Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
744 |
338.8 |
17650688 |
97.8% |
17262372 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,032,328 |
A→G |
T323A (ACC→GCC) |
hyaA → |
hydrogenase‑1 small subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,032,328 | 0 | A | G | 100.0%
| 793.6
/ NA
| 232 | T323A (ACC→GCC) | hyaA | hydrogenase‑1 small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (131/101); total (131/101) |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
GGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGA > NC_000913/1032238‑1032417
|
cTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCcgccgc < 2:7491967/93‑1 (MQ=255)
cTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCcgccgc > 1:3415471/1‑93 (MQ=255)
ccTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGa > 2:2101705/1‑93 (MQ=255)
ccTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGa > 2:1374200/1‑93 (MQ=255)
ccTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGa < 1:3889930/93‑1 (MQ=255)
cTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGAt > 1:5641802/1‑93 (MQ=255)
tGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATa > 2:6421125/1‑93 (MQ=255)
gggCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATAc > 2:3543015/1‑93 (MQ=255)
gggCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATAc < 2:7553364/93‑1 (MQ=255)
gggCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATAc < 1:3769030/93‑1 (MQ=255)
ggCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATAcc < 1:7533452/93‑1 (MQ=255)
ggCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATAcc > 2:8565516/1‑93 (MQ=255)
gCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCg < 2:3335892/93‑1 (MQ=255)
tgCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCgg > 1:1015703/1‑93 (MQ=255)
gCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGt < 1:7126944/93‑1 (MQ=255)
gCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGt < 2:4382948/93‑1 (MQ=255)
cGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGtt < 1:1960048/93‑1 (MQ=255)
cGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGtt > 2:186312/1‑93 (MQ=255)
gAAAATGGTTTTTGGGATCGGGGTTCGTTTTACACCCGGTGGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTa < 1:1802168/93‑1 (MQ=255)
gAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTa > 2:6957193/1‑93 (MQ=255)
aaaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAAc > 1:4117283/1‑93 (MQ=255)
aaaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAAc < 2:282767/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAAc < 2:4769069/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGTTTCGGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGGGGGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAAc < 1:5522910/93‑1 (MQ=255)
aaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAAcc > 2:8226070/1‑93 (MQ=255)
aTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACcg > 2:1289520/1‑93 (MQ=255)
tGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACcgc < 1:7003240/93‑1 (MQ=255)
tGGTTTCTGGGACCGCGATTCGTTCTACAGCCGCTTGGGCGAGATTCCGATAATGGGTTCTTATTCCGCCGCCGAAACCGTCGGTGAAACcgc < 2:2410100/93‑1 (MQ=255)
gTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCgcgc < 2:6367826/93‑1 (MQ=255)
gTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCgcgc < 1:2290324/93‑1 (MQ=255)
gTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCgcgc > 1:6473520/1‑93 (MQ=255)
tCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTg < 2:1011001/93‑1 (MQ=255)
tCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTg > 2:2489898/1‑93 (MQ=255)
tCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTg < 2:2753948/93‑1 (MQ=255)
gggATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCg < 1:2032757/93‑1 (MQ=255)
ggATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgt > 1:6607253/1‑93 (MQ=255)
ggATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgg > 1:8165146/1‑92 (MQ=255)
gATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTCCTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgtg < 1:3005664/93‑1 (MQ=255)
aTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTCTAACCGCGCTTGGCgtgg > 1:7245263/1‑93 (MQ=255)
cgcgGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgtggtg < 2:7003225/93‑1 (MQ=255)
cgcgGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgtggtg > 2:8668476/1‑93 (MQ=255)
gcgGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGtggtgg > 2:7881567/1‑93 (MQ=255)
gcgGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGtggtgg > 1:600732/1‑93 (MQ=255)
gcgGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGtggtgg > 2:5297921/1‑93 (MQ=255)
cgGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGc < 2:7645790/93‑1 (MQ=255)
cgGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGc > 2:4033661/1‑93 (MQ=255)
ggTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCa > 2:3635521/1‑93 (MQ=255)
gttcgttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAg > 1:7776757/1‑93 (MQ=255)
ttcgttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGc > 2:6123072/1‑93 (MQ=255)
ttcgttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGc < 1:8440520/93‑1 (MQ=255)
cgttcTACACCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGTGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCgg < 1:5614114/93‑1 (MQ=255)
gttcTCCAGCCCCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATCCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGc < 2:3979331/93‑1 (MQ=255)
gttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGc > 1:2245630/1‑93 (MQ=255)
ttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCt < 2:550274/93‑1 (MQ=255)
tACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGtt > 2:8772752/1‑93 (MQ=255)
cAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTgg < 1:6283946/93‑1 (MQ=255)
cAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTgg > 2:1519793/1‑93 (MQ=255)
gCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGgtg > 1:5763895/1‑93 (MQ=255)
gCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGgtg > 1:2618699/1‑93 (MQ=255)
gCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGgtg > 2:7112717/1‑93 (MQ=255)
gCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGgtg > 2:686261/1‑93 (MQ=255)
cgcgTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGtgtg > 2:6003980/1‑93 (MQ=255)
tGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACg > 1:1159706/1‑93 (MQ=255)
tGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACg > 2:8597939/1‑93 (MQ=255)
tGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACg > 1:143104/1‑93 (MQ=255)
ggTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGc < 1:449561/93‑1 (MQ=255)
gTCGATATTCCGCAAATGGGTCCTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCa < 1:5898217/93‑1 (MQ=255)
gTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCa > 1:1076101/1‑93 (MQ=255)
gTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCa < 2:3195881/93‑1 (MQ=255)
tCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAg < 1:5806922/93‑1 (MQ=255)
cGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGt < 1:1339330/93‑1 (MQ=255)
gATATTCCGCAAATGGGTCCTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTc < 1:4789627/93‑1 (MQ=255)
atatTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCg < 2:815878/93‑1 (MQ=255)
atatTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCg < 1:6202266/93‑1 (MQ=255)
tatTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGc > 1:2895252/1‑93 (MQ=255)
tatTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGc > 1:4773425/1‑93 (MQ=255)
tatTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGc < 1:8706944/93‑1 (MQ=255)
atTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGGGTGCACGCAGTCGcc > 2:2252166/1‑93 (MQ=255)
cGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAgcc > 1:926649/1‑92 (MQ=255)
cAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGCCCCCCGCGcc > 2:6239427/1‑93 (MQ=255)
aaaTGGGTACTCATTCCGCCGTCGATACTGTCGGTTTAACCGCGCTTGTCGTGGTGGCAGTGGCTGGTGGTGTGCTCGCAGTCGCCAGCGCCg > 1:7810620/1‑93 (MQ=255)
aaaTGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCg > 2:6696651/1‑93 (MQ=255)
aaaTGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCg > 1:8105888/1‑93 (MQ=255)
aTGGGTACTCATCCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGtt < 1:5377739/93‑1 (MQ=255)
aTGGGTACTCATCCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGtt < 2:2819955/93‑1 (MQ=255)
gggTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGa < 1:8792390/93‑1 (MQ=255)
gggTACTCATCGCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGa < 2:8557502/93‑1 (MQ=255)
tACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCa > 1:6797375/1‑93 (MQ=255)
tACACATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCa > 2:1109943/1‑93 (MQ=255)
aCTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAg < 2:4473557/93‑1 (MQ=255)
aCTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAg < 1:4252603/93‑1 (MQ=255)
cTCATTCCGCCGCCTATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAgc < 2:1685090/93‑1 (MQ=255)
cTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAgc > 2:5034964/1‑93 (MQ=255)
tCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCCGTCGCCAGCGCCGTTGACCAgcg > 1:5029618/1‑93 (MQ=255)
aTTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCa > 2:578999/1‑93 (MQ=255)
ttCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGGCCAgcggcg > 1:2744550/1‑90 (MQ=255)
ttCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAg > 1:859251/1‑93 (MQ=255)
ttCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAg > 1:6953096/1‑93 (MQ=255)
tCCGCCGCCGATGCCGTCGGTGTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGa < 1:3938878/93‑1 (MQ=255)
tCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGa < 2:3768018/93‑1 (MQ=255)
|
GGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGA > NC_000913/1032238‑1032417
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTC > NC_000913/1032235‑1032421
|
CACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCG < SRR4302541.7608055/94‑1 (MQ=60)
CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCC < SRR4302541.2668688/94‑1 (MQ=60)
CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCC > SRR4302541.8329882/1‑94 (MQ=60)
CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCC > SRR4302541.7051456/1‑94 (MQ=60)
GGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCG > SRR4302541.820187/1‑94 (MQ=60)
GCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGC > SRR4302541.3449572/1‑94 (MQ=60)
CCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGAT > SRR4302541.5699473/1‑94 (MQ=60)
CCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGAT < SRR4302541.3928929/94‑1 (MQ=60)
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TACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAG > SRR4302541.705984/1‑94 (MQ=60)
ACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGC < SRR4302541.4295098/94‑1 (MQ=60)
CTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCCGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCG > SRR4302541.5081342/1‑94 (MQ=60)
CTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCG < SRR4302541.8914216/94‑1 (MQ=60)
TCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGC < SRR4302541.2901615/94‑1 (MQ=60)
CATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAATCGCGCTTGGCGTGGGCGCAGCGGCTGGTGGCGTGCACGCAGGCGCGAGCGCCGcttaccacgccg > SRR4302541.248333/1‑82 (MQ=43)
CATCCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCA < SRR4302541.8118489/94‑1 (MQ=60)
ATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGGCCAGCGgcg > SRR4302541.2772111/1‑91 (MQ=60)
ATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAG > SRR4302541.7027244/1‑94 (MQ=60)
ATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAG > SRR4302541.7651320/1‑94 (MQ=60)
ATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAG > SRR4302541.867063/1‑94 (MQ=60)
TTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCAGGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGA > SRR4302541.603248/1‑94 (MQ=60)
TTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGA < SRR4302541.477458/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCGCCGATGCCGTCGGTGTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGAC < SRR4302541.3978080/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTACCCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGAC < SRR4302541.7870815/94‑1 (MQ=60)
TCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGAC > SRR4302541.4778280/1‑94 (MQ=60)
CCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACG < SRR4302541.3272996/94‑1 (MQ=60)
CGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGT < SRR4302541.1969199/94‑1 (MQ=60)
CCCGCGGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTC < SRR4302541.1512313/94‑1 (MQ=60)
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CACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTC > NC_000913/1032235‑1032421
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
