Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F2 I0 R1
|
122 |
5985.5 |
7364544 |
98.3% |
7239346 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
1,734,237 |
A→G |
100% |
W156R (TGG→CGG) |
papX ← |
HTH‑type transcriptional regulator PapX |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 1,734,237 | 0 | A | G | 97.3%
| 591.2
/ 5.3
| 221 | W156R (TGG→CGG) | papX | HTH‑type transcriptional regulator PapX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/2); new base G (105/109); total (109/112) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
ATCATTATTCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCAGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCTTTTTACATATCCGGCTTTTTCTAAA > NZ_CP022686/1734100‑1734373
|
aTCATTATTCTCTTGCCTGAAGCTATACAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCTGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGa > 7:2909/1‑140 (MQ=255)
tattCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTATATGAGCTGGCATCAGAAAAATGAGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGAgttct > 1:409786/1‑140 (MQ=255)
ttCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGAtttcttt < 4:750900/140‑1 (MQ=255)
ttCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGAtttcttt < 2:5974/140‑1 (MQ=255)
ttCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCAGACTCAGATATTTCTGACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAAATTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGAtttct < 6:514540/138‑1 (MQ=21)
ctctTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCa < 3:195824/140‑1 (MQ=255)
ctctTGCCTCACGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAAATTTTTATTAATGACTTCAAACAGCTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCa < 8:142547/140‑1 (MQ=21)
ttGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGAt > 7:734573/1‑140 (MQ=255)
ttGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCAGATTTCTTTCAGAt > 4:728958/1‑140 (MQ=255)
ttGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCAGATTTCTTTCAGAt > 4:39107/1‑140 (MQ=255)
tccTGAAGCTATCCAGCTTCATCAGATATTTCGCACTTTATTAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCTTCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTAAGATAc < 8:254475/139‑1 (MQ=21)
gCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGAt > 5:543161/1‑138 (MQ=255)
gCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATAc > 7:401577/1‑140 (MQ=255)
gtatcTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGTGCTTGGATCATTAAAATGTGACAGTATCTTTTTATTAATGACTTCAATCAGTTCGTGTTCATCATGTGTCAGATAATCACGGTTTTCTTTCAGATTCATGc < 2:934345/136‑1 (MQ=18)
aaGCTATCGAGCATCCTCAGATTTTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGAGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 2:500363/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGTATAAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATg < 5:511339/138‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATg < 6:799679/138‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 2:159025/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 4:402919/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 3:888282/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt > 3:666636/1‑140 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 3:515560/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 2:681153/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATCAGCTGGCATCAGAAAAAGGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 2:800306/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCAATTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 7:100665/140‑1 (MQ=255)
aTCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTtgtg < 7:747344/140‑1 (MQ=255)
tCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCTGAATAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTTATCATGGGTCATATATTCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGc < 4:651481/140‑1 (MQ=18)
tCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGc > 7:307429/1‑140 (MQ=255)
tCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGc > 1:606176/1‑140 (MQ=255)
tCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACGTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACGTCCATCAGTTCCTGTTGATGATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTGTCAGATACCTGCTTtgtgg > 8:59093/1‑139 (MQ=255)
ccAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGATCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTtgtg > 6:749407/1‑138 (MQ=255)
cAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGc > 6:776863/1‑138 (MQ=255)
cAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCaa < 4:691136/140‑1 (MQ=255)
cAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACGTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGc > 5:86609/1‑138 (MQ=255)
cATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCa < 8:766251/119‑1 (MQ=255)
cATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATACCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTTCAagag > 7:678274/1‑140 (MQ=255)
cATCCTCAGATATTTCGCACATTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGCGACAGATAATCCAGGATTTCTTTCAGATACATCCTTTGTGCAagac > 1:221150/1‑139 (MQ=18)
tCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAagag > 5:593376/1‑138 (MQ=255)
tCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTg > 4:621035/1‑140 (MQ=255)
tCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTgcgc > 1:188668/1‑140 (MQ=255)
tCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTAGTGCAAGAGTGAGc > 4:502394/1‑140 (MQ=255)
aGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCct < 1:115906/140‑1 (MQ=255)
ttCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTGTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAAt > 8:375982/1‑140 (MQ=255)
ttCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGCGCAAGAGTGAGCCTCTGAAt > 4:525850/1‑140 (MQ=255)
tCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATa < 8:90067/140‑1 (MQ=255)
tCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATa > 1:518087/1‑140 (MQ=255)
gCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATaaa < 4:261209/140‑1 (MQ=255)
cTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATaaaaaa > 4:910975/1‑140 (MQ=255)
cTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATaaaaaa > 1:246656/1‑140 (MQ=255)
ttATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACa < 1:359279/140‑1 (MQ=255)
ttATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACa < 8:700473/140‑1 (MQ=255)
tATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGTCTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAAc < 6:543161/138‑1 (MQ=255)
tATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAAc > 5:402909/1‑138 (MQ=255)
tGATCTGGCATCATAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTACAAACAGTTCCTGTTCATCATGTGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACAt < 5:335991/138‑1 (MQ=14)
tGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACAt < 6:119513/138‑1 (MQ=255)
gAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATAcc < 7:518089/140‑1 (MQ=255)
cTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCt < 5:166067/138‑1 (MQ=255)
cTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTc < 3:71374/140‑1 (MQ=255)
cTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTc < 7:353233/140‑1 (MQ=255)
ggCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAg > 2:723388/1‑140 (MQ=255)
ggCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAg > 8:453467/1‑140 (MQ=255)
aCTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTat > 6:645123/1‑137 (MQ=18)
aCTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCa < 7:98846/140‑1 (MQ=18)
aCTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGGCAGATAATCCCGGAGTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCa < 8:541421/140‑1 (MQ=255)
ttattaATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCg < 7:531671/140‑1 (MQ=17)
ttattaATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCg < 3:570665/140‑1 (MQ=17)
ttattaATGACTTCAAACAGTTCCTGATCATCATGGGGCAGATAATCCCGGATTTCATTCAGATACATGCTTTGGGCAAGAGTGAGACTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACgg < 5:248200/138‑1 (MQ=11)
attaATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGAt < 8:648883/140‑1 (MQ=17)
ttaATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGAtc < 2:891067/140‑1 (MQ=17)
tGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTTTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGAtcctcc > 1:271657/1‑140 (MQ=17)
gACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTccc < 4:758093/140‑1 (MQ=17)
gACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCAGATTTCTTTCAGTTACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTccc < 3:728958/140‑1 (MQ=17)
gACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCAGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTccc < 3:39107/140‑1 (MQ=32)
cTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTg > 1:869799/1‑140 (MQ=17)
ttCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGGCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGGGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCt < 5:87945/138‑1 (MQ=12)
cAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATACCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACAAACCTTCAGATGTCAGAATGATATTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGc > 6:556230/1‑138 (MQ=11)
aCAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGCTTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTAt < 5:300975/138‑1 (MQ=17)
aCAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTAt < 6:862284/138‑1 (MQ=17)
cAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATc < 6:330082/138‑1 (MQ=17)
cAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATc < 6:613539/138‑1 (MQ=17)
cAGTTCCTGTTCATCATGGGGCAGCTAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAACACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATc < 5:228642/138‑1 (MQ=255)
gTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCg < 6:145694/138‑1 (MQ=17)
ttCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTtgtg < 2:371960/56‑1 (MQ=255)
ttCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTtgtg > 1:371960/1‑56 (MQ=255)
ttCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGAACGGCGATCCTCCCTGCAATCCGTcc > 7:846493/1‑140 (MQ=12)
ccTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCtt > 5:704303/1‑87 (MQ=18)
cTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCttt < 4:314276/140‑1 (MQ=17)
ttCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCtttt < 5:740404/138‑1 (MQ=17)
tcatcaTGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAATACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCTTTTTAc < 3:275190/140‑1 (MQ=17)
tcatGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTTATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCACTGCTATCCGTCCTTTTTACata > 1:95365/1‑140 (MQ=12)
tcatGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCTTTTTACata > 1:75971/1‑140 (MQ=17)
catGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCTTTTTACatat > 8:619110/1‑140 (MQ=17)
atGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCTTTTTACata > 5:609469/1‑138 (MQ=17)
atGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCGCCCTGCTATCCGTCCTTTTTACata > 6:4028/1‑138 (MQ=17)
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CCCCAGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCTTTTTACATATCCGGCTTTTTCTAAAAAATCTGTAA > NB501016:372:H5LTGBGXK:1:23304:14250:9313/1‑151 (MQ=6)
CCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCTTTTTACATATCCGGCTTTTTCTAAAAAATCTGTAATG < NB501016:372:H5LTGBGXK:3:11509:6063:14872/151‑1 (MQ=8)
|
CATCTGCAAGAATCATTATTCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCAGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCTTTTTACATATCCGGCTTTTTCTAAAAAATCTGTAATG > NZ_CP022686/1734089‑1734385
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
