Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
689,228 |
T→C |
S293G (AGC→GGC) |
lnt ← |
apolipoprotein N‑acyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 689,228 | 0 | T | C | 99.6%
| 880.8
/ ‑5.2
| 275 | S293G (AGC→GGC) | lnt | apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (138/136); total (138/137) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.34e-01 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
CACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATAA > NC_000913/689138‑689317
|
cACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCAc < 1:6539143/93‑1 (MQ=255)
cACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGAGCGTCGACAATCACGGTTACCAGCGAGCCAc > 2:3456085/1‑93 (MQ=255)
aCCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCAcc > 1:7118276/1‑93 (MQ=255)
aCCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCAcc < 1:3169907/93‑1 (MQ=255)
cTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCGCCtt > 2:7416761/1‑93 (MQ=255)
cTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCtt > 1:387917/1‑93 (MQ=255)
tttACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCttt > 1:6465785/1‑93 (MQ=255)
tttACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCttt > 2:6914302/1‑93 (MQ=255)
tttACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAACCCCGGTTACCAGCGAGCCACCttt > 1:4197200/1‑93 (MQ=255)
ttACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTa < 2:2339260/93‑1 (MQ=255)
gCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCa < 1:1084734/93‑1 (MQ=255)
gTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAAc < 1:4849602/93‑1 (MQ=255)
tgatgaTGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACt > 1:8375505/1‑93 (MQ=255)
gatgatGGTGTGTTAGTGATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCTCCTTTATCACGCAACTc < 1:5339352/93‑1 (MQ=255)
atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACCATCCCGGTTAACAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCa > 1:6181400/1‑93 (MQ=255)
atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCa < 2:1819291/93‑1 (MQ=255)
tgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTAGCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCAc > 1:8313637/1‑93 (MQ=255)
gatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCAcc < 1:808060/93‑1 (MQ=255)
gatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCAcc < 2:4768594/93‑1 (MQ=255)
atgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCg < 2:9432655/93‑1 (MQ=255)
tgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGt < 2:10016426/93‑1 (MQ=255)
ggTGTTGTAGGTCGCGTAGCGGGTCTGCTTATTGTGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGAGAGCCACCTTTATCACGCCACTCAcccgc > 2:2895977/1‑90 (MQ=255)
gtgtTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCTTcc > 1:7693980/1‑93 (MQ=255)
tgttgtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCCCCGTCCa < 2:3976333/93‑1 (MQ=255)
tgttgtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCa < 2:9707825/93‑1 (MQ=255)
gttgtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAg > 2:8239265/1‑93 (MQ=255)
ttgtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCCCCGTCCAGt > 2:2435170/1‑93 (MQ=255)
tgtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTg > 2:3026837/1‑93 (MQ=255)
gtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGc > 1:9703638/1‑93 (MQ=255)
aGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCtt < 1:5764848/93‑1 (MQ=255)
aGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCtt > 1:2680291/1‑93 (MQ=255)
ggTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCttt < 1:4082080/93‑1 (MQ=255)
gTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTg > 2:1992408/1‑93 (MQ=255)
tATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTgg > 1:4775415/1‑92 (MQ=255)
tATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGa < 1:9397289/93‑1 (MQ=255)
aTCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAg > 1:6485640/1‑93 (MQ=255)
tCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAgg > 1:203451/1‑93 (MQ=255)
tCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAgg < 2:3144070/93‑1 (MQ=255)
tCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAgg > 1:4565752/1‑93 (MQ=255)
tCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAgg > 2:8027039/1‑93 (MQ=255)
gTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGaa > 2:5872406/1‑93 (MQ=255)
gTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGaa < 2:1087240/93‑1 (MQ=255)
gTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGaa < 1:553694/93‑1 (MQ=255)
tAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAAc > 2:1698601/1‑93 (MQ=255)
aGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACg < 1:1869673/93‑1 (MQ=255)
gCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACgg > 1:1816402/1‑93 (MQ=255)
gCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACgg > 2:6563899/1‑93 (MQ=255)
cGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGt < 2:6381375/93‑1 (MQ=255)
gTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTg > 1:8653240/1‑93 (MQ=255)
gTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTg > 1:8999157/1‑93 (MQ=255)
ttCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGc > 2:7814426/1‑93 (MQ=255)
ttCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGc < 2:3260113/93‑1 (MQ=255)
ttCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGc < 1:5242497/93‑1 (MQ=255)
cTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACACTCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTCTCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTCGCTg > 2:7740187/1‑93 (MQ=255)
tGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGa > 2:2715885/1‑93 (MQ=255)
cTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGAtt > 1:9300414/1‑93 (MQ=255)
cTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGAtt > 2:4480972/1‑93 (MQ=255)
ttATTGAGACGCGCGTCGACAAACCCGGTTACCAGCGAGCCACCCTTATCACGCAACTCACCGGCCAGGGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTa > 2:8990409/1‑93 (MQ=255)
tATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTaa > 1:446217/1‑93 (MQ=255)
tATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTaa < 1:505937/93‑1 (MQ=255)
aTTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAAt > 2:5585330/1‑93 (MQ=255)
aTTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAAt < 1:6767392/93‑1 (MQ=255)
ttGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAAtt > 2:5121597/1‑93 (MQ=255)
tGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAAttt < 1:51248/93‑1 (MQ=255)
gagaCGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTc > 1:1186815/1‑93 (MQ=255)
gagaCGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTc < 1:8568031/93‑1 (MQ=255)
gaCGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCa < 2:4177231/93‑1 (MQ=255)
aCGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCCCCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAg < 1:9259409/93‑1 (MQ=255)
cgcgcgTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGa < 1:1643877/93‑1 (MQ=255)
cgcgTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATc < 1:7776360/93‑1 (MQ=255)
cgcgTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATc < 1:38875/93‑1 (MQ=255)
gcgTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCg > 2:4642960/1‑93 (MQ=255)
gTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGt < 2:223119/93‑1 (MQ=255)
gcGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGtt < 1:3363526/92‑1 (MQ=255)
cGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTa < 1:820230/93‑1 (MQ=255)
gACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGAGTAAATTCCAGATTGGTTAt > 2:8944443/1‑93 (MQ=255)
aCAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATc > 1:7602265/1‑93 (MQ=255)
cAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCg > 2:8530510/1‑93 (MQ=255)
aaTCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGc < 1:8264198/93‑1 (MQ=255)
aTCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGcc > 2:1868757/1‑93 (MQ=255)
aTCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGcc > 2:7186403/1‑93 (MQ=255)
tCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCg > 1:2420394/1‑93 (MQ=255)
tCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCg > 1:4635768/1‑93 (MQ=255)
cccGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGa < 1:4653959/93‑1 (MQ=255)
ccGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGAc < 2:8592907/93‑1 (MQ=255)
ggTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTc < 1:2599483/93‑1 (MQ=255)
cgTTACCGGCGAGCCTCCTTTATCACGCACCTCCCCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGTTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTc < 2:4288358/92‑1 (MQ=255)
ggtcccAGCGAGCCACCTTTATCACACAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGCCTcc < 2:6776966/89‑1 (MQ=255)
gTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTcc > 2:3389550/1‑93 (MQ=255)
gTTACCAGAGAGCCACCTTTATCACGCAAGTCACCGGCCAGAGCTTTGAGGGACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACttc > 2:5364458/1‑91 (MQ=255)
ttACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCg > 1:3578714/1‑93 (MQ=255)
aCCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGc < 1:4323322/93‑1 (MQ=255)
aCCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGc > 2:381602/1‑93 (MQ=255)
aCCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTGGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGc < 1:62138/93‑1 (MQ=255)
ccAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGcc > 2:4720760/1‑93 (MQ=255)
cAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCa > 1:6575198/1‑93 (MQ=255)
aGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAg > 2:4897781/1‑93 (MQ=255)
cGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGAt < 1:10024788/93‑1 (MQ=255)
gAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATa > 2:3584685/1‑93 (MQ=255)
aGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATaa > 1:3483981/1‑93 (MQ=255)
|
CACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATAA > NC_000913/689138‑689317
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAA > NC_000913/689135‑689321
|
GCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCC < SRR4302540.8522915/94‑1 (MQ=60)
GCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCC > SRR4302540.2456710/1‑94 (MQ=60)
CGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCA < SRR4302540.594157/94‑1 (MQ=60)
CGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCA > SRR4302540.3013606/1‑94 (MQ=60)
GCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCAC > SRR4302540.9496718/1‑94 (MQ=60)
GCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCAC > SRR4302540.627500/1‑94 (MQ=60)
CACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACC < SRR4302540.8710407/94‑1 (MQ=60)
CACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACC > SRR4302540.7197520/1‑94 (MQ=60)
CACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACC < SRR4302540.6611710/94‑1 (MQ=60)
CCCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCT < SRR4302540.2421470/94‑1 (MQ=60)
ACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCT < SRR4302540.3204368/94‑1 (MQ=60)
CCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTT > SRR4302540.391934/1‑94 (MQ=60)
CCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTT > SRR4302540.1722977/1‑94 (MQ=60)
CCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTT > SRR4302540.391933/1‑94 (MQ=60)
CTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTT > SRR4302540.6537739/1‑94 (MQ=60)
CTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTT > SRR4302540.3897435/1‑94 (MQ=60)
CTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAACCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTT > SRR4302540.4242864/1‑94 (MQ=60)
ACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGCCGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCA < SRR4302540.8882189/94‑1 (MQ=60)
ACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCA < SRR4302540.9900462/94‑1 (MQ=60)
ACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCA < SRR4302540.9900461/94‑1 (MQ=60)
CCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCAC > SRR4302540.3595613/1‑94 (MQ=60)
CCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCAC < SRR4302540.5120163/94‑1 (MQ=60)
CCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACG < SRR4302540.6354001/94‑1 (MQ=60)
CCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACG > SRR4302540.6550023/1‑94 (MQ=60)
AGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCA < SRR4302540.6904907/94‑1 (MQ=60)
GCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAA < SRR4302540.1095856/94‑1 (MQ=60)
GCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAA > SRR4302540.7687413/1‑94 (MQ=60)
CGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAAC > SRR4302540.4939175/1‑94 (MQ=60)
GTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACACTCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACT > SRR4302540.9274587/1‑94 (MQ=60)
GTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACT > SRR4302540.8472696/1‑94 (MQ=60)
GTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACT < SRR4302540.4901558/94‑1 (MQ=60)
GTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACT < SRR4302540.4901557/94‑1 (MQ=60)
aaaGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTAAGACGCGCGTCGGCAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCA < SRR4302540.115676/91‑1 (MQ=60)
GATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACCATCCCGGTTAACAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCA > SRR4302540.6250250/1‑94 (MQ=60)
GATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCA < SRR4302540.5397896/94‑1 (MQ=60)
GATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCA > SRR4302540.6250251/1‑94 (MQ=60)
GATGATGGTGTGTTAGTGATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCTCCTTTATCACGCAACTCA < SRR4302540.5397894/94‑1 (MQ=60)
ATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTAGCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCAC > SRR4302540.8410142/1‑94 (MQ=60)
ATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCAC > SRR4302540.8410141/1‑94 (MQ=60)
ATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCAC < SRR4302540.2195339/94‑1 (MQ=60)
TGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACC > SRR4302540.1174267/1‑94 (MQ=60)
GATGGTGTTGTTGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCG > SRR4302540.7766076/1‑94 (MQ=60)
GATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCG < SRR4302540.816648/94‑1 (MQ=60)
ATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGT < SRR4302540.8612226/94‑1 (MQ=60)
GGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCTTCC > SRR4302540.7781584/1‑94 (MQ=60)
GGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCC > SRR4302540.4626102/1‑94 (MQ=60)
GTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCA < SRR4302540.958400/94‑1 (MQ=60)
GTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGT < SRR4302540.1985571/94‑1 (MQ=60)
TTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTG > SRR4302540.7478459/1‑94 (MQ=60)
TTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTG < SRR4302540.8842705/94‑1 (MQ=60)
TGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGC > SRR4302540.9817703/1‑94 (MQ=60)
GTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCT < SRR4302540.874260/94‑1 (MQ=60)
TAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTT > SRR4302540.2709284/1‑94 (MQ=60)
TAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTT < SRR4302540.614952/94‑1 (MQ=60)
AGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTT < SRR4302540.5828500/94‑1 (MQ=60)
GGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCAGGCAACTAACCGTCCAGTGCTTTG > SRR4302540.3497046/1‑94 (MQ=60)
GGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTG > SRR4302540.8220144/1‑94 (MQ=60)
GGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTG < SRR4302540.4126097/94‑1 (MQ=60)
GGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTG > SRR4302540.3439444/1‑94 (MQ=60)
GTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGG > SRR4302540.4826433/1‑94 (MQ=60)
TATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAG < SRR4302540.8455555/94‑1 (MQ=60)
TATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAG < SRR4302540.4998283/94‑1 (MQ=60)
TATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAG < SRR4302540.8328574/94‑1 (MQ=60)
TATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAG < SRR4302540.9509104/94‑1 (MQ=60)
TATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAG < SRR4302540.1032264/94‑1 (MQ=60)
TATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAG > SRR4302540.6557768/1‑94 (MQ=60)
TATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAG > SRR4302540.6557769/1‑94 (MQ=60)
TATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAG > SRR4302540.2528857/1‑94 (MQ=60)
GATCGTAGCGGTGCTGCTTATTGAGACGCGCGTCCACGATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAG < SRR4302540.8328573/94‑1 (MQ=60)
ATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGG > SRR4302540.3666755/1‑94 (MQ=60)
ATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGG > SRR4302540.4615055/1‑94 (MQ=60)
ATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGG > SRR4302540.205453/1‑94 (MQ=60)
TCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGA < SRR4302540.3234932/94‑1 (MQ=60)
CGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAA > SRR4302540.409225/1‑94 (MQ=60)
GTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAAC < SRR4302540.559731/94‑1 (MQ=60)
TAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACG < SRR4302540.6523624/94‑1 (MQ=60)
TAGCGGTTCTGCGTAGTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACG < SRR4302540.9377692/94‑1 (MQ=60)
AGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGG > SRR4302540.7827052/1‑94 (MQ=60)
AGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGG > SRR4302540.3609207/1‑94 (MQ=60)
AGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGG < SRR4302540.1890158/94‑1 (MQ=60)
AGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGG > SRR4302540.1836241/1‑94 (MQ=60)
GCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGT < SRR4302540.4191662/94‑1 (MQ=60)
CGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTT < SRR4302540.5230589/94‑1 (MQ=60)
CGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTT < SRR4302540.5826973/94‑1 (MQ=60)
CGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTT < SRR4302540.8399471/94‑1 (MQ=60)
GGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTG > SRR4302540.4092293/1‑94 (MQ=60)
GGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTG > SRR4302540.8625878/1‑94 (MQ=60)
GGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTG > SRR4302540.8753758/1‑94 (MQ=60)
GGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTG > SRR4302540.9107119/1‑94 (MQ=60)
GGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTG < SRR4302540.4459192/94‑1 (MQ=60)
GTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGC > SRR4302540.2689102/1‑94 (MQ=60)
GTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGC > SRR4302540.2688835/1‑94 (MQ=60)
TTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCT < SRR4302540.5299684/94‑1 (MQ=60)
TCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTG < SRR4302540.4364147/94‑1 (MQ=60)
TCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTG > SRR4302540.4363552/1‑94 (MQ=60)
TGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGAT > SRR4302540.6603748/1‑94 (MQ=60)
GCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATT > SRR4302540.5232926/1‑94 (MQ=60)
GCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATT > SRR4302540.9411509/1‑94 (MQ=60)
TTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAA > SRR4302540.450973/1‑94 (MQ=60)
TTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAA > SRR4302540.4862840/1‑94 (MQ=60)
TATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAAT > SRR4302540.4784282/1‑94 (MQ=60)
TATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAAT < SRR4302540.511354/94‑1 (MQ=60)
ATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATT > SRR4302540.4219173/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATT < SRR4302540.6113499/94‑1 (MQ=60)
ATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATT < SRR4302540.6842182/94‑1 (MQ=60)
TTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTT < SRR4302540.680108/94‑1 (MQ=60)
TGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTC < SRR4302540.51762/94‑1 (MQ=60)
TGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTC > SRR4302540.1199057/1‑94 (MQ=60)
GAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCC < SRR4302540.8667543/94‑1 (MQ=60)
GAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCAACTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCC < SRR4302540.1668201/94‑1 (MQ=60)
gcgGCGCGTCGACAATCCCGGTTCCCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAG < SRR4302540.5396896/91‑1 (MQ=60)
GACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAG < SRR4302540.4638298/94‑1 (MQ=60)
ACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCCCCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGA < SRR4302540.9370187/94‑1 (MQ=60)
CGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGAT < SRR4302540.1661833/94‑1 (MQ=60)
GCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATC < SRR4302540.5359853/94‑1 (MQ=60)
CGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCG > SRR4302540.2856785/1‑94 (MQ=60)
CGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCG > SRR4302540.4693652/1‑94 (MQ=60)
CGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCG < SRR4302540.39273/94‑1 (MQ=60)
CGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCG < SRR4302540.7867270/94‑1 (MQ=60)
CGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGT < SRR4302540.8086492/94‑1 (MQ=60)
CGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGT < SRR4302540.6688023/94‑1 (MQ=60)
GTCTACACTCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTT < SRR4302540.5704117/94‑1 (MQ=60)
GTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTT < SRR4302540.5704116/94‑1 (MQ=60)
GTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTT > SRR4302540.8418853/1‑94 (MQ=60)
GTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTT > SRR4302540.5138447/1‑94 (MQ=60)
GCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTA < SRR4302540.3400336/94‑1 (MQ=60)
CGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTAT < SRR4302540.828946/94‑1 (MQ=60)
GACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATC > SRR4302540.7687680/1‑94 (MQ=60)
GACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATC > SRR4302540.1873186/1‑94 (MQ=60)
GACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATC < SRR4302540.6545932/94‑1 (MQ=60)
ACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCG < SRR4302540.2769691/94‑1 (MQ=60)
CAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGC > SRR4302540.7986656/1‑94 (MQ=60)
AATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCC < SRR4302540.8360230/94‑1 (MQ=60)
AATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCC > SRR4302540.1207710/1‑94 (MQ=60)
AATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCC > SRR4302540.9667832/1‑94 (MQ=60)
ATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCTG > SRR4302540.4777904/1‑94 (MQ=60)
ATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCG < SRR4302540.3270409/94‑1 (MQ=60)
ATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCG > SRR4302540.2446477/1‑94 (MQ=60)
ATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCG < SRR4302540.4556644/94‑1 (MQ=60)
ATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCG > SRR4302540.4685405/1‑94 (MQ=60)
CCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGAC < SRR4302540.4703760/94‑1 (MQ=60)
CCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACT > SRR4302540.147436/1‑94 (MQ=60)
GGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCC < SRR4302540.2627512/94‑1 (MQ=60)
GGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCC < SRR4302540.7848197/94‑1 (MQ=60)
GGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCC < SRR4302540.1840493/94‑1 (MQ=60)
GTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCG > SRR4302540.3617803/1‑94 (MQ=60)
GTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCG < SRR4302540.9338356/94‑1 (MQ=60)
ACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCC < SRR4302540.4370390/94‑1 (MQ=60)
ACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTGGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCC < SRR4302540.62766/94‑1 (MQ=60)
CCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCA > SRR4302540.6648034/1‑94 (MQ=60)
CCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCA > SRR4302540.6648027/1‑94 (MQ=60)
CAGCGAGCCGCCTTTATCACGCACCTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAG < SRR4302540.949548/94‑1 (MQ=60)
CAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCCGCCAG > SRR4302540.4547664/1‑94 (MQ=60)
GCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGAT > SRR4302540.4418784/1‑94 (MQ=60)
CGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATA < SRR4302540.10141437/94‑1 (MQ=60)
CGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATA < SRR4302540.2013998/94‑1 (MQ=60)
CGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATA > SRR4302540.6842291/1‑94 (MQ=60)
GAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATAA > SRR4302540.3521912/1‑94 (MQ=60)
AGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATAAT > SRR4302540.7406671/1‑94 (MQ=60)
CCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATAATCA < SRR4302540.1993620/94‑1 (MQ=60)
CCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATAATCA < SRR4302540.7683151/94‑1 (MQ=60)
CACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAA > SRR4302540.871205/1‑94 (MQ=60)
CACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAA > SRR4302540.4618285/1‑94 (MQ=60)
|
GCGCACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATAATCAA > NC_000913/689135‑689321
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
