Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F36 I0 R1
|
107 |
8366.7 |
6299831 |
98.3% |
6192733 |
135.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,334 |
A→G |
18.9% |
Q797Q (CAA→CAG) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,334 | 0 | A | G | 18.9%
| 120.3
/ 20.2
| 113 | Q797Q (CAA→CAG) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/41); new base G (15/2); total (61/52) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATG > NZ_CP022686/4440197‑4440472
|
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACa > 7:32407/1‑140 (MQ=255)
tACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCGGCAAAAGCACCAg > 6:724884/1‑140 (MQ=18)
aCAGCAGCCGCACCAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGTTTGAACCACAGCCGCAGTCTCCACTGCCGCAAGATCAGCa > 2:783678/1‑138 (MQ=14)
aCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAACa > 1:696012/1‑138 (MQ=255)
aCAGCAGCAGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGc < 5:350707/140‑1 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACATCCGGTAGCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACACCCGGTTCCACCAAATCCGCAGGATCCGCTGACGCAAAATCCTCAGCCGca > 6:373164/1‑140 (MQ=14)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGca < 8:202190/140‑1 (MQ=255)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaa < 5:1601/140‑1 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCTCCTCAGCCGCAGTATCAGCTGCAGCAATATCAGCAGACGcc > 3:75075/1‑137 (MQ=18)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAACAGAAACAACCCGATGCACCCCAGCCGCAGTAGCACAAGCCGCAAGATAAACAACCGcaac > 5:23758/1‑140 (MQ=18)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGAAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACATCACCCGCAGTGTCAGCAGCCGCAAAATCATCAGCCGccacc > 5:211409/1‑139 (MQ=18)
cagCATCAACCGTTAGCAACGCAGCAGAAATATCAGCAGCAGCAACAACCGGTATCTCCTCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGcaaca < 5:501622/138‑1 (MQ=18)
cGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCCGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCTGCCGCAATATCAACAGCCGcaac > 3:199770/1‑138 (MQ=255)
gCAACAACCGGTAGCACCGCCGCAGCAATATCAGCAGACGAAACAACCGGTAGCACCGCCGCAGCAGTATCAGAAGCCTCAACATCAGCTTTCACAGCAGCCGAAATAACAGCATAATCAAAATCATCTGCCCcaacagc > 6:26263/1‑138 (MQ=9)
aacaacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTGGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCGCCCCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGAGCAGCAGACGcaacagc > 4:110670/1‑136 (MQ=18)
aacaacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCCGCAGTATAAGCAGCCGCAATATCCACAGCCGcaacagc > 3:95795/1‑136 (MQ=21)
aacaacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAACCGGATGAACCTCATCCGGAGAATCAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGccacacc > 4:635291/1‑136 (MQ=18)
aacaacCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAACACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCACAGCCGCAGGATACGCAGCCGCAATCTCGGCAGACGCaaaaac > 2:428969/1‑138 (MQ=14)
aGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCTCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATCAGCAGCAGCAACATCCGGATGCAcc > 2:42251/1‑138 (MQ=18)
gCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACATGCGGTAGAACCGCAGCCGCATTATCAGGAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAGTATCATCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCg < 3:2737/138‑1 (MQ=25)
ccACCGCAGCAGCAATCTCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGGAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTAACATCATCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca < 7:107229/139‑1 (MQ=25)
ccACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTATCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca < 5:31096/139‑1 (MQ=255)
gcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCgcagcagca > 1:814668/1‑138 (MQ=255)
caATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCCCCTCAGCCGCAGGAGCCGCAGCAGCATAATCAGCAGCCGCCACAACCGGATGGACCGCAGCTGCAAAATcc > 8:127782/1‑139 (MQ=17)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCTCCGCAGCCGCAGTATCGGCAGCGGCATTATCAGCAGCCGCCACAACCGGATGCACCGCGGCAGCAATATCAgccgcccccac > 5:633886/1‑135 (MQ=18)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAATATCACCAGCCGCCACACCCGGTTGCGCCGCAGCAGCAATATCAgccgccccc > 1:266393/1‑135 (MQ=21)
ccGCTACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 7:398222/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCTCCGCAGCAGCAGTATAAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCATCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 4:650499/138‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 3:507174/138‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGCAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 6:149622/140‑1 (MQ=255)
ccGCAACAACAGGTAGCTCCGCAGCCTCAGTATCAGCAGGCTCATCATCCGGTTGCACCGCTGCCGCAGTAACAGCATCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 6:708487/140‑1 (MQ=25)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCAATATCATCAGCAGCAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCGCTATCTCAGCAGCaacaacc > 4:507173/1‑137 (MQ=18)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGc < 7:157812/140‑1 (MQ=255)
caacaaCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCCCCTCAGCAGCAATATCAGCCGCCCCAACAg > 3:777654/1‑138 (MQ=21)
catccGGAAGCAACGCAGCCGAAGTAGCAGCAGCCTCAACAACCGGATGCACCGCAGCATAAGTATCAGGAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCg < 4:380273/135‑1 (MQ=25)
ctAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCATAAACAACAGTATCAACAACAGCCGAAGTATAAGCAGCCGCAAAATAAGAATACAAAACAACCGGATGCAACGCAGCAACAAAATAAGAAGCCACAACAGCCggggccc > 2:199953/2‑133 (MQ=255)
aaGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTCGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTacac < 3:249889/137‑1 (MQ=255)
cACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagc > 4:665710/1‑138 (MQ=255)
cACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAAGATCACCAGCCGCAACAACCTGTGGCTCCGCAGCAGCAATATAAGCCGCCAGCACCGCCGGTTaccccgc > 3:430572/1‑133 (MQ=21)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGcc > 7:535397/1‑140 (MQ=255)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCCGTTacaaaccac > 4:130335/1‑132 (MQ=37)
ccgcagccgcagGCTCAGCAGCCGCAACAACCGCGTGCACCGCAGCCGCCGGATCAGCAGCAGCAATCTCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACCGCAGcc < 8:604561/140‑1 (MQ=25)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCCACAGCCGCAACAACCGGATGAACCGCAGCAGCAATATCCGCAGCCCCCACAGCCGGTTAACCagcagcag > 1:328128/1‑136 (MQ=25)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACCACCGGTTGCACCTCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa > 7:670026/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAATAAACTGCCTCAACAACCGGATGCACCCCAGCATCAATATAATCATGAACAACATCCGCTGACAaaccagaaa > 4:294278/1‑135 (MQ=12)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa > 4:403963/1‑138 (MQ=255)
gTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCCTCATCCGGTAGCACCGCAGCAGCATAATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTAAACAGCAGCCGCAGGATcc > 4:339847/1‑137 (MQ=21)
gTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCGGCAATCTCAGCAGCCACAGCAGCCGGTTCCACAGCCTCAGCAGTATcagc > 5:340107/1‑140 (MQ=25)
agcagcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCTCAATATCAGCAGCCGCACCAACCGGTAGCCCCGCAGAAGCAATATCAGCCGCCGCCACAGCCGGGTAGCCATCAGCAGCAGGATccgccgccg > 8:263382/1‑140 (MQ=19)
cagcCGCAACACCCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCGGTATCAGCAGCCg < 3:106110/138‑1 (MQ=255)
gCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCACCAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGTCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa < 1:807666/138‑1 (MQ=255)
caacacCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTCCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg > 3:789682/1‑138 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGATGCAATATCTCCGGCCCCAACAGGCGGTTCAAACGAAGCCGCTGAATCAGCAGACGCaaaggcc > 6:342304/1‑135 (MQ=21)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg > 1:554782/1‑138 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc > 6:55633/1‑140 (MQ=255)
tGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCCACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAATAGCAGCAGCCACAGACGCCGGTTAGCCAGCACCCGCAGGAGCCGCAGCCGCAACACCCGGATGTaacgc > 6:408312/1‑136 (MQ=21)
tGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTAcc < 1:24081/138‑1 (MQ=255)
ggaccagcagcagcatTAGCAGCATCACCAAGATCACCAGCCGCAACCACCGGGTGCACCGCAGCAGCAATCTCACCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac < 6:190257/134‑1 (MQ=18)
ccccgcagcggcagCCTCAGCAGCCGCAAGCTCCACAGCCGCAACACCAGTGTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 8:337507/138‑1 (MQ=18)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 2:554782/138‑1 (MQ=255)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 8:32407/140‑1 (MQ=255)
ccgcagccgcagGCTCTGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGCTAGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 4:731212/138‑1 (MQ=18)
cgcagcctcagTATCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACAGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 8:481492/140‑1 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCCGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa > 5:700653/1‑140 (MQ=255)
gcgtcagAATCAGCAGCAGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 8:310116/136‑1 (MQ=21)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCAGCAAGATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCCACAGCCGGATGTACCACAGCCGCa > 3:12789/1‑138 (MQ=21)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 7:702819/140‑1 (MQ=255)
ccgcagGCTCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAg < 1:305177/138‑1 (MQ=255)
tttATCTGCAGCCGAAATAGCCACAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATa < 3:294279/136‑1 (MQ=18)
attATCAGCAGCATCAATAACAACAGCCTCAACAACATGATTCACATCAGCAGCAATTACAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 6:627171/138‑1 (MQ=18)
agaaTCAGCAGCAGCATTAACAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATa < 4:576682/135‑1 (MQ=18)
agTCTCTGCTGCCTCATTATCAACAGGCGAAACAACCGGGTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 6:708980/140‑1 (MQ=18)
gTATCAGCAGCCGCAATATCTTCAGCCGCACCAACCGGTGGCACCTCAGCAGCAATCTCAGCTGCCACAACAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAc < 1:199953/138‑1 (MQ=21)
aTCAGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGTTTACAAACAAGCCGCAGTATCTGCAGCCGCACCAGCCGGTTGTACCACCGCCGCAGGATAcgc > 1:117025/1‑136 (MQ=21)
agcagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTCCCACAGCAGCAGGATACCCTGCtt > 7:747195/1‑140 (MQ=255)
agcagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCtt > 6:437702/1‑140 (MQ=255)
agcagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTAACAGCAGCCGCAACAGCCGGTGGTACCACAGCCGCAGGATCCCCTGCta > 6:414707/1‑139 (MQ=255)
gcagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca < 8:334908/42‑1 (MQ=255)
gcagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca > 7:334908/1‑42 (MQ=255)
gcagcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTAACAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTc > 6:258992/1‑140 (MQ=255)
tgagCAATTACATCATCCGCAACAACCGGCTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTCCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc < 8:532107/137‑1 (MQ=18)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATCCCCTGCTTCATc > 8:38625/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCAACGCACCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACACCAGCCGCAGTATCAGCATCCGCAACAGCCGTTGGTAACACAGCCCCAGGATACCATGCGTCATc > 7:171872/1‑140 (MQ=37)
ccGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 8:659231/117‑1 (MQ=255)
ccGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg > 7:659231/1‑117 (MQ=255)
cGCAATATCATCAGCCGCATCACCCGGTTGAACCGCAGCAGCATTATCAGAAGCCACAACAGACGGTTTCACAGCAGCCTCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTAACACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 8:512887/140‑1 (MQ=21)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATCCCCTGCTtcctccc > 6:44320/1‑139 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAAAGCCTGTTGTACCACAGACGCAGGATAACCTGCTTCAta > 3:621350/1‑137 (MQ=21)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACCGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg > 7:663254/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 5:284508/140‑1 (MQ=255)
cAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCCGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGCATACCCTGCTTCATCCGCt > 8:645942/1‑140 (MQ=255)
cAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATcca > 2:799607/1‑137 (MQ=255)
atatCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACGCTGCTTCATCCGCt > 3:515209/1‑138 (MQ=255)
atatCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACGCTGCTTCATCCGCTGt > 6:347171/1‑140 (MQ=255)
ttCAACAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGt < 4:91092/137‑1 (MQ=255)
atCCACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGt < 4:5115/138‑1 (MQ=255)
atCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCATCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGt < 3:18947/138‑1 (MQ=255)
atCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGt < 4:674761/138‑1 (MQ=255)
cAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTg < 4:733349/138‑1 (MQ=255)
aaCAGCCGCACCAACAGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGAAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGAGACCCTGCTTCATCCGTTGTTGATg > 6:180934/1‑140 (MQ=21)
|
GTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATG > NZ_CP022686/4440197‑4440472
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
