Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F5 I97 R1
|
275 |
44.0 |
1733530 |
96.5% |
1672856 |
122.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
4,568,721 |
A→G |
I145T (ATC→ACC) |
mcrB ← |
5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease subunit McrB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 4,568,721 | 0 | A | G | 100.0%
| 136.2
/ NA
| 36 | I145T (ATC→ACC) | mcrB | 5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease subunit McrB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (21/15); total (21/15) |
TTTGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGATTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATATACACCCGAAGTTGCCTGAAAATACTCTGCGATTGTT > NZ_CP009273/4568588‑4568855
|
tttGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTAtg < 1:710840/139‑1 (MQ=255)
tttGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTAtg < 2:259893/139‑1 (MQ=255)
tctcTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTAtgtt < 1:234424/130‑1 (MQ=255)
tctcTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTAtgtt > 2:234424/1‑130 (MQ=255)
tctcTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCa > 2:789674/1‑138 (MQ=255)
aTTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAgg > 2:323849/1‑139 (MQ=255)
gTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATc > 1:823648/1‑139 (MQ=255)
gTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATc > 1:851369/1‑139 (MQ=255)
gTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATc > 2:293222/1‑139 (MQ=255)
aGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGgt < 2:38545/138‑1 (MQ=255)
aaaCAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATc > 2:185854/1‑138 (MQ=255)
aaCAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCa < 1:323849/138‑1 (MQ=255)
aTCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTAtg < 2:476685/100‑1 (MQ=255)
aTCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTAtg > 1:476685/1‑100 (MQ=255)
tAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCtgt > 2:712940/1‑136 (MQ=255)
cAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGaa < 1:293222/139‑1 (MQ=255)
cAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGa < 2:808064/138‑1 (MQ=255)
tATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTAtg < 2:235109/75‑1 (MQ=255)
tATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTAtg > 1:235109/1‑75 (MQ=255)
tATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCg > 1:646339/1‑138 (MQ=255)
tttttGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTg > 1:121892/1‑139 (MQ=255)
tttttGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTg > 2:375946/1‑139 (MQ=255)
aaTAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAgg > 1:359087/1‑110 (MQ=255)
aaTAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAgg < 2:359087/110‑1 (MQ=255)
cacTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGAtata > 1:658803/1‑138 (MQ=255)
cacTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGAtata > 1:360529/1‑138 (MQ=255)
ttGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTaa > 1:439536/1‑69 (MQ=255)
ttGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTaa < 2:439536/69‑1 (MQ=255)
gCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCGTAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAgg < 1:309494/98‑1 (MQ=255)
gCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCGTAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAgg > 2:309494/1‑98 (MQ=255)
aaTTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATATACACCCGAAGTTGc > 1:857944/1‑139 (MQ=255)
taGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCTTATTTTTTAGGATATACACCCGAAGTTGCCTGAAAATACTCTGCGa < 1:279092/139‑1 (MQ=255)
taGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATATACACCCGAAGTTGCCTGAAAATACTCTGCGa < 1:375946/139‑1 (MQ=255)
gTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATATACACCCGAAGTTGCCTGAAAATACTCTGCGATTGtt > 2:715834/1‑139 (MQ=255)
ttGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGgtgt > 2:188574/1‑37 (MQ=255)
ttGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGgtgt < 1:188574/37‑1 (MQ=255)
|
TTTGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGATTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATATACACCCGAAGTTGCCTGAAAATACTCTGCGATTGTT > NZ_CP009273/4568588‑4568855
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGATTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATATACACCCGAAGTTGCCTGAAAATACTCTGCGATTGTTTTAGGTATGTCTGAAG > NZ_CP009273/4568577‑4568871
|
ATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGT < SRR3722120.548369/151‑1 (MQ=60)
GGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTG < SRR3722120.331769/151‑1 (MQ=60)
GTTTGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCAT < SRR3722120.720535/151‑1 (MQ=60)
TGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAG < SRR3722120.237747/150‑1 (MQ=60)
TCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCG > SRR3722120.834724/1‑151 (MQ=60)
TCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCG > SRR3722120.862781/1‑151 (MQ=60)
ttgagagtgtgttgtttttttttttcaagcagaagacggcatacgagattcgccttagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCC < SRR3722120.191191/59‑1 (MQ=60)
GGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATctgtctcttatacacatctccgagcccac > SRR3722120.483576/1‑122 (MQ=60)
AAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGA < SRR3722120.328512/150‑1 (MQ=60)
CTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaaggcgaatctcgtatgcc > SRR3722120.238447/1‑97 (MQ=60)
CTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGT > SRR3722120.655254/1‑150 (MQ=60)
CCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATA < SRR3722120.297418/151‑1 (MQ=60)
cgtgggctcggagatgtgtataagagacagATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCGTAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGAC < SRR3722120.313983/120‑1 (MQ=60)
GTATGGTTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGT > SRR3722120.123505/1‑151 (MQ=60)
GACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACctgtctcttatacacatct > SRR3722120.364301/1‑132 (MQ=60)
AGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATATAC > SRR3722120.365766/1‑150 (MQ=60)
AGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATATAC > SRR3722120.667849/1‑150 (MQ=60)
GAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagactaaggcgaatctcgtatgccgtcttc > SRR3722120.445967/1‑91 (MQ=60)
gtgggctcggagatgtgtataagagacagTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATATACACCCGAAGT < SRR3722120.857603/122‑1 (MQ=60)
ACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATATACACCCGAAGTTGCC > SRR3722120.869428/1‑151 (MQ=60)
ATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCTTATTTTTTAGGATATACACCCGAAGTTGCCTGAAAATACTCTGCGATTGTTTTAGGT < SRR3722120.283104/151‑1 (MQ=60)
ATAGTCGTTGGTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATATACACCCGAAGTTGCCTGAAAATACTCTGCGATTGTTTTAGGT < SRR3722120.381488/151‑1 (MQ=60)
GTTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATATACACCCGAAGTTGCCTGAAAATACTCTGCGATTGTTTTAGGTATGTCTGAAG < SRR3722120.14510/151‑1 (MQ=60)
|
ATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGATTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAATCGGGTGTAATCAATACCCTGTGAGACTTTTTGGGAACAGGCGTAATAGGACTGTCCGTATTTTTTAGGATATACACCCGAAGTTGCCTGAAAATACTCTGCGATTGTTTTAGGTATGTCTGAAG > NZ_CP009273/4568577‑4568871
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
