Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,369,184 |
T→C |
C315C (TGT→TGC) |
ycjM → |
putative polysaccharide hydrolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,369,184 | 0 | T | C | 99.5%
| 653.5
/ NA
| 200 | C315C (TGT→TGC) | ycjM | putative polysaccharide hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (97/102); minor base A (1/0); total (98/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
AGGCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGTGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCT > NC_000913/1369094‑1369273
|
aGGCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTgcgc > 2:906946/1‑93 (MQ=255)
aGGCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTgcgc < 1:2992062/93‑1 (MQ=255)
cGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTg < 2:3393084/93‑1 (MQ=255)
aTGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTggg < 2:1914485/93‑1 (MQ=255)
tGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGgc > 1:2331809/1‑93 (MQ=255)
aCGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGgcgc < 2:2480755/93‑1 (MQ=255)
gAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCaa > 1:5232792/1‑93 (MQ=255)
aaGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCaaa > 2:2010912/1‑93 (MQ=255)
aGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCaaaa > 1:199390/1‑93 (MQ=255)
gCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAAc > 1:5309738/1‑93 (MQ=255)
gCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAAc < 1:3703553/93‑1 (MQ=255)
gCACATATGGTCTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAAc < 1:1180816/93‑1 (MQ=255)
acaTATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCt > 1:4861731/1‑93 (MQ=255)
atatGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGa < 1:4635602/93‑1 (MQ=255)
tatGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGac < 1:5759801/93‑1 (MQ=255)
tatGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCGTTGCGCGTGGGCGCAGAACCTGac > 2:2238984/1‑93 (MQ=255)
tGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGacac < 1:666116/93‑1 (MQ=255)
ggTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACt < 1:2324270/93‑1 (MQ=255)
gtgtACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTa > 1:4697192/1‑93 (MQ=255)
tgtACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTAc < 1:1444423/93‑1 (MQ=255)
tgtACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTAc < 2:4454915/93‑1 (MQ=255)
gtACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTAcc < 1:744429/93‑1 (MQ=255)
gtACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTAcc < 2:5463984/93‑1 (MQ=255)
tACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCt > 2:2446811/1‑93 (MQ=255)
tACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCt > 2:6147492/1‑93 (MQ=255)
tACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCt < 2:5978211/93‑1 (MQ=255)
aCCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCtt < 2:6282060/93‑1 (MQ=255)
cAGTTCTCGCTGCCGCCCCTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTGGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTcc < 2:2411876/93‑1 (MQ=255)
aGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCa > 2:624375/1‑93 (MQ=255)
tctcGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGATACTACCTTCCAGCa > 1:2571994/1‑93 (MQ=255)
tctcGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCa > 2:5566944/1‑93 (MQ=255)
cGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAaca < 2:1237416/93‑1 (MQ=255)
gCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAacac > 2:4349372/1‑93 (MQ=255)
tGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAAcacc‑a < 1:189882/93‑1 (MQ=255)
ccgccACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACacc‑acc > 2:5503357/1‑93 (MQ=255)
ccgccACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACacc‑acc < 1:1034088/93‑1 (MQ=255)
ccgccACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGGTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACacc‑acc > 2:5833960/1‑93 (MQ=255)
cgccACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCt < 2:3878623/93‑1 (MQ=255)
cgccACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCt > 1:5599721/1‑93 (MQ=255)
cgccACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCt < 2:638882/93‑1 (MQ=255)
gccACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTg > 2:5333643/1‑93 (MQ=255)
gccACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTg > 1:4957871/1‑93 (MQ=255)
gccACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTg > 1:1561432/1‑93 (MQ=255)
ccACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTgg > 1:2106035/1‑93 (MQ=255)
cACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGt > 2:2794769/1‑93 (MQ=255)
cACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGt > 2:4930629/1‑93 (MQ=255)
aCTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGtt > 1:4066385/1‑93 (MQ=255)
aCTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGtt < 1:5874882/93‑1 (MQ=255)
cTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGttt > 1:1741703/1‑93 (MQ=255)
cTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGttt > 2:454807/1‑93 (MQ=255)
tGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTa > 2:4938353/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTGCATGCGGTGCAAAAAAAGAACGTTGAGGGCCTTTGGCCGGGGGGCCAAAACCTGAAACTACCTTCCA‑CCACACCAACTTGGTTTac > 2:2809471/1‑92 (MQ=255)
gctgcATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACtt < 2:1722279/93‑1 (MQ=255)
gctgcATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACtt > 1:1613306/1‑93 (MQ=255)
ctgcATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTc < 2:1947843/93‑1 (MQ=255)
ctgcATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTc < 2:3663941/93‑1 (MQ=255)
tgcATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTcc < 2:3722522/93‑1 (MQ=255)
tgcATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTcc < 2:3126951/93‑1 (MQ=255)
gcATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCt < 1:2082108/93‑1 (MQ=255)
aTGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCg > 1:3971929/1‑93 (MQ=255)
ggCGATGAAAAAACAGAACGTCGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTCCCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGc < 2:4798847/92‑1 (MQ=255)
ggTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCctc < 2:3558016/93‑1 (MQ=255)
gTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCctct < 2:136275/93‑1 (MQ=255)
tGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCtctc > 2:1603116/1‑93 (MQ=255)
tGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCtctc < 2:1393345/93‑1 (MQ=255)
gCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCa > 2:1447719/1‑93 (MQ=255)
gCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCa < 1:5392514/93‑1 (MQ=255)
gCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCa < 1:4235823/93‑1 (MQ=255)
aaaCAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGAt > 2:271065/1‑93 (MQ=255)
aaaCAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGAt > 1:2058451/1‑93 (MQ=255)
aaCAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATg < 1:5019015/93‑1 (MQ=255)
aCAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATgg < 2:5395853/93‑1 (MQ=255)
aCAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATgg < 2:4553494/93‑1 (MQ=255)
cAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGc > 2:708799/1‑93 (MQ=255)
aGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAGCCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCa < 1:3526589/93‑1 (MQ=255)
aGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCa > 1:5527532/1‑93 (MQ=255)
gAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCAt < 1:6205942/93‑1 (MQ=255)
gAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCAt < 1:728871/93‑1 (MQ=255)
gAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCAt < 2:2835397/93‑1 (MQ=255)
aaCGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAACCCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATc < 1:3430509/93‑1 (MQ=255)
aCGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCg > 1:1685613/1‑93 (MQ=255)
cGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAATACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGAGGGCATCgg < 2:6113340/93‑1 (MQ=255)
cGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCgg > 2:3945187/1‑93 (MQ=255)
gTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCggg > 1:3184927/1‑93 (MQ=255)
gTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCggg > 2:1733259/1‑93 (MQ=255)
ttGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGc < 2:838368/93‑1 (MQ=255)
aGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTaa > 1:809991/1‑93 (MQ=255)
ggCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTaaa > 1:3829730/1‑93 (MQ=255)
cgcTTTGCGCGTGGGCGCAAACCCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAAcc < 2:5760389/93‑1 (MQ=255)
cgcTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAAcc < 1:1861143/93‑1 (MQ=255)
gcTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAAccc < 2:3485941/93‑1 (MQ=255)
gcTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAAccc > 1:88568/1‑93 (MQ=255)
tttGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACGCTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGc < 2:3937275/93‑1 (MQ=255)
tttGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGc > 2:4654307/1‑93 (MQ=255)
tttGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGc > 1:3068767/1‑93 (MQ=255)
tttGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGc > 2:2346367/1‑93 (MQ=255)
tttGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGc < 1:5630134/93‑1 (MQ=255)
ttGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCt < 1:4506022/93‑1 (MQ=255)
ttGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCt < 2:3633578/93‑1 (MQ=255)
ttGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCt < 2:2568032/93‑1 (MQ=255)
|
AGGCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGTGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACC‑ACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCT > NC_000913/1369094‑1369273
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGCAGGCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGTGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCTAC > NC_000913/1369091‑1369275
|
CGCAGGCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGC > SRR4302533.4576323/1‑94 (MQ=60)
CGCAGGCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGC > SRR4302533.4630578/1‑94 (MQ=60)
CGCAGGCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGC < SRR4302533.5381415/94‑1 (MQ=60)
CGCAGGCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGC < SRR4302533.4790751/94‑1 (MQ=60)
CAGGCGATGACGGAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGC > SRR4302533.5302821/1‑94 (MQ=60)
AGGCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCG > SRR4302533.1147823/1‑94 (MQ=60)
AGGCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCG < SRR4302533.3010357/94‑1 (MQ=60)
AGGCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCG > SRR4302533.3236561/1‑94 (MQ=60)
AGGCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCG > SRR4302533.2034772/1‑94 (MQ=60)
GCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTG < SRR4302533.1656714/94‑1 (MQ=60)
GATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGG < SRR4302533.3726994/94‑1 (MQ=60)
ATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGC > SRR4302533.2346246/1‑94 (MQ=60)
TGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCG > SRR4302533.3537950/1‑94 (MQ=60)
TGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCG > SRR4302533.6196570/1‑94 (MQ=60)
ACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCA > SRR4302533.193082/1‑94 (MQ=60)
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AAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAA > SRR4302533.200651/1‑94 (MQ=60)
AGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAAC > SRR4302533.4807239/1‑94 (MQ=60)
AGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAAC > SRR4302533.5341558/1‑94 (MQ=60)
GCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACC < SRR4302533.3726299/94‑1 (MQ=60)
GCACATATGGTCTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACC < SRR4302533.1187909/94‑1 (MQ=60)
CACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCT > SRR4302533.4891199/1‑94 (MQ=60)
CACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCT > SRR4302533.5259227/1‑94 (MQ=60)
ACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTG > SRR4302533.156449/1‑94 (MQ=60)
ACATATGGTGTACCAGTTCTCGCCGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTG > SRR4302533.736165/1‑94 (MQ=60)
ATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGAC < SRR4302533.1737859/94‑1 (MQ=60)
ATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGAC < SRR4302533.4663690/94‑1 (MQ=60)
ATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGAC > SRR4302533.3055130/1‑94 (MQ=60)
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ATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACAC < SRR4302533.3093890/94‑1 (MQ=60)
TGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACT < SRR4302533.670051/94‑1 (MQ=60)
GGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTA > SRR4302533.4725669/1‑94 (MQ=60)
GGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTA < SRR4302533.2338658/94‑1 (MQ=60)
TGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACC < SRR4302533.864675/94‑1 (MQ=60)
TGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACC < SRR4302533.1453136/94‑1 (MQ=60)
GTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCT < SRR4302533.748811/94‑1 (MQ=60)
ACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTC > SRR4302533.4696276/1‑94 (MQ=60)
CAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCA > SRR4302533.1269978/1‑94 (MQ=60)
AGTACTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAG < SRR4302533.5148754/94‑1 (MQ=60)
GTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGC < SRR4302533.4534773/94‑1 (MQ=60)
GTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGC > SRR4302533.5486551/1‑94 (MQ=60)
TTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGATACTACCTTCCAGCA > SRR4302533.2587819/1‑94 (MQ=60)
TTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCA > SRR4302533.1797910/1‑94 (MQ=60)
CTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAAC > SRR4302533.784548/1‑94 (MQ=60)
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GCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACC < SRR4302533.2285081/94‑1 (MQ=60)
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CCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCT > SRR4302533.3931041/1‑94 (MQ=60)
CCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCT < SRR4302533.1040173/94‑1 (MQ=60)
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CACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTT > SRR4302533.4091137/1‑94 (MQ=60)
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CATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCG < SRR4302533.722234/94‑1 (MQ=60)
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TGAGGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTA > SRR4302533.2096590/1‑94 (MQ=60)
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GGCGCTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAAC < SRR4302533.802595/94‑1 (MQ=60)
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CTTTGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGC > SRR4302533.2470360/1‑94 (MQ=60)
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TGCGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCTAC < SRR4302533.1683093/94‑1 (MQ=60)
|
CGCAGGCGATGACGAAGCACATATGGTGTACCAGTTCTCGCTGCCGCCACTGGTGCTGCATGCGGTGCAAAAACAGAACGTTGAGGCGCTTTGTGCGTGGGCGCAAAACCTGACACTACCTTCCAGCAACACCACCTGGTTTAACTTCCTCGCCTCTCACGATGGCATCGGGCTAAACCCGCTAC > NC_000913/1369091‑1369275
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
