Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F13 I0 R1
|
230 |
5035.0 |
9125430 |
98.4% |
8979423 |
135.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
3,252,198 |
C→A |
19.4% |
E219* (GAA→TAA) |
CIW80_RS16225 ← |
enoyl‑CoA hydratase/isomerase family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 3,252,198 | 0 | C | A | 19.4%
| 287.6
/ 8.9
| 143 | E219* (GAA→TAA) | CIW80_RS16225 | enoyl‑CoA hydratase/isomerase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/90); new base A (31/2); total (51/92) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.41e-19 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
ACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTCGCCGCCTGAGCTTC > NZ_CP022686/3252061‑3252336
|
aCGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTACa > 5:202729/1‑140 (MQ=255)
aCGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTc < 8:731265/138‑1 (MQ=255)
aCGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCa < 3:747457/140‑1 (MQ=255)
aCGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATACAGCAAGTAACTGGGTGGAGTAATCGGCGTTGTTATTTTGCa > 1:961223/1‑140 (MQ=255)
cATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCAGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAgcg < 6:807024/140‑1 (MQ=255)
aCAATTTCCATATTGCTTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCa < 3:937891/140‑1 (MQ=255)
aaTTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTCATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCa < 8:808402/138‑1 (MQ=255)
aaTTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAgc > 2:872047/1‑139 (MQ=255)
aaTTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAACGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGa < 6:786557/140‑1 (MQ=255)
tttCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCaca > 7:299504/1‑136 (MQ=255)
tttCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGGTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTGCCGCGCCAgc > 7:502342/1‑137 (MQ=255)
ttCCTTAGTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTGCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 3:1077727/140‑1 (MQ=255)
ttCCGTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 5:161240/140‑1 (MQ=255)
tCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTTATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTGAAGCGCCAGAAt > 8:49271/1‑138 (MQ=255)
tCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTAAAGCGCCAGAAtaa > 5:784324/1‑138 (MQ=255)
ccTTTTTGATTGTGGTAGCTCTCGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGGGTCTCCTGTTGGCAATCATGAGTGTAGTTCATTAATCCAGCTAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGGGTTTATTTTCCTTCGCCAGAATCAg < 4:160223/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCTTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 4:595462/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 3:314524/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 2:541522/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 1:192860/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 1:126240/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGGGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATc < 7:894732/138‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCGCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 6:477031/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATTGTGGAAGCGCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 2:337557/140‑1 (MQ=255)
ccTTATTGATAGTGGCAGCTCACGCCGGCTTTTTCTGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGGAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 4:481339/140‑1 (MQ=255)
ccTTATAGATTGGGGAATCTCACGCCGGCTTTTTCGTCAAATGCGTGCGTCGGCTGTTGGCAATCCTTAGTGGCGGACAATAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 1:42745/140‑1 (MQ=255)
cTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCa < 8:949057/138‑1 (MQ=255)
tATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTCCAGCGGCAGAATCAGTTg > 4:513640/1‑140 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCTGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 1:417275/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 2:393251/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 4:714340/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 2:939815/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 4:1042203/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 1:421424/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 3:1144340/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 1:1160913/140‑1 (MQ=255)
ttgattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGGCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 1:1166435/140‑1 (MQ=255)
gattgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCCGACACAGATGGTTa > 5:285058/1‑140 (MQ=255)
attgTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTACAGCGCCAGAAACATTTGCTTaa > 6:465863/1‑140 (MQ=255)
tgtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTaa < 8:103623/138‑1 (MQ=255)
tgtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCACAATCAGTTGCTTAata > 4:861193/1‑140 (MQ=255)
tgtcGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGATAATGCGTGCTTCGCCTGTTGTCAATACTGAGTGGCTGACATTATTCCAGCCAGTAACTGGGGGGAGTTTTCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCTGTTGCTTAatt < 4:414045/140‑2 (MQ=255)
gtgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTACAGCGCCAGAATCAGTTGGTTAatat > 2:791451/1‑140 (MQ=255)
tgGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAg < 6:820701/128‑1 (MQ=255)
cACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATtttgcagtg > 2:761262/1‑140 (MQ=255)
cACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTAAAGCGCCACAAACACTTGGTTTATAAttgacagtg > 1:254447/1‑140 (MQ=255)
cGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGTCATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTTCAGCGCCCGAATAAGGTGATGTATATttgacagtggc > 5:497972/1‑138 (MQ=255)
cGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTATTTAAAACGCCAGAATAAGTTGGTTAATATgttgccgtgcc > 5:735905/1‑140 (MQ=255)
cGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTGCAGCGCCAGCATCAGTTGCTTAATATtttccaatgcc > 2:700078/1‑140 (MQ=255)
ccGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCAc < 2:1070224/140‑1 (MQ=255)
ccGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTTTTTACAGGGCCAGAAACAGTTGCGTAATATgtggcagggcc > 8:299190/1‑138 (MQ=255)
tttttCTGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGAc < 2:836450/140‑1 (MQ=255)
tttttCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGAc < 5:465863/140‑1 (MQ=255)
cGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGATTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACAt < 3:84780/140‑1 (MQ=255)
cAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTATTCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACAtttt < 6:351536/140‑1 (MQ=255)
gcgtgcgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAg < 3:770249/140‑1 (MQ=255)
gcgtgcgtCGCCTGTTGGCAATCCTGACTGGAGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCCCCGGACCACATTTTTCCAg < 4:272879/140‑1 (MQ=255)
gcgggcgtCGCCTGTTGGCAATCCAGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTcc < 7:514756/138‑1 (MQ=255)
tgcgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTTTTTACAGCGGAAGAATAATGAGCATTATATTTGCCAGAGGCCCCGGCCCCCCTTTTTCAATCTg > 1:369913/1‑140 (MQ=255)
cgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTgcg < 5:604523/140‑1 (MQ=255)
cgtCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTgcg < 5:863771/140‑1 (MQ=255)
gCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTGCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATTTGCCAGTGCCACCGGCCCACATTTTTACAGCTGCGCTaa > 4:337850/1‑140 (MQ=255)
gCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCCGAATCAGTTGCTTAATATTTGGCAGTGCCCCCCGGCCCCATTTTTACAGCGGCGCGaa > 2:287763/1‑140 (MQ=255)
tGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTTACTGGTGGGAGTAATCTGCGTGTTTATTTTCCAGCGGCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCATCTTCGCTAACTGGtt < 1:536884/140‑1 (MQ=255)
ggCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTTTTTTACAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATTTGCCAGGGCCACCCGACCACAATTTTACAGCATCGCTAAATGGttt > 5:1055826/1‑139 (MQ=255)
gCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCg < 6:117539/140‑1 (MQ=255)
ccTGAGTGGCTGACATTAATCCAGCCAGGAACTGGTGGGAGTAATCGGCGAGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATc < 3:30966/140‑1 (MQ=255)
ccTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATc < 1:22143/140‑1 (MQ=255)
ctgtctGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCTTCGTCTTTAATTTACAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATTTTTGCCAGTGCCACCGGACCTCATTTTTCCAGCTGCGCTTACTGGTTCGCCATcc < 2:38826/135‑1 (MQ=255)
cTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTTCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCAt < 8:272908/138‑1 (MQ=255)
cTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATcc < 2:213091/140‑1 (MQ=255)
cTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATcc < 1:645707/140‑1 (MQ=255)
tGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATCAGTTTCTTAATATGTGCCCGTGCCACCGGACCACAATTTTCCAGCGGCGCTAACTGGTTCGCCATccc > 4:604724/1‑139 (MQ=255)
aGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATGAGTTGGGTACTATTGGCCAGTGGCGCCGGACCGCCTTTTTGCAGCTGCGCTAACTGTGTCGcccgaccgg > 6:553645/1‑133 (MQ=255)
tGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTACAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATTTGCCAGTGCCCCCGGACCACATTTTTCCAGCAGCGCTAACTGGTTCGCCATACaccat > 2:626682/1‑136 (MQ=255)
tGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGGTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCACTGCCACCGGCCCACAATTTTAAAGCAGCGCTAACTGGTTCGCCATCCacc > 7:81824/1‑136 (MQ=255)
gggCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGc < 8:405504/137‑1 (MQ=255)
cGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTGAAGCGCCACAATCAGTTGGTTAATATTTGCCAGTGCCCCCGGACCACAATTTTACACGAGCGCTAAAAGGTTAGCCATCCCGCtttgc > 2:341329/1‑138 (MQ=255)
gACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTTTTTTACAGCGCCAGAATAAGTTGCTTAATATGTTCCAGTGCCACCGGCCCACATTTTTAAAGCAGGGCTAACTGGGTAGCCAACCCCCtttgc > 7:943032/1‑136 (MQ=255)
gACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCAc < 3:1138912/140‑1 (MQ=255)
gACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCAc < 4:811668/140‑1 (MQ=255)
gACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGGGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTcc < 8:1024876/138‑1 (MQ=255)
gACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGATTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCAc < 3:525627/140‑1 (MQ=255)
gACATTAATCCAGCAAGTAACTTGTGTGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCAc < 3:638756/140‑1 (MQ=255)
atAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGt < 2:902806/139‑1 (MQ=255)
gacaggccagTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGtt < 7:797809/133‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCt < 3:801335/140‑1 (MQ=255)
ccagccagTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCttt < 4:675652/140‑1 (MQ=255)
agTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTAc < 6:553857/140‑1 (MQ=255)
ggtggGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt > 6:901214/1‑48 (MQ=255)
ggtggGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCt < 5:901214/48‑1 (MQ=255)
gtggGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATAAGTTGCTTTATATTTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTACAGCTTCGCTAACATGTTAGCCAAACAGCATTCCACCAGTTATTTTTATACCACAtcaa > 3:840820/1‑139 (MQ=255)
tCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAAtt < 4:840820/140‑1 (MQ=255)
tCGGCGTGTGTTTTTACCAGCGCCCGAATCAGTTGCTTAATATGTGGCGGTGACCCCCGACCACAGTTTTACAGGGTCGCTAACTGGTTAGCCATCCAGCAGTCCACCGTTGGGTTTTATTACACTTGATCAAATaaa > 8:890083/1‑138 (MQ=255)
gCGTTTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTTCCACCTGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCATCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTc < 8:269799/138‑1 (MQ=255)
gCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTcgc < 1:8088/140‑1 (MQ=255)
gCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTcgc < 2:831545/140‑1 (MQ=255)
ttttCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTCGCCTCCTGAGc < 4:1081381/140‑1 (MQ=255)
ttCCCGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATTTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCAAGCAGCGCTAACTGGTTAGCCATCCAGATTTACACCAGTTGTTTTTATAACCCTTAATCAATTAAATTAgcccccagcgcgt > 2:940332/1‑133 (MQ=255)
tCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTCGCCGCCTGAGCTTc < 6:983737/140‑1 (MQ=255)
|
ACGCATACAATTTCCTTATTGATTGTGGAAGCTCACGCCGGCTTTTTCGGCAAATGCGTGCGTCGCCTGTTGGCAATCCTGAGTGGCGGACATTAATCCAGCCAGTAACTGGTGGGAGTAATCGGCGTGTTTATTTTCCAGCGCCAGAATCAGTTGCTTAATATGTGCCAGTGCCACCGGACCACATTTTTCCAGCTGCGCTAACTGGTTCGCCATCCAGCTTTCCACCTGTTCTTTTTCTACCACTTCATCAATTAAATTCGCCGCCTGAGCTTC > NZ_CP022686/3252061‑3252336
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
