Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F5 I179 R1
|
182 |
40.3 |
1547118 |
96.8% |
1497610 |
120.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
415,362 |
T→C |
S106P (TCC→CCC) |
brnQ → |
branched‑chain amino acid transporter carrier protein BrnQ |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 415,362 | 0 | T | C | 100.0%
| 83.1
/ NA
| 23 | S106P (TCC→CCC) | brnQ | branched‑chain amino acid transporter carrier protein BrnQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (11/12); total (11/12) |
AGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTGGATACCGTGGGCAA > NZ_CP009273/415226‑415492
|
aGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTccc > 2:348802/1‑139 (MQ=255)
aGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTccc > 2:170471/1‑139 (MQ=255)
gcTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTg > 1:55315/1‑137 (MQ=255)
ggCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTg > 1:580196/1‑139 (MQ=255)
ggTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGa > 1:335609/1‑139 (MQ=255)
ttGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACggg < 1:348802/139‑1 (MQ=255)
ccTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTcc > 1:157441/1‑139 (MQ=255)
ccTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTcc > 1:619593/1‑139 (MQ=255)
cTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCcg > 2:618741/1‑139 (MQ=255)
cAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCcgcg > 1:679355/1‑139 (MQ=255)
ccAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGc < 1:729712/139‑1 (MQ=255)
ccAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGc < 2:580196/139‑1 (MQ=255)
aaGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCt < 1:618741/138‑1 (MQ=255)
aaGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTa < 2:157441/139‑1 (MQ=255)
aaGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTa < 2:619593/139‑1 (MQ=255)
cTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCt > 1:752620/1‑139 (MQ=255)
tACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTggg > 1:728048/1‑82 (MQ=255)
tACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTggg < 2:728048/82‑1 (MQ=255)
gCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTCCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGc < 1:665477/137‑1 (MQ=255)
ggCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTg < 1:270581/62‑1 (MQ=255)
ggCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTg > 2:270581/1‑62 (MQ=255)
ttCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAg < 2:752620/138‑1 (MQ=255)
gTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGct > 2:60118/1‑112 (MQ=255)
gTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGct < 1:60118/112‑1 (MQ=255)
cTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTGGATACCGTGGGCaa < 2:55315/139‑1 (MQ=255)
|
AGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTGGATACCGTGGGCAA > NZ_CP009273/415226‑415492
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCGGTATTAACGGTAGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTGGATACCGTGGGCAACTTCCTTGCGCCGCTG > NZ_CP009273/415212‑415508
|
CCGGTATTAACGGTAGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTC < SRR3722133.550035/151‑1 (MQ=60)
ACGGTAGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGA > SRR3722133.56011/1‑149 (MQ=60)
GTAGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGG > SRR3722133.587889/1‑151 (MQ=60)
AAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGAC > SRR3722133.340334/1‑151 (MQ=60)
caagcagaagacggcatacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACG < SRR3722133.274269/85‑1 (MQ=60)
GGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCG > SRR3722133.159489/1‑151 (MQ=60)
GGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCG > SRR3722133.627736/1‑151 (MQ=60)
GTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGC < SRR3722133.353690/151‑1 (MQ=60)
GTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGC > SRR3722133.688171/1‑151 (MQ=60)
GCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTAC < SRR3722133.739154/151‑1 (MQ=60)
CGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTG > SRR3722133.762373/1‑151 (MQ=60)
AAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTC < SRR3722133.626876/150‑1 (MQ=60)
AGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtactagatctc > SRR3722133.737469/1‑104 (MQ=60)
GGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTCCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTC < SRR3722133.674146/149‑1 (MQ=60)
atgtgtataagagacagCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCA < SRR3722133.60907/134‑1 (MQ=60)
GTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTGGATACCGTGGGCAACTTCCTTGCGCCGCTG > SRR3722133.466431/1‑150 (MQ=60)
|
CCGGTATTAACGGTAGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTGGATACCGTGGGCAACTTCCTTGCGCCGCTG > NZ_CP009273/415212‑415508
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
