Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,035,719 |
C→T |
T48M (ACG→ATG) |
hyaE → |
HyaE |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,035,719 | 0 | C | T | 99.5%
| 734.2
/ ‑5.7
| 202 | T48M (ACG→ATG) | hyaE | HyaE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (105/96); total (106/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GCTGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCACGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTTG > NC_000913/1035629‑1035808
|
gCTGGACGCCCGCCAGTGAATCCCGACTTGACGACTTGCTTACGCAAGCGTCAGACGGCGTGGTGATATTCAGGCGTGTCACGAAaagcatgc > 2:5006082/1‑93 (MQ=255)
gCTGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAacgcatgc > 1:9751530/1‑93 (MQ=255)
cTGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGcc < 1:7988225/93‑1 (MQ=255)
tGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCa < 1:9411509/93‑1 (MQ=255)
ggACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCag < 1:5454885/93‑1 (MQ=255)
gACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCaga < 2:3235096/93‑1 (MQ=255)
aCGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCagag > 1:7649018/1‑93 (MQ=255)
ccAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTc < 1:8122185/93‑1 (MQ=255)
cagtcagtGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCa < 2:9664904/93‑1 (MQ=255)
gtcagtGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGc > 2:7748187/1‑93 (MQ=255)
gtcagtGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGc > 2:284938/1‑93 (MQ=255)
cagtGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGa > 2:5420963/1‑93 (MQ=255)
agtGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGAt > 1:5577903/1‑93 (MQ=255)
gtGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATa < 2:9779771/93‑1 (MQ=255)
tGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATaa < 2:2355235/93‑1 (MQ=255)
tGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATaa < 1:2393857/93‑1 (MQ=255)
ccaaTCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCATTGACCCGAAACGCACGCCAGAGGTCAGCGATaa > 2:5162426/3‑93 (MQ=255)
ataaTCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATaa < 1:7026275/91‑1 (MQ=255)
gAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAAt > 1:3736025/1‑93 (MQ=255)
gAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAAt > 1:8440637/1‑93 (MQ=255)
aTCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATcc > 2:5580739/1‑93 (MQ=255)
tCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCg > 2:1588882/1‑93 (MQ=255)
tCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCg < 1:1381485/93‑1 (MQ=255)
tCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCg > 2:3323352/1‑93 (MQ=255)
cccGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCgg > 2:5927084/1‑93 (MQ=255)
gTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTaa < 1:8918532/93‑1 (MQ=255)
gTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTaa > 2:3705914/1‑93 (MQ=255)
gTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTaa < 1:2721502/93‑1 (MQ=255)
ttGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGa > 1:246863/1‑93 (MQ=255)
ttGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGa > 1:3975329/1‑93 (MQ=255)
tGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGAt < 1:1351870/93‑1 (MQ=255)
gacgacTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGAtt < 1:7826933/93‑1 (MQ=255)
gacgacTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGAtt > 2:8333678/1‑93 (MQ=255)
acgacTGGCTTCCGCAAGCGCCAGAAGGCGCGGTGTTCTTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCCGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTg > 1:395112/1‑93 (MQ=255)
gacTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTAAGCGATAATCCGGTAATGATTGGc < 1:6105123/93‑1 (MQ=255)
tGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGaa < 1:2994545/93‑1 (MQ=255)
tGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGaa > 2:3974246/1‑93 (MQ=255)
ggCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAAt < 1:314384/93‑1 (MQ=255)
ggCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAAt < 2:3786230/93‑1 (MQ=255)
ggCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAAt < 1:5094691/93‑1 (MQ=255)
ggCCTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAAt < 1:9469821/93‑1 (MQ=255)
gCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAAtt > 1:6406879/1‑93 (MQ=255)
cTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTa < 2:424575/93‑1 (MQ=255)
ttACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTAc > 2:8556325/1‑93 (MQ=255)
tACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACt > 1:2107275/1‑93 (MQ=255)
tACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACt > 2:9246149/1‑93 (MQ=255)
cGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTgc < 2:170615/93‑1 (MQ=255)
cGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTgc > 1:8185225/1‑93 (MQ=255)
gCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTgcg > 1:4847312/1‑93 (MQ=255)
gCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTgcg < 2:3483611/93‑1 (MQ=255)
aGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGGTAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGa < 2:613227/93‑1 (MQ=255)
gcgcCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAg > 1:3251807/1‑93 (MQ=255)
gcCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGtt > 1:2228727/1‑93 (MQ=255)
ccAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGttt > 2:8877597/1‑93 (MQ=255)
ccAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGttt < 2:8031417/93‑1 (MQ=255)
aGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTcc > 1:4086365/1‑93 (MQ=255)
aGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTcc > 1:5953839/1‑93 (MQ=255)
ggCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGAc < 1:308978/93‑1 (MQ=255)
gCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACt > 1:1199583/1‑93 (MQ=255)
gCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACt > 2:1024567/1‑93 (MQ=255)
tggtgTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACtata > 1:9923632/1‑93 (MQ=255)
tggtgTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACtata < 1:1670542/93‑1 (MQ=255)
gtgtTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACa > 2:5918028/1‑93 (MQ=255)
gtgtTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACa < 2:2089900/93‑1 (MQ=255)
gtgtTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACa < 1:9246124/93‑1 (MQ=255)
gtgtTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACa < 1:130199/93‑1 (MQ=255)
tgtTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACAt < 2:6336728/93‑1 (MQ=255)
ttattaAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATgg < 2:2963977/93‑1 (MQ=255)
tattaAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGc > 2:794380/1‑93 (MQ=255)
attaAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCa > 2:8374585/1‑93 (MQ=255)
ttaAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAg < 2:7150485/93‑1 (MQ=255)
aaGCAGTGACCCGAAACGCATGCGAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGt < 1:9308050/93‑1 (MQ=255)
aaGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGt < 1:8235230/93‑1 (MQ=255)
aGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTg < 2:9979559/93‑1 (MQ=255)
gCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTgg < 1:9001411/93‑1 (MQ=255)
cAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTggg > 2:3661975/1‑92 (MQ=255)
cAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGc < 1:677794/93‑1 (MQ=255)
aGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCg > 1:2904925/1‑93 (MQ=255)
aGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCg > 2:7047872/1‑93 (MQ=255)
gTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATAAATGGCAGGTGGCGa < 1:5663428/93‑1 (MQ=255)
tGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGAt > 2:1762003/1‑93 (MQ=255)
tGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGAt < 1:8821029/93‑1 (MQ=255)
gACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGAtt < 1:3189776/93‑1 (MQ=255)
gACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGAtt < 2:1317147/93‑1 (MQ=255)
gACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGAtt < 2:7295819/93‑1 (MQ=255)
aCCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTg < 2:4861349/93‑1 (MQ=255)
cccGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGc > 2:7635705/1‑93 (MQ=255)
cGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATAAATGGCAGGTGGCGAttctta > 1:6492706/1‑89 (MQ=255)
gAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGa < 1:1549033/93‑1 (MQ=255)
gAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGa < 1:5613795/93‑1 (MQ=255)
aaaCGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGAc > 1:5218832/1‑93 (MQ=255)
aaaCGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGAc < 2:2918424/93‑1 (MQ=255)
aaCGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGAcc > 2:2574548/1‑93 (MQ=255)
aaCGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGAcc > 2:5042306/1‑93 (MQ=255)
acgcatgcCAGAGTGCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCt < 2:2190040/93‑1 (MQ=255)
acgcatgcCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCt > 1:9648527/1‑93 (MQ=255)
acgcatgcCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCt < 1:4343180/93‑1 (MQ=255)
acgcatgcCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCt < 2:9410369/93‑1 (MQ=255)
gcatgcCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTTg < 2:7390665/93‑1 (MQ=255)
gcatgcCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTTg > 1:3464694/1‑93 (MQ=255)
|
GCTGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCACGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTTG > NC_000913/1035629‑1035808
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGGCTGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCACGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTTGAGCA > NC_000913/1035626‑1035812
|
GCGGCTGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCAT < SRR4302540.5990520/94‑1 (MQ=60)
CGGCTGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATG < SRR4302540.10127347/94‑1 (MQ=60)
CGGCTGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATG > SRR4302540.9102990/1‑94 (MQ=60)
CGGCTGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATG > SRR4302540.2567188/1‑94 (MQ=60)
GGCTGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGC > SRR4302540.9865956/1‑94 (MQ=60)
GGCTGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGC > SRR4302540.9798115/1‑94 (MQ=60)
CTGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCA < SRR4302540.8081238/94‑1 (MQ=60)
TGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAG < SRR4302540.9523413/94‑1 (MQ=60)
GGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGA < SRR4302540.5719206/94‑1 (MQ=60)
GGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGA < SRR4302540.5514925/94‑1 (MQ=60)
GACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAG > SRR4302540.7735123/1‑94 (MQ=60)
ACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGG > SRR4302540.9917649/1‑94 (MQ=60)
GCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTC > SRR4302540.5169227/1‑94 (MQ=60)
CCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCA < SRR4302540.9540410/94‑1 (MQ=60)
CCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCA < SRR4302540.8216453/94‑1 (MQ=60)
CAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAG < SRR4302540.6324386/94‑1 (MQ=60)
AGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGC > SRR4302540.6491673/1‑94 (MQ=60)
GTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCG > SRR4302540.828974/1‑94 (MQ=60)
CAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGAT > SRR4302540.5639304/1‑94 (MQ=60)
CAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGAT < SRR4302540.243006/94‑1 (MQ=60)
AGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATA < SRR4302540.1940668/94‑1 (MQ=60)
AGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATA > SRR4302540.2260068/1‑94 (MQ=60)
ggataCCCGTCTTGCCGATTGGCTTACCGAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAAT < SRR4302540.2419651/89‑1 (MQ=60)
atAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAAT < SRR4302540.7104330/92‑1 (MQ=60)
TGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAAT < SRR4302540.2419650/94‑1 (MQ=60)
TGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAAT > SRR4302540.8538617/1‑94 (MQ=60)
TGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAAT > SRR4302540.3776786/1‑94 (MQ=60)
TCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGG < SRR4302540.8240944/94‑1 (MQ=60)
TCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGG < SRR4302540.1396228/94‑1 (MQ=60)
GTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAAT < SRR4302540.2750843/94‑1 (MQ=60)
GTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAAT < SRR4302540.5975618/94‑1 (MQ=60)
GTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAAT < SRR4302540.9021823/94‑1 (MQ=60)
TCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATG > SRR4302540.3988354/1‑94 (MQ=60)
CTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGA > SRR4302540.249250/1‑94 (MQ=60)
CTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGA > SRR4302540.5636819/1‑94 (MQ=60)
CTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGA > SRR4302540.4018168/1‑94 (MQ=60)
TTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGAT > SRR4302540.334998/1‑94 (MQ=60)
TGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATT < SRR4302540.1366088/94‑1 (MQ=60)
GACGACTGGCTTCCGCAAGCGCCAGAAGGCGCGGTGTTCTTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCCGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTG > SRR4302540.399205/1‑94 (MQ=60)
GACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTG < SRR4302540.7918401/94‑1 (MQ=60)
ACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGG < SRR4302540.3997607/94‑1 (MQ=60)
CGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGC > SRR4302540.9660268/1‑94 (MQ=60)
GACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCG > SRR4302540.1321451/1‑94 (MQ=60)
GACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTAAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCG < SRR4302540.6173110/94‑1 (MQ=60)
GACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACACGAAACGCACGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCG > SRR4302540.4215228/1‑94 (MQ=60)
GACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGGTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGAGAATCCGGTAATGATTGGCG > SRR4302540.9070785/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTCATAATTGGCGAA > SRR4302540.9421618/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAA > SRR4302540.564529/1‑94 (MQ=60)
TGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAAT < SRR4302540.3027553/94‑1 (MQ=60)
GGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATT < SRR4302540.317514/94‑1 (MQ=60)
GGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATT > SRR4302540.6478190/1‑94 (MQ=60)
GGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATT < SRR4302540.5149814/94‑1 (MQ=60)
GGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAATGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATT < SRR4302540.9030159/94‑1 (MQ=60)
GGCCTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATT < SRR4302540.9582150/94‑1 (MQ=60)
TTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACT < SRR4302540.2652546/94‑1 (MQ=60)
TTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACT > SRR4302540.2129893/1‑94 (MQ=60)
ACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGC > SRR4302540.8280313/1‑94 (MQ=60)
CGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCG > SRR4302540.4899244/1‑94 (MQ=60)
GCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGC < SRR4302540.8134535/94‑1 (MQ=60)
CAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCG < SRR4302540.893600/94‑1 (MQ=60)
agcctcggaccGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAG < SRR4302540.2644879/83‑1 (MQ=60)
AGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAG < SRR4302540.6683008/94‑1 (MQ=60)
AGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAG < SRR4302540.9658421/94‑1 (MQ=60)
AGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAG < SRR4302540.3165494/94‑1 (MQ=60)
AGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAG > SRR4302540.3287240/1‑94 (MQ=60)
AGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAG > SRR4302540.1577892/1‑94 (MQ=60)
GCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGT < SRR4302540.8440796/94‑1 (MQ=60)
CGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTT < SRR4302540.3227215/94‑1 (MQ=60)
CGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTT > SRR4302540.2252729/1‑94 (MQ=60)
CCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTC > SRR4302540.9263996/1‑94 (MQ=60)
CAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCC > SRR4302540.1408693/1‑94 (MQ=60)
CAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCC > SRR4302540.4130438/1‑94 (MQ=60)
CAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCC > SRR4302540.6019688/1‑94 (MQ=60)
AGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCC > SRR4302540.2132517/1‑94 (MQ=60)
AGACGGCGTGGGGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCC < SRR4302540.5659288/94‑1 (MQ=60)
GACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCG > SRR4302540.1842759/1‑94 (MQ=60)
CGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGAC < SRR4302540.8064738/94‑1 (MQ=60)
GGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACT < SRR4302540.312041/94‑1 (MQ=60)
GGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACT < SRR4302540.4752301/94‑1 (MQ=60)
GGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACT > SRR4302540.1211922/1‑94 (MQ=60)
GTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATA > SRR4302540.122636/1‑94 (MQ=60)
GTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATA > SRR4302540.10039501/1‑94 (MQ=60)
GTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATA > SRR4302540.4088333/1‑94 (MQ=60)
TGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATAC < SRR4302540.1688710/94‑1 (MQ=60)
GGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCGGACTATACA > SRR4302540.3110022/1‑94 (MQ=60)
GTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACAT < SRR4302540.9356835/94‑1 (MQ=60)
GTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACAT < SRR4302540.131568/94‑1 (MQ=60)
GTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACAT < SRR4302540.7417996/94‑1 (MQ=60)
TTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGC < SRR4302540.5493304/94‑1 (MQ=60)
TATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGCATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCA > SRR4302540.7839498/1‑94 (MQ=60)
ATTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAG < SRR4302540.6886004/94‑1 (MQ=60)
TTAAGCAGTGACCCGAAACGCCTGCCAGAGGTCATCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCTCGAGTTTCCCGACTATAAATGGCAGG > SRR4302540.2222525/1‑94 (MQ=60)
TTAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGG > SRR4302540.3604651/1‑94 (MQ=60)
TAAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGT > SRR4302540.887700/1‑94 (MQ=60)
AAGCAGTGACCCGAAACGCATGCGAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTG < SRR4302540.9419187/94‑1 (MQ=60)
AAGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTG < SRR4302540.8330949/94‑1 (MQ=60)
AGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGG > SRR4302540.3027504/1‑94 (MQ=60)
AGCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGG < SRR4302540.3192884/94‑1 (MQ=60)
GCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGC < SRR4302540.8201667/94‑1 (MQ=60)
GCAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGC < SRR4302540.9109406/94‑1 (MQ=60)
CAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCG > SRR4302540.1385278/1‑94 (MQ=60)
CAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCG < SRR4302540.685051/94‑1 (MQ=60)
CAGTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCG > SRR4302540.2936634/1‑94 (MQ=60)
GTGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATAAATGGCAGGTGGCGAT < SRR4302540.5725794/94‑1 (MQ=60)
TGACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATT < SRR4302540.8923025/94‑1 (MQ=60)
GACCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTG < SRR4302540.3224425/94‑1 (MQ=60)
CCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCT > SRR4302540.6081180/1‑94 (MQ=60)
CCCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCT > SRR4302540.4519813/1‑94 (MQ=60)
CCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTG > SRR4302540.6564911/1‑94 (MQ=60)
CCGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATAAATGGCAGGTGGCGATTctta > SRR4302540.6564910/1‑90 (MQ=60)
CGAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGA < SRR4302540.287743/94‑1 (MQ=60)
GAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGAC < SRR4302540.5675553/94‑1 (MQ=60)
GAAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGAC < SRR4302540.1566114/94‑1 (MQ=60)
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AAACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACC > SRR4302540.9372568/1‑94 (MQ=60)
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AACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCT > SRR4302540.4956077/1‑94 (MQ=60)
AACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCT > SRR4302540.9762145/1‑94 (MQ=60)
ACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTT < SRR4302540.4390457/94‑1 (MQ=60)
ACGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTT < SRR4302540.3493235/94‑1 (MQ=60)
ACCCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTT < SRR4302540.604162/94‑1 (MQ=60)
CGCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTTG > SRR4302540.3502406/1‑94 (MQ=60)
GCATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTTGA > SRR4302540.6982173/1‑94 (MQ=60)
CATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTTGAG < SRR4302540.2231442/94‑1 (MQ=60)
ATGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGCATTACTGCGCGAGTTTACCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGAGCTTGAGC > SRR4302540.450482/1‑94 (MQ=60)
TGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTTGAGCA < SRR4302540.10160060/94‑1 (MQ=60)
TGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTTGAGCA > SRR4302540.8605929/1‑94 (MQ=60)
TGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCAGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTTGAGCA > SRR4302540.7162246/1‑94 (MQ=60)
|
GCGGCTGGACGCCAGTCAGTGAATCCCGTCTTGACGACTGGCTTACGCAAGCGCCAGACGGCGTGGTGTTATTAAGCAGTGACCCGAAACGCACGCCAGAGGTCAGCGATAATCCGGTAATGATTGGCGAATTACTGCGCGAGTTTCCCGACTATACATGGCAGGTGGCGATTGCTGACCTTGAGCA > NC_000913/1035626‑1035812
|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
