Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,032,328 |
A→G |
T323A (ACC→GCC) |
hyaA → |
hydrogenase‑1 small subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,032,328 | 0 | A | G | 99.5%
| 660.8
/ NA
| 193 | T323A (ACC→GCC) | hyaA | hydrogenase‑1 small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (106/86); total (106/87) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
GGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGA > NC_000913/1032238‑1032417
|
ggCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGcc < 2:483778/93‑1 (MQ=255)
ggCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGcc < 2:6470395/93‑1 (MQ=255)
cTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCcgccgc < 1:4210374/93‑1 (MQ=255)
tGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCgccgcc < 1:3155504/93‑1 (MQ=255)
gCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTccgccgccg < 1:5740826/93‑1 (MQ=255)
tGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATa > 2:5546240/1‑93 (MQ=255)
gggCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATAc > 2:5948060/1‑93 (MQ=255)
gggCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATAc > 1:5367235/1‑93 (MQ=255)
ggCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATAcc > 1:3525667/1‑93 (MQ=255)
ggCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATAcc > 2:3558547/1‑93 (MQ=255)
ggCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCCGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATAcc < 1:3224080/93‑1 (MQ=255)
tgtgCGGAAAATGTTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTc < 1:106566/93‑1 (MQ=255)
tgtgCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTc < 1:2471875/93‑1 (MQ=255)
tgtgCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTc > 1:123530/1‑93 (MQ=255)
gtgCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCg > 1:5448982/1‑93 (MQ=255)
tgCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCgg > 1:5229186/1‑93 (MQ=255)
gCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGt < 1:970768/93‑1 (MQ=255)
gCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGt < 2:3318/93‑1 (MQ=255)
gCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGGCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGt > 1:3989791/1‑93 (MQ=255)
gggAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGtt < 1:157664/92‑1 (MQ=255)
cGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGtt < 2:2673769/93‑1 (MQ=255)
ggAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGttt > 2:3725779/1‑93 (MQ=255)
gAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTa > 1:6075800/1‑93 (MQ=255)
gAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTa > 2:4480617/1‑93 (MQ=255)
gAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTa < 1:698740/93‑1 (MQ=255)
gAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCCCCGATACCGTCCGTTTa > 1:8454/1‑93 (MQ=255)
aaaaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTaa < 2:1042957/93‑1 (MQ=255)
aaaaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTaa < 2:3997142/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAAc < 2:5304375/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAAc > 1:813997/1‑93 (MQ=255)
aaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAAcc > 2:4984334/1‑93 (MQ=255)
aaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAAcc < 1:2938747/93‑1 (MQ=255)
aaTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAAcc > 2:6158712/1‑93 (MQ=255)
aTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACcg < 1:635896/93‑1 (MQ=255)
aTGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACcg > 1:5558512/1‑93 (MQ=255)
gTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCgcgc < 2:290942/93‑1 (MQ=255)
gTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCgcgc > 2:91423/1‑93 (MQ=255)
cTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTgg > 2:4333621/1‑93 (MQ=255)
cTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTgg < 2:3192979/93‑1 (MQ=255)
tGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGc > 1:46941/1‑93 (MQ=255)
tGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGc > 1:3204804/1‑93 (MQ=255)
gggATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCg > 2:6289175/1‑93 (MQ=255)
gggATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCg > 2:506426/1‑93 (MQ=255)
ggATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgt > 2:2329696/1‑93 (MQ=255)
ggATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgt < 2:5496686/93‑1 (MQ=255)
ggATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgt < 2:1095518/93‑1 (MQ=255)
gATCGCGGTTCGTCCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgtg < 1:2063545/93‑1 (MQ=255)
aTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgtgg > 2:1114663/1‑93 (MQ=255)
aTCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgtgg < 2:5177640/93‑1 (MQ=255)
tCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgtggt < 2:1243233/93‑1 (MQ=255)
tCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgtggt < 2:2377168/93‑1 (MQ=255)
cgcgGTTCGCTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgtggcg > 1:4209189/1‑91 (MQ=255)
gcgGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGtggtgg > 2:2260688/1‑93 (MQ=255)
cgGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGc > 1:2279460/1‑93 (MQ=255)
cgGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGc < 2:536868/93‑1 (MQ=255)
gttcgttcTACTGCCGCGTTGTTGATATTCCGCAAATGGGTCCTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAg < 2:1680045/93‑1 (MQ=255)
gttcgttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAg < 1:171756/93‑1 (MQ=255)
gttcgttcTACACCCGCGTGGTCGATATCCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAg < 1:1278205/93‑1 (MQ=255)
tcgttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCg > 1:6013707/1‑93 (MQ=255)
cgttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCgg < 2:2605576/93‑1 (MQ=255)
gttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGc > 2:1011236/1‑93 (MQ=255)
ttcTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCt > 2:422533/1‑93 (MQ=255)
tACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGtt > 2:1183779/1‑93 (MQ=255)
cAGCCGCGTGTTCGATATTCCGCAAATGGGTCCTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTgg < 1:2373825/93‑1 (MQ=255)
cAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTgg > 2:5642931/1‑93 (MQ=255)
gCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGgtggtg > 1:5703454/1‑93 (MQ=255)
gCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGgtg > 2:2075631/1‑93 (MQ=255)
ccGCGTGTTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGgtgt < 2:6126053/93‑1 (MQ=255)
gcgTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGc > 1:1934140/1‑93 (MQ=255)
gTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCAc > 2:1902973/1‑93 (MQ=255)
tGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCagg > 2:5555067/1‑91 (MQ=255)
tGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACg > 2:4942984/1‑93 (MQ=255)
cGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGt > 2:1542347/1‑93 (MQ=255)
cGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGt < 1:186916/93‑1 (MQ=255)
gATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTc > 2:3421583/1‑93 (MQ=255)
gATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTc > 2:5686186/1‑93 (MQ=255)
gATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTc > 1:2579023/1‑93 (MQ=255)
tatTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGc > 1:4639124/1‑93 (MQ=255)
atTCCGCCAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTAGTGTGCACGCAGTcagc > 1:1900162/1‑90 (MQ=255)
atTCCGCAAATGGGTCCTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGcc < 2:1023085/93‑1 (MQ=255)
cGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAgcg < 2:2533584/93‑1 (MQ=255)
gCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAgcgc > 1:2768942/1‑93 (MQ=255)
cAAATGGGTACTCATCCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGcc < 1:3717329/93‑1 (MQ=255)
aaTGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGt < 1:5888391/93‑1 (MQ=255)
aaTGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGCGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGt > 2:294202/1‑93 (MQ=255)
aTGGGTCCTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGtt < 1:3020355/93‑1 (MQ=255)
aTGGGTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGtt < 1:6228961/93‑1 (MQ=255)
gggTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGa > 1:2651392/1‑93 (MQ=255)
ggTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTgtc < 1:5117355/93‑3 (MQ=255)
ggTACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGAc > 1:4909958/1‑93 (MQ=255)
tACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCa < 1:712396/93‑1 (MQ=255)
tACTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGAACa > 1:3071837/1‑93 (MQ=255)
cTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAgc < 2:3356906/93‑1 (MQ=255)
cTCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAgc > 1:4457044/1‑93 (MQ=255)
tCATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAgcg > 1:6163308/1‑93 (MQ=255)
cATTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCCGCGCCGTTTACCTgcgc > 2:3606739/1‑93 (MQ=255)
aTTCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGGTGGTGGGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCa > 2:3242161/1‑93 (MQ=255)
ttCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAg < 2:3757747/93‑1 (MQ=255)
tCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGa < 2:4082825/93‑1 (MQ=255)
tCCGCCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGa < 1:5954888/93‑1 (MQ=255)
|
GGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGA > NC_000913/1032238‑1032417
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTC > NC_000913/1032235‑1032421
|
CACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCG > SRR4302534.5603006/1‑94 (MQ=60)
ACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGC < SRR4302534.6234004/94‑1 (MQ=60)
CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCC < SRR4302534.2372425/94‑1 (MQ=60)
CGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCC < SRR4302534.2451799/94‑1 (MQ=60)
CTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCC < SRR4302534.4323968/94‑1 (MQ=60)
TGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCG < SRR4302534.3238608/94‑1 (MQ=60)
GCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCGCCGCCGA < SRR4302534.5896432/94‑1 (MQ=60)
acggggctggggGGAAAATGGTTTGTGGGATCGTGTTTCGTTCTACAGCCAAGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTGCTCATTCCGCCGCCGAT < SRR4302534.4763684/82‑1 (MQ=55)
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|
CACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTC > NC_000913/1032235‑1032421
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
