Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F5 I184 R1
|
278 |
29.6 |
1166432 |
97.3% |
1134938 |
124.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
506,540 |
T→C |
D99G (GAC→GGC) |
copA ← |
copper‑exporting P‑type ATPase CopA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 506,540 | 0 | T | C | 100.0%
| 130.7
/ NA
| 38 | D99G (GAC→GGC) | copA | copper‑exporting P‑type ATPase CopA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (22/16); total (22/16) |
GCGCAGTACGCTCCGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGTCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTT > NZ_CP009273/506418‑506674
|
gcgcAGTACGCTCCGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGt > 2:55864/1‑139 (MQ=255)
gTACGCTCCGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTg > 1:109552/1‑139 (MQ=255)
gTACGCTCCGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTg > 1:258453/1‑139 (MQ=255)
tCCGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCgg > 1:446516/1‑137 (MQ=255)
tCCGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCCGCCgg > 2:230057/1‑137 (MQ=255)
ccGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAg > 1:88718/1‑139 (MQ=255)
cGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAgc < 1:383470/139‑1 (MQ=255)
gCCAGGTTTACCCGTACCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCCGCCGGGAgcg > 2:198900/1‑139 (MQ=255)
aCCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGaa > 2:327078/1‑138 (MQ=255)
ccGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGa < 1:305915/139‑1 (MQ=255)
ccGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGATGGCGCAGCTCATGCCGCTGAGCAGCAACTGCTGGGTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGa < 1:351141/139‑1 (MQ=255)
tttGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCCGAAACCGCCGGCAGTGCTTCCGACGGGGTtgg > 2:240304/1‑138 (MQ=255)
ttGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCCCCCGGAAACCCCTCACAAACCCCTGTCAGTTCTTCCCCCGGGACtggt > 1:316246/1‑137 (MQ=255)
tGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATtgat < 1:327078/138‑1 (MQ=255)
cgcATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAAcc < 2:51484/106‑1 (MQ=255)
cgcATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAAcc > 1:51484/1‑106 (MQ=255)
cgcATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAAcc < 2:176930/106‑1 (MQ=255)
cgcATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAAcc > 1:176930/1‑106 (MQ=255)
cATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGa > 1:507767/1‑121 (MQ=255)
cATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGa < 2:507767/121‑1 (MQ=255)
ttttGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCa < 2:258453/139‑1 (MQ=255)
ggTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGCAGCGCCTCCGAAACCGCCGTCAGTGCTTCCGGCGGGGTTGATGACTCCGCCAGCGGCTTAGcc > 2:131115/1‑139 (MQ=255)
tGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTgcca < 1:170426/50‑1 (MQ=255)
tGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTgcca > 2:170426/1‑50 (MQ=255)
tGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCtt > 1:527563/1‑139 (MQ=255)
tGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGGCGCTGCCGGAAGGGCCCCAGGAACCGCTGTCAGTGGTTTCGACCGGGGTGTTGGCTCCGCCAGCGGGTTTGGCtt > 2:499688/1‑139 (MQ=255)
acaGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTggg < 2:109552/139‑1 (MQ=255)
acaGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTggg < 1:240304/139‑1 (MQ=255)
acaGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTggg < 2:24788/139‑1 (MQ=255)
gCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGGAGCGCCTCCGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGGCGGGGTTGGTGACTCCGCCAGCGGTTTTGCCTTTgggggg > 2:84391/1‑139 (MQ=255)
tGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCCGAAACGCCTCAGAAACCGCTGTCAGCGCTTTCGGCGGGGTTGTTGACTCCGCCAGCGGCTTAGCCTTTGGGGGGCt > 2:534453/1‑139 (MQ=255)
gCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGAt < 1:84391/139‑1 (MQ=255)
gCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGAt < 1:397769/139‑1 (MQ=255)
gCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGAt < 2:88718/139‑1 (MQ=255)
gCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCCCTGCCGGCAGGGCCTCCGAAACCCCCGTCAGTGCTTCCGGCGGGGTTGCTGGATCCGCCAGCGGGTTTGCCTTTTGGGGGCTTACAg > 2:397769/1‑137 (MQ=255)
cagcaACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGCAGCGCCTCCGACACCGCTGTCCCTGCTTCCGTCCGGCTTGCTGACTCCCCCCGCGGTTTTGCCTTTGGGTGGCTTTCAGATGCCTCATAACCCCCt > 2:74559/1‑139 (MQ=255)
aCTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCCGCCGGGAGAGCCTCAGGAACCGCTGTCAGTGCTTCCGCCGGGATTGGTGAAGCCGCCCGCGGATTTGGCTTTTGGGGGGTTTCAGATGATGTACAACCCGCCTGttt > 2:535922/1‑139 (MQ=255)
gctggctgCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCCCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAAACCGCTTGTTTGAt > 2:402188/1‑139 (MQ=255)
ctggctgCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGa < 2:316246/137‑1 (MQ=255)
gctgCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGtt < 1:55864/139‑1 (MQ=255)
|
GCGCAGTACGCTCCGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGTCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTT > NZ_CP009273/506418‑506674
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ACTGCCCATCACCAGCGCAGTACGCTCCGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGTCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTC > NZ_CP009273/506404‑506688
|
ttttttttttttcaagcagaagacggcatacgagatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGC < SRR3722139.172554/72‑1 (MQ=60)
TCACCAGCGCAGTACGCTCCGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGC > SRR3722139.110888/1‑151 (MQ=60)
TCACCAGCGCAGTACGCTCCGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGC > SRR3722139.261711/1‑151 (MQ=60)
GCGCAGTACGCTCCGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGA > SRR3722139.451756/1‑149 (MQ=60)
CGCAGTACGCTCCGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGC > SRR3722139.89787/1‑151 (MQ=60)
CCGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAAC < SRR3722139.388039/151‑1 (MQ=60)
ACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagaccgtac > SRR3722139.257960/1‑113 (MQ=60)
gcttttttttttcaagcagaagacggcatacgatatctagtacggtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACG < SRR3722139.353007/72‑1 (MQ=60)
CCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATG < SRR3722139.309705/151‑1 (MQ=60)
CCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCCCCCGGAAACCCCTCACAAACCCCTGTCAGTTCTTCCcccgggactggtg > SRR3722139.320153/1‑138 (MQ=60)
CCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGATGGCGCAGCTCATGCCGCTGAGCAGCAACTGCTGGGTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATG < SRR3722139.355398/151‑1 (MQ=60)
ACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCctgtctcttatacacatctccg > SRR3722139.52075/1‑128 (MQ=60)
ACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCCGCCGGGAGCGCCTCAGAAAACGCTGgtagggcctgtctcttatacacatctccg > SRR3722139.179123/1‑121 (MQ=60)
GCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAAACGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGctgtctct > SRR3722139.513619/1‑143 (MQ=60)
TTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAG < SRR3722139.331091/150‑1 (MQ=60)
TTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGGTTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTT > SRR3722139.533639/1‑151 (MQ=60)
CACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGA < SRR3722139.243283/151‑1 (MQ=60)
CACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGA < SRR3722139.324850/151‑1 (MQ=60)
AGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACC < SRR3722139.402488/151‑1 (MQ=60)
AGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACC < SRR3722139.85408/151‑1 (MQ=60)
GGCTGCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTG < SRR3722139.56507/151‑1 (MQ=60)
GCCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTC < SRR3722139.540599/150‑1 (MQ=60)
|
ACTGCCCATCACCAGCGCAGTACGCTCCGCCAGGTTTACCCGTGCCTGAGTGACGCCCGGTACGCTTTGCAGCGCATTTTGTACGCGGGTGACACAGCTGGCGCAGCTCATGCCGCTCAGCAGCAACTGCTGGCTGTCATCGTCATCGGCGGTCGCTGCCGGAAGCGCCTCAGAAACCGCTGTCAGTGCTTCCGACGGGATTGATGACTCCGCCAGCGGTTTAGCCTTTGGGTGGCTTACAGATGCGTCATAACCCGCTTGTTTGATGGTTTCGATCAGCTGTTC > NZ_CP009273/506404‑506688
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
