Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,033,730 |
C→T |
I418I (ATC→ATT) |
hyaB → |
hydrogenase‑1 large subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,033,730 | 0 | C | T | 99.5%
| 755.8
/ ‑6.0
| 209 | I418I (ATC→ATT) | hyaB | hydrogenase‑1 large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (107/101); total (107/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
GCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAAC > NC_000913/1033640‑1033819
|
gcTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGTCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGc > 2:5531018/1‑93 (MQ=255)
cTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCt < 1:2727215/93‑1 (MQ=255)
tgaatgaaCAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCtt > 1:1542349/1‑93 (MQ=255)
tgaatgaaCAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCtt < 1:5634085/93‑1 (MQ=255)
gaatgaaCAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTa > 2:962212/1‑93 (MQ=255)
gaatgaaCAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTa > 1:4887784/1‑93 (MQ=255)
aatgaaCAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTAt > 2:1992203/1‑93 (MQ=255)
tgaaCAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATca < 2:9670481/93‑1 (MQ=255)
tgaaCAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATca < 2:3838811/93‑1 (MQ=255)
tgaaCAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATca > 2:1305670/1‑93 (MQ=255)
tgaaCAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATca < 2:6519844/93‑1 (MQ=255)
gaaCAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATcac > 1:3262194/1‑93 (MQ=255)
gaaCAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATcac > 2:10031534/1‑93 (MQ=255)
aCAGGAGCGCTACTCGTGGATCAAAGGGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACaa > 1:2383453/1‑93 (MQ=255)
cAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACaaa > 2:7259192/1‑93 (MQ=255)
cAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACaaa < 1:7700831/93‑1 (MQ=255)
aGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAg < 2:3256915/93‑1 (MQ=255)
ggAACGCTACTCGTGGATCAAATCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGCCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAgg < 2:1297487/93‑1 (MQ=255)
ggAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAgg > 1:6048517/1‑93 (MQ=255)
gAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGc < 1:4682229/93‑1 (MQ=255)
aCGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGa > 1:9850348/1‑93 (MQ=255)
cGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGAt < 1:5341504/93‑1 (MQ=255)
cTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGAtgc < 2:7427204/93‑1 (MQ=255)
tACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGAtgct < 1:7603558/93‑1 (MQ=255)
aCTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGAtgctg > 1:1794489/1‑93 (MQ=255)
cTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGAtgctgc < 2:3672358/93‑1 (MQ=255)
cTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGAtgctgc < 2:4650167/93‑1 (MQ=255)
tCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCg > 1:3869654/1‑93 (MQ=255)
cGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGa < 1:7386600/93‑1 (MQ=255)
cGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGa > 2:5432679/1‑93 (MQ=255)
cGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGa > 1:1236911/1‑93 (MQ=255)
gTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGAc < 2:1687881/93‑1 (MQ=255)
ggATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCg > 1:6843969/1‑93 (MQ=255)
ggATCAAAGCGCCACGATGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCg < 1:8987469/93‑1 (MQ=255)
gATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGt < 2:2988754/93‑1 (MQ=255)
aTCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGtt > 2:9772359/1‑93 (MQ=255)
cAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGa < 2:8995828/93‑1 (MQ=255)
cAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGa < 2:6131400/93‑1 (MQ=255)
aaaGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAg > 2:3134694/1‑93 (MQ=255)
aaGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAgt < 1:5281010/93‑1 (MQ=255)
aaGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAgt < 1:8263481/93‑1 (MQ=255)
aaGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAgt > 2:8306970/1‑93 (MQ=255)
aGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAgtc < 1:6705181/93‑1 (MQ=255)
gcCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAgtcggt > 2:8504335/1‑93 (MQ=255)
ccACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAgtcggtc < 2:3893895/93‑1 (MQ=255)
cACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAgtcggtcg < 1:4260490/93‑1 (MQ=255)
aCGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGCCGGTCGa > 1:4037146/1‑93 (MQ=255)
aCGCGGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGa < 2:7925517/93‑1 (MQ=255)
cGCTGGCGCGGTAACGCGCTTGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGCTCATTGCTTAGCACAAAGCCGATGCGCTGACCGTTGAttcggccggc > 1:9936854/1‑91 (MQ=255)
cGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGAt < 1:2858726/93‑1 (MQ=255)
gCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATc < 1:7905175/93‑1 (MQ=255)
cTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCg > 2:8670108/1‑93 (MQ=255)
tGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGc < 1:8739185/93‑1 (MQ=255)
tGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGc > 2:4782392/1‑93 (MQ=255)
ggCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCa < 2:356276/93‑1 (MQ=255)
ggCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCa > 1:745128/1‑93 (MQ=255)
ggCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCa > 1:4394016/1‑93 (MQ=255)
ggCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCa > 1:5236664/1‑93 (MQ=255)
gcgGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCatga < 2:9030650/93‑1 (MQ=255)
cgGTAACGCGATGGAAGGGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCatgat > 2:8449732/1‑93 (MQ=255)
ggTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCatgatg > 2:5915841/1‑93 (MQ=255)
ggTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCatgatg > 1:8564145/1‑93 (MQ=255)
gTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGt < 1:8018174/93‑1 (MQ=255)
aCGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCgg < 1:3556848/93‑1 (MQ=255)
gATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGtt < 2:1590913/93‑1 (MQ=255)
aTGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGAGCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTg > 1:6213511/1‑93 (MQ=255)
gAAGTGGCGCCGCTGGGGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAAc < 2:170191/93‑1 (MQ=255)
aaGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAAcc < 2:4229571/93‑1 (MQ=255)
gTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTg > 2:6347173/1‑93 (MQ=255)
tGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGc < 1:5542728/93‑1 (MQ=255)
tGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGc < 1:6436856/93‑1 (MQ=255)
tGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGc < 2:4338579/93‑1 (MQ=255)
ggggCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGcc > 1:10024152/1‑93 (MQ=255)
ggggCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGcc < 2:4078481/93‑1 (MQ=255)
gggCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCg > 1:8381586/1‑93 (MQ=255)
ggCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGc < 2:2750290/93‑1 (MQ=255)
gCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTc > 1:1657505/1‑93 (MQ=255)
cTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTcc > 1:5884296/1‑93 (MQ=255)
cTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTcc > 1:1765797/1‑93 (MQ=255)
tGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCg > 1:3393744/1‑93 (MQ=255)
tGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCg > 1:2905783/1‑93 (MQ=255)
tGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCg > 2:7651928/1‑93 (MQ=255)
ggCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCgg < 2:4619990/93‑1 (MQ=255)
ggCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCgg > 2:2176954/1‑93 (MQ=255)
cgcACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATc < 1:1088315/93‑1 (MQ=255)
cgcACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATc > 1:205720/1‑93 (MQ=255)
cgcACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGCTGAGTCGGTCGACCGGATGATGCCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATc > 1:9098012/1‑93 (MQ=255)
gcACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATcc > 1:3923808/1‑93 (MQ=255)
gcACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATcc > 2:5107310/1‑93 (MQ=255)
gcACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGCCGGCGATGAACCTGCCCCTTTCCGGtctct > 1:8591223/1‑92 (MQ=255)
ccACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCTGTATcc < 2:2468238/92‑1 (MQ=255)
cACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCa > 2:877801/1‑93 (MQ=255)
cGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGt < 1:37364/93‑1 (MQ=255)
cGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGt > 1:9401517/1‑93 (MQ=255)
gTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTc < 1:3893319/93‑1 (MQ=255)
gTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTc > 2:5698500/1‑93 (MQ=255)
ttAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCa > 1:4962790/1‑93 (MQ=255)
ttAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCa > 2:9152895/1‑93 (MQ=255)
aaTTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAAc > 2:753945/1‑93 (MQ=255)
aaTTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAAc < 2:6915353/93‑1 (MQ=255)
|
GCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAAC > NC_000913/1033640‑1033819
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTA > NC_000913/1033637‑1033823
|
GCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATT < SRR4302540.911911/94‑1 (MQ=60)
CAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGTTAACGCGATGGAAGTGGGTCCGCTGGCGCGCACGTTAATAG < SRR4302540.4896472/94‑1 (MQ=60)
CAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTG < SRR4302540.5345412/94‑1 (MQ=60)
CAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTG < SRR4302540.4896473/94‑1 (MQ=60)
CAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTG > SRR4302540.1228466/1‑94 (MQ=60)
AGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGC < SRR4302540.3603073/94‑1 (MQ=60)
CTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTT < SRR4302540.2756627/94‑1 (MQ=60)
CTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTT > SRR4302540.1559386/1‑94 (MQ=60)
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TGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTA > SRR4302540.4940307/1‑94 (MQ=60)
TGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTA < SRR4302540.7079058/94‑1 (MQ=60)
TGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTA > SRR4302540.2504755/1‑94 (MQ=60)
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GAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTAT > SRR4302540.1696374/1‑94 (MQ=60)
GAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTAT < SRR4302540.5950740/94‑1 (MQ=60)
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CTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCG > SRR4302540.3911720/1‑94 (MQ=60)
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TGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCG > SRR4302540.5205467/1‑94 (MQ=60)
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GATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTT > SRR4302540.8086757/1‑94 (MQ=60)
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GATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTG > SRR4302540.6555067/1‑94 (MQ=60)
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GGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAAC > SRR4302540.561152/1‑94 (MQ=60)
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AAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCT > SRR4302540.884585/1‑94 (MQ=60)
AAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCT < SRR4302540.7702584/94‑1 (MQ=60)
GTGGGCCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCCCATGATGTCGGCGTTGAACCTGC < SRR4302540.1831432/94‑1 (MQ=60)
TGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCC < SRR4302540.5603782/94‑1 (MQ=60)
TGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCC > SRR4302540.10140795/1‑94 (MQ=60)
TGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCC < SRR4302540.6508502/94‑1 (MQ=60)
GGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCG < SRR4302540.3981879/94‑1 (MQ=60)
GGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCG > SRR4302540.8478838/1‑94 (MQ=60)
GGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCG > SRR4302540.8774192/1‑94 (MQ=60)
GGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGC > SRR4302540.3190171/1‑94 (MQ=60)
GGCCGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCT < SRR4302540.8578987/94‑1 (MQ=60)
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CGCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTC > SRR4302540.1675565/1‑94 (MQ=60)
GCTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCC > SRR4302540.1784946/1‑94 (MQ=60)
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CTGGCGCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCG > SRR4302540.3430767/1‑94 (MQ=60)
GCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATC > SRR4302540.207736/1‑94 (MQ=60)
GCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATC > SRR4302540.7494389/1‑94 (MQ=60)
GCGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGCTGAGTCGGTCGACCGGATGATGCCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATC > SRR4302540.9207329/1‑94 (MQ=60)
CGCACGTTAATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCC < SRR4302540.1099479/94‑1 (MQ=60)
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AATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACG < SRR4302540.7898706/94‑1 (MQ=60)
AATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGCCCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTCGACCTGCCGCTTTCCCGTATCCAGCCAACG > SRR4302540.4823749/1‑94 (MQ=60)
ATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGT > SRR4302540.9321689/1‑94 (MQ=60)
ATTGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGAATGATGTCGGCGTTGAACCTGCGCCTTTCCGCTATCCACACAACGT > SRR4302540.7848747/1‑94 (MQ=60)
TGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTA > SRR4302540.2555191/1‑94 (MQ=60)
TGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTA > SRR4302540.2555192/1‑94 (MQ=60)
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GCAGCTGAATGAACAGGAACGCTACTCGTGGATCAAAGCGCCACGCTGGCGCGGTAACGCGATGGAAGTGGGGCCGCTGGCGCGCACGTTAATCGCTTATCACAAAGGCGATGCTGCGACCGTTGAGTCGGTCGATCGCATGATGTCGGCGTTGAACCTGCCGCTTTCCGGTATCCAGTCAACGTTA > NC_000913/1033637‑1033823
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
