Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F12 I0 R1
|
158 |
5737.7 |
7407908 |
98.3% |
7281973 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
1,734,237 |
A→G |
100% |
W156R (TGG→CGG) |
papX ← |
HTH‑type transcriptional regulator PapX |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 1,734,237 | 0 | A | G | 99.6%
| 572.6
/ ‑6.1
| 208 | W156R (TGG→CGG) | papX | HTH‑type transcriptional regulator PapX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base G (99/104); minor base T (0/3); total (101/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
ATCATTATTCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCAGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCTTTTTACATATCCGGCTTTTTCTAAA > NZ_CP022686/1734100‑1734373
|
aTCATTATTCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGa > 5:322648/1‑140 (MQ=255)
aTCATTATTCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGa > 6:858910/1‑140 (MQ=255)
tCATTATTCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGAt < 3:896939/140‑1 (MQ=255)
tattCTCTTGCATGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCCATTTATGAGCGGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGAtttct < 5:216495/140‑1 (MQ=25)
ttCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGAtttcttt < 2:520854/140‑1 (MQ=255)
ttCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGAtttcttt < 1:698972/140‑1 (MQ=255)
ttCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGAtttct > 8:590737/1‑138 (MQ=255)
ttCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAAAGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGAtttct < 7:344632/138‑1 (MQ=255)
ctctTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGAtttcttt < 8:534317/138‑1 (MQ=255)
ctctTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCa < 3:619997/140‑1 (MQ=255)
ctctTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCa < 2:764900/140‑1 (MQ=255)
ctTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGa < 3:556857/140‑1 (MQ=255)
ttGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAg > 8:844304/1‑138 (MQ=255)
ttGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGAt > 3:47605/1‑140 (MQ=255)
ttGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGAt > 2:65260/1‑140 (MQ=255)
aatcTATCAAGCATCCTAAGATATTTCTAACTTTATGAGCTGGACTAAGAAAAATTTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCATGTTCATCATGGTTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCATATACATGCt < 6:794655/137‑1 (MQ=18)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATg < 7:598788/138‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 3:123515/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 4:253352/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 3:752134/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 5:401420/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 5:760885/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 6:710316/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 1:936397/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 2:617410/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTAATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 6:501269/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCAATTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACATTTCCTGTTCATCATTGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 2:280651/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCCAGAATCTTAAGATATTTCTCACTTTATGAGCTGGCATCATAATAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTGCTGTTCATCATGGGTAAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt < 4:861807/140‑1 (MQ=17)
aaGCTATACAGCATCCTAAGATATTTGGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTATCTTTTTATTTATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATAATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATg < 7:663938/138‑1 (MQ=18)
aaGCTAACAAGCATCCTAAGATATTTCGGACTTTATCAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAAACCCGGATTTCATTCAGATAAATg < 8:64385/138‑1 (MQ=18)
gCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCttt < 1:578468/140‑1 (MQ=255)
tCCAGCATCCTCATATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTCATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTtgt < 8:352196/138‑1 (MQ=255)
tCCAGCATCCTCAGATATTTCTCACTTTATGAGCTGGAATCAGAAAAATGTGCCAGTAACATTTTATTAATGACTTCAAACAGTTACTGTTCATCAAGGGTCAGATAATCCCGGATATCTTTCAGATACATGCTTTGTGc > 1:416470/1‑140 (MQ=18)
ccAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCACGGATTTCTTTCAGATACATGCTTtgtg > 8:211602/1‑138 (MQ=255)
ccAGCATCCTCAGATATTTCGCACTATATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTGTCAGATACATGCTTtgtg > 7:187032/1‑138 (MQ=255)
cAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCaa < 4:672936/140‑1 (MQ=255)
cAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGCCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGc > 7:847207/1‑138 (MQ=255)
cAGCATACTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGc > 7:115363/1‑138 (MQ=255)
cATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAagag > 2:344327/1‑140 (MQ=255)
cATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAagag > 1:302528/1‑140 (MQ=255)
aTCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAaga < 7:431580/138‑1 (MQ=255)
tCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTg < 5:115967/140‑1 (MQ=255)
tCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTg < 3:494130/140‑1 (MQ=255)
tCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACATTTCCTGTTCATCATGGTTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGa > 8:235445/1‑138 (MQ=255)
aGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGc < 8:741249/138‑1 (MQ=255)
ttCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAAt < 4:488690/140‑1 (MQ=255)
ttCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAAATTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAAt < 6:538353/140‑1 (MQ=255)
tCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGCTACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAAtt > 5:57898/1‑139 (MQ=255)
tCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATa > 3:424670/1‑140 (MQ=255)
tCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGACAGTACCTTTATATTAATGACTTCAAACAGTTGCTGTTCATCATGGGTCAGATAGTCCCGGATTTCTGTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGCGCATCTGAATa > 2:369410/1‑140 (MQ=17)
cGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGATCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATaa > 1:290723/1‑140 (MQ=255)
gCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACATTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATa > 7:172154/1‑138 (MQ=255)
cACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCATTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTGAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTGGTGCATGAGTGTGCCTCTGATTaaaa > 4:182592/1‑140 (MQ=14)
cACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATaaaa > 3:693166/1‑140 (MQ=255)
cACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGGCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATaaaa < 1:486173/140‑1 (MQ=255)
cTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATaaaaaa < 2:165185/140‑1 (MQ=255)
ttATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACa > 3:23693/1‑140 (MQ=255)
tATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACAt < 4:39759/140‑1 (MQ=255)
aTGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt > 2:870591/1‑106 (MQ=255)
tGAGCTGGCATCAGAAAAATTTGCAAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTACTGTTCATCATGTGTCAGATAATGCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACAt < 8:325951/138‑1 (MQ=14)
tGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACAt > 7:269613/1‑138 (MQ=255)
cTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTc < 2:496566/140‑1 (MQ=255)
tGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCa < 3:370234/140‑1 (MQ=255)
ggCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCt > 6:441671/1‑99 (MQ=255)
ggCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTg < 5:145111/120‑1 (MQ=255)
ggCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTg > 6:145111/1‑120 (MQ=255)
ggCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAg > 1:513765/1‑140 (MQ=255)
ggCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAg > 5:285675/1‑140 (MQ=255)
tCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGATTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGt > 1:223828/1‑140 (MQ=255)
tCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGAt > 8:627520/1‑138 (MQ=255)
tgtgCCAGTAACTTTTTATTTATTACTTCAAACAGTTCCTTGTCATCAGGGGGCACATAATCCCTGAATTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGACTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGAt < 5:664274/140‑1 (MQ=11)
ccAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGAttttt > 3:191949/1‑140 (MQ=21)
aCTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCa < 4:470382/140‑1 (MQ=18)
ttattaATGACTTCAAACTGTTCCTGGTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGTATAAAAATCATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCg < 2:683780/140‑1 (MQ=11)
attaATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTTAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGAt < 1:715256/140‑1 (MQ=17)
attaATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGAt < 4:640055/140‑1 (MQ=17)
aataATGACTGCAAACAGAGCCTGATCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATTCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATAACTTAAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGAt < 1:607879/138‑1 (MQ=11)
ataATGACTTCAAACACTTCCTGTTCATCCCGGGGCAGATAATCACGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGAtc < 5:825498/139‑1 (MQ=11)
taATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGAt < 7:473107/138‑1 (MQ=17)
taATGACTTCAAAAAGTTCCTGTTCATCATGTGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGAt < 7:837521/138‑1 (MQ=12)
aCTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGAtcctcc < 8:488454/138‑1 (MQ=17)
aCTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAAAATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACTGCGAtcctcc > 8:251163/1‑138 (MQ=12)
aCTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGAT‑ATACCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGACTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATGTTTTTATCACGGCGATCCTccc > 7:259545/1‑138 (MQ=11)
tgTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCTAGAGTGAGCCTCTGAATAAATAACATACCTTCAGATGTCAGAATGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGt < 2:228825/139‑1 (MQ=255)
aGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGt < 1:217600/140‑1 (MQ=17)
ttCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTcc > 5:472046/1‑140 (MQ=17)
tCCTGTTCATCATGGCTCAGCTCATCCCTGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCATACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCt < 1:926905/140‑1 (MQ=11)
ccTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTcc > 7:215630/1‑138 (MQ=17)
ccTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTcc > 7:407454/1‑138 (MQ=17)
tcatGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACa < 5:234961/73‑1 (MQ=21)
tcatGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACa > 6:234961/1‑73 (MQ=21)
tcatGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCTTTTTACata > 6:723435/1‑140 (MQ=17)
tcatGGGTCAGATAATCCCGGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCTTTTTACata > 1:647054/1‑140 (MQ=17)
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|
CATCTGCAAGAATCATTATTCTCTTGCCTGAAGCTATCCAGCATCCTCAGATATTTCGCACTTTATGAGCTGGCATCAGAAAAATGTGCCAGTAACTTTTTATTAATGACTTCAAACAGTTCCTGTTCATCATGGGTCAGATAATCCCAGATTTCTTTCAGATACATGCTTTGTGCAAGAGTGAGCCTCTGAATAAAAAACATACCTTCAGATGTCAGACTGATTTTTTTAGCACGGCGATCCTCCCTGCTATCCGTCCTTTTTACATATCCGGCTTTTTCTAAAAAATCTGTAA > NZ_CP022686/1734089‑1734383
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
