Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F2 I229 R1
|
214 |
17.4 |
943020 |
97.5% |
919444 |
87.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
2,359,692 |
A→C |
T96P (ACG→CCG) |
arnB → |
UDP‑4‑amino‑4‑deoxy‑L‑arabinose aminotransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 2,359,692 | 0 | A | C | 100.0%
| 49.5
/ NA
| 17 | T96P (ACG→CCG) | arnB | UDP‑4‑amino‑4‑deoxy‑L‑arabinose aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (11/6); total (11/6) |
GTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAG > NZ_CP009273/2359607‑2359776
|
gTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGcc > 1:82222/1‑90 (MQ=255)
gAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGt > 1:215456/1‑90 (MQ=255)
gAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGt > 1:316329/1‑90 (MQ=255)
aaaTTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTaa < 2:214240/90‑1 (MQ=255)
cAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCGGGGTTTCACCCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGa < 2:351672/90‑1 (MQ=255)
gATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGAc < 1:303520/90‑1 (MQ=255)
cccTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCa < 1:313292/90‑1 (MQ=255)
ctCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTAt < 1:99165/89‑1 (MQ=255)
ccTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTc > 2:326283/1‑90 (MQ=255)
aTTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACg > 1:182289/1‑90 (MQ=255)
aTTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACg > 1:259485/1‑90 (MQ=255)
tCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCa > 2:391640/1‑90 (MQ=255)
tCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCa > 1:366265/1‑90 (MQ=255)
tCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACACCa > 1:73231/1‑90 (MQ=255)
tgGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTa > 1:279972/1‑90 (MQ=255)
gTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAg > 2:316245/1‑90 (MQ=255)
gTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAg < 1:169846/90‑1 (MQ=255)
|
GTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAG > NZ_CP009273/2359607‑2359776
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCC > NZ_CP009273/2359597‑2359786
|
CGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCC > SRR3722113.82940/1‑100 (MQ=60)
TAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGT > SRR3722113.217156/1‑100 (MQ=60)
TAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGT > SRR3722113.319431/1‑100 (MQ=60)
GATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGC < SRR3722113.306424/100‑1 (MQ=60)
CCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGC < SRR3722113.316341/100‑1 (MQ=60)
ctcggagatgtgtataagagacagGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCC < SRR3722113.1124/76‑1 (MQ=60)
CTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCC < SRR3722113.100058/100‑1 (MQ=60)
CCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACG > SRR3722113.183724/1‑100 (MQ=60)
CCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACG > SRR3722113.261764/1‑100 (MQ=60)
CAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCA > SRR3722113.370047/1‑100 (MQ=60)
CAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACACCA > SRR3722113.73869/1‑100 (MQ=60)
ATTTCCTTGTTGGGTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTA > SRR3722113.282469/1‑100 (MQ=60)
GTGCACCGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCC < SRR3722113.171217/100‑1 (MQ=60)
|
CGCTAATGGCGTTGAAAATTGGCAAGGGCGATGAAGTGATTACGCCTTCCCTGACCTGGGTTTCAACCCTCAATATGATTTCCTTGTTGGGTGCAACGCCGGTAATGGTGGATGTCGACCGCGATACGCTGATGGTCACGCCTGAAGCTATCGAGTCAGCCATTACGCCACGCACTAAAGCCATCATTCC > NZ_CP009273/2359597‑2359786
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
