Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,570,594 |
G→A |
A878V (GCG→GTG) |
pqqL ← |
putative peptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,570,594 | 0 | G | A | 99.6%
| 862.8
/ NA
| 232 | A878V (GCG→GTG) | pqqL | putative peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (144/87); minor base T (0/1); total (144/88) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TTCTCTACCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCGCTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGATCCCTTTA > NC_000913/1570504‑1570683
|
ttCTCTACCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACt > 1:1009345/1‑93 (MQ=255)
ttCTCTACCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACt > 1:1720483/1‑93 (MQ=255)
ttCTCTACCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACt > 2:1457966/1‑93 (MQ=255)
ctACCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAAtt < 2:2101997/93‑1 (MQ=255)
tACCGTCATTTGTTTCAACGATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAAttg > 2:6081417/1‑93 (MQ=255)
aCCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAAttgt > 2:6279214/1‑93 (MQ=255)
cGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAAttgttg > 1:6129298/1‑93 (MQ=255)
cGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAAttgttg > 1:3560775/1‑93 (MQ=255)
cGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAAttgttg > 1:2924969/1‑93 (MQ=255)
tCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGaa < 2:728447/93‑1 (MQ=255)
tCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGaa > 2:1015267/1‑93 (MQ=255)
cATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAac > 2:3852865/1‑93 (MQ=255)
tttGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAacgc > 2:4342902/1‑93 (MQ=255)
tttGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAacgc > 1:2978166/1‑93 (MQ=255)
ttGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAacgct > 1:2141700/1‑93 (MQ=255)
tGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAacgcta > 2:3471906/1‑93 (MQ=255)
tGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAacgcta < 1:895157/93‑1 (MQ=255)
tGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAacgcta > 1:3852378/1‑93 (MQ=255)
gTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAacgctac > 1:2044140/1‑93 (MQ=255)
ttCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAacgctacgc > 1:4935659/1‑93 (MQ=255)
acaaTTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGtt < 1:6306121/93‑1 (MQ=255)
acaaTTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGtt > 1:1897832/1‑93 (MQ=255)
acaaTTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGtt > 2:2651100/1‑93 (MQ=255)
caaTTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTg < 1:4787723/93‑1 (MQ=255)
aaTTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTgg > 1:5431624/1‑93 (MQ=255)
aTTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGa > 1:43316/1‑93 (MQ=255)
aTTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGa > 2:1127978/1‑93 (MQ=255)
aTTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGa < 2:4759185/93‑1 (MQ=255)
ttGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGat > 1:4534207/1‑93 (MQ=255)
cTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATc > 1:3121587/1‑93 (MQ=255)
cTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATc < 1:13839/93‑1 (MQ=255)
tCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCg > 1:3454473/1‑93 (MQ=255)
tCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCg > 2:4825523/1‑93 (MQ=255)
ccTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGa > 1:392492/1‑93 (MQ=255)
cTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAg > 1:40639/1‑93 (MQ=255)
tGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAgg > 2:3025633/1‑93 (MQ=255)
tGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAgg > 2:869226/1‑93 (MQ=255)
gCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGc > 1:1657102/1‑93 (MQ=255)
cTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCt > 2:5664945/1‑93 (MQ=255)
tCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTg < 2:1383059/93‑1 (MQ=255)
tCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTg > 1:1297720/1‑93 (MQ=255)
tCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTg > 1:6075941/1‑93 (MQ=255)
aGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTgcg > 1:5264689/1‑93 (MQ=255)
aGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTgcg < 2:1093449/93‑1 (MQ=255)
tCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCt < 2:5375173/93‑1 (MQ=255)
cATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGa > 2:4395573/1‑93 (MQ=255)
aTGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGaa > 2:1740733/1‑93 (MQ=255)
tgctgcAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAAc < 1:3035516/93‑1 (MQ=255)
tgcAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGtt < 1:6249181/93‑1 (MQ=255)
gcAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGttt < 1:504851/93‑1 (MQ=255)
gcAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGttt > 2:3752614/1‑93 (MQ=255)
gcAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGttt > 1:552455/1‑93 (MQ=255)
ggATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGc < 1:2487561/93‑1 (MQ=255)
ggATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGc > 2:3879885/1‑93 (MQ=255)
aTCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTg > 2:3560019/1‑93 (MQ=255)
tCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTgg < 1:1595416/93‑1 (MQ=255)
tCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTgg < 1:4375478/93‑1 (MQ=255)
tCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTat > 2:5095481/1‑93 (MQ=255)
tCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTat > 2:4933732/1‑93 (MQ=255)
tCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTat > 2:118538/1‑93 (MQ=255)
tCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTCGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTat > 2:3980207/1‑93 (MQ=255)
cATATTGAATAAGACTATTTACCATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCTCTGAACGGTTTGCTGGGatt > 2:5781764/1‑93 (MQ=255)
cATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTatt > 2:311488/1‑93 (MQ=255)
atTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTattcat < 2:5819121/93‑1 (MQ=255)
atTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTattcat < 2:243006/93‑1 (MQ=255)
ttGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTattcatt > 2:2867464/1‑93 (MQ=255)
tGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTattcattc < 1:5052394/93‑1 (MQ=255)
tGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTattcattc < 2:3328396/93‑1 (MQ=255)
aaTAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAg < 2:4112662/93‑1 (MQ=255)
aaTAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAg > 2:5200110/1‑93 (MQ=255)
aTAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGt > 1:2294483/1‑93 (MQ=255)
aTAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGt < 1:4220292/93‑1 (MQ=255)
aTAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGt > 1:5759579/1‑93 (MQ=255)
aTAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGt > 1:4518200/1‑93 (MQ=255)
aTAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGt > 2:5716867/1‑93 (MQ=255)
tAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGtt > 2:3230573/1‑93 (MQ=255)
aaGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTc > 2:4804128/1‑93 (MQ=255)
aaGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTc > 1:1087052/1‑93 (MQ=255)
gACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCtt > 1:5741458/1‑93 (MQ=255)
gACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCtt < 1:4113463/93‑1 (MQ=255)
gACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCtt > 1:747112/1‑93 (MQ=255)
gACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCtt > 2:5315576/1‑93 (MQ=255)
gACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCtt > 1:4449654/1‑93 (MQ=255)
aCTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTg > 2:4305401/1‑93 (MQ=255)
tttACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCa < 1:3319153/93‑1 (MQ=255)
tACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACt < 2:4029047/93‑1 (MQ=255)
tACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACt < 2:2739202/93‑1 (MQ=255)
tACAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACt < 1:829782/93‑1 (MQ=255)
aCAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTg > 2:3619721/1‑93 (MQ=255)
cAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGa > 1:5147123/1‑93 (MQ=255)
cAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGa < 2:5977449/93‑1 (MQ=255)
cAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGa < 2:1873323/93‑1 (MQ=255)
cAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGa < 2:1926416/93‑1 (MQ=255)
cAATAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGa < 1:3829517/93‑1 (MQ=255)
aaTAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGAt > 1:5672535/1‑93 (MQ=255)
aTAGTGTTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGACCGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGATc < 2:5877734/93‑1 (MQ=255)
gtgtTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGATCGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGATCCCt < 1:705907/93‑1 (MQ=255)
gtgtTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGATCCCt > 1:4753401/1‑93 (MQ=255)
tgtTCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGATCCCtt < 2:1555614/93‑1 (MQ=255)
ttCACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGATCCCTTTa < 1:2580495/93‑1 (MQ=255)
|
TTCTCTACCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCGCTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGATCCCTTTA > NC_000913/1570504‑1570683
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATTCTCTACCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCGCTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGATCCCTTTAGCCA > NC_000913/1570503‑1570687
|
ATTCTCTACCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACT > SRR4302533.1015250/1‑94 (MQ=60)
ATTCTCTACCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACT < SRR4302533.4284738/94‑1 (MQ=60)
ATTCTCTACCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACT > SRR4302533.1730917/1‑94 (MQ=60)
CTCTACCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAAT > SRR4302533.5025146/1‑94 (MQ=60)
TCTACCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATT < SRR4302533.5732511/94‑1 (MQ=60)
CCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTG > SRR4302533.6166233/1‑94 (MQ=60)
CCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTG < SRR4302533.6156237/94‑1 (MQ=60)
CCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTG < SRR4302533.6028163/94‑1 (MQ=60)
CCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCACTAATTGTTG > SRR4302533.3582713/1‑94 (MQ=60)
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CACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGATCCCTTTAGCC > SRR4302533.4844038/1‑94 (MQ=60)
CACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGATCCCTTTAGCC > SRR4302533.2218878/1‑94 (MQ=60)
ACTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGATCCCTTTAGCCA < SRR4302533.1541750/94‑1 (MQ=60)
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ATTCTCTACCGTCATTTGTTTCAACAATTGCTCCTGCTCAGTCCATGCTGCAGGATCGTCATATTGAATAAGACTATTTACAATAGTGTTCGCTAATTGTTGAACGCTACGCTGTTGGATATCGAGGCTGCGCTGAACGTTTTGCTGGTATTCATTCAGTTCTTGCTCACTGATCCCTTTAGCCA > NC_000913/1570503‑1570687
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
