Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
521 |
238.2 |
12299412 |
96.0% |
11807435 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,085,675 |
Δ1 bp |
intergenic (+38/+13) |
yiiG → / ← frvR |
hypothetical protein/putative frv operon regulatory protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,085,675 | 0 | G | . | 99.5%
| 899.2
/ ‑3.4
| 194 | intergenic (+38/+13) | yiiG/frvR | hypothetical protein/putative frv operon regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base . (120/73); minor base A (1/0); total (121/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
CATTACGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGCGATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCTGACA > NC_000913/4085588‑4085762
|
ttACGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGaca > 1:3325802/1‑93 (MQ=255)
tACGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATCCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGacac > 2:53717/1‑93 (MQ=255)
aCGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGAcaca < 2:1105694/93‑1 (MQ=255)
cgcgAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAg < 1:811587/93‑1 (MQ=255)
gcgAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGTCGC‑ATCCGACACAgc > 1:800257/1‑92 (MQ=255)
gcgAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGt > 1:3122435/1‑93 (MQ=255)
gcgAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGt > 1:3822202/1‑93 (MQ=255)
cgAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGtt < 1:3784472/93‑1 (MQ=255)
gTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCAc > 2:287595/1‑93 (MQ=255)
tACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCAcc > 2:5938091/1‑93 (MQ=255)
cAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCAcccc < 1:2883203/93‑1 (MQ=255)
aaCGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCt > 1:6130614/1‑93 (MQ=255)
cGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTtg < 1:3344979/93‑1 (MQ=255)
gAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTtgt > 1:4161174/1‑93 (MQ=255)
aaaTGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTtgtg > 2:1317002/1‑93 (MQ=255)
aaaTGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTtgtg < 1:1125961/93‑1 (MQ=255)
aaTGGTTGATGGCTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGa > 1:2226890/1‑93 (MQ=255)
aaTGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGa > 2:3029817/1‑93 (MQ=255)
aaTGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGa > 2:3244608/1‑93 (MQ=255)
aaTGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGa < 2:778332/93‑1 (MQ=255)
tGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAg > 2:4926095/1‑93 (MQ=255)
ggTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGt > 1:5146529/1‑93 (MQ=255)
ttGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTaa < 2:361835/93‑1 (MQ=255)
tgatgaCTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAAc < 1:3423233/93‑1 (MQ=255)
gatgaCTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACt > 1:5702273/1‑93 (MQ=255)
gatgaCTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACt < 2:4231650/93‑1 (MQ=255)
atgaCTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTc < 1:1024329/93‑1 (MQ=255)
atgaCTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTc < 2:6004645/93‑1 (MQ=255)
tgaCTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTcc > 1:2857740/1‑93 (MQ=255)
taCTAAAATAGCCTGC‑TTAAATGTTTTTTAATGAAAAATGCGGTGTCGGAGGCGGCGC‑ACCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCa < 2:3474585/92‑1 (MQ=255)
aCTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCAt > 2:2710367/1‑93 (MQ=255)
cTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATa > 2:2513842/1‑93 (MQ=255)
tataATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATaa > 2:5598765/1‑93 (MQ=255)
ataataGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATaaa > 1:2417718/1‑93 (MQ=255)
ataataGCCTCCGTTAAACG‑TTTTGGGTGATAAAGGCGGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATaaa < 2:5129025/93‑1 (MQ=255)
taataGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAAt > 1:2282958/1‑93 (MQ=255)
taataGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAAt > 2:3731895/1‑93 (MQ=255)
taataGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAAt > 2:4659912/1‑93 (MQ=255)
aataGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATg > 1:3340064/1‑93 (MQ=255)
ataGCGTGCTTTAACCT‑TTTTTGAGGAAAAATGCAGGGTGGGAGGGGGC‑CCACCCGCCACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGc < 1:4611897/93‑1 (MQ=255)
ataGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGCGTCGGATGCGGCGC‑ATACGACACAGTTCACCACTTGTGAAGTAACTCCATAAATGc > 1:4184607/1‑93 (MQ=255)
gCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAAGGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTc < 2:2530430/93‑1 (MQ=255)
ccTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCa > 1:3708475/1‑93 (MQ=255)
ccTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCa > 1:1404632/1‑93 (MQ=255)
cggCGTAAAACT‑TTTTTGATGAAAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCat < 2:4520394/91‑1 (MQ=255)
cTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCat > 1:5248183/1‑93 (MQ=255)
cTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCat > 1:5022524/1‑93 (MQ=255)
tGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCata < 1:487564/93‑1 (MQ=255)
tGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCata > 1:1971579/1‑93 (MQ=255)
tgTTAATTG‑TTTTTGATGAAAACTGAAGTGCGGGAGGCGCCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATc < 1:2382687/92‑1 (MQ=255)
cGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATc > 1:3195792/1‑93 (MQ=255)
cGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATc < 1:658416/93‑1 (MQ=255)
cGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATc < 2:1879750/93‑1 (MQ=255)
ttgaaaCT‑TTTTTGATGATAAAGGAAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCGGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATcc < 1:5624692/90‑1 (MQ=255)
gTTAAACT‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATcc < 2:1496899/93‑1 (MQ=255)
gTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATcc > 1:1251100/1‑93 (MQ=255)
gTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATcc < 1:5975895/93‑1 (MQ=255)
ttAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCt > 2:1027346/1‑93 (MQ=255)
ttAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCt < 1:5744053/93‑1 (MQ=255)
aaaCG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGt > 1:406231/1‑93 (MQ=255)
aCG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTa > 1:4744147/1‑93 (MQ=255)
aCG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTa < 1:5305510/93‑1 (MQ=255)
aCG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTa > 2:3306645/1‑93 (MQ=255)
cG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTaa > 1:954880/1‑93 (MQ=255)
cG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTaa > 1:3227373/1‑93 (MQ=255)
g‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAAc > 2:1648738/1‑93 (MQ=255)
g‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAAc > 2:1968745/1‑93 (MQ=255)
tttttGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAAcc < 2:1728723/93‑1 (MQ=255)
tttttGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAAcc > 1:2098484/1‑93 (MQ=255)
tttttGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAAcc > 1:182843/1‑93 (MQ=255)
tttGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCg > 2:614882/1‑93 (MQ=255)
tttGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCg < 1:4335635/93‑1 (MQ=255)
tgatgaTAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGc > 2:2059703/1‑93 (MQ=255)
atgaaAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCaa < 1:2673410/93‑1 (MQ=255)
tAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCaataat > 2:4530166/1‑93 (MQ=255)
tAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCaataat > 2:879670/1‑93 (MQ=255)
tAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCaataat > 1:1669293/1‑93 (MQ=255)
aaaTGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAAtc < 1:1955778/93‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAAtct < 2:4864741/93‑1 (MQ=255)
aTGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAAtctc < 1:4230250/93‑1 (MQ=255)
aTGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAAtctc > 1:4803237/1‑93 (MQ=255)
tGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTcc > 1:1588752/1‑93 (MQ=255)
tGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTcc > 1:219315/1‑93 (MQ=255)
tGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTcc > 1:4540889/1‑93 (MQ=255)
tGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTcc < 1:5629142/93‑1 (MQ=255)
gCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTccg < 2:1833578/93‑1 (MQ=255)
cAGTGTCGGAGGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTccgc < 1:2725862/93‑1 (MQ=255)
gtgtCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTccgccg > 2:5194252/1‑93 (MQ=255)
tgtCGGATGCGGCGC‑AACCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAAATCCATAAATGCCTCACATCCTGTTAACTCGGCAATAATCTCCGCCgg > 1:4382402/1‑93 (MQ=255)
gtCGGATGCGGCGC‑ACCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGa < 2:2943/93‑1 (MQ=255)
tCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGAt > 1:5854358/1‑93 (MQ=255)
tCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGAt < 2:2263892/93‑1 (MQ=255)
cGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATg > 2:5104499/1‑93 (MQ=255)
ggATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGc > 2:4048153/1‑93 (MQ=255)
ggATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGc > 1:2212209/1‑93 (MQ=255)
ggATACGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCCCCGGATGc < 2:2117671/93‑1 (MQ=255)
gATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCt > 2:1603408/1‑93 (MQ=255)
gATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCt > 1:3900501/1‑93 (MQ=255)
cggcgC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCTGaca > 2:3798282/1‑93 (MQ=255)
cggcgC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCTGaca > 2:3405618/1‑93 (MQ=255)
|
CATTACGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACG‑TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGCGATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCTGACA > NC_000913/4085588‑4085762
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGAGAGCATTACGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGCGATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCTGACACAATAT > NC_000913/4085582‑4085768
|
CGAGAGCATTACGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGCA > SRR4302532.5334188/1‑94 (MQ=60)
AGAGCATTACGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATC > SRR4302532.3059185/1‑94 (MQ=60)
GAGCATTACGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCC < SRR4302532.2150017/94‑1 (MQ=60)
AGCATTACGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCG < SRR4302532.3218407/94‑1 (MQ=60)
ctgACGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTAAAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACA < SRR4302532.5351194/91‑1 (MQ=60)
ATTACGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACA > SRR4302532.3436710/1‑94 (MQ=60)
ACGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAG < SRR4302532.3087814/94‑1 (MQ=60)
ACGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAG > SRR4302532.6093997/1‑94 (MQ=60)
CGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGTCGC‑ATCCGACACAGC > SRR4302532.827611/1‑94 (MQ=60)
CGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGT > SRR4302532.3951241/1‑94 (MQ=60)
CGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGT > SRR4302532.5833284/1‑94 (MQ=60)
CGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGT > SRR4302532.3226054/1‑94 (MQ=60)
CGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGT < SRR4302532.839284/94‑1 (MQ=60)
GCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTT < SRR4302532.3278490/94‑1 (MQ=60)
CGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTC < SRR4302532.3912105/94‑1 (MQ=60)
CGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTC < SRR4302532.821501/94‑1 (MQ=60)
GAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCA > SRR4302532.4987752/1‑94 (MQ=60)
GAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCA > SRR4302532.1632550/1‑94 (MQ=60)
GTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACC > SRR4302532.6031638/1‑94 (MQ=60)
ACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCC < SRR4302532.4308614/94‑1 (MQ=60)
CAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCT > SRR4302532.6342146/1‑94 (MQ=60)
CAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCT < SRR4302532.2979552/94‑1 (MQ=60)
AACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTT > SRR4302532.4667011/1‑94 (MQ=60)
CGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGT < SRR4302532.3456626/94‑1 (MQ=60)
CGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGT > SRR4302532.2767434/1‑94 (MQ=60)
CGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGT < SRR4302532.3456627/94‑1 (MQ=60)
CGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGT > SRR4302532.4300740/1‑94 (MQ=60)
CGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGT > SRR4302532.5928347/1‑94 (MQ=60)
GAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTG < SRR4302532.2957412/94‑1 (MQ=60)
AAATGGTTGATGGCTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGA > SRR4302532.2300788/1‑94 (MQ=60)
AAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGA > SRR4302532.4885524/1‑94 (MQ=60)
AAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGA > SRR4302532.4705873/1‑94 (MQ=60)
AAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGA < SRR4302532.1163541/94‑1 (MQ=60)
AAAGGGTTGATAACTATAATAGCCTGCGTAAAACGTTTTGGATAAAAAATGCAGTGTCGGAGGCGGC‑CCATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGA < SRR4302532.5748108/94‑1 (MQ=50)
AATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAA > SRR4302532.3980190/1‑94 (MQ=60)
AATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAA < SRR4302532.5483674/94‑1 (MQ=60)
AATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAA > SRR4302532.166017/1‑94 (MQ=60)
AATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGAGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAA > SRR4302532.3498930/1‑94 (MQ=60)
TGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGT > SRR4302532.5323569/1‑94 (MQ=60)
GTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAA < SRR4302532.49172/94‑1 (MQ=60)
TGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACT < SRR4302532.3537908/94‑1 (MQ=60)
TGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACT > SRR4302532.2862187/1‑94 (MQ=60)
TGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACT > SRR4302532.5901128/1‑94 (MQ=60)
TAATGACTATAATAGCCTGCTTTAATCGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCAACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACT < SRR4302532.5752922/94‑1 (MQ=60)
GATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTC < SRR4302532.902495/94‑1 (MQ=60)
ATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCC < SRR4302532.1059007/94‑1 (MQ=60)
ATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCC > SRR4302532.2953299/1‑94 (MQ=60)
TGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCA > SRR4302532.2473934/1‑94 (MQ=60)
GACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCAT < SRR4302532.6004288/94‑1 (MQ=60)
ACTATAATAGCCTGTGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATA < SRR4302532.3723517/94‑1 (MQ=60)
ACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATA > SRR4302532.649823/1‑94 (MQ=60)
CTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAA < SRR4302532.4027637/94‑1 (MQ=60)
CTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAA > SRR4302532.6200293/1‑94 (MQ=60)
CTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAA > SRR4302532.232454/1‑94 (MQ=60)
TATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAA > SRR4302532.5290462/1‑94 (MQ=60)
TATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAA < SRR4302532.4300469/94‑1 (MQ=60)
TATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAA < SRR4302532.3429430/94‑1 (MQ=60)
TATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAA > SRR4302532.2498103/1‑94 (MQ=60)
TATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAA < SRR4302532.3860367/94‑1 (MQ=60)
ATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAAT > SRR4302532.2358727/1‑94 (MQ=60)
ATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCCTGTGAAGTAACTCCATAAAT < SRR4302532.2259047/94‑1 (MQ=60)
TAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATG > SRR4302532.3451522/1‑94 (MQ=60)
AATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGC > SRR4302532.2036546/1‑94 (MQ=60)
AATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGCGTCGGATGCGGCGC‑ATACGACACAGTTCACCACTTGTGAAGTAACTCCATAAATGC > SRR4302532.4324988/1‑94 (MQ=60)
ATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCC > SRR4302532.307234/1‑94 (MQ=60)
GCCTGCGTTAAACTTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGACGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCA < SRR4302532.5820929/94‑1 (MQ=60)
GCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCA > SRR4302532.1451682/1‑94 (MQ=60)
GCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCA > SRR4302532.3832963/1‑94 (MQ=60)
CCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCAT > SRR4302532.5194788/1‑94 (MQ=60)
CCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCAT > SRR4302532.5429097/1‑94 (MQ=60)
CTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATA > SRR4302532.2037075/1‑94 (MQ=60)
TGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATAT < SRR4302532.504581/94‑1 (MQ=60)
GCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATC > SRR4302532.3301900/1‑94 (MQ=60)
CGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCC < SRR4302532.681209/94‑1 (MQ=60)
CGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCC > SRR4302532.1292960/1‑94 (MQ=60)
CGTAAAGCGTTTTGGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCC < SRR4302532.266046/94‑1 (MQ=60)
ttgaaactTTTTTGATGATAAAGGAAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCGGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCT < SRR4302532.5819875/86‑1 (MQ=60)
GTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCT < SRR4302532.6182449/94‑1 (MQ=60)
TTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTG < SRR4302532.5944014/94‑1 (MQ=60)
TAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGT > SRR4302532.420405/1‑94 (MQ=60)
AAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTT < SRR4302532.3924085/94‑1 (MQ=60)
AACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTA > SRR4302532.4906202/1‑94 (MQ=60)
AACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTA > SRR4302532.2282623/1‑94 (MQ=60)
ACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAA < SRR4302532.5488932/94‑1 (MQ=60)
ACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAA > SRR4302532.987504/1‑94 (MQ=60)
ACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAA > SRR4302532.828981/1‑94 (MQ=60)
ACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAA > SRR4302532.3334494/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACC > SRR4302532.188992/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACC > SRR4302532.4074691/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACC > SRR4302532.2168491/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACC > SRR4302532.2168493/1‑94 (MQ=60)
TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCC > SRR4302532.1141064/1‑94 (MQ=60)
TTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCC > SRR4302532.185998/1‑94 (MQ=60)
TTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGG < SRR4302532.4482101/94‑1 (MQ=60)
TTTGATGATAAAGGCTGTGTCGGAGGCTGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTCGTGAAGAAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGG < SRR4302532.4482103/94‑1 (MQ=60)
TGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCA > SRR4302532.4943913/1‑94 (MQ=60)
GATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAA > SRR4302532.3330944/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAAT > SRR4302532.2420574/1‑94 (MQ=60)
ATGAAAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAAT < SRR4302532.2763141/94‑1 (MQ=60)
taaaaaaggcgggGTCGGATGCGGCGC‑ACCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATA < SRR4302532.2572726/81‑1 (MQ=60)
TGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATA > SRR4302532.1165464/1‑94 (MQ=60)
ATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAAT > SRR4302532.4407567/1‑94 (MQ=60)
ATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAAT > SRR4302532.1725779/1‑94 (MQ=60)
ATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCG‑AATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAAT > SRR4302532.569221/1‑94 (MQ=60)
AAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCT < SRR4302532.2020745/94‑1 (MQ=60)
AAATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCT < SRR4302532.1951337/94‑1 (MQ=60)
AATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTC > SRR4302532.4968663/1‑94 (MQ=60)
ATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCC > SRR4302532.1642522/1‑94 (MQ=60)
ATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCC > SRR4302532.226797/1‑94 (MQ=60)
ATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCC > SRR4302532.4695895/1‑94 (MQ=60)
ATGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCC < SRR4302532.4372255/94‑1 (MQ=60)
TGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCG < SRR4302532.5824529/94‑1 (MQ=60)
TGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCG > SRR4302532.4359145/1‑94 (MQ=60)
TGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCC > SRR4302532.2295441/1‑94 (MQ=60)
TGCAGTGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCC > SRR4302532.2130501/1‑94 (MQ=60)
CAGTGTCGGAGGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCC < SRR4302532.2817534/94‑1 (MQ=60)
GTGTCGGATGCGGCGC‑AACCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAAATCCATAAATGCCTCACATCCTGTTAACTCGGCAATAATCTCCGCCGG > SRR4302532.4531282/1‑94 (MQ=60)
TGTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGA < SRR4302532.5068551/94‑1 (MQ=60)
GTCGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGAT > SRR4302532.6057395/1‑94 (MQ=60)
CGGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGC > SRR4302532.2285721/1‑94 (MQ=60)
GGATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCT > SRR4302532.4032045/1‑94 (MQ=60)
GATGCGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGGCGGATGCTG > SRR4302532.3440982/1‑94 (MQ=60)
CGGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCTGACAC < SRR4302532.1021957/94‑1 (MQ=60)
GGCGC‑ATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCTGACACA > SRR4302532.293929/1‑94 (MQ=60)
CATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCTGACACAATAT > SRR4302532.5927889/1‑94 (MQ=60)
CATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCTGACACAATAT < SRR4302532.6359875/94‑1 (MQ=60)
CATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCTGACACAATAT < SRR4302532.3788671/94‑1 (MQ=60)
CATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCTGACACAATAT < SRR4302532.3278526/94‑1 (MQ=60)
|
CGAGAGCATTACGCGAGTACAACGAAATGGTTGATGACTATAATAGCCTGCGTTAAACGTTTTTGATGATAAATGCAGTGTCGGATGCGGCGCGATCCGACACAGTTCACCCCTTGTGAAGTAACTCCATAAATGCCTCATATCCTGTTAACCCGGCAATAATCTCCGCCGGATGCTGACACAATAT > NC_000913/4085582‑4085768
|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
