Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F4 I88 R1
|
217 |
30.5 |
1742422 |
95.9% |
1670982 |
87.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
4,568,721 |
A→G |
I145T (ATC→ACC) |
mcrB ← |
5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease subunit McrB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 4,568,721 | 0 | A | G | 100.0%
| 82.6
/ NA
| 23 | I145T (ATC→ACC) | mcrB | 5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease subunit McrB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (10/13); total (10/13) |
GCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGATTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTC > NZ_CP009273/4568637‑4568802
|
gCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTAtgt < 1:503313/91‑1 (MQ=255)
cATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTAtgtt > 1:143166/1‑91 (MQ=255)
cATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTAtgtt > 1:342585/1‑91 (MQ=255)
aGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCa > 2:215982/1‑91 (MQ=255)
gTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATagag > 2:868903/1‑91 (MQ=255)
gTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATagag > 1:260621/1‑91 (MQ=255)
tCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATc < 1:312487/91‑1 (MQ=255)
cAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCg > 1:100327/1‑91 (MQ=255)
ttttGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGgtg < 2:710333/91‑1 (MQ=255)
ttttGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGgtg < 2:273670/91‑1 (MQ=255)
ttGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTa < 1:365887/91‑1 (MQ=255)
ttGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTa < 2:119746/91‑1 (MQ=255)
aaTTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACa < 2:100327/91‑1 (MQ=255)
tAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGc < 1:599857/91‑1 (MQ=255)
tAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGc < 1:528353/91‑1 (MQ=255)
aaTATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGt < 1:528101/91‑1 (MQ=255)
aaTATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGt < 1:435947/91‑1 (MQ=255)
ttAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATa > 1:34148/1‑91 (MQ=255)
ataGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATa > 1:572748/1‑84 (MQ=255)
ataGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATa < 2:572748/84‑1 (MQ=255)
taGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTc > 2:197956/1‑91 (MQ=255)
cGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGc > 1:672647/1‑73 (MQ=255)
cGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGc < 2:672647/73‑1 (MQ=255)
|
GCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGATTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTC > NZ_CP009273/4568637‑4568802
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGATTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATAT > NZ_CP009273/4568627‑4568819
|
ATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGT < SRR3722118.793745/101‑1 (MQ=60)
ATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGT < SRR3722118.783042/101‑1 (MQ=60)
TCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTT > SRR3722118.145909/1‑101 (MQ=60)
TCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTT > SRR3722118.349670/1‑101 (MQ=60)
GCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCAT < SRR3722118.513979/101‑1 (MQ=60)
CTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAG > SRR3722118.265935/1‑101 (MQ=60)
CAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCG > SRR3722118.102175/1‑101 (MQ=60)
TCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATC < SRR3722118.318908/101‑1 (MQ=60)
TTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCC < SRR3722118.373506/101‑1 (MQ=60)
GAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATA > SRR3722118.34759/1‑101 (MQ=60)
TAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGAC < SRR3722118.539556/101‑1 (MQ=60)
TAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGAC < SRR3722118.612655/101‑1 (MQ=60)
AATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTG < SRR3722118.445142/101‑1 (MQ=60)
AATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTG < SRR3722118.539301/101‑1 (MQ=60)
ATGTTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGT > SRR3722118.584893/1‑101 (MQ=60)
AATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACctgtctct > SRR3722118.687228/1‑93 (MQ=60)
TGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATAT > SRR3722118.289371/1‑101 (MQ=60)
|
ATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGATTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATAT > NZ_CP009273/4568627‑4568819
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
