Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,426,410 |
T→C |
Q114R (CAG→CGG) |
trs55 ← |
IS5 transposase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,426,410 | 0 | T | C | 93.5%
| 510.3
/ 20.8
| 185 | Q114R (CAG→CGG) | trs55 | IS5 transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/6); new base C (98/74); total (104/81) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.66e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.30e-01 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
GGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGCG > NC_000913/1426319‑1426499
|
ggCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGAtgctg < 1:6377321/93‑1 (MQ=255)
gCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGAtgccgc < 1:1984166/93‑1 (MQ=255)
aTCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTc > 1:550688/1‑93 (MQ=255)
aTCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTc < 1:95987/93‑1 (MQ=255)
aTCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTc < 1:3589154/93‑1 (MQ=255)
tCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCg > 2:6648618/1‑93 (MQ=255)
tCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCg > 1:3842360/1‑93 (MQ=255)
caccaAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTcagg > 1:1144706/1‑90 (MQ=255)
caccaAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAg > 2:5447097/1‑93 (MQ=255)
cccaAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGc < 2:7104473/92‑1 (MQ=255)
accaAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGc < 2:6337123/93‑1 (MQ=255)
accaAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGc > 1:4741319/1‑93 (MQ=255)
ccaAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCa > 1:388930/1‑93 (MQ=255)
ccaAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCa < 2:4319339/93‑1 (MQ=255)
ccaAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCa < 2:2862961/93‑1 (MQ=255)
ccaAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCa < 2:3008700/93‑1 (MQ=255)
caAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAg < 1:5268842/93‑1 (MQ=255)
aaaGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAgg < 1:4105834/93‑1 (MQ=255)
aaaGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAgg > 1:6637369/1‑93 (MQ=255)
aaaGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAgg < 1:4758665/93‑1 (MQ=255)
aaaGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAgg > 2:321603/1‑93 (MQ=255)
aaGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGt < 1:3686797/93‑1 (MQ=255)
aaGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGt < 1:8555562/93‑1 (MQ=255)
aaGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGt < 1:6489577/93‑1 (MQ=255)
aGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTg > 1:4377887/1‑93 (MQ=255)
gTGGCTTGGGTGATTATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTgg < 2:7933400/93‑1 (MQ=14)
gTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTgg > 1:7680728/1‑93 (MQ=255)
gTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTgg < 2:1065485/93‑1 (MQ=255)
gTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTgg < 1:1289613/93‑1 (MQ=255)
tGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGc > 2:228956/1‑93 (MQ=255)
ccTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCgg < 2:86954/93‑1 (MQ=255)
ttGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGaa > 2:6904735/1‑93 (MQ=255)
tcatcaTGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCa > 2:4228431/1‑93 (MQ=37)
tcatcaTGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCa < 1:941316/93‑1 (MQ=255)
gcatcatGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCa < 1:8692086/92‑1 (MQ=255)
catcatGACGCCTGCTTTGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCat > 1:969920/1‑93 (MQ=255)
catcatGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCat < 2:7662045/93‑1 (MQ=38)
tcatGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGGGGCGGAAATTCatga > 2:3167383/1‑93 (MQ=255)
atGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCatgatg < 1:8787065/93‑1 (MQ=255)
tGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGAtgg < 2:554130/93‑1 (MQ=37)
gACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGAtggt < 1:6429902/93‑1 (MQ=255)
gACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGAtggg > 2:1997789/1‑92 (MQ=255)
aCGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGAtggtg < 2:608538/93‑1 (MQ=255)
aCGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCAAGTTGATGCAGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGAtggtg < 2:2081262/93‑1 (MQ=255)
gCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATggtggt < 1:3432853/93‑1 (MQ=255)
ccTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGgtggtg < 2:3845738/93‑1 (MQ=38)
ccTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGgtggtg < 1:2543178/93‑1 (MQ=255)
cTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGAt < 2:9430289/93‑1 (MQ=255)
ttCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATc > 2:2529797/1‑93 (MQ=255)
ttCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATc > 2:296823/1‑93 (MQ=255)
ggCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCgg < 1:9025359/93‑1 (MQ=255)
ccagcGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCTCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGgc > 1:4589123/1‑93 (MQ=255)
ccagcGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGAGACCCGGCAGGgc > 2:3414337/1‑93 (MQ=255)
cagcGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGgcg > 1:3075497/1‑93 (MQ=255)
cagcGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGgcg > 1:716204/1‑93 (MQ=255)
cGATTGATGGTCTTGAACCATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCtt > 2:5702444/1‑92 (MQ=255)
gATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTAt > 2:1668642/1‑93 (MQ=255)
gATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTAt > 2:2731310/1‑93 (MQ=255)
gATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTAt > 2:9577134/1‑93 (MQ=255)
ttGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGACGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGACGGGCGCTATcc > 2:2451344/1‑93 (MQ=14)
tGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCa > 1:10013049/1‑93 (MQ=255)
gATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAg > 2:4033106/1‑93 (MQ=255)
aTGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAgg > 1:7975583/1‑93 (MQ=255)
aTGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAgg > 2:8012521/1‑93 (MQ=255)
ggTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGa < 2:187399/93‑1 (MQ=255)
ggTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGa > 2:4484021/1‑93 (MQ=255)
ggTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGa < 1:857947/93‑1 (MQ=255)
gTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGAt < 2:53706/93‑1 (MQ=255)
gTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGAt > 2:9867545/1‑93 (MQ=255)
cTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATaa < 2:1333010/93‑1 (MQ=255)
ttGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAAt < 1:3985594/93‑1 (MQ=255)
ttGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAAt < 1:1887409/93‑1 (MQ=255)
tGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATc < 1:10022105/93‑1 (MQ=255)
tGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATc < 2:4725835/93‑1 (MQ=255)
gAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCg > 1:8640615/1‑93 (MQ=255)
gAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCg > 1:8632368/1‑93 (MQ=255)
cAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGc > 1:3845339/1‑93 (MQ=255)
aTTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCaa > 1:7879411/1‑93 (MQ=255)
ttGACGGGCCAGTTGATGCCTCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCaaa < 1:2759595/93‑1 (MQ=255)
tGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAAc > 2:7353504/1‑93 (MQ=255)
tGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAAc > 1:6118284/1‑93 (MQ=255)
gggCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGgc > 1:9281075/1‑93 (MQ=255)
aGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATg > 2:1408683/1‑93 (MQ=255)
aGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATg < 2:2388413/93‑1 (MQ=255)
aGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATg < 1:3306395/93‑1 (MQ=255)
aGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATg > 1:7783830/1‑93 (MQ=255)
aGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATg > 1:5018127/1‑93 (MQ=255)
gTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATgg < 1:74508/93‑1 (MQ=255)
gTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATgg > 2:1220550/1‑93 (MQ=255)
gTTGATGCCGCTCGAGCAGGAGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATgg > 2:8175334/1‑93 (MQ=255)
ttGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGa > 2:8375625/1‑93 (MQ=255)
ttGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGa > 2:9013242/1‑93 (MQ=255)
ttGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCa > 2:6489517/1‑65 (MQ=255)
ttGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGa > 1:5900421/1‑93 (MQ=255)
tGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCGGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAg < 2:3809634/93‑1 (MQ=255)
gATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAgg > 2:3365808/1‑93 (MQ=255)
gATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAgg < 1:8255102/93‑1 (MQ=255)
gATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAgg < 2:2509216/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGc > 1:479679/1‑93 (MQ=255)
tgccgcTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGCg > 2:3577298/1‑93 (MQ=255)
|
GGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGCG > NC_000913/1426319‑1426499
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGCGAT > NC_000913/1426317‑1426501
|
GTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCC < SRR4302540.3026551/94‑1 (MQ=52)
GGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGC < SRR4302540.5385384/94‑1 (MQ=52)
GGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGC < SRR4302540.6448324/94‑1 (MQ=52)
GCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCT < SRR4302540.2005677/94‑1 (MQ=51)
CATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTC > SRR4302540.556690/1‑94 (MQ=50)
ATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCG < SRR4302540.97004/94‑1 (MQ=50)
ATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCG > SRR4302540.3884147/1‑94 (MQ=50)
ATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCG > SRR4302540.3884146/1‑94 (MQ=50)
ATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCG < SRR4302540.3628363/94‑1 (MQ=50)
ATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCG > SRR4302540.872609/1‑94 (MQ=50)
CCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAG > SRR4302540.4115119/1‑94 (MQ=50)
CACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGC > SRR4302540.4791915/1‑94 (MQ=50)
ACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCA > SRR4302540.392953/1‑94 (MQ=50)
ACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCA > SRR4302540.1288194/1‑94 (MQ=50)
CAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGG > SRR4302540.6710822/1‑94 (MQ=48)
CAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGG < SRR4302540.5326353/94‑1 (MQ=48)
AAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGTCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGT < SRR4302540.7146667/94‑1 (MQ=43)
AAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCTATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGT < SRR4302540.6000323/94‑1 (MQ=43)
AAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGT < SRR4302540.4150131/94‑1 (MQ=45)
AAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGT < SRR4302540.4809442/94‑1 (MQ=45)
AAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGG > SRR4302540.4278610/1‑94 (MQ=45)
AAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTG < SRR4302540.6561745/94‑1 (MQ=43)
AAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTG > SRR4302540.9493211/1‑94 (MQ=43)
AAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTG < SRR4302540.8654935/94‑1 (MQ=43)
AAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTG > SRR4302540.4425425/1‑94 (MQ=43)
AAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTG < SRR4302540.3727081/94‑1 (MQ=43)
AAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGAGGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTGGATGCCGCTCGAGCAGGTG > SRR4302540.9086758/1‑94 (MQ=39)
AAGTGCCGTGGGTCTCCATCACCCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCGTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTG < SRR4302540.3727080/94‑1 (MQ=20)
AGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGG > SRR4302540.7767673/1‑94 (MQ=40)
AGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGG < SRR4302540.5279463/94‑1 (MQ=40)
AGTGCCTCGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGG > SRR4302540.48188/1‑94 (MQ=36)
GTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGC < SRR4302540.1302936/94‑1 (MQ=38)
TGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCG < SRR4302540.6235718/94‑1 (MQ=39)
GCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGG > SRR4302540.9908945/1‑94 (MQ=38)
CCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGA > SRR4302540.4531979/1‑94 (MQ=38)
TGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAAT < SRR4302540.2901874/94‑1 (MQ=33)
TCATCATGACGCCTGCTTTGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCAT > SRR4302540.979904/1‑94 (MQ=24)
TCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCAT < SRR4302540.951150/94‑1 (MQ=25)
GCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCAT < SRR4302540.8792998/94‑1 (MQ=25)
ATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGA > SRR4302540.1838491/1‑94 (MQ=25)
ATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGG > SRR4302540.5740736/1‑94 (MQ=25)
ATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGG < SRR4302540.8888749/94‑1 (MQ=25)
GACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTG < SRR4302540.6501471/94‑1 (MQ=25)
gcctggcgCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTG < SRR4302540.3470162/86‑1 (MQ=26)
GCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTG > SRR4302540.9714642/1‑94 (MQ=25)
GCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTG < SRR4302540.3470168/94‑1 (MQ=25)
CCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGC > SRR4302540.3432187/1‑94 (MQ=25)
CCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGC < SRR4302540.2570595/94‑1 (MQ=25)
GCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGAT < SRR4302540.663468/94‑1 (MQ=30)
GCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGAT < SRR4302540.7676857/94‑1 (MQ=30)
GCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGAT < SRR4302540.7840060/94‑1 (MQ=30)
CTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATC > SRR4302540.7520392/1‑94 (MQ=33)
TTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCC < SRR4302540.3914334/94‑1 (MQ=35)
TCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCG > SRR4302540.8490160/1‑94 (MQ=38)
GGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGC < SRR4302540.4929438/94‑1 (MQ=38)
GGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGC < SRR4302540.2304900/94‑1 (MQ=38)
GGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGC > SRR4302540.8023621/1‑94 (MQ=38)
GGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGC < SRR4302540.9133659/94‑1 (MQ=38)
CAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGG > SRR4302540.7932853/1‑94 (MQ=43)
AGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGG < SRR4302540.3225441/94‑1 (MQ=45)
GCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCTCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGC > SRR4302540.4638530/1‑94 (MQ=46)
CCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCG > SRR4302540.3109238/1‑94 (MQ=50)
CCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCG > SRR4302540.723889/1‑94 (MQ=50)
GATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATC > SRR4302540.9344294/1‑94 (MQ=50)
GATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATC > SRR4302540.8879368/1‑94 (MQ=50)
TTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCA > SRR4302540.10129629/1‑94 (MQ=50)
ctgaaccgctcttccgatctagcgcttGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAG < SRR4302540.6561686/67‑1 (MQ=43)
GATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGG > SRR4302540.8068500/1‑94 (MQ=50)
ATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGG < SRR4302540.393088/94‑1 (MQ=50)
TGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGA > SRR4302540.1946821/1‑94 (MQ=50)
GGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGAT < SRR4302540.867060/94‑1 (MQ=50)
GGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGAT < SRR4302540.867059/94‑1 (MQ=50)
CTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAAT < SRR4302540.37429/94‑1 (MQ=53)
TTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATC < SRR4302540.4028509/94‑1 (MQ=55)
TTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATC < SRR4302540.6454827/94‑1 (MQ=55)
TTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATC < SRR4302540.1908071/94‑1 (MQ=55)
TGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCG > SRR4302540.8732640/1‑94 (MQ=58)
TGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCG < SRR4302540.256866/94‑1 (MQ=58)
TGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCG < SRR4302540.10138732/94‑1 (MQ=58)
TGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCG > SRR4302540.8740983/1‑94 (MQ=58)
ACAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGC > SRR4302540.3887156/1‑94 (MQ=60)
CAATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCA > SRR4302540.3632485/1‑94 (MQ=60)
AATTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAA > SRR4302540.7971430/1‑94 (MQ=60)
TTGACGGGCCAGTTGATGCCTCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAAC < SRR4302540.2789412/94‑1 (MQ=58)
TTGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAAC > SRR4302540.6186423/1‑94 (MQ=60)
TGGACGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAAC < SRR4302540.3538813/94‑1 (MQ=54)
CGGGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGC > SRR4302540.9392007/1‑94 (MQ=60)
GGCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGC > SRR4302540.1100521/1‑94 (MQ=60)
GCCAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCA > SRR4302540.4728733/1‑94 (MQ=60)
CAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATG > SRR4302540.5072447/1‑94 (MQ=60)
CAGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATG > SRR4302540.7874809/1‑94 (MQ=60)
AGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGG < SRR4302540.8765810/94‑1 (MQ=60)
AGTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGG < SRR4302540.3342606/94‑1 (MQ=60)
GTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGA < SRR4302540.75279/94‑1 (MQ=60)
GTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGA > SRR4302540.5965579/1‑94 (MQ=60)
GTTGATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGA > SRR4302540.8308466/1‑94 (MQ=60)
GATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGC < SRR4302540.8351048/94‑1 (MQ=60)
GATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGC > SRR4302540.484820/1‑94 (MQ=60)
ATGCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGCG > SRR4302540.9656581/1‑94 (MQ=60)
GCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGCGAT > SRR4302540.4985845/1‑94 (MQ=60)
GCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGCGAT < SRR4302540.1872801/94‑1 (MQ=60)
GCCGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGCGAT < SRR4302540.25988/94‑1 (MQ=60)
|
GTGGCATCCACCAAAGTGCCTTGGGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGACGGGCCAGTTGATGCTGCTCGAGCAGGTGGCGGAAATTCATGATGGTGGTGCGATCCGGCAGGGCGCTATCCAGGGATAATCGGGCAAACAGGCGCATGGAGGCGAT > NC_000913/1426317‑1426501
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
