Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F5 I102 R1
|
278 |
39.1 |
2251254 |
95.8% |
2156701 |
87.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
675,373 |
A→G |
E137G (GAA→GGA) |
ybeU → |
DUF1266 domain‑containing protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 675,373 | 0 | A | G | 100.0%
| 178.2
/ NA
| 47 | E137G (GAA→GGA) | ybeU | DUF1266 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (24/23); total (24/23) |
CTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGAAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTCCGCCTAT > NZ_CP009273/675287‑675458
|
cTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGggagaa > 2:348929/1‑91 (MQ=255)
cTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGGTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGggagaa > 1:947334/1‑91 (MQ=255)
tgtgGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGgagaag < 2:282239/91‑1 (MQ=255)
gtgGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGagaaga > 2:1097937/1‑91 (MQ=255)
gggAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAagagag > 1:765148/1‑91 (MQ=255)
gAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGtt > 2:138251/1‑91 (MQ=255)
gAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGtt > 1:421908/1‑91 (MQ=255)
gAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGGTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGtt > 1:475369/1‑91 (MQ=255)
aGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTa > 1:279130/1‑91 (MQ=255)
aGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTa > 1:218358/1‑91 (MQ=255)
gggggAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTAt > 1:651092/1‑91 (MQ=255)
gggAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATgg > 2:116012/1‑91 (MQ=255)
gggAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATgg > 2:105675/1‑91 (MQ=255)
gggAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATgg > 1:749746/1‑91 (MQ=255)
gggAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGCGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATgg > 1:626172/1‑91 (MQ=255)
gCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATcgc < 2:376196/91‑1 (MQ=255)
cTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATcgcgc < 1:668684/91‑1 (MQ=255)
tGGGATTATGGTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATcgcgcg < 2:375993/91‑1 (MQ=255)
gggATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGt > 1:813799/1‑91 (MQ=255)
ggATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTNCAATNNCGCGTc < 2:947334/91‑1 (MQ=255)
aTGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGt > 1:777511/1‑91 (MQ=255)
gAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGc < 2:510425/91‑1 (MQ=255)
gAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGc < 1:116012/91‑1 (MQ=255)
gAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGc < 1:17309/91‑1 (MQ=255)
gAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGc < 1:573098/91‑1 (MQ=255)
aTGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTc < 2:547947/91‑1 (MQ=255)
aTGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTc < 1:1097937/91‑1 (MQ=255)
tGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCa < 1:538924/91‑1 (MQ=255)
ggTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCa < 2:749746/91‑1 (MQ=255)
ggTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCa < 2:386145/91‑1 (MQ=255)
tGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATAGCGCGTCTATGTACGAGGTCACCATTACTa > 2:674902/1‑91 (MQ=255)
cACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATca > 2:863545/1‑91 (MQ=255)
ggTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGc > 1:822580/1‑91 (MQ=255)
ggTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGa < 2:651092/91‑1 (MQ=255)
gtgCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGc < 1:293594/91‑1 (MQ=255)
gtgCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGc < 2:51081/91‑1 (MQ=255)
cTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGc > 1:905058/1‑62 (MQ=255)
cTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGc < 2:905058/62‑1 (MQ=255)
cTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACt > 2:1093907/1‑91 (MQ=255)
acaaGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTAttt > 1:734695/1‑91 (MQ=255)
aGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACg < 2:637183/52‑1 (MQ=255)
aGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACg > 1:637183/1‑52 (MQ=255)
tGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCCCTATTTTTCCg > 2:877182/1‑91 (MQ=255)
tGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTCCg < 1:863545/91‑1 (MQ=255)
tGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCAGTACTATCCCAGCTGGAGGCGCTATTTTTCCg < 2:1104537/91‑1 (MQ=255)
gCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTCCGcc < 2:734695/91‑1 (MQ=255)
gCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTCCGcc < 2:813799/91‑1 (MQ=255)
gACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTCCGCCTAt > 1:181695/1‑91 (MQ=255)
gACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTCCGCCTAt > 1:201960/1‑91 (MQ=255)
gACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTCCGCCTAt < 1:105675/91‑1 (MQ=255)
|
CTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGAAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTCCGCCTAT > NZ_CP009273/675287‑675458
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAACCGCTATGTGCTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGAAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTCCGCCTATTCGTTAGGAC > NZ_CP009273/675274‑675468
|
AAACCGCTATGTGCTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGA > SRR3722125.956913/1‑101 (MQ=60)
CCGCTATGTGCTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGGTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAA > SRR3722125.968408/1‑101 (MQ=60)
CGCTATGTGCTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAG < SRR3722125.22963/101‑1 (MQ=60)
ATGTGCTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAG > SRR3722125.781746/1‑101 (MQ=60)
GTGCTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTT > SRR3722125.430830/1‑101 (MQ=60)
GTGCTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGGTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTT > SRR3722125.485393/1‑101 (MQ=60)
GCTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTA > SRR3722125.222668/1‑101 (MQ=60)
GCTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTA > SRR3722125.284779/1‑101 (MQ=60)
CTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTAT > SRR3722125.665123/1‑101 (MQ=60)
GTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGG > SRR3722125.765930/1‑101 (MQ=60)
GTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGCGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGG > SRR3722125.639670/1‑101 (MQ=60)
ATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGT > SRR3722125.831615/1‑101 (MQ=60)
GCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGT > SRR3722125.794430/1‑101 (MQ=60)
CTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTAC < SRR3722125.683076/101‑1 (MQ=60)
GAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTAC < SRR3722125.118194/101‑1 (MQ=60)
GAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTAC < SRR3722125.585366/101‑1 (MQ=60)
GAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTAC < SRR3722125.17620/101‑1 (MQ=60)
ATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTA < SRR3722125.1122667/101‑1 (MQ=60)
TGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTAT < SRR3722125.550433/101‑1 (MQ=60)
TTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGC > SRR3722125.840613/1‑101 (MQ=60)
TTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGC < SRR3722125.863906/101‑1 (MQ=60)
GGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaggcatgatctcgtatgcc > SRR3722125.562367/1‑47 (MQ=60)
GGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACctgtctcttatacacatct > SRR3722125.925115/1‑82 (MQ=60)
GGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTT > SRR3722125.750535/1‑101 (MQ=60)
GTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATctgtctcttatacacatctccgagcccac > SRR3722125.650922/1‑72 (MQ=60)
GTGCTCAACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTC < SRR3722125.299577/101‑1 (MQ=60)
ACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTCCGCCTAT > SRR3722125.185226/1‑101 (MQ=60)
ACAAGTGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTCCGCCTAT > SRR3722125.205943/1‑101 (MQ=60)
TGGCTGACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTCCGCCTATTCGTT < SRR3722125.882596/101‑1 (MQ=60)
GACGGGAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTCCGCCTATTCGTTAGGAC < SRR3722125.107683/101‑1 (MQ=60)
|
AAACCGCTATGTGCTGTGGGGAAGGGGGAATCAAAGCCTGGGATTATGTTCGAATGGGGTTTCTGTCACGGGTCGGTGTGCTCAACAAGTGGCTGACGGAAGAAGAGAGTTTATGGCTGCAATCGCGCGTCTATGTACGAGCTCACCATTACTATCACAGCTGGATGCACTATTTTTCCGCCTATTCGTTAGGAC > NZ_CP009273/675274‑675468
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
