Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
884 |
257.2 |
12958910 |
96.9% |
12557183 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,019,358 |
T→C |
intergenic (‑82/+275) |
ompA ← / ← sulA |
outer membrane protein 3a/suppressor of lon |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,019,358 | 0 | T | C | 100.0%
| 511.4
/ NA
| 145 | intergenic (‑82/+275) | ompA/sulA | outer membrane protein 3a/suppressor of lon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (70/75); total (70/75) |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
TTTTTCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCTGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACAAGTG > NC_000913/1019269‑1019447
|
tttttCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCt < 2:1446905/93‑1 (MQ=255)
tttCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCa > 1:5208116/1‑93 (MQ=255)
tttCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCa > 1:6350734/1‑93 (MQ=255)
ttCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCaa < 1:823701/93‑1 (MQ=255)
tCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAat < 1:1086907/93‑1 (MQ=255)
aTTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAatat > 2:696086/1‑93 (MQ=255)
ttttGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTaa < 2:2207802/93‑1 (MQ=255)
tttGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAAc > 2:3395179/1‑93 (MQ=255)
tGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAActc < 2:5410755/93‑1 (MQ=255)
gcgcCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAActct < 1:1345931/93‑1 (MQ=255)
gcgcCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAActct > 2:5206899/1‑93 (MQ=255)
gcgcCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAActct > 1:2987214/1‑93 (MQ=255)
gcgcCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATACTTAACCGGGGGATCCGCTCAATATTAActct > 1:1880674/1‑93 (MQ=255)
cgcCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTa > 1:4625381/1‑93 (MQ=255)
gcCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTAc < 2:1759514/93‑1 (MQ=255)
gcCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTAc < 2:5626811/93‑1 (MQ=255)
tCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGa > 1:2691217/1‑93 (MQ=255)
tCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGa > 1:4395993/1‑93 (MQ=255)
cGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGat < 1:5753880/93‑1 (MQ=255)
gTTATCATCCAAAATGCGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGata > 2:6207783/1‑93 (MQ=255)
gTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGata < 2:1238533/93‑1 (MQ=255)
gTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGata > 2:894230/1‑93 (MQ=255)
gTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGata > 1:5386724/1‑93 (MQ=255)
ttATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGatat > 2:2415393/1‑93 (MQ=255)
tATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATc < 1:4218384/93‑1 (MQ=255)
tATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATc < 2:2027186/93‑1 (MQ=255)
atcatcCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCt < 1:901967/93‑1 (MQ=255)
atcatcCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCt < 2:2270895/93‑1 (MQ=255)
catcCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTc < 1:358622/93‑1 (MQ=255)
catcCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTc < 2:3023952/93‑1 (MQ=255)
ccAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGc < 1:3009512/93‑1 (MQ=255)
aaaaTACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCtt < 2:796578/93‑1 (MQ=255)
aaaTACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTa < 2:2129246/93‑1 (MQ=255)
aaaTACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTa > 1:5870212/1‑93 (MQ=255)
aaaTACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTa < 2:5846175/93‑1 (MQ=255)
aaTACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTAt < 2:3924709/93‑1 (MQ=255)
aTACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATg < 2:723863/93‑1 (MQ=255)
aCGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGcc < 2:794970/93‑1 (MQ=255)
aCGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGcc < 2:6179977/93‑1 (MQ=255)
gCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGa > 2:5647498/1‑93 (MQ=255)
ccATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAg > 2:5144339/1‑93 (MQ=255)
ccATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAg < 1:5885659/93‑1 (MQ=255)
cATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGc > 2:5828751/1‑93 (MQ=255)
aTGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCa > 2:3506310/1‑93 (MQ=255)
tGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCAc < 1:5827640/93‑1 (MQ=255)
tGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCAc < 2:4205468/93‑1 (MQ=255)
gAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCAcc < 1:1111057/93‑1 (MQ=255)
gAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCAcc > 1:5255717/1‑93 (MQ=255)
aaTATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCAccc > 2:4579040/1‑93 (MQ=255)
atatCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCAcccc < 1:3907806/93‑1 (MQ=255)
tatCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCt < 1:3999199/93‑1 (MQ=255)
tatCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCt > 2:4334043/1‑93 (MQ=255)
tatCTACAACGAGATAACTCGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCt < 1:2483967/93‑1 (MQ=255)
atCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTT‑GGCTTATGCCGAGCACCCCTgg > 2:5106288/1‑93 (MQ=255)
tcCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCg > 2:404268/1‑93 (MQ=255)
tcCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCg > 2:2068858/1‑93 (MQ=255)
tcCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCg > 1:4657423/1‑93 (MQ=255)
ccAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGa < 1:5806567/93‑1 (MQ=255)
ccAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGa > 2:3708871/1‑93 (MQ=255)
ccAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGa > 1:3717912/1‑93 (MQ=255)
cAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGAt < 1:1812012/93‑1 (MQ=255)
cAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGAt < 2:52504/93‑1 (MQ=255)
cAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGAt > 1:5520821/1‑93 (MQ=255)
aaCGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATg > 2:3094865/1‑93 (MQ=255)
cGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTa < 1:6389074/93‑1 (MQ=255)
cGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTa > 2:4836429/1‑93 (MQ=255)
gagaTAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTaa < 1:1277125/93‑1 (MQ=255)
agaTAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTaaa < 1:1463068/93‑1 (MQ=255)
agaTAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATAACTTCGGCGTATGCCGAGCACCCCTGGCGACGTaaa > 1:6466220/1‑93 (MQ=255)
gaTAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAg > 1:4825866/1‑93 (MQ=255)
gaTAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAg > 2:1344299/1‑93 (MQ=255)
tAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTc < 2:5833054/93‑1 (MQ=255)
tAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTc < 2:3195663/93‑1 (MQ=255)
aaCACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCt < 1:2559701/93‑1 (MQ=255)
acacGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTa > 2:841748/1‑93 (MQ=255)
acacGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTa > 1:5123588/1‑93 (MQ=255)
cacGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTAc > 2:3484908/1‑93 (MQ=255)
cacGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTAc > 1:48220/1‑93 (MQ=255)
acGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACa < 1:3047624/93‑1 (MQ=255)
cGGTTAAATCGTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACaa < 1:1953508/93‑1 (MQ=255)
cGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACaa > 2:6377159/1‑93 (MQ=255)
cGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACaa < 1:5329383/93‑1 (MQ=255)
ggTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAAc > 1:692554/1‑93 (MQ=255)
ggTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAAc > 1:2465104/1‑93 (MQ=255)
ttAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGt < 2:2867033/93‑1 (MQ=255)
tAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTa > 2:4999594/1‑93 (MQ=255)
aTCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGtt < 2:13824/93‑1 (MQ=255)
tCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTg > 1:4578346/1‑93 (MQ=255)
ttCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGaaa < 2:639509/93‑1 (MQ=255)
tCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGaaaa > 2:5439071/1‑93 (MQ=255)
cACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAAc > 2:1253549/1‑93 (MQ=255)
aCCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACt < 2:5046705/93‑1 (MQ=255)
aCCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACt > 2:3682953/1‑93 (MQ=255)
gggggATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTAc > 2:1613289/1‑93 (MQ=255)
ggggATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACa > 1:1035179/1‑93 (MQ=255)
gggATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACaa > 1:1475903/1‑93 (MQ=255)
gggATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACaa > 1:5488199/1‑93 (MQ=255)
gATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACAAgt < 1:1442904/93‑1 (MQ=255)
aTCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCTTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACAAgtg < 2:4537992/93‑1 (MQ=255)
aTCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACAAgtg > 1:5907213/1‑93 (MQ=255)
|
TTTTTCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCTGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACAAGTG > NC_000913/1019269‑1019447
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGTCTTTTTCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCTGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACAAGTGTG > NC_000913/1019265‑1019449
|
TGTCTTTTTCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCC > SRR4302534.293390/1‑94 (MQ=60)
TGTCTTTTTCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCC > SRR4302534.2645357/1‑94 (MQ=60)
TGTCTTTTTCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCC < SRR4302534.4637803/94‑1 (MQ=60)
GTCTTTTTCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCG > SRR4302534.5782987/1‑94 (MQ=60)
TTTTCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCA > SRR4302534.5348661/1‑94 (MQ=60)
TTTTCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCA > SRR4302534.6522234/1‑94 (MQ=60)
TTCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAAT < SRR4302534.844424/94‑1 (MQ=60)
TCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATA < SRR4302534.1115177/94‑1 (MQ=60)
TTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTC < SRR4302534.766633/94‑1 (MQ=60)
TGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCT > SRR4302534.3065331/1‑94 (MQ=60)
TGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATACTTAACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCT > SRR4302534.1929663/1‑94 (MQ=60)
GCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTA < SRR4302534.1381411/94‑1 (MQ=60)
GCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTA > SRR4302534.4750884/1‑94 (MQ=60)
GCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACC > SRR4302534.2403012/1‑94 (MQ=60)
CCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCG > SRR4302534.4292084/1‑94 (MQ=60)
CTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGA < SRR4302534.5935709/94‑1 (MQ=60)
CTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGA > SRR4302534.4514572/1‑94 (MQ=60)
CTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGA > SRR4302534.2762332/1‑94 (MQ=60)
CGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATA < SRR4302534.5909930/94‑1 (MQ=60)
CGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATA > SRR4302534.5531810/1‑94 (MQ=60)
TATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCT < SRR4302534.4332125/94‑1 (MQ=60)
TATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCT > SRR4302534.1279816/1‑94 (MQ=60)
ATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTT < SRR4302534.924845/94‑1 (MQ=60)
CATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCG < SRR4302534.367783/94‑1 (MQ=60)
CCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCT < SRR4302534.3088261/94‑1 (MQ=60)
AAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTA > SRR4302534.6029599/1‑94 (MQ=60)
AATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATG < SRR4302534.3085425/94‑1 (MQ=60)
CGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGA > SRR4302534.4594701/1‑94 (MQ=60)
CCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGC < SRR4302534.6045463/94‑1 (MQ=60)
ATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCAC > SRR4302534.5651913/1‑94 (MQ=60)
TGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACC > SRR4302534.5397742/1‑94 (MQ=60)
TGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACC < SRR4302534.5985818/94‑1 (MQ=60)
GAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCC < SRR4302534.1140041/94‑1 (MQ=60)
ATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCT < SRR4302534.2696345/94‑1 (MQ=60)
ATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCT < SRR4302534.1508975/94‑1 (MQ=60)
ATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCT < SRR4302534.4012607/94‑1 (MQ=60)
TATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTG < SRR4302534.4106246/94‑1 (MQ=60)
TATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATCCCGAGCACCCCTG > SRR4302534.6600836/1‑94 (MQ=60)
TATCTACAACGAGATAACTCGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTG < SRR4302534.2549944/94‑1 (MQ=60)
CTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCG > SRR4302534.4783876/1‑94 (MQ=60)
CTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCG < SRR4302534.1395880/94‑1 (MQ=60)
TCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGA > SRR4302534.3817866/1‑94 (MQ=60)
CCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGAT < SRR4302534.5964159/94‑1 (MQ=60)
CCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGAT > SRR4302534.5669786/1‑94 (MQ=60)
CAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATG < SRR4302534.1859074/94‑1 (MQ=60)
ACGAGATACCGCGGTTAACTCCTTCGTCGGGGAATCCGCTCACTATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGGGATGTA < SRR4302534.5577399/94‑1 (MQ=53)
ACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTA < SRR4302534.5385978/94‑1 (MQ=60)
ACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTA > SRR4302534.5504849/1‑94 (MQ=60)
CGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAA > SRR4302534.5240189/1‑94 (MQ=60)
CGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAA < SRR4302534.6561645/94‑1 (MQ=60)
CGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAA > SRR4302534.3836145/1‑94 (MQ=60)
GAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAA < SRR4302534.1310736/94‑1 (MQ=60)
GAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATAACTTCGGCGTATGCCGAGCACCCCTGGCGACGTAAA > SRR4302534.6640388/1‑94 (MQ=60)
AGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAG > SRR4302534.4956821/1‑94 (MQ=60)
AGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAG < SRR4302534.1501541/94‑1 (MQ=60)
GATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGT < SRR4302534.3137872/94‑1 (MQ=60)
TAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCT < SRR4302534.6135190/94‑1 (MQ=60)
AACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTA < SRR4302534.2627551/94‑1 (MQ=60)
AACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTA > SRR4302534.5261929/1‑94 (MQ=60)
ACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTAC > SRR4302534.49508/1‑94 (MQ=60)
ACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAA < SRR4302534.3127574/94‑1 (MQ=60)
CGGTTAAATCGTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAAC < SRR4302534.2004637/94‑1 (MQ=60)
CGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAAC > SRR4302534.2530598/1‑94 (MQ=60)
CGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAAC < SRR4302534.5473118/94‑1 (MQ=60)
CGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAAC > SRR4302534.709515/1‑94 (MQ=60)
TAAATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAG < SRR4302534.1924214/94‑1 (MQ=60)
ATCCTTCACCGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTG > SRR4302534.4702524/1‑94 (MQ=60)
CGGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTAC < SRR4302534.601507/94‑1 (MQ=60)
GGGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACA > SRR4302534.1061893/1‑94 (MQ=60)
GGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACAA > SRR4302534.1514721/1‑94 (MQ=60)
GGGGATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACAA > SRR4302534.5636214/1‑94 (MQ=60)
GATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACAAGTG > SRR4302534.4945151/1‑94 (MQ=60)
GATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACAAGTG > SRR4302534.6067613/1‑94 (MQ=60)
GATCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACAAGTG < SRR4302534.1480880/94‑1 (MQ=60)
TCCGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACAAGTGTG > SRR4302534.1489380/1‑94 (MQ=60)
|
TGTCTTTTTCATTTTTTGCGCCTCGTTATCATCCAAAATACGCCATGAATATCTCCAACGAGATAACACGGTTAAATCCTTCACCGGGGGATCTGCTCAATATTAACTCTACCGATATCTTCGGCTTATGCCGAGCACCCCTGGCGATGTAAAGTCTACAACGTAGTTGAAAACTTACAAGTGTG > NC_000913/1019265‑1019449
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
