Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F35 I0 R1
|
195 |
10216.4 |
8585726 |
98.3% |
8439768 |
135.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
1,705,997 |
C→A |
18.9% |
intergenic (‑607/‑48) |
yqgB ← / → metK |
acid stress response protein YqgB/methionine adenosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 1,705,997 | 0 | C | A | 18.9%
| 321.2
/ 7.7
| 165 | intergenic (‑607/‑48) | yqgB/metK | acid stress response protein YqgB/methionine adenosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/71); new base A (39/2); total (92/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.30e-10 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
CAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGA > NZ_CP022686/1705860‑1706135
|
cAAAAAAAAGTGGAAATTGTGTGAAGAACTGAACTTATTAAGCCATACAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCGAGTGTTTTTAACCTGCAGTGTGGTGGTAGGATCCGCTACGACA‑GAAAATCca < 8:1007035/140‑1 (MQ=255)
cAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGAGGTAGGAGCCGCTACCACA‑GAAAAAccc > 2:522965/1‑139 (MQ=255)
aaaaaaaaGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCcac < 1:74561/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCcacaca < 4:1041245/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGTGGAAATTGGGGGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCcacaca < 3:1083258/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGTGGAAATTGGCTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCAAACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTTGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCcacaca < 8:535728/140‑1 (MQ=255)
gTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGt < 4:709709/140‑1 (MQ=255)
gTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCAATCCATCCGGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCTCTAGCACA‑CAAAAACCACaca‑aca > 5:662042/1‑138 (MQ=255)
aTTGGGAGAAGAACTGACCTAAAATAGACATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACTCTCAGACTGCCAGTGTGTTTAACCTGCAGAGTCGTTGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACAAA‑ACAGTTTGAGc < 2:931565/140‑1 (MQ=255)
ggTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGGAACCAAA‑GAAAATACAAACA‑ACACATAGAGCTAAc > 8:175985/1‑140 (MQ=255)
gTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGCTCCGCTCCCCCC‑GAAAATACACACC‑CCAGGTTGAGCtgaac > 1:1005579/1‑136 (MQ=255)
aagaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTATGATCCGCAAACCCC‑GAAAA‑ACAAACACACAATTTGAGCTACCCaaa > 1:611632/1‑140 (MQ=255)
aagaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCaaa < 3:454770/140‑1 (MQ=255)
aagaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCaaa < 2:352066/140‑1 (MQ=255)
aagaaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATACACCCA‑ACAGTTTGTGCTTACCaaa > 1:765242/1‑140 (MQ=255)
taaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAAtt < 2:219495/139‑1 (MQ=255)
caaCTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCTTCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GTAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAAtt < 8:777963/139‑1 (MQ=255)
tGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTctct < 2:539219/140‑1 (MQ=255)
cccTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCGCACACA‑CAAAATCCAAACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCttt > 2:439227/2‑140 (MQ=255)
aCCTAATATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGCTCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTGttt > 2:977094/1‑140 (MQ=255)
aCCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGGAAAACAAAttatagtt > 4:323965/1‑134 (MQ=255)
cTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCCCACA‑ACAGATTGAGCGAACCACATTCTCttt > 6:795475/1‑138 (MQ=255)
tAAAATAGCCTTCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTa < 5:951301/138‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTACCCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTa < 6:286164/138‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 1:483300/140‑1 (MQ=255)
tAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAgg < 7:693554/140‑1 (MQ=255)
aaaaTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGt < 4:593755/140‑1 (MQ=255)
aaaaTAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGt < 3:355247/140‑1 (MQ=255)
gCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTTTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGTAACAGAGACCACA‑TAAAATAAACACA‑AAAATTTTATCTCACCAAAGTATCTTTAAGTTAtttt > 2:110947/1‑140 (MQ=255)
gCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGTTCAGCTACCACA‑CCAAATACACACC‑ACAGTTTGTGCGAACCAAAATATCGTTTGGTGAtttt > 3:303958/1‑140 (MQ=255)
gCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCCCTACCACA‑CAAAATACACACA‑ACAGTTTGAGCTTACCAAATTATATTTAGGTGAtttt > 4:550201/1‑140 (MQ=255)
ccATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTATGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGGTTGATCGAACCAAATTCTCTTTAGGTGAAAttt > 8:247378/1‑139 (MQ=255)
ccAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGTGTGCGCTAGCACA‑GAAAAAACACCCA‑AAACTTTGGGGGAAACAAAATTTGGTTTGTTTATATTAAata > 8:967004/1‑140 (MQ=255)
tAATCCATCCATACCGATTAACACTCATACTGCCAGTGTTTTTAACCTTCAGAGTCGTGGTAGTATCCGCTACCACA‑GATAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATT‑TGGCaaaa < 1:860167/140‑1 (MQ=255)
tAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCaa < 5:519207/138‑1 (MQ=255)
tAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCaa < 5:640536/138‑1 (MQ=255)
aaTCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGCTAACACA‑GAAAATACACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTATAGTTATGGGTTATTAAAAT‑AGGCaaaaa > 2:686159/1‑139 (MQ=255)
tccatccaTACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAacac < 3:835431/140‑1 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGTTCCGCTACCACA‑GAAAATACACACA‑ACAGGTTGAGCTAAACAAATTCTCTTTAGGTGATATTTAATA‑TGGCAAAACACCatt > 4:334865/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGGTACGCGACCACA‑GAAAATCCACCCA‑ACACTTTTTGCGAACCAAATTGTCTTTAGGTGGTATTAAATA‑TTGCAAAACACCttt > 4:193754/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACAAA‑AAAGTTTGAGCTAACCAAATTATATTTATGTTATATTAAATT‑TTGCAAAAAACCttt > 2:732636/1‑140 (MQ=255)
tccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGCTACCACA‑GAAAAAACACCCA‑ACAGTTTGTGCTAACCCAATTCTCTTTAGGTGATATTAAAAA‑TGGCAAAACAACttt > 2:737801/1‑140 (MQ=255)
ccatACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCGACCACA‑GAAAATACAAACA‑AAAGTTTTAGCTAAACAAATTATATTTATGTGATATTAAATA‑TTGCAAAAAAccgt > 6:753607/1‑136 (MQ=255)
catACCGATTTACTCTGAGAGTGCCTGAGTTTTTAAGCTGCAGAGTCTTGGTAGGATCCTGTACCTCA‑GAATTTCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACGTAATTATGTTTTTGTGATATTAAATA‑TGGCATATCTGCttttt < 4:877646/140‑1 (MQ=255)
catACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCttttt < 2:91830/140‑1 (MQ=255)
tACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACCCTACCAAC‑GAAAAAACAAACA‑ACACTTTGAGCTAACCAAATTATCGTTATGTGATATTTAATA‑TTGCAAAAAACCtttttta > 3:260357/1‑138 (MQ=255)
tACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTGGATCCGCGACCACA‑GAAAAACAACACC‑ACAGGTTGAGCTAACCCAATTATCTTTAGGTGATATTTAATA‑TTGGCAAACACCTTTTTaa > 1:683698/1‑139 (MQ=255)
cGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTATGTTACGCTACCACA‑GAAAATACACACA‑ACATTTTGAGCTAAACAAATTCTATGTAGGTGATTTTAAATA‑TGGCTAAACACAATTTTaag > 6:560483/1‑136 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTATGTTACGCTACCACA‑GAAAATCCACCCA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAAATATCTTTAGGTGATATTAAAAA‑TTGCAAAACACCTTTTTTCGTCCg > 2:493062/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGGTCCGCTACCACA‑GAAAATACACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTAACTTTAGGTGATATTAAAAA‑TTGCAAAACACCATTTTACGTCCg > 3:416804/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCGAACACACGAAAACCCAC‑CC‑CCAGTTTGAGCGAACCAAATTCTCGTTTTGTGATATTTAATA‑TTGCAAAACAACTATTTaaagccc > 8:841063/1‑134 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCGACCACA‑GAAAATCCACAAA‑ACACTTTTAGCTAACCAAATTATCTTTATGTGATATTAAATA‑TTGCAAAAAACCTTTTTAAGTCCg > 1:596352/1‑140 (MQ=255)
aTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGCCACCACA‑TAAAATGCAAAAA‑ACAGTTTTCGCTAAACAAAATAACATTAGGTGATATATAAAA‑TGTCAAAAAACCATTTTAAGTACg > 4:698923/1‑140 (MQ=255)
ttAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTTGGTTACGGTAACAAA‑CAAAATACAAACA‑AAAGTTTGTGGTTAACAAAATATCTTTATGTGTGATTTAATA‑TGGCAAAACCCAGTTTTAAGTGCgg > 1:341862/1‑139 (MQ=255)
ttAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTATGAAACGCTACAACA‑ACAAAAACAACCA‑ACACTTTGAGCTAACCAAAATAAATTTATTTGATATTTAAAA‑TTGCAAAAAACCTATTTACGtggcc > 8:298935/1‑136 (MQ=255)
ttAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGGTACGCTACCCCA‑GAAAATACACACA‑ACAGTTTTAGCTAACCAAATTGTCTTTATGTGATATTAAATA‑TTGCAAAACACCATTTTAAGTACGa > 4:906643/1‑140 (MQ=255)
tAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTAGCTTTAGGTGATATTAAATA‑TTGCAAAACACCATTTTaactacc > 6:284378/1‑132 (MQ=255)
acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAg < 5:679515/138‑1 (MQ=255)
acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTc < 4:196118/140‑1 (MQ=255)
acacTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TTTCAAAACACCTTTTTACGTACGAGTc < 2:784093/140‑1 (MQ=255)
acacTCAGACAGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAg < 5:362330/138‑1 (MQ=255)
cacTCAGCCTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACCCA‑ACAGTTTGAGCTTACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TTGCCAAACACCGTTTTTAGTGCGAGGcc > 7:525060/1‑140 (MQ=255)
cTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGt < 7:2269/140‑1 (MQ=255)
aGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATACGCGACCACA‑CAAAATCCACACA‑AAAGTTTTAGCTAACCAAATTTTATTTAGGTGTTATTTAATA‑TGGCAAAACCCCTTTTTTCGTCCGAGTCCGgctc > 7:454806/1‑140 (MQ=255)
aGACTGCCAGTGTTTTTAACATGCAGAGTCGTGGTAGGTTACGCGACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTGTCTTTTGGTGATTTTTAATA‑TTGCAAAACACCGTTTTAAGTCCGCGTCCGtctg > 8:894777/1‑139 (MQ=255)
gACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCGACCACA‑GAAAATACACACA‑ACAGTTTGAGCGAACCAAATTATCTTTTGGTGATATTAAATA‑TGGCCAAACACCATTTTAAGTACGACTCCGtctcg > 4:740971/1‑139 (MQ=255)
aCTGCCAGTGTTTTTACCCTGCAGAGTCGTGGTTGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCCCCCA‑AAAATTTGAGATAACCAAATTGTGATTAGGTGATATTAAATA‑TGGGTAAAAACCATTTTTAGTACCAGTCCCtctc > 6:493431/1‑138 (MQ=255)
aCTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTGTGATCCGCTAACACA‑GAAAATACCCCCA‑ACAGTTTGTTCTAACCAAAATCTATTTATGGGATATTAAATA‑TTGAAAACAACCATTTTTAGTCCGAGTCCGtcgg > 6:887336/1‑136 (MQ=255)
ccAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGGTCCGCGACCACA‑GAAAAACCACACA‑ACAGTTTGAGCTAAACAAATTCTCGTTATGTGTTATTAAATA‑TGGGAAAAAACCATTTTAAGTCCCACTCCGGATCTGAAgt > 8:333847/1‑139 (MQ=255)
aGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATAACCGACCACA‑AAAAATCAACACA‑ACAAATTGAGCTAACAAAATTATATTTATGTGAAAATAAATT‑AGGACAAACCCCATTTTACGTCCGTGGACGTCTATGAAgg > 6:999883/1‑138 (MQ=255)
aGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGGTGGATACGCGACCACA‑GAAAATACACACA‑ACAGTTTGAGCGAAACAAAATATATTTTTGTTATATTTAAAA‑TTGCAAAAAACCTGTTTTCGTCCGAGTCCGGCTATGAAaggg > 8:552144/1‑139 (MQ=255)
tttttAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTAACACA‑GAAAATCCACACC‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TTGCAAAACCCCTTTTTAAGTCCGCGTCCGGCGGTGAAGGGccacc > 4:909146/1‑136 (MQ=255)
ttttAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCt < 3:840213/140‑1 (MQ=255)
gCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCGACCCCA‑GCAAATCCACACA‑ACACGTTGAGCTAAACAAATTCTCTTTATGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCATTTTAAGTCCGAGTCCGGCTCTGTAGGGCGTACTGGCaaaa > 6:722119/1‑138 (MQ=255)
tGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGATCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCaa < 4:267152/140‑1 (MQ=255)
tGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGAcc < 5:923942/138‑1 (MQ=255)
gggATCCGCTACCACA‑GAAAATACCCCCA‑ACACGTTGAGCGAACCAAATTGTAGTTTGGTGGGATTAAATATTTGCAAAAC‑CCGTTTTAAGTGCGCGTCCGTCACTGAAGGGCATACAGACAAAAATTGAGACCaaaa > 6:352302/2‑137 (MQ=255)
atacgagaCCACA‑GAAAATACACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATAAACTTTATGTGATATTAAAAA‑TGGCAAAACACCTAATTAATTCCGAGAACGTCTATGAAGTGAATCATGACAAAATTTATGACCTAATATCTg > 7:116832/8‑140 (MQ=255)
aTCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATctctt > 1:1108925/1‑139 (MQ=255)
aTCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTg > 4:622735/1‑140 (MQ=255)
aTCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCAGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTg > 7:565460/1‑140 (MQ=255)
aTCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACATTTTTACGTCCGAGTCAGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACAAAATCTCTg > 8:823361/1‑140 (MQ=255)
tCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGa < 1:484401/140‑1 (MQ=255)
ccGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGCCAAAATTGCTGACCAAATCTCTg > 5:487999/1‑138 (MQ=255)
ccGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAAATCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGTCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTg > 6:15909/1‑138 (MQ=255)
cGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATg < 4:168199/140‑1 (MQ=255)
cGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATg < 1:614680/140‑1 (MQ=255)
cGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATg > 2:388390/1‑140 (MQ=255)
cGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATg < 4:315776/140‑1 (MQ=255)
gCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGc > 7:835298/1‑140 (MQ=255)
gCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGc < 3:906643/140‑1 (MQ=255)
cTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATg > 6:672546/1‑138 (MQ=255)
ccACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCg > 5:135964/1‑138 (MQ=255)
ca‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGTCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCAGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTATTa > 7:973206/1‑140 (MQ=255)
a‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAACCACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGCCAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGGTTTAg > 4:1012334/1‑140 (MQ=255)
gAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAATTTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGttttt > 5:484732/1‑137 (MQ=255)
aaaaTCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGAc > 3:317385/1‑140 (MQ=255)
aaTCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGCCCAAATCTCTGATGCAGTTTTTGAcgc > 7:782284/1‑140 (MQ=255)
aTCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGAcg < 6:645107/138‑1 (MQ=255)
tCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGa < 2:425760/140‑1 (MQ=255)
|
CAAAAAAAAGTGGAAATTGGGTGAAGAACTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACA‑GAAAATCCACACA‑ACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATA‑TGGCAAAACACCTTTTTACGTCCGAGTCCGTCTCTGAAGGGCATCCTGACAAAATTGCTGACCAAATCTCTGATGCCGTTTTAGACGCGA > NZ_CP022686/1705860‑1706135
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
