Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,066,300 |
T→C |
intergenic (‑957/‑330) |
trs56 ← / → b1995 |
IS5 transposase/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,066,300 | 0 | T | C | 99.7%
| 1196.0
/ ‑7.2
| 362 | intergenic (‑957/‑330) | trs56/b1995 | IS5 transposase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (129/232); total (130/232) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.59e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 365 total aligned reads displayed.
TCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGAC > NC_000913/2066210‑2066389
|
tctGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCt < 2:3131719/93‑1 (MQ=255)
ctGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCtt > 2:1179147/1‑93 (MQ=255)
ggCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAc < 1:727689/93‑1 (MQ=255)
ggCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAc > 1:4927378/1‑93 (MQ=255)
ggCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAc < 1:1853158/93‑1 (MQ=255)
ggCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAc < 1:3872205/93‑1 (MQ=255)
gCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAcc > 2:9116384/1‑93 (MQ=255)
gCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAcc > 2:2879220/1‑93 (MQ=255)
cATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGc < 2:3595042/93‑1 (MQ=255)
aTTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCa < 2:4146446/93‑1 (MQ=255)
ttAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCat > 1:7017533/1‑93 (MQ=255)
agagTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCatat < 2:4904237/93‑1 (MQ=255)
gagTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAtata < 2:6868432/93‑1 (MQ=255)
gagTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAtata < 1:8799796/93‑1 (MQ=255)
gagTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAtata > 1:4957310/1‑93 (MQ=255)
gagTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAtata > 1:9350151/1‑93 (MQ=255)
tAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGGTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACgg > 1:5505003/1‑93 (MQ=255)
aaCCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGt < 2:9896432/93‑1 (MQ=255)
aCCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTc > 2:2702409/1‑93 (MQ=255)
ccTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGGCCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCa < 1:8306247/93‑1 (MQ=255)
ttCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAt > 2:5285241/1‑93 (MQ=255)
ttCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAt > 2:6388823/1‑93 (MQ=255)
tCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAtt < 2:7190306/93‑1 (MQ=255)
tCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAtt > 1:6106227/1‑93 (MQ=255)
tCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAtt < 1:7646194/93‑1 (MQ=255)
tGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTc > 2:9595934/1‑93 (MQ=255)
tGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTc < 2:6501391/93‑1 (MQ=255)
gCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCa < 2:2267625/93‑1 (MQ=255)
cATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAg > 2:9534411/1‑93 (MQ=255)
aTTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGc > 1:6637233/1‑93 (MQ=255)
aTTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGc > 1:1699123/1‑93 (MQ=255)
aTTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGc < 1:4526260/93‑1 (MQ=255)
ttCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCa > 1:1113697/1‑93 (MQ=255)
ttCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCa < 1:4344212/93‑1 (MQ=255)
cATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaat < 2:2514756/93‑1 (MQ=255)
cATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaat < 2:4389601/93‑1 (MQ=255)
aTCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaatt < 1:5654222/93‑1 (MQ=255)
tCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaatta < 2:7780910/93‑1 (MQ=255)
ttttGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaattaatt < 2:467987/93‑1 (MQ=255)
ttttGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCaattaatt > 2:3372528/1‑93 (MQ=255)
tttGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAattaatta < 1:148139/93‑1 (MQ=255)
tttGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAattaatta > 2:2962522/1‑93 (MQ=255)
tGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACa < 2:511971/93‑1 (MQ=255)
tGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACa > 2:1680002/1‑93 (MQ=255)
tGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACa < 1:7358966/93‑1 (MQ=255)
gTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAt < 2:34798/93‑1 (MQ=255)
tAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAtt < 1:3425549/93‑1 (MQ=255)
aaaaaGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTa > 2:9413341/1‑93 (MQ=255)
aaaaGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTAt < 2:3949738/93‑1 (MQ=255)
aGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCa < 2:9474902/93‑1 (MQ=255)
aGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCa < 1:7994057/93‑1 (MQ=255)
gTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCAc < 1:6323135/93‑1 (MQ=255)
ttATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGc > 2:2150879/1‑93 (MQ=255)
ttATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGc < 1:3721619/93‑1 (MQ=255)
ttATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGc < 2:6246860/93‑1 (MQ=255)
ttATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGc < 2:7844222/93‑1 (MQ=255)
ttATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGc < 2:811781/93‑1 (MQ=255)
tataTTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGcc > 2:5781843/1‑93 (MQ=255)
tatTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCaa > 2:7827737/1‑93 (MQ=255)
tatTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCaa < 2:8500388/93‑1 (MQ=255)
tatTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCaa > 2:4088367/1‑93 (MQ=255)
atTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCaaa > 2:6609573/1‑93 (MQ=255)
ttAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAg < 1:2526548/93‑1 (MQ=255)
aGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTa < 1:8081989/93‑1 (MQ=255)
aGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTa < 1:3323320/93‑1 (MQ=255)
gTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAt < 1:8247045/93‑1 (MQ=255)
gTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAt < 1:10008955/93‑1 (MQ=255)
tATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAtt < 2:3286912/93‑1 (MQ=255)
tATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAtt < 2:7861608/93‑1 (MQ=255)
tATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAtt < 2:2385661/93‑1 (MQ=255)
tATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAtt < 1:2288927/93‑1 (MQ=255)
aTCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAttt < 1:5902013/93‑1 (MQ=255)
tCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTg < 2:9018630/93‑1 (MQ=255)
cAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGt < 1:8598514/93‑1 (MQ=255)
aGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGtc > 2:10027673/1‑93 (MQ=255)
gCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGtca < 1:2680792/93‑1 (MQ=255)
aaTTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGtcatc < 2:3853262/93‑1 (MQ=255)
aTTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGtcatca < 2:5557351/93‑1 (MQ=255)
ttAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATcac < 1:6200803/93‑1 (MQ=255)
tAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATcaca < 2:4005097/93‑1 (MQ=255)
aaCCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACaa < 2:364510/93‑1 (MQ=255)
aaCCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACaa < 2:6145404/93‑1 (MQ=255)
aCCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAat < 2:8539677/93‑1 (MQ=255)
ccGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAatg < 1:6814480/93‑1 (MQ=255)
ccGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAatg > 1:7425908/1‑93 (MQ=255)
cGGACCTGATACTGATATGATCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAatga < 1:1551237/93‑1 (MQ=255)
ggACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAatgat < 2:5036534/93‑1 (MQ=255)
aCCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATgg > 2:7883289/1‑93 (MQ=255)
aCCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATgg < 1:5210535/93‑1 (MQ=255)
ccTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGt < 1:8999780/93‑1 (MQ=255)
ccTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGt < 1:8480426/93‑1 (MQ=255)
tgatactgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTAc < 2:6771413/93‑1 (MQ=255)
gatactgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTAcc < 2:7581641/93‑1 (MQ=255)
gatactgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTAcc < 1:3192660/93‑1 (MQ=255)
atactgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACct > 1:9623626/1‑93 (MQ=255)
actgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttc < 2:1938668/93‑1 (MQ=255)
tgataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACcttctt < 2:7423754/93‑1 (MQ=255)
gataTGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCttt < 1:4078867/93‑1 (MQ=255)
gAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGac < 2:1086282/93‑1 (MQ=255)
gAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGac < 1:2011534/93‑1 (MQ=255)
|
TCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGAC > NC_000913/2066210‑2066389
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCA > NC_000913/2066207‑2066393
|
CACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGC < SRR4302540.8272658/94‑1 (MQ=60)
CACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGC > SRR4302540.5301908/1‑94 (MQ=60)
CACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGC > SRR4302540.5301907/1‑94 (MQ=60)
ACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCC > SRR4302540.8025060/1‑94 (MQ=60)
CTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCT < SRR4302540.4550487/94‑1 (MQ=60)
TCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTT < SRR4302540.3769512/94‑1 (MQ=60)
TGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAC < SRR4302540.9949737/94‑1 (MQ=60)
TGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAC > SRR4302540.4980490/1‑94 (MQ=60)
TGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTAC < SRR4302540.3361693/94‑1 (MQ=60)
GGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACC < SRR4302540.1873481/94‑1 (MQ=60)
GGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACC < SRR4302540.3914298/94‑1 (MQ=60)
GGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACC < SRR4302540.3500796/94‑1 (MQ=60)
GGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACC < SRR4302540.735486/94‑1 (MQ=60)
GGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACC > SRR4302540.9384898/1‑94 (MQ=60)
CCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGC < SRR4302540.7363132/94‑1 (MQ=60)
CATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCA < SRR4302540.6673141/94‑1 (MQ=60)
ATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAT > SRR4302540.5226929/1‑94 (MQ=60)
ATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAT < SRR4302540.8677436/94‑1 (MQ=60)
ATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAT > SRR4302540.51600/1‑94 (MQ=60)
ATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCAT > SRR4302540.7095465/1‑94 (MQ=60)
TAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATAT < SRR4302540.1059588/94‑1 (MQ=60)
TAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATAT < SRR4302540.4150348/94‑1 (MQ=60)
TAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATAT < SRR4302540.88177/94‑1 (MQ=60)
TAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTGTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATCCTGATGTGAGCCTTACCGCATAT < SRR4302540.6101379/94‑1 (MQ=60)
AGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATA > SRR4302540.5289025/1‑94 (MQ=60)
AGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATA > SRR4302540.5010884/1‑94 (MQ=60)
AGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATA > SRR4302540.5010883/1‑94 (MQ=60)
AGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATA > SRR4302540.3284171/1‑94 (MQ=60)
AGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATA > SRR4302540.9461518/1‑94 (MQ=60)
AGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATA < SRR4302540.6937319/94‑1 (MQ=60)
GAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATAC < SRR4302540.5997788/94‑1 (MQ=60)
GAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATAC < SRR4302540.4941010/94‑1 (MQ=60)
GAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATAC < SRR4302540.8901538/94‑1 (MQ=60)
GAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATAC < SRR4302540.8346243/94‑1 (MQ=60)
GAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATAC < SRR4302540.8346244/94‑1 (MQ=60)
AGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACG < SRR4302540.3945490/94‑1 (MQ=60)
GTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGG < SRR4302540.3798900/94‑1 (MQ=60)
GTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGGTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGG > SRR4302540.5565629/1‑94 (MQ=60)
TAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGT < SRR4302540.8895416/94‑1 (MQ=60)
TAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGT > SRR4302540.5585363/1‑94 (MQ=60)
CCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGGCCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAA < SRR4302540.8402691/94‑1 (MQ=60)
CTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAT > SRR4302540.8556389/1‑94 (MQ=60)
CTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAAT < SRR4302540.7116281/94‑1 (MQ=60)
TTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATT > SRR4302540.6174235/1‑94 (MQ=60)
TCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTT < SRR4302540.7732258/94‑1 (MQ=60)
TTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTC < SRR4302540.8247897/94‑1 (MQ=60)
TGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCT > SRR4302540.7841639/1‑94 (MQ=60)
TGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCA > SRR4302540.7185473/1‑94 (MQ=60)
GCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAG > SRR4302540.5962237/1‑94 (MQ=60)
GCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAG > SRR4302540.1499908/1‑94 (MQ=60)
CATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGC > SRR4302540.6710686/1‑94 (MQ=60)
CATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGC > SRR4302540.1717524/1‑94 (MQ=60)
CATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGC > SRR4302540.1717525/1‑94 (MQ=60)
ATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCA > SRR4302540.6182514/1‑94 (MQ=60)
ATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCA > SRR4302540.6182515/1‑94 (MQ=60)
ATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCA > SRR4302540.2583996/1‑94 (MQ=60)
ATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCA > SRR4302540.1125237/1‑94 (MQ=60)
ATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCA < SRR4302540.4575265/94‑1 (MQ=60)
TTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAA < SRR4302540.4391496/94‑1 (MQ=60)
TCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAAT < SRR4302540.3829801/94‑1 (MQ=60)
TCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAAT < SRR4302540.2343601/94‑1 (MQ=60)
CATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATT > SRR4302540.4101574/1‑94 (MQ=60)
ATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTA < SRR4302540.5716472/94‑1 (MQ=60)
TCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAA < SRR4302540.6551407/94‑1 (MQ=60)
tcgTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAAT < SRR4302540.8417412/91‑1 (MQ=60)
CCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAAT < SRR4302540.8927008/94‑1 (MQ=60)
CCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAAT < SRR4302540.9996942/94‑1 (MQ=60)
CCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAAT < SRR4302540.2026532/94‑1 (MQ=60)
CTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATT < SRR4302540.1900473/94‑1 (MQ=60)
TTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTA < SRR4302540.2093202/94‑1 (MQ=60)
TTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTAC < SRR4302540.149671/94‑1 (MQ=60)
TTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACA < SRR4302540.616941/94‑1 (MQ=60)
TTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACA < SRR4302540.8860527/94‑1 (MQ=60)
TGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAT < SRR4302540.7441027/94‑1 (MQ=60)
TGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAT < SRR4302540.1581268/94‑1 (MQ=60)
TGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACAT < SRR4302540.8184237/94‑1 (MQ=60)
GTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTTCATT < SRR4302540.6767141/94‑1 (MQ=60)
GTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATT > SRR4302540.3329878/1‑94 (MQ=60)
TAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTCTATTA > SRR4302540.4991233/1‑94 (MQ=60)
TAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTA < SRR4302540.3462786/94‑1 (MQ=60)
AAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTAT < SRR4302540.9852634/94‑1 (MQ=60)
AAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTAT < SRR4302540.7465561/94‑1 (MQ=60)
AAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCC < SRR4302540.1084249/94‑1 (MQ=60)
AAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCA < SRR4302540.7281404/94‑1 (MQ=60)
AAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCA < SRR4302540.7495330/94‑1 (MQ=60)
AGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCAC < SRR4302540.865174/94‑1 (MQ=60)
AGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCAC < SRR4302540.5095854/94‑1 (MQ=60)
AGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCAC < SRR4302540.2600593/94‑1 (MQ=60)
AGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCAC < SRR4302540.8087116/94‑1 (MQ=60)
AGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCAC < SRR4302540.9365627/94‑1 (MQ=60)
AGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCAC < SRR4302540.8087115/94‑1 (MQ=60)
GTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACG < SRR4302540.6393554/94‑1 (MQ=60)
GTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACG > SRR4302540.1201585/1‑94 (MQ=60)
TTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCC > SRR4302540.7087344/1‑94 (MQ=60)
TTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCC < SRR4302540.3762223/94‑1 (MQ=60)
TATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAA > SRR4302540.5000400/1‑94 (MQ=60)
TATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAA > SRR4302540.7834210/1‑94 (MQ=60)
ATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAG > SRR4302540.3288691/1‑94 (MQ=60)
ATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAG < SRR4302540.2308184/94‑1 (MQ=60)
TTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGT < SRR4302540.2553817/94‑1 (MQ=60)
TTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGT < SRR4302540.3621041/94‑1 (MQ=60)
AGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAT < SRR4302540.1851140/94‑1 (MQ=60)
AGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAT < SRR4302540.6799479/94‑1 (MQ=60)
AGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAT < SRR4302540.1851142/94‑1 (MQ=60)
AGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAT < SRR4302540.3359777/94‑1 (MQ=60)
AGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAT < SRR4302540.8175793/94‑1 (MQ=60)
AGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAT < SRR4302540.3359776/94‑1 (MQ=60)
AGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTAT > SRR4302540.1219900/1‑94 (MQ=60)
GTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATT < SRR4302540.10125508/94‑1 (MQ=60)
GTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATT < SRR4302540.8342907/94‑1 (MQ=60)
TATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTT < SRR4302540.7366385/94‑1 (MQ=60)
TATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTT < SRR4302540.751941/94‑1 (MQ=60)
TATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTT < SRR4302540.2313549/94‑1 (MQ=60)
TATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTT < SRR4302540.4656784/94‑1 (MQ=60)
ATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTG > SRR4302540.1828173/1‑94 (MQ=60)
ATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTG < SRR4302540.1589310/94‑1 (MQ=60)
ATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTG < SRR4302540.5967189/94‑1 (MQ=60)
TCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGT < SRR4302540.9464622/94‑1 (MQ=60)
TCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGT < SRR4302540.4466091/94‑1 (MQ=60)
TCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGT < SRR4302540.2254330/94‑1 (MQ=60)
CAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTC < SRR4302540.8698456/94‑1 (MQ=60)
CAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTC > SRR4302540.5578320/1‑94 (MQ=60)
AGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCA > SRR4302540.4165501/1‑94 (MQ=60)
gccacTAACCGGACCTGATACTGATGCGAGCCTGCCCGCATATACAGTCAATTCCAGCAAGTACTTACCTTATCCACGCCAAAGTATTTGTCAT < SRR4302540.9655120/89‑1 (MQ=33)
GCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCAT < SRR4302540.2709787/94‑1 (MQ=60)
GCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCAT < SRR4302540.3038637/94‑1 (MQ=60)
AATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCA > SRR4302540.1505751/1‑94 (MQ=60)
AATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCA < SRR4302540.6236611/94‑1 (MQ=60)
ATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCAC < SRR4302540.9734464/94‑1 (MQ=60)
ATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCAC > SRR4302540.8114063/1‑94 (MQ=60)
TTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACA < SRR4302540.6269832/94‑1 (MQ=60)
TTAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACA < SRR4302540.6269831/94‑1 (MQ=60)
TAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAA > SRR4302540.5592223/1‑94 (MQ=60)
TAACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAA < SRR4302540.4269983/94‑1 (MQ=60)
AACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAAT < SRR4302540.4473549/94‑1 (MQ=60)
AACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAAT < SRR4302540.4473547/94‑1 (MQ=60)
AACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAAT < SRR4302540.315073/94‑1 (MQ=60)
ACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATG < SRR4302540.7526828/94‑1 (MQ=60)
ACCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATG > SRR4302540.7508632/1‑94 (MQ=60)
CCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGA < SRR4302540.3573357/94‑1 (MQ=60)
CCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGA > SRR4302540.8213473/1‑94 (MQ=60)
CCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGA > SRR4302540.2895995/1‑94 (MQ=60)
CCGGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGA < SRR4302540.6889905/94‑1 (MQ=60)
CGGACCTGATACTGATATGATCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGAT < SRR4302540.1568326/94‑1 (MQ=60)
GGACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATG > SRR4302540.6492268/1‑94 (MQ=60)
ACCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGT < SRR4302540.5267305/94‑1 (MQ=60)
CCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTA < SRR4302540.8957789/94‑1 (MQ=60)
CCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTA < SRR4302540.7929172/94‑1 (MQ=60)
CCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTA < SRR4302540.9107755/94‑1 (MQ=60)
CCTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTA < SRR4302540.8578933/94‑1 (MQ=60)
CTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTAC < SRR4302540.5845716/94‑1 (MQ=60)
CTGATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTAC > SRR4302540.7669303/1‑94 (MQ=60)
GATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCT < SRR4302540.9132744/94‑1 (MQ=60)
GATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCT > SRR4302540.9737050/1‑94 (MQ=60)
GATACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCT < SRR4302540.3227337/94‑1 (MQ=60)
TACTGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTC < SRR4302540.1140368/94‑1 (MQ=60)
TGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTT > SRR4302540.6293697/1‑94 (MQ=60)
TGATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTT < SRR4302540.8346347/94‑1 (MQ=60)
GATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTC < SRR4302540.4122850/94‑1 (MQ=60)
ATATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTATCTTCTTTCA < SRR4302540.7397963/94‑1 (MQ=60)
TATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAG < SRR4302540.2447411/94‑1 (MQ=60)
ATGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGA < SRR4302540.8672481/94‑1 (MQ=60)
TGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGAC < SRR4302540.6836510/94‑1 (MQ=60)
TGAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGAC < SRR4302540.5463117/94‑1 (MQ=60)
GAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACA < SRR4302540.2412027/94‑1 (MQ=60)
GAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACA > SRR4302540.9098871/1‑94 (MQ=60)
GAGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACA < SRR4302540.2033288/94‑1 (MQ=60)
AGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACAC > SRR4302540.5457839/1‑94 (MQ=60)
AGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACAC < SRR4302540.1746602/94‑1 (MQ=60)
AGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACAC > SRR4302540.8067708/1‑94 (MQ=60)
AGCCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACAC > SRR4302540.7236415/1‑94 (MQ=60)
CCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCA > SRR4302540.5492571/1‑94 (MQ=60)
CCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCA > SRR4302540.9353163/1‑94 (MQ=60)
CCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCA < SRR4302540.7168263/94‑1 (MQ=60)
CCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCA < SRR4302540.1204910/94‑1 (MQ=60)
CCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCA < SRR4302540.9945358/94‑1 (MQ=60)
CCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCA < SRR4302540.7071407/94‑1 (MQ=60)
|
CACTCTGGCCATTAGAGTAACCTTCTGCATTCATCCTTTTGTAAAAAGTTTATATTAGTATCAGCAATTAACCGGACCTGATACTGATATGAGTCTTACCGCATATACGGTCAATTTCAGCAATTAATTACATTATCCACGCCAAAGTATTTGTCATCACAATGATGGTACCTTCTTTCAGACACCA > NC_000913/2066207‑2066393
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
