Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
521 |
238.2 |
12299412 |
96.0% |
11807435 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,951,168 |
+G |
coding (37/1818 nt) |
ilvD → |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,951,168 | 1 | . | G | 100.0%
| 439.4
/ NA
| 125 | P13A (CCC→GCC) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base G (12/113); total (12/113) |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GG‑‑‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951086‑3951248
|
gggAGTAAATAAAGTATGCCAAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGa < 1:2156996/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGaa < 2:6127628/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGaa < 2:5526150/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGaa < 2:464904/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGaa < 2:3311270/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGaa < 1:950311/93‑1 (MQ=255)
ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGaa < 1:4681989/93‑1 (MQ=255)
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAAt < 1:1146079/93‑1 (MQ=255)
gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAAt < 2:3171487/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAc < 2:1197325/93‑1 (MQ=255)
taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAc < 1:4283975/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 1:1956490/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 2:2445358/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 1:3285586/93‑1 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 2:1541/93‑1 (MQ=255)
taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCT‑‑GTG‑GG‑‑‑GCGC‑‑CACCCGAATGACCGAc > 1:4051831/1‑93 (MQ=255)
aaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACg < 1:3650868/93‑1 (MQ=255)
aaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCGCGTGCGCT‑‑GT‑‑GG‑‑‑GG‑CGGCACCGGAACGAGCGgcg‑c > 2:2863711/1‑93 (MQ=255)
aGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTTGTGGGCT‑‑GTGGGG‑‑‑GG‑C‑‑CACCGGCATGACCgccg‑cc > 1:5958375/1‑93 (MQ=255)
gTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑g < 2:4726542/93‑1 (MQ=255)
gTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCT‑‑GTG‑GG‑‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAACGGCG‑CC‑g > 1:1138544/1‑93 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GAttt < 2:502012/93‑1 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GAttt < 1:2066437/93‑1 (MQ=255)
ccTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTc < 2:5980446/93‑1 (MQ=255)
ccTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTc < 2:4145421/93‑1 (MQ=255)
cTAAGTACCGTTTCGCCACCCCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCg < 1:2154395/93‑1 (MQ=255)
tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGCGCGC‑C‑‑CCCCGGAA‑GAACCACG‑CC‑GATTTCgg > 1:5796818/1‑93 (MQ=255)
aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTa < 1:6005476/93‑1 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTaa < 2:1008275/93‑1 (MQ=255)
gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTaa < 1:2067734/93‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGc < 2:3602506/93‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGc < 1:5476696/93‑1 (MQ=255)
aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCC‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CCCCCGAATGACAGACG‑CC‑CATTTTGGTAAGc > 2:6147065/1‑93 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCC‑‑GTG‑GG‑‑‑GCGC‑‑CCCCCGGATGAACGCCG‑CC‑CATTTCTGTAAGcc > 2:4831558/1‑93 (MQ=255)
gTTCCGCCACCGCCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGa < 2:1240610/93‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGa < 1:839091/93‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GG‑‑‑GG‑CGGCACCGGGATGGCCGGCG‑CC‑CGTTTTGGTGAGCCgg > 1:4947552/1‑92 (MQ=255)
ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCGCGTGGGGC‑‑GT‑‑GG‑‑‑GG‑CGGCCCCCGGATGAACCACG‑CCGGATTTCGGTATGCCgt > 1:3476846/1‑92 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CATCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGAtt < 2:1278082/93‑1 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGAtt < 1:5793504/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:4858764/93‑1 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:4267928/93‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑cgc < 1:1283175/93‑1 (MQ=255)
cccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGTTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑cgcg < 2:2481962/92‑1 (MQ=255)
cccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑cgcg < 2:489474/92‑1 (MQ=255)
accaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGGGGGGTGGGG‑‑GG‑‑‑GG‑C‑‑CCCCCGGATGACCGCCC‑CC‑GATTTTGGTAAGGCGATTAT‑tgcg > 2:1065667/1‑93 (MQ=255)
ccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCgg < 1:313959/93‑1 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CCCCCGCATGACCGCCC‑CC‑GCTTTTGGTAAGCCCATTAT‑CGCggg > 2:4385990/1‑92 (MQ=255)
accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGGCGTGGGCC‑‑GT‑‑GG‑‑‑GG‑CGGCGCCCGGATTAACCACG‑CC‑GATTTCGGTAGAACGAGTAT‑TGCgggg > 2:5114896/1‑91 (MQ=255)
accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCCGAATGACCGACGCCC‑GATTT‑TGTAAGCCCATTTT‑CGCgggt > 2:3344941/1‑91 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCTATTAT‑CGCGGTtgt < 1:3754400/93‑1 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCG‑‑GTG‑GG‑‑‑GCGC‑‑CACCGGGATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTGAACCGATTATCCGCGGtgt > 2:3285289/1‑91 (MQ=255)
cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGa < 2:5257545/93‑1 (MQ=255)
cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGa < 2:3772466/93‑1 (MQ=255)
cTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGa < 1:1159808/93‑1 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGaa < 1:5571835/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAAc < 2:3513989/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAAc < 2:3249342/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCAGTTGTGAAc < 1:4185407/93‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCT‑‑GG‑‑GG‑‑‑GG‑CGGCACCGGCATGACCGAAG‑CC‑GACTTCGGTGAGACCATGAT‑CGCGGTTGGGaag > 2:4088949/1‑92 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGCGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAAc < 2:5564149/93‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTc < 1:1965697/93‑1 (MQ=255)
gTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGt < 2:3161092/93‑1 (MQ=255)
gTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 1:3157851/93‑1 (MQ=255)
gTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 1:2301911/93‑1 (MQ=255)
tAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCAc < 2:4308169/93‑1 (MQ=255)
tAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAACGACC‑CC‑GGATTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGGACTCGTTCAc > 2:4078889/1‑93 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 1:3296976/93‑1 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAtt < 1:5699889/93‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt < 2:5586602/93‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt < 2:181024/93‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAttt < 2:1693621/93‑1 (MQ=255)
cGGGTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCTC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTg < 1:2261522/93‑1 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGt > 1:3036584/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa > 1:516196/1‑93 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTa < 2:3791842/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 1:3834818/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 2:5265434/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAc < 2:4559238/93‑1 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAATTCGTTCACTCAATTTGTAcc > 2:4431465/1‑93 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc < 2:3803671/93‑1 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc > 1:674409/1‑93 (MQ=255)
tGCTCGCGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAcc > 1:511179/1‑93 (MQ=255)
gCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:2144031/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:1871765/93‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg > 1:2495224/1‑93 (MQ=255)
gCTCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCg < 2:1425255/93‑1 (MQ=255)
tCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg < 1:221849/93‑1 (MQ=255)
tCGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCggg < 2:5212594/93‑1 (MQ=255)
cGTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt < 1:1686895/93‑1 (MQ=255)
gTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:663776/93‑1 (MQ=255)
gTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc > 1:2896452/1‑93 (MQ=255)
gTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 2:4546772/93‑1 (MQ=255)
gTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:4491985/93‑1 (MQ=255)
gTGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 2:2168791/93‑1 (MQ=255)
tGCGCT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa < 2:1340638/93‑1 (MQ=255)
ggcgcT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa < 1:387540/92‑1 (MQ=255)
gcgcT‑‑GT‑‑GGC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACG‑CC‑GATTTCGGTAAGCCGATTAT‑CGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 2:2541814/93‑1 (MQ=255)
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GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
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