Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F5 I181 R1
|
159 |
32.7 |
1279082 |
96.9% |
1239430 |
121.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
415,362 |
T→C |
S106P (TCC→CCC) |
brnQ → |
branched‑chain amino acid transporter carrier protein BrnQ |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 415,362 | 0 | T | C | 100.0%
| 81.1
/ NA
| 24 | S106P (TCC→CCC) | brnQ | branched‑chain amino acid transporter carrier protein BrnQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (11/13); total (11/13) |
GTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTG > NZ_CP009273/415227‑415478
|
gTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTccc < 1:367484/138‑1 (MQ=255)
tGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCtt > 1:89216/1‑139 (MQ=255)
ggCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTg > 2:466698/1‑139 (MQ=255)
ggCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTg > 2:287951/1‑139 (MQ=255)
ggCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTg > 1:295324/1‑139 (MQ=255)
ggcggcGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTgcg < 1:459698/138‑1 (MQ=255)
ccTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTcc > 1:576488/1‑139 (MQ=255)
cTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCcg > 1:517159/1‑139 (MQ=255)
aGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCcgcg < 2:535538/138‑1 (MQ=255)
aGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCcgcg < 2:576488/138‑1 (MQ=255)
ccAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGc < 2:295324/139‑1 (MQ=255)
ggTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGttt < 2:250519/138‑1 (MQ=255)
aaGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTa < 2:123301/139‑1 (MQ=255)
gCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGcc < 2:523710/139‑1 (MQ=255)
ggCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGc > 2:166565/1‑138 (MQ=255)
gCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGAGATTGCGCCGCTGACAGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGc < 1:287951/137‑1 (MQ=255)
aCGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCg < 2:175840/139‑1 (MQ=255)
ccGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCgg > 1:286178/1‑139 (MQ=255)
cGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCggg > 2:183921/1‑139 (MQ=255)
cTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGc > 2:250397/1‑138 (MQ=255)
cTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCa < 1:183921/139‑1 (MQ=255)
cTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCa < 1:166565/139‑1 (MQ=255)
cgccgcGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGctgctg < 1:93892/137‑1 (MQ=255)
ccGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGc < 1:6985/68‑1 (MQ=255)
ccGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGc > 2:6985/1‑68 (MQ=255)
|
GTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTG > NZ_CP009273/415227‑415478
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTATTAACGGTAGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTGGATACCGTGGGCAACTTCCTTG > NZ_CP009273/415215‑415500
|
GTATTAACGGTAGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCT > SRR3722135.551351/1‑151 (MQ=60)
ATTAACGGTAGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTT > SRR3722135.90406/1‑151 (MQ=60)
ACGGTAGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAG < SRR3722135.38641/151‑1 (MQ=60)
ACGGAAGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAG < SRR3722135.471173/151‑1 (MQ=60)
GTAGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGG > SRR3722135.299584/1‑151 (MQ=60)
AGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGG < SRR3722135.372659/150‑1 (MQ=60)
TGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGG < SRR3722135.465940/150‑1 (MQ=60)
GGCGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCG > SRR3722135.584090/1‑151 (MQ=60)
GTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGC > SRR3722135.524029/1‑151 (MQ=60)
agaagacggcatacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTT < SRR3722135.7089/90‑1 (MQ=60)
catacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagCAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTC < SRR3722135.15923/99‑1 (MQ=60)
GGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGAGATTGCGCCGCTGACAGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTC < SRR3722135.292078/149‑1 (MQ=60)
TGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTCTCGTTCTTCTGGTTTCGCTCTATCCGGG > SRR3722135.290281/1‑151 (MQ=60)
GCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTGGAT < SRR3722135.168886/151‑1 (MQ=60)
GCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTGGAT < SRR3722135.186495/151‑1 (MQ=60)
ACGCCGCGTACAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTGGATACCGTGGG < SRR3722135.95146/149‑1 (MQ=60)
CAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTGGATACCGctgtctcttatacac > SRR3722135.574189/1‑135 (MQ=60)
CAGCTACCGTTCCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTGGATACCGctgtctcttatacac > SRR3722135.357925/1‑135 (MQ=60)
|
GTATTAACGGTAGTGGCGCTGGCAAAAGTTGGCGGCGGTGTTGACAGCCTCAGCACGCCAATCGGTAAAGTCGCTGGCGTACTGCTGGCAACGGTTTGTTACCTGGCGGTGGGGCCGCTTTTCGCTACGCCGCGTACAGCTACCGTTTCCTTTGAAGTGGGGATTGCGCCGCTGACGGGTGATTCCGCGCTGCCGCTGTTTATCTACAGCCTGGTCTATTTCGCTATCGTTATTCTGGTTTCGCTCTATCCGGGCAAGCTGCTGGATACCGTGGGCAACTTCCTTG > NZ_CP009273/415215‑415500
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
