Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,779,396 |
C→T |
S494N (AGT→AAT) |
ypjA ← |
putative ATP‑binding component of a transport system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,779,396 | 0 | C | T | 99.1%
| 1241.3
/ ‑3.2
| 340 | S494N (AGT→AAT) | ypjA | putative ATP‑binding component of a transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base T (175/162); total (176/164) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.11e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
TAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCACTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTA > NC_000913/2779306‑2779485
|
tAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTg > 2:4487918/1‑93 (MQ=255)
aaTTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGc < 1:9559539/93‑1 (MQ=255)
aaTTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGc < 1:9033137/93‑1 (MQ=255)
aTTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGcc < 2:745959/93‑1 (MQ=255)
aTTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGcc < 1:7878509/93‑1 (MQ=255)
aTTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAATCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGcc > 1:2123738/1‑93 (MQ=255)
ttAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGccc > 2:2805475/1‑93 (MQ=255)
cctcccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGtct < 1:6677717/93‑1 (MQ=255)
cctcccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGtct > 1:6360417/1‑93 (MQ=255)
ctcccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGtctc > 2:2388115/1‑93 (MQ=255)
tcccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTcc > 1:1968698/1‑93 (MQ=255)
tcccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTcc > 2:989619/1‑93 (MQ=255)
tcccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTcc > 1:8779514/1‑93 (MQ=255)
cccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCt < 2:320191/93‑1 (MQ=255)
ccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTg > 2:2268089/1‑93 (MQ=255)
tccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGtt < 2:311617/93‑1 (MQ=255)
ccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTGTTATCGTTCGATATCAGTCCCTTCGCCCGTGTTGGCAACTAAACCATTGCCCGTCTCCTGGTTa < 1:5335793/93‑1 (MQ=255)
cGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTaa < 2:5129321/93‑1 (MQ=255)
cGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTaa < 2:9120342/93‑1 (MQ=255)
ggTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAAc > 2:637904/1‑93 (MQ=255)
ggTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAAc < 2:7215712/93‑1 (MQ=255)
ggTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTCTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTCAc > 1:2949689/1‑93 (MQ=255)
gTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAAcc > 1:2625192/1‑93 (MQ=255)
gTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAAcc > 1:4574633/1‑93 (MQ=255)
tAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAAccc > 2:6421504/1‑93 (MQ=255)
aTAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCa > 2:4052340/1‑93 (MQ=255)
aTAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCa < 1:3541589/93‑1 (MQ=255)
aTAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCa > 1:7534478/1‑93 (MQ=255)
tAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCAt > 1:1625308/1‑93 (MQ=255)
gtgaagtgaGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCAtgt > 2:3769542/1‑93 (MQ=255)
gaagtgaGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCAtgtga > 2:2962635/1‑92 (MQ=255)
agtgaGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCaa < 1:5737217/93‑1 (MQ=255)
gtgaGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAAt > 2:9741110/1‑93 (MQ=255)
gtgaGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAAt < 1:6489471/93‑1 (MQ=255)
tgaGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCCACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATa > 2:6021681/1‑93 (MQ=255)
agagagCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCGTGGTTAACCCCATGTGCCATAcc > 2:5548724/1‑93 (MQ=255)
agagagCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATAcc > 2:1997214/1‑93 (MQ=255)
agagagCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATAcc < 1:5301623/93‑1 (MQ=255)
agagCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATAccgc < 1:4205655/93‑1 (MQ=255)
gagCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATAccgcc < 1:505366/93‑1 (MQ=255)
gCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCTCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCgg > 2:1782038/1‑93 (MQ=255)
gCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCgg > 2:1739367/1‑93 (MQ=255)
gCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCgg > 2:6771060/1‑93 (MQ=255)
ttgttgTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGta > 1:5863042/1‑93 (MQ=255)
tgttgtATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGtat > 1:3060003/1‑93 (MQ=255)
tgttgtATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGtat < 2:6188962/93‑1 (MQ=255)
gttgtATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGtata < 1:3854582/93‑1 (MQ=255)
gttgtATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGtata < 1:9341001/93‑1 (MQ=255)
gttgtATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGtata > 1:4450310/1‑93 (MQ=255)
ttATCCTTCGATATCAGTCGCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATTCCGCCGGTATAGAc < 2:2639429/92‑1 (MQ=255)
gtATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGAc > 2:8807895/1‑93 (MQ=255)
aTCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACaa < 2:8264501/93‑1 (MQ=255)
aTCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACaa < 1:8914012/93‑1 (MQ=255)
aTCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACaa < 1:6820228/93‑1 (MQ=255)
tCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAAt < 1:1321745/93‑1 (MQ=255)
tCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAAt < 1:7957890/93‑1 (MQ=255)
tCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAAt < 2:8492217/93‑1 (MQ=255)
ccTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATc < 2:8837334/93‑1 (MQ=255)
ccTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATc > 1:4883243/1‑93 (MQ=255)
ccTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATc < 1:4244888/93‑1 (MQ=255)
cTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCACTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCa > 2:3405610/1‑93 (MQ=255)
ttCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAg > 2:1067782/1‑93 (MQ=255)
tCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGc > 1:4199873/1‑93 (MQ=255)
cGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCg < 1:1070304/93‑1 (MQ=255)
cGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCg < 2:780107/93‑1 (MQ=255)
atatCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAg > 2:7988388/1‑93 (MQ=255)
tatCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGc > 2:5620659/1‑93 (MQ=255)
tCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCt > 1:3116322/1‑93 (MQ=255)
gTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCg < 1:7588249/93‑1 (MQ=255)
gTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCg > 2:5893485/1‑93 (MQ=255)
cccTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGgc > 1:9918582/1‑93 (MQ=255)
ccTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGgcg < 2:9047010/93‑1 (MQ=255)
tGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCt > 1:1422591/1‑93 (MQ=255)
tGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCt > 2:4999949/1‑93 (MQ=255)
ccccGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAat < 2:7572920/92‑1 (MQ=255)
cccGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAata < 2:5826075/93‑1 (MQ=255)
cccGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAata < 2:941066/93‑1 (MQ=255)
cccGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAata < 1:2219785/93‑1 (MQ=255)
cccGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAata < 2:7315482/93‑1 (MQ=255)
cccGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAata > 2:6923778/1‑93 (MQ=255)
ccGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAatat > 1:853236/1‑93 (MQ=255)
ccGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAataa < 1:1214659/93‑2 (MQ=255)
tgtTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATtgc < 2:9489809/93‑1 (MQ=255)
tgtTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATtgc > 1:8062862/1‑93 (MQ=255)
tgtTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATtgc > 2:1380747/1‑93 (MQ=255)
gtTGGTAACTAAAGCATTGCCCGGCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCTGCGCTAATATtgct < 1:2517799/93‑1 (MQ=255)
gtTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATtgct < 2:5334259/93‑1 (MQ=255)
cAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGTTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCaa < 2:1960547/93‑1 (MQ=255)
cAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCaa < 2:7088694/93‑1 (MQ=255)
aaCTAAAGCATTTCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAAt < 2:1602917/93‑1 (MQ=255)
aaCTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAAt < 2:2023030/93‑1 (MQ=255)
aCTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAAtt < 1:7118635/93‑1 (MQ=255)
aCTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAAtt > 2:6602040/1‑93 (MQ=255)
tAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGc > 1:6112995/1‑93 (MQ=255)
tAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGc > 1:2778395/1‑93 (MQ=255)
caaaCCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGGATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGc < 2:3328407/92‑1 (MQ=255)
aaaGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGcc > 1:72065/1‑93 (MQ=255)
aaGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCg > 1:9760612/1‑93 (MQ=255)
aaGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCg < 1:5677981/93‑1 (MQ=255)
aGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGt < 1:4783139/93‑1 (MQ=255)
|
TAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCACTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTA > NC_000913/2779306‑2779485
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACATAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCACTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCAT > NC_000913/2779303‑2779489
|
ACATAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCAT < SRR4302540.1559543/94‑1 (MQ=60)
ACATAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCAT > SRR4302540.6634365/1‑94 (MQ=60)
ACATAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCAGTGTTGGCAACTAAAGCAT < SRR4302540.3112417/94‑1 (MQ=60)
ACATAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGACAGCTTGGTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCAT < SRR4302540.3620500/94‑1 (MQ=60)
CATGATTAGCCTCCCCGCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCCCCCGTGTTGGCAACTAAAGCATT < SRR4302540.7762439/94‑1 (MQ=60)
CATAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATT < SRR4302540.7607856/94‑1 (MQ=60)
CATAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATT < SRR4302540.8115/94‑1 (MQ=60)
ATAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTG < SRR4302540.2218811/94‑1 (MQ=60)
ATAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTG < SRR4302540.1506380/94‑1 (MQ=60)
TAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGC > SRR4302540.9556574/1‑94 (MQ=60)
actcagctccccacccggtgatagtgaagtgcgcgagctggtgcgagCCTTCCATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCC < SRR4302540.9141539/47‑1 (MQ=60)
AATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCC < SRR4302540.9141540/94‑1 (MQ=60)
AATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCC < SRR4302540.9672566/94‑1 (MQ=60)
AATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAATCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCC > SRR4302540.2146521/1‑94 (MQ=60)
ATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCC < SRR4302540.4741067/94‑1 (MQ=60)
ATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCC < SRR4302540.7970520/94‑1 (MQ=60)
ATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCC < SRR4302540.9692554/94‑1 (MQ=60)
ATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCC < SRR4302540.8236627/94‑1 (MQ=60)
taggcaccaCTCCGGTAATAGTGAAGTGATAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGGCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGT < SRR4302540.5538689/85‑1 (MQ=60)
TAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGT > SRR4302540.8021476/1‑94 (MQ=60)
TAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGT < SRR4302540.1244362/94‑1 (MQ=60)
AGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTC < SRR4302540.3244551/94‑1 (MQ=60)
GCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCCCCCGTGTTGGCAACTAACGCATTGCCCGTCT > SRR4302540.6603788/1‑94 (MQ=60)
GCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCT > SRR4302540.6603786/1‑94 (MQ=60)
GCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCT < SRR4302540.8100200/94‑1 (MQ=60)
GCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCT > SRR4302540.6431244/1‑94 (MQ=60)
CCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTC < SRR4302540.6751477/94‑1 (MQ=60)
CTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCC > SRR4302540.1990074/1‑94 (MQ=60)
CTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCC > SRR4302540.4904636/1‑94 (MQ=60)
CTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCC > SRR4302540.8881171/1‑94 (MQ=60)
CTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCC > SRR4302540.5386671/1‑94 (MQ=60)
TCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCT > SRR4302540.8022370/1‑94 (MQ=60)
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CCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGG > SRR4302540.204530/1‑94 (MQ=60)
CCCGCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGG < SRR4302540.2156440/94‑1 (MQ=60)
CCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGT < SRR4302540.8871344/94‑1 (MQ=60)
CTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTT < SRR4302540.27872/94‑1 (MQ=60)
CTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTT > SRR4302540.2901552/1‑94 (MQ=60)
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GGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACC > SRR4302540.2490006/1‑94 (MQ=60)
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GTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCC > SRR4302540.5755305/1‑94 (MQ=60)
GTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCC < SRR4302540.3053442/94‑1 (MQ=60)
AATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCA > SRR4302540.6216843/1‑94 (MQ=60)
AATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCA > SRR4302540.7618861/1‑94 (MQ=60)
ATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGTCCGTCTCCTGGTTAACCCCAT < SRR4302540.3860955/94‑1 (MQ=60)
ATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCAT < SRR4302540.3580270/94‑1 (MQ=60)
ATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCAT > SRR4302540.1503685/1‑94 (MQ=60)
ATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCAT > SRR4302540.1643107/1‑94 (MQ=60)
AGAGTGAAGTGAGAGAGGTGGTTGTATACTTCGATATCGGTCCCTGGACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATGGTCCGTCTCCTGGTTAACCCCAT < SRR4302540.3860956/94‑1 (MQ=60)
TAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATG > SRR4302540.6657099/1‑94 (MQ=60)
TAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATG < SRR4302540.7900812/94‑1 (MQ=60)
AGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGT > SRR4302540.3928251/1‑94 (MQ=60)
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AGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCACTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCG < SRR4302540.5146391/94‑1 (MQ=60)
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AGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCC < SRR4302540.4251427/94‑1 (MQ=60)
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ATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTTCCCGCCTCCTGGTTACCCCCATGCGAAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGCGCCT > SRR4302540.5196889/1‑94 (MQ=60)
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ATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCT < SRR4302540.9232969/94‑1 (MQ=60)
ATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCT < SRR4302540.7233322/94‑1 (MQ=60)
CAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCC < SRR4302540.9485780/94‑1 (MQ=60)
CAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGACTCC > SRR4302540.8344330/1‑94 (MQ=60)
AGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCG < SRR4302540.4278041/94‑1 (MQ=60)
AGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGGGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCG > SRR4302540.4561143/1‑94 (MQ=60)
AGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATGGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCG < SRR4302540.4278040/94‑1 (MQ=60)
GTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGG > SRR4302540.2024938/1‑94 (MQ=60)
GTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGG < SRR4302540.7673470/94‑1 (MQ=60)
GTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGG > SRR4302540.2640025/1‑94 (MQ=60)
TCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTCACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGACCCTCCGGC > SRR4302540.10034411/1‑94 (MQ=60)
TCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGC > SRR4302540.10034412/1‑94 (MQ=60)
CCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCG > SRR4302540.2877868/1‑94 (MQ=60)
CCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCG < SRR4302540.5434467/94‑1 (MQ=60)
CCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGC > SRR4302540.5631722/1‑94 (MQ=60)
CCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGCATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGC > SRR4302540.4742882/1‑94 (MQ=60)
CTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCT > SRR4302540.6557361/1‑94 (MQ=60)
CTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCT > SRR4302540.6557360/1‑94 (MQ=60)
CTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCT > SRR4302540.1437987/1‑94 (MQ=60)
CTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCT > SRR4302540.1437986/1‑94 (MQ=60)
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CACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAAT < SRR4302540.8852683/94‑1 (MQ=60)
CACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAAT < SRR4302540.7097337/94‑1 (MQ=60)
ACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATA > SRR4302540.4865905/1‑94 (MQ=60)
ACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATA > SRR4302540.4865903/1‑94 (MQ=60)
ACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATA > SRR4302540.440043/1‑94 (MQ=60)
CCCTTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATAT < SRR4302540.547606/94‑1 (MQ=60)
CCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATAT > SRR4302540.862300/1‑94 (MQ=60)
CCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATAT < SRR4302540.636426/94‑1 (MQ=60)
CCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATAT < SRR4302540.2243720/94‑1 (MQ=60)
CCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATT > SRR4302540.2161942/1‑94 (MQ=60)
CCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATT > SRR4302540.2545416/1‑94 (MQ=60)
CCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATT < SRR4302540.7879898/94‑1 (MQ=60)
CCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATT > SRR4302540.3390202/1‑94 (MQ=60)
CCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATAAT < SRR4302540.1227109/94‑1 (MQ=60)
CGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTG > SRR4302540.3138480/1‑94 (MQ=60)
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GTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGC > SRR4302540.6323007/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCT > SRR4302540.2296989/1‑94 (MQ=60)
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GTTGGTAACTAAAGCATTGCCCGGCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCTGCGCTAATATTGCTG < SRR4302540.2544991/94‑1 (MQ=60)
GTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTG < SRR4302540.7659297/94‑1 (MQ=60)
GTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTG > SRR4302540.6777600/1‑94 (MQ=60)
CAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAAT > SRR4302540.1281957/1‑94 (MQ=60)
AACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATT < SRR4302540.1774720/94‑1 (MQ=60)
AACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATT > SRR4302540.4249346/1‑94 (MQ=60)
ACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTG < SRR4302540.7197885/94‑1 (MQ=60)
CTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGC > SRR4302540.6181071/1‑94 (MQ=60)
CTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGC > SRR4302540.2808420/1‑94 (MQ=60)
TAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCC > SRR4302540.8923725/1‑94 (MQ=60)
TAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCC > SRR4302540.72804/1‑94 (MQ=60)
AAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATCCCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCG < SRR4302540.754991/94‑1 (MQ=60)
AAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCG > SRR4302540.9875102/1‑94 (MQ=60)
AAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCG > SRR4302540.9875103/1‑94 (MQ=60)
AAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGT < SRR4302540.5740499/94‑1 (MQ=60)
AGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTA < SRR4302540.4834270/94‑1 (MQ=60)
TTGCCCGTCTCCTGGTTACCCCCATGTGCGATCCCGCCGGTGTGGCCTGTCGGCGGGCCTCCGGCGCTCATATTGCTGCCAATTGCCGTCCCAT < SRR4302540.7757732/94‑1 (MQ=21)
|
ACATAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCACTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTACCAT > NC_000913/2779303‑2779489
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
