119594/93‑1 (MQ=255)
tgtttgttATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATAAAAAc < 1:2757840/93‑1 (MQ=255)
gtttgtTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATAAAAACg < 2:3221161/93‑1 (MQ=255)
tttgtTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATAAAAACGa < 2:3313825/93‑1 (MQ=255)
ttgtTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATAAAAACGAt < 2:2420693/93‑1 (MQ=255)
ttgtTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATAAAAACGAt < 2:3010078/93‑1 (MQ=255)
tgtTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATAAAAACGAtt > 1:1267450/1‑93 (MQ=255)
|
AAGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTCATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATAAAAACGATT > NC_000913/4560171‑4560350
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCTAAGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTCATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGGGTAAAGCGATAAAAACGATTTGGT > NC_000913/4560168‑4560354
|
CCTAAGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTT < SRR4302535.269254/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTT > SRR4302535.4220312/1‑94 (MQ=60)
CTAAGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTA > SRR4302535.1479354/1‑94 (MQ=60)
CTAAGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTA < SRR4302535.4060241/94‑1 (MQ=60)
TAAGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTAT < SRR4302535.778317/94‑1 (MQ=60)
TAAGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTAT > SRR4302535.3513291/1‑94 (MQ=60)
AAGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATT < SRR4302535.3204339/94‑1 (MQ=60)
AAGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATT < SRR4302535.3958744/94‑1 (MQ=60)
AAGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATT > SRR4302535.1672853/1‑94 (MQ=60)
AGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTT > SRR4302535.4098753/1‑94 (MQ=60)
AGGTCAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTT < SRR4302535.1841651/94‑1 (MQ=60)
CAGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGT > SRR4302535.3772402/1‑94 (MQ=60)
AGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTT > SRR4302535.4464789/1‑94 (MQ=60)
AGAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTT > SRR4302535.2254976/1‑94 (MQ=60)
GAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTG > SRR4302535.58727/1‑94 (MQ=60)
GAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTG < SRR4302535.3470559/94‑1 (MQ=60)
GAACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTG < SRR4302535.1409928/94‑1 (MQ=60)
AACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGT > SRR4302535.4082777/1‑94 (MQ=60)
AACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGT > SRR4302535.2865779/1‑94 (MQ=60)
AACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGT > SRR4302535.1944896/1‑94 (MQ=60)
ACCAGCATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTT < SRR4302535.4550231/94‑1 (MQ=60)
CATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAA < SRR4302535.4097304/94‑1 (MQ=60)
ATCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAG > SRR4302535.427083/1‑94 (MQ=60)
TCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGT < SRR4302535.3816622/94‑1 (MQ=60)
TCCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGT < SRR4302535.2846479/94‑1 (MQ=60)
CCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGATGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTT > SRR4302535.1069401/1‑94 (MQ=60)
CCCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTT > SRR4302535.4347207/1‑94 (MQ=60)
CCGAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTA > SRR4302535.374542/1‑94 (MQ=60)
CAAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAAT < SRR4302535.2635360/94‑1 (MQ=60)
AAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATA < SRR4302535.2967886/94‑1 (MQ=60)
AAAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATA < SRR4302535.2050825/94‑1 (MQ=60)
AAAGCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAA < SRR4302535.3021001/94‑1 (MQ=60)
GCGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAA < SRR4302535.2843459/94‑1 (MQ=60)
CGCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAA > SRR4302535.4098389/1‑94 (MQ=60)
GCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAA < SRR4302535.2691386/94‑1 (MQ=60)
GCGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAA > SRR4302535.141140/1‑94 (MQ=60)
CGGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAA < SRR4302535.1827111/94‑1 (MQ=60)
GGTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAG < SRR4302535.548520/94‑1 (MQ=60)
GTGCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGG < SRR4302535.4436619/94‑1 (MQ=60)
GCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTG < SRR4302535.3566514/94‑1 (MQ=60)
GCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTG < SRR4302535.3128278/94‑1 (MQ=60)
GCTGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTG < SRR4302535.4437293/94‑1 (MQ=60)
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TGAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAA < SRR4302535.4040836/94‑1 (MQ=60)
GAAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAG < SRR4302535.808538/94‑1 (MQ=60)
AAAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGA > SRR4302535.3265587/1‑94 (MQ=60)
AAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCA > SRR4302535.2176919/1‑94 (MQ=60)
AAGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCA > SRR4302535.715028/1‑94 (MQ=60)
AGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCAT > SRR4302535.1235670/1‑94 (MQ=60)
AGAAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCAT < SRR4302535.4065280/94‑1 (MQ=60)
AAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGC > SRR4302535.3901462/1‑94 (MQ=60)
AAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGC > SRR4302535.4044907/1‑94 (MQ=60)
AAAAGCGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGC > SRR4302535.4150286/1‑94 (MQ=60)
CGTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCC > SRR4302535.1733234/1‑94 (MQ=60)
GTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCT < SRR4302535.1915987/94‑1 (MQ=60)
GTTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCT < SRR4302535.2378479/94‑1 (MQ=60)
TTCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTG < SRR4302535.338396/94‑1 (MQ=60)
TCTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGT < SRR4302535.3861732/94‑1 (MQ=60)
CTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTT < SRR4302535.2087746/94‑1 (MQ=60)
CTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTT < SRR4302535.4239699/94‑1 (MQ=60)
CTACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTT < SRR4302535.4455517/94‑1 (MQ=60)
TACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTA > SRR4302535.3823841/1‑94 (MQ=60)
ACGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAA < SRR4302535.2789710/94‑1 (MQ=60)
CGGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAAT < SRR4302535.4536318/94‑1 (MQ=60)
GGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATG < SRR4302535.3480141/94‑1 (MQ=60)
GGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATG < SRR4302535.1303849/94‑1 (MQ=60)
GGGATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATG < SRR4302535.1893819/94‑1 (MQ=60)
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ATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGT > SRR4302535.3910266/1‑94 (MQ=60)
ATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGA > SRR4302535.4099895/1‑94 (MQ=60)
ATGCGTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGA > SRR4302535.2840857/1‑94 (MQ=60)
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GTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGAT < SRR4302535.553835/94‑1 (MQ=60)
GTGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGAT > SRR4302535.3461710/1‑94 (MQ=60)
TGGACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATT < SRR4302535.4460349/94‑1 (MQ=60)
ACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAG < SRR4302535.4591359/94‑1 (MQ=60)
ACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAG > SRR4302535.1391888/1‑94 (MQ=60)
ACGAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAG < SRR4302535.2199409/94‑1 (MQ=60)
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GAAGGCATGTTTAACCTTGTTTGTTATTTTTGTTGTTAACAAGTTAATAACAAAAAGGTGAAGCATGCCAGCCTGTTAATGCGATGATTGAGGG < SRR4302535.1274372/94‑1 (MQ=60)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
