Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,572,444 |
C→T |
P261P (CCG→CCA) |
pqqL ← |
putative peptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,572,444 | 0 | C | T | 91.1%
| 870.7
/ 41.6
| 280 | P261P (CCG→CCA) | pqqL | putative peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/10); new base T (139/116); total (154/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
CCATTGGCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGTCGATATC > NC_000913/1572353‑1572533
|
aTTGGCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGc < 1:1960658/93‑1 (MQ=255)
ttGGCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGcc > 2:8592704/1‑93 (MQ=255)
ttGGCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGcc < 1:7326892/93‑1 (MQ=255)
tGGCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCa < 2:757063/93‑1 (MQ=255)
gCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGa < 1:3367720/93‑1 (MQ=255)
gCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGa < 2:2298314/93‑1 (MQ=255)
gCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAAGGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGa < 2:148110/93‑1 (MQ=255)
aGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGAcg > 2:6690239/1‑93 (MQ=255)
ggCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGAcgc > 1:461486/1‑93 (MQ=255)
gCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGAcgcg < 2:8441702/93‑1 (MQ=255)
gCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGAcgcg > 1:2436267/1‑93 (MQ=255)
gATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGAt > 2:6957082/1‑93 (MQ=255)
ataataGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGAtt > 1:4124599/1‑93 (MQ=255)
ataataGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGAtt > 2:7420376/1‑93 (MQ=255)
taataGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGAttt > 2:1125376/1‑93 (MQ=255)
taataGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGAttt < 1:3474907/93‑1 (MQ=255)
aataGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGAtttt > 1:509553/1‑93 (MQ=255)
agagTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAg < 1:6615355/93‑1 (MQ=255)
gagTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAgc > 2:2708754/1‑93 (MQ=255)
tGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAgctgc > 1:1227673/1‑93 (MQ=255)
gATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCttt > 1:8117918/1‑93 (MQ=255)
gATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCttt < 1:2365135/93‑1 (MQ=255)
gATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCttt < 2:5869333/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTg > 2:9682490/1‑93 (MQ=255)
tGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGt < 2:456093/93‑1 (MQ=255)
gCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGtt > 1:2054750/1‑93 (MQ=255)
gTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGc > 2:7257605/1‑93 (MQ=255)
gTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGc < 1:4184124/93‑1 (MQ=255)
gTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGc < 2:206776/93‑1 (MQ=255)
ttCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGcc > 1:4785151/1‑93 (MQ=255)
ttCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGcc > 2:5413174/1‑93 (MQ=255)
ttCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGcc < 1:786227/93‑1 (MQ=255)
tCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGCCTTTTGTTGGACAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCg > 1:4919679/1‑93 (MQ=255)
cACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCgg > 2:5794907/1‑93 (MQ=255)
ccccGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGa < 2:2155843/92‑1 (MQ=255)
aCCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGa > 1:5465108/1‑93 (MQ=255)
ccGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAg > 1:1276325/1‑93 (MQ=255)
ggTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGct > 2:192701/1‑93 (MQ=255)
ggTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGct < 1:1420978/93‑1 (MQ=255)
gTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGctt > 1:8534091/1‑93 (MQ=255)
ttttCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGctta > 2:8554689/1‑93 (MQ=255)
ttttCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGctta < 2:2681753/93‑1 (MQ=255)
tttCTTTATCATAAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGcttac < 2:9192743/93‑1 (MQ=255)
ttCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGACAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGcttact > 1:7453331/1‑93 (MQ=255)
tCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGACGcttactt > 1:4552250/1‑93 (MQ=255)
tCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGcttactt < 2:7103880/93‑1 (MQ=255)
tCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGcttactt > 2:5295401/1‑93 (MQ=255)
tCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGcttactt > 1:1032822/1‑93 (MQ=255)
ttATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTaaa > 2:5173174/1‑93 (MQ=255)
tATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAAt > 2:3513278/1‑93 (MQ=255)
tCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTa > 1:8700053/1‑93 (MQ=255)
aTTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATc > 2:1704603/1‑93 (MQ=255)
ttAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATcc > 1:9291769/1‑93 (MQ=255)
ttAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATcc > 1:6774508/1‑93 (MQ=255)
ttAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATcc > 2:9301746/1‑93 (MQ=255)
ttAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATcc < 2:9038271/93‑1 (MQ=255)
tAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCt < 2:2534689/93‑1 (MQ=255)
tAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCt < 1:5716552/93‑1 (MQ=255)
aaTGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCtt > 1:697706/1‑93 (MQ=255)
aaTGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCtt > 1:618386/1‑93 (MQ=255)
tGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTa < 1:3056561/93‑1 (MQ=255)
gATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTAt < 2:503209/93‑1 (MQ=255)
atatTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATc < 1:2695103/93‑1 (MQ=255)
tatTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATca > 2:2890400/1‑93 (MQ=255)
tatTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATca < 2:3017177/93‑1 (MQ=255)
tatTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATca < 2:6519768/93‑1 (MQ=255)
atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcag < 1:1106213/93‑1 (MQ=255)
atTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcag > 1:2603931/1‑93 (MQ=255)
ttAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcagc < 1:230053/93‑1 (MQ=255)
ttAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcagc < 1:9037934/93‑1 (MQ=255)
aaGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcagcgcc < 2:9969801/93‑1 (MQ=255)
aaGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcagcgcc > 2:4591170/1‑93 (MQ=255)
aaGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcagcgcc > 2:6405937/1‑93 (MQ=255)
aaGCGCAGGGGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcagcgcc > 2:462656/1‑93 (MQ=255)
aGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcagcgcca < 2:4304888/93‑1 (MQ=255)
aGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcagcgcca < 2:3684320/93‑1 (MQ=255)
gcgcAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcagcgccag > 1:2339517/1‑93 (MQ=255)
ggcAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcagcgccagc < 2:3183202/92‑1 (MQ=255)
cgcAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcagcgccagc > 2:8125400/1‑93 (MQ=255)
gcAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGGTTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcagcgccagcg > 2:4391574/1‑93 (MQ=255)
cAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATcagcgccagcgc > 2:2373259/1‑93 (MQ=255)
aGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGct > 2:788351/1‑93 (MQ=255)
ggtggtTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGctt < 2:3421626/93‑1 (MQ=255)
ggtggtTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGctt > 1:9178267/1‑93 (MQ=255)
tggtTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGcttct > 1:7666010/1‑93 (MQ=255)
ggtTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGcttctt > 1:4530286/1‑93 (MQ=255)
ttttCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTa > 2:5245050/1‑93 (MQ=255)
tttCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTAc > 2:7358859/1‑93 (MQ=255)
tttCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTAc < 2:10013477/93‑1 (MQ=255)
tttCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTAc < 1:1489931/93‑1 (MQ=255)
ttCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACt < 1:3125786/93‑1 (MQ=255)
tCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCAAGCGCTTCTTTACtc > 1:721460/1‑92 (MQ=255)
ggCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTgcc < 2:3609213/93‑3 (MQ=255)
ggCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTgcc > 1:9524128/1‑91 (MQ=255)
ggCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTgcc > 1:961743/1‑91 (MQ=255)
gCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCg > 1:9744692/1‑93 (MQ=255)
gCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCg > 2:4123721/1‑93 (MQ=255)
gCTTTTGTCGGCCAGACGCGACTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCg > 1:4052209/1‑93 (MQ=255)
tttGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCGatt > 2:8724938/1‑92 (MQ=255)
tttGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCGata > 1:8167849/1‑93 (MQ=255)
|
CCATTGGCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGTCGATATC > NC_000913/1572353‑1572533
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TACCATTGGCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGTCGATATCGCCG > NC_000913/1572351‑1572537
|
TACCATTGGCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTT < SRR4302540.4712578/94‑1 (MQ=60)
ACCATTGGCAGGCGATAATAGAGTACGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCG > SRR4302540.7071659/1‑94 (MQ=60)
CCATTGGCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGG < SRR4302540.4969388/94‑1 (MQ=60)
ATTGGCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCC < SRR4302540.1981961/94‑1 (MQ=60)
TTGGCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCA < SRR4302540.7408701/94‑1 (MQ=60)
TGGCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAG > SRR4302540.4970812/1‑94 (MQ=60)
GCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGAC < SRR4302540.9139440/94‑1 (MQ=60)
GCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGAC < SRR4302540.3404556/94‑1 (MQ=60)
GCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGAC < SRR4302540.1069038/94‑1 (MQ=60)
GCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGAC < SRR4302540.7856191/94‑1 (MQ=60)
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GGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGCAGCTTACTTAAATTATACTTTATCAGCGCCAGCGATTC > SRR4302540.6363561/1‑94 (MQ=60)
GGTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTC < SRR4302540.9775391/94‑1 (MQ=60)
GTGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCT > SRR4302540.7752380/1‑94 (MQ=60)
TGGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTT > SRR4302540.4579326/1‑94 (MQ=60)
TGGGTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTT < SRR4302540.4137366/94‑1 (MQ=60)
TGTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTT < SRR4302540.7150961/94‑1 (MQ=60)
GTTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTA > SRR4302540.1354473/1‑94 (MQ=60)
TTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTAC > SRR4302540.4209039/1‑94 (MQ=60)
TTTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTAC < SRR4302540.2572250/94‑1 (MQ=60)
TTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTAC < SRR4302540.3845907/94‑1 (MQ=60)
TTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACT < SRR4302540.1506312/94‑1 (MQ=60)
TTTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACT < SRR4302540.4318545/94‑1 (MQ=60)
TTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTG < SRR4302540.3159920/94‑1 (MQ=60)
TTCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCAAGCGCTTCTTTACTC > SRR4302540.729196/1‑94 (MQ=60)
TCGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGC > SRR4302540.1985043/1‑94 (MQ=60)
CGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCC < SRR4302540.4216710/94‑1 (MQ=60)
CGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCC > SRR4302540.971692/1‑94 (MQ=60)
CGGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCC > SRR4302540.9636899/1‑94 (MQ=60)
GGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCG > SRR4302540.9859058/1‑94 (MQ=60)
GGCTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTCTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCG > SRR4302540.9858885/1‑94 (MQ=60)
GGCTTTTGTCGGCCAGACGCGACTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCG > SRR4302540.4095898/1‑94 (MQ=60)
CTTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCGAT > SRR4302540.2365964/1‑94 (MQ=60)
TTTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCGATA > SRR4302540.8262699/1‑94 (MQ=60)
TTTGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCGATAT < SRR4302540.9616732/94‑1 (MQ=60)
TGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCGATATCG < SRR4302540.2940584/94‑1 (MQ=60)
TGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCGATATCG < SRR4302540.9162403/94‑1 (MQ=60)
TGTTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCGATATCG > SRR4302540.1537312/1‑94 (MQ=60)
TTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCGATATCGCC > SRR4302540.8614490/1‑94 (MQ=60)
TTGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCGATATCGCC < SRR4302540.1468626/94‑1 (MQ=60)
TGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCGATATCGCCG > SRR4302540.3924258/1‑94 (MQ=60)
TGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCGATATCGCCG < SRR4302540.9567590/94‑1 (MQ=60)
TGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCGATATCGCCG < SRR4302540.6908382/94‑1 (MQ=60)
TGGCCAGAAGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGCCGATATCGCCG < SRR4302540.357697/94‑1 (MQ=60)
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TACCATTGGCAGGCGATAATAGAGTGCGATGCCGTTCACCCGGTTTTCTTTATCATTAATGATATTAAAGCGCAGGTGGTTTTCGGCTTTTGTCGGCCAGACGCGATTTTCAGCTGCTTTGTTAGCCGGAAGCTTACTTAAATTATCCTTTATCAGCGCCAGCGCTTCTTTACTGTCGATATCGCCG > NC_000913/1572351‑1572537
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
