Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F35 I0 R1
|
304 |
9232.4 |
10623078 |
98.3% |
10442485 |
135.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP022686 |
4,440,334 |
A→T |
20.1% |
Q797H (CAA→CAT) |
ftsK → |
DNA translocase FtsK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP022686 | 4,440,334 | 0 | A | T | 20.1%
| 185.9
/ 11.0
| 173 | Q797H (CAA→CAT) | ftsK | DNA translocase FtsK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/58); new base T (7/19); total (80/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.96e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
CTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGC > NZ_CP022686/4440195‑4440473
|
gTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTAGACCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTCAGCCGCATCCGCAGGACCAGCAGCGGCAACATCAGCa > 6:1142306/1‑140 (MQ=17)
aCAGCAGCCGCATCAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGc < 8:315017/140‑1 (MQ=255)
cagacagCAACAACCGGTAGCACCGCATCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGc < 8:698891/134‑1 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCTGCAGCAGCAACACCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGca > 8:35292/1‑140 (MQ=21)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGGATCCGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCTCAGCCGCAGAGTCCGCCGCCGCAAGATCAGCAGCCGcc > 5:1215461/1‑139 (MQ=17)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCg < 3:183834/138‑1 (MQ=255)
cagcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGca < 5:540950/140‑1 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGAACCGCAGACGCAGTATCTGCAGCCGCAACAACCGGTTGCTCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAGCCGCCGcaac > 1:1296318/1‑140 (MQ=21)
gcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCTCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCGCAATATCAGCAGCCGcaac > 8:1112887/1‑140 (MQ=255)
ccGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACATCAGCCGCAGTAACAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCTCAGCCGCAGAATCATCAGCAGCAAAATCCACAGCCGcaaca > 2:583861/1‑140 (MQ=18)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATCAACCGGTTGGACCACAGCCGCAGGATCAGCAGGAGCATTAGCAGCAGCAGCcacaac > 2:759582/1‑140 (MQ=14)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAAACGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGcaaca > 3:1155328/1‑138 (MQ=255)
gctccGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCTGTAGGACCGCATCAGCAGTCTCAGCAGGCGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCgca < 5:1059439/137‑1 (MQ=21)
cACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCAGCAAAATCAGCAGCCGCCTCAACGCGATGCCCCgc > 4:506300/1‑138 (MQ=17)
cACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATCAGACGCAACAACCGGTAGCACCgcag > 5:400441/1‑140 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATCTCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCgcagcagca > 6:586918/1‑140 (MQ=255)
cagcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCATCAGCCGCAACATCCGGTGGCACCgcagctgca > 8:193153/1‑140 (MQ=21)
gcagcaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGAAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGATGCACCgcagcagca > 3:209071/1‑138 (MQ=255)
aagcagcagCCGCAACAAACGGTAGCACCGCAGCCGCAGGAGAAGCAGCAGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCTCAGTCTCAGCATCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATcagca < 5:233948/137‑1 (MQ=25)
atCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGACGCAGTAACAGCAGCCGCAAAATCAACCGCCGCTACAACCGGTTGCACCGAAGCAGCAATATcagc > 3:1124583/1‑138 (MQ=21)
agcCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa > 7:1120199/1‑140 (MQ=255)
ccGCAACATCCGGTAGCTCCGCAGACGCATTATCAGCAGCATCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 4:460954/138‑1 (MQ=25)
ccGCAACAACAGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaa < 3:437314/138‑1 (MQ=255)
cagCAACAACCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGGCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 7:1071955/138‑1 (MQ=255)
cagCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 5:1273742/138‑1 (MQ=255)
ggaacaacCTGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGCTGCACCGCAGCCGCAGTATCTGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGc < 7:736043/138‑1 (MQ=255)
gCATCAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCacaaca < 3:1038061/138‑1 (MQ=255)
gCAACCACCTCTATCAGCGCTGCCGCAGTATCAGCAGCCGCATCATCCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGc < 2:198603/140‑1 (MQ=25)
gCAACAACCGGTAGCACCGCAGACGCACTCTCAGCAGCAGCAACAACCTGTTACAACGCAGGCGCAGTATCAGGAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGc < 7:174318/140‑1 (MQ=25)
caacagCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAAGATCACCAGCAGCCTCAGCCGGTTGGACCTCAGCTGCCTAATCAGCCGCCGCAACAg > 4:332612/1‑138 (MQ=12)
caacaaCCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCAGCATAATCAGCAGCCGCCACAACCGGATCACCCGAAGCAGCAAACTCCGCAGCCACAACAg > 4:971028/1‑138 (MQ=17)
atcaacCGGAAGCACCGCAGCCGCAGGCTCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCg < 7:7383/138‑1 (MQ=37)
caggTATCACCGCACCCGAAAGCTCTGCAGGAGCAACAACCGCTCGCACCGCAGCAGCAGTCTATTCAGCCTCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTac < 6:282538/138‑1 (MQ=18)
cGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCCGCCACAACAGCCGGGTaca > 7:302524/1‑140 (MQ=255)
gTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCATAAGACGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAAAATCAGCAGCCACAACAGCCTGATaca > 3:1289043/1‑138 (MQ=25)
agcagcGCAGCTGCAGTCACAGCAGCCGCAACATCCGGATGCACCGCAGCAGCAGTCTCATCAGCCGCAATATCATCAGCCTCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagc < 8:1133194/140‑1 (MQ=25)
cacaGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGCTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagc > 4:894674/1‑138 (MQ=255)
aCCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCAACAACCTGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 2:112205/140‑1 (MQ=255)
aCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagca < 3:66676/138‑1 (MQ=255)
aCCGCAGCCGCAGGATCAGCAGCCGCAACAACCGGTGGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagca < 3:1059039/138‑1 (MQ=255)
ccgcagccgcagTATCAGCAGGCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCATCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagcag < 3:994301/138‑1 (MQ=255)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACAcagcag < 4:1104356/138‑1 (MQ=255)
cgcatacgcagTATCAGCAGCCGCAACATCCGTCTGCACCGCAGACTAAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGGCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 3:588748/132‑1 (MQ=37)
cgcagccgcagTCTCAGCAGCCGCACCCACCGGACGCACCGCAGCCGCAGTAACAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCCACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 5:1085010/140‑1 (MQ=37)
cgcagccgcagGATCAGCAGGAGCATGTACCTGATGCACCGCAGCCGCAGTCTCAGCAGCATCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCg < 2:522622/140‑1 (MQ=25)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCa > 2:1158528/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCAGCAAGAACCGCTTGCACCGCAGCCGAAGTATCTGCAGCCGCATTATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACATCCGGTTACACAGCAGCCg < 4:862514/138‑1 (MQ=25)
cagccgcagTATCAGCAGACGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCCGCCGCAATATCCACAGCCGCCACAACCGGTTGCACCCCAGATGCAATATCCGCAGCAACACCAGCCGGATACACCGCTGCGGcc > 8:380850/1‑139 (MQ=21)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAGATCTGCAGCCGCCTCATCCGGATGCACCGCAGCAGCAATATAAGACGCCTCAACAGCAGGAGACGCAGCAGCCggt > 4:838855/1‑136 (MQ=18)
cagTATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCCCAACAACCCGTTGCAACGCAGCAGCAAAATCCGAAGCCACAACAGCCGCATCAACCGAAGCCGCAGGATcc > 6:1174169/1‑139 (MQ=21)
cagTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAGATCACCGGCCGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGGTACACAGCAGCCGCAGGATca > 1:544514/1‑140 (MQ=37)
gTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATAAGCAGCAGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAAAATCCGCAGCCACAACAGCCGGTTCACCAGCAGCCGCAGTATccgc > 7:94351/1‑140 (MQ=25)
tCAGCAGCCGCAAGATCCGGATGCAGCGCAGCAGCATTATCAGCTGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCagcagc < 7:1178838/140‑1 (MQ=21)
tCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCTCCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCATTATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGGATCagccgc > 1:183220/1‑140 (MQ=25)
tCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGACGCAATATCACCAGACGCAACAACCGGATTCAACGCAGCAGCAAAATCAGCAGCAACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGCATCcgccgc > 5:1110757/1‑140 (MQ=25)
ccagcagCAACCACCTGATGCTCCGCACCGGCACTATCAGCAGCAGCAATATCATCAGCCTCCACACCCGGATGCAACGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTCCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGcc < 4:606719/137‑1 (MQ=17)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc > 7:453196/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAAc > 7:350546/1‑140 (MQ=255)
gcCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGATGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAAc > 5:332825/1‑140 (MQ=255)
cagCAACAACAGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCATCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACa < 1:1053296/138‑1 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAAGATCAGCAGCCGCCACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTAACAGCAGCCGCata > 3:770989/1‑136 (MQ=38)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACCCAGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCGCAACAg > 5:559985/1‑140 (MQ=255)
cGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGATGCCCCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAAAAGCCGGTTACGCAGCAGCCCCAGTATCAGCAGACGCAACAg > 1:900544/1‑140 (MQ=37)
gctacatcCTGTTGAACCTCAGCCGCAGTCTCATCATCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTCCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGc < 2:1178447/137‑1 (MQ=18)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGGTACCCAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAg > 4:1139365/1‑138 (MQ=255)
caacaaCCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc > 8:221444/1‑140 (MQ=255)
caacaaCCGGAAGCACCGCAGCCGCAGGCTCATCAGCAGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGcc < 1:188270/140‑1 (MQ=21)
tagccccgcagccgcagTATCAGCAGCCCCAATATCAACAGGCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACca < 2:409401/135‑1 (MQ=25)
tGCGCCGCAGCCGCAGTAGCAGCAGCCGCAATATCAACCGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGCTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGACGCACCAGCCGGTTGtccaac > 6:16705/1‑135 (MQ=21)
tGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc > 5:774381/1‑104 (MQ=255)
tGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACagcagc < 6:774381/104‑1 (MQ=255)
cgCACCGCAGACGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACATAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac < 7:1013305/139‑1 (MQ=255)
gCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACca > 4:649283/1‑138 (MQ=255)
cccctcagccgcagCCTCAGCATCACCCTTATCATCACCCGCAACAACCGGATGCACCGCAGCAGCAATATCACCAGCCACAACACCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 8:373918/135‑1 (MQ=17)
cACCGCCGCCGCAGTCTCAGCAGCCGCATGATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACACCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 8:1173504/140‑1 (MQ=21)
cACCGCAGCCGAAGTCTCAGCAGCCTCAATATCCACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACcac < 4:948302/138‑1 (MQ=255)
aaCCGCAGCCGCATGATCAGCAGCATCAATATCATCAGCCTCCACAACCGGTTGCACCGCAGCATCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAg < 6:169568/139‑1 (MQ=37)
ccgcagccgcagTCTCAGCAGCCGCAATATCCTCAGCCGCACCAAACGGGTGCACCGCAGCAGGAATTTCAGCAGCCACACCAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGcc < 2:1323825/140‑1 (MQ=21)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCCCAGcc > 7:566502/1‑140 (MQ=255)
ccgcagccgcagTATCAGCAGCCGCAAAATCAACAGCCGCAACAACCGCTTGCACCCCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCTCAGTATCCGCAGCCGCACCAGACGGATGAACCACAGcc > 1:162861/1‑140 (MQ=25)
cgcagcagcatGCTCAGCAGCCTCAAGTTCAACAGCCGCATCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 1:677832/140‑1 (MQ=18)
cgcagcagcagGATCAGCAGCAGCATTATCACCACCCGCATCATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCTCAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCg < 1:677828/140‑1 (MQ=18)
gcagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACATCCGGTTGTACCACAGCCGc > 5:824680/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACACCCGGTTGAACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTAAGCAGCATCCGCAGAGTCAGCCGCCGCAACAGCCGGTTGGACCACAGCCgaa > 1:316763/1‑138 (MQ=21)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGTTTGTCCCACAGCCGCa > 8:617463/1‑140 (MQ=255)
cagccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCCGTTGCACCGCAGCAGCAATATAAGAAGCCACAACAGCCGGTTACCCATCATCCTCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGGTGTACCACCGCCGCa > 6:26189/1‑140 (MQ=25)
gccgcagTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCTCAACATCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCa < 3:652815/138‑1 (MQ=255)
gccgcagGATTCTCAGCCGCATTATCACCAGCCGCAACACCCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTTCACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAgg < 8:812364/140‑1 (MQ=18)
aggaTCAGCAGCCGCAATATCATCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATAcc < 5:828198/137‑1 (MQ=255)
agTCTCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATa < 4:1200358/138‑1 (MQ=255)
agTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATa < 4:209379/138‑1 (MQ=255)
ctgcagcCTCAAGATCACCTGCCGCACCAACCGGAGGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGAAACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTg < 4:1005448/136‑1 (MQ=18)
aagcagcCGCAATATCAACAGCCGCACCAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCt < 6:828028/139‑1 (MQ=255)
gcCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 7:868426/1‑140 (MQ=255)
gtcAATATGATCAGCAGCTACAAAAGTATGCAACGCTGCAGCAATATCACCAGCCACAACAGCCGGTTACAGAGCAGCCGCATTATCAGCAGCCGCAACAGCGGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTTCTTCATcag < 5:703473/138‑3 (MQ=255)
ggctatatCAAGAGCCGCAACAACCGGGTGCACCGCAGCAGCTATATCAGCAGCCTCAACAGGCTGTTACACAGCAGCCGAAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 7:34057/136‑1 (MQ=255)
cGCAATATCACCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGTTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCg < 1:1027849/140‑1 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACCACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACGCTGCTTCATCCg > 8:1045792/1‑140 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTCCCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATc > 4:1276309/1‑138 (MQ=255)
cGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGAATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGACTCAGGATACCCTGCTTCATc > 3:908433/1‑138 (MQ=255)
|
CTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTAGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAATATCAACAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTACACAGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGTACCACAGCCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGC > NZ_CP022686/4440195‑4440473
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
