Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F5 I175 R1
|
328 |
64.7 |
2582366 |
96.2% |
2484236 |
120.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP009273 |
1,006,907 |
T→C |
D496D (GAT→GAC) |
uup → |
ABC transporter ATP‑binding protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP009273 | 1,006,907 | 0 | T | C | 100.0%
| 230.5
/ NA
| 64 | D496D (GAT→GAC) | uup | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (31/33); total (31/33) |
GCGCGTTTGTTCCTCAAACCAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGATCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCAAACAGCCT > NZ_CP009273/1006773‑1007036
|
gcgcGTTTGTTCCTCAAACCAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTc < 2:729657/139‑1 (MQ=255)
cgTTTGTTCCTCAAACCAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGt < 2:369833/139‑1 (MQ=255)
tttGTTCCTCAAACCAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGttt < 2:108697/139‑1 (MQ=255)
tttGTTCCTCAAACCAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGttt < 1:242539/139‑1 (MQ=255)
cTCAAACCAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGAt < 2:1150917/138‑1 (MQ=255)
ccAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCg < 2:1000475/139‑1 (MQ=255)
cAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGt > 2:1260707/1‑139 (MQ=255)
gCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAaca < 1:1098564/132‑1 (MQ=255)
gCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAaca > 2:1098564/1‑132 (MQ=255)
aTTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGt > 1:565873/1‑139 (MQ=255)
tGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTg > 1:149334/1‑139 (MQ=255)
cTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCt > 2:376929/1‑139 (MQ=255)
cGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAggcgg < 1:1260707/139‑1 (MQ=255)
cGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAggcgg < 2:694096/139‑1 (MQ=255)
gACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACa < 2:232963/115‑1 (MQ=255)
gACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACa > 1:232963/1‑115 (MQ=255)
gACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAggcggc > 1:742824/1‑139 (MQ=255)
cAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGt < 1:633573/139‑1 (MQ=255)
ttGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGttt < 1:1016588/86‑1 (MQ=255)
ttGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGttt > 2:1016588/1‑86 (MQ=255)
ttGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTgg > 1:711725/1‑139 (MQ=255)
tGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGt > 1:766324/1‑139 (MQ=255)
aTGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCg > 1:1139438/1‑139 (MQ=255)
gTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGt > 1:1153851/1‑138 (MQ=255)
cGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCg < 1:556148/135‑1 (MQ=255)
cGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCg > 2:556148/1‑135 (MQ=255)
gAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTgg > 1:262347/1‑105 (MQ=255)
gAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTgg < 2:262347/105‑1 (MQ=255)
aaaCGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGt < 1:1250984/139‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTc < 1:376929/139‑1 (MQ=255)
ggAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGt > 1:922532/1‑139 (MQ=255)
gaagaaCTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCatga < 2:1013100/137‑1 (MQ=255)
aaCTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCg < 1:97192/139‑1 (MQ=255)
gACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGc < 1:197066/139‑1 (MQ=255)
gACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGc < 2:1139438/139‑1 (MQ=255)
gCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAaga < 1:1241375/139‑1 (MQ=255)
gCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAaga < 2:711725/139‑1 (MQ=255)
cTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAagag < 1:1257624/139‑1 (MQ=255)
cTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAagag < 1:1168344/139‑1 (MQ=255)
aTCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAagag > 1:1140954/1‑137 (MQ=255)
tCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAg > 1:160415/1‑139 (MQ=255)
gacaggTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTAtgt < 1:704773/135‑1 (MQ=255)
aCGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATaa > 2:390128/1‑41 (MQ=255)
aCGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATaa < 1:390128/41‑1 (MQ=255)
ggTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTcgg > 2:969799/1‑96 (MQ=255)
ggTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTcgg < 1:969799/96‑1 (MQ=255)
tGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGc < 2:1092110/117‑1 (MQ=255)
tGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGc > 1:1092110/1‑117 (MQ=255)
tGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCa > 1:875756/1‑138 (MQ=255)
tGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCa > 1:606472/1‑138 (MQ=255)
gCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCaa < 2:918522/138‑1 (MQ=255)
gCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCaa < 2:922532/138‑1 (MQ=255)
cTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCaaa < 1:997799/138‑1 (MQ=255)
gTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCat < 1:752388/96‑1 (MQ=255)
gTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCat > 2:752388/1‑96 (MQ=255)
gTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCAAACAGc > 1:1226139/1‑139 (MQ=255)
gTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCAAACAGc < 2:1140954/139‑1 (MQ=255)
tAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTTTCATGATGGCCGTGGGCAGCAAGAGGAGGATGTGGGGCCCCACCAGCCt > 2:737471/1‑139 (MQ=255)
tAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTTTCATGATGGCCGCGGTTAGCAAGAGCCGTATGTGGCGCTCAAACAGCCt > 1:511370/1‑139 (MQ=255)
tAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGGCCGGGGGCAGCAAAAGCAGGATGTGGCGCCCACACAGccc > 2:791898/1‑138 (MQ=255)
tAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCCGTATGTGGCGCTCAAACAGCCt > 1:941436/1‑139 (MQ=255)
tAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCAAACAGCCt > 1:892239/1‑139 (MQ=255)
tAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATAATGCCCGGGGGCAGCAAGAGCCGGATGTTGCGGTCAAAACGCCt > 2:1262363/1‑139 (MQ=255)
tAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGGTTTCTTGATGCCCGTGGGCAGCAAGAGGAGGATGTGGGGGCCAAAcctgtc > 2:704773/1‑134 (MQ=255)
|
GCGCGTTTGTTCCTCAAACCAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGATCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCAAACAGCCT > NZ_CP009273/1006773‑1007036
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GAACCGCTTGCTGCTGGCGCGTTTGTTCCTCAAACCAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGATCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCAAACAGCCTGCGGTGAAAAAAA > NZ_CP009273/1006757‑1007049
|
GAACCGCTTGCTGCTGGCGCGTTTGTTCCTCAAACCAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGAC < SRR3722129.983295/151‑1 (MQ=60)
GTTTGTTCCTCAAACCAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACAC < SRR3722129.245983/151‑1 (MQ=60)
tcgccttagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACAC < SRR3722129.1030941/108‑1 (MQ=60)
ctctttttttttttttttttcaagcagaagacggcatacgagattcgccttagtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAG < SRR3722129.395817/63‑1 (MQ=60)
CAAACCAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAA < SRR3722129.1113895/151‑1 (MQ=60)
CCAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTT > SRR3722129.574260/1‑151 (MQ=60)
AAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGG > SRR3722129.151418/1‑151 (MQ=60)
TATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacta > SRR3722129.698860/1‑114 (MQ=60)
CTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTgtctcttatac > SRR3722129.236276/1‑139 (MQ=60)
CTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCG > SRR3722129.753689/1‑151 (MQ=60)
CCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTG < SRR3722129.1278234/151‑1 (MQ=60)
GACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGT > SRR3722129.722179/1‑151 (MQ=60)
ACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTC > SRR3722129.777481/1‑151 (MQ=60)
CCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCG < SRR3722129.642991/151‑1 (MQ=60)
CAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGT > SRR3722129.1155286/1‑151 (MQ=60)
ACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTT > SRR3722129.1169954/1‑150 (MQ=60)
ATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCtgtctcttatacacatctccg > SRR3722129.266050/1‑128 (MQ=60)
GATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCG < SRR3722129.564422/151‑1 (MQ=60)
GTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTT > SRR3722129.935651/1‑151 (MQ=60)
GAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATC < SRR3722129.1268395/151‑1 (MQ=60)
AAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCA < SRR3722129.382434/151‑1 (MQ=60)
cgtgggctcggagatgtgtataagagacagTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATG < SRR3722129.983524/118‑1 (MQ=60)
cgtgggctcggagatgtgtataagagacagCGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGG < SRR3722129.763361/118‑1 (MQ=60)
GAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAG < SRR3722129.98514/151‑1 (MQ=60)
GATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGGCAGCAAGAGC > SRR3722129.1156821/1‑149 (MQ=60)
ATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGT > SRR3722129.162646/1‑151 (MQ=60)
CGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTAT < SRR3722129.199819/151‑1 (MQ=60)
AGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGG < SRR3722129.1258609/151‑1 (MQ=60)
GCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGC < SRR3722129.1275117/151‑1 (MQ=60)
GCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGC < SRR3722129.1184624/151‑1 (MQ=60)
GGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATctgtctcttat > SRR3722129.1107378/1‑139 (MQ=60)
GGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCAA > SRR3722129.615507/1‑150 (MQ=60)
GGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCAA > SRR3722129.888246/1‑150 (MQ=60)
agacaGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCAAAC < SRR3722129.715153/146‑1 (MQ=60)
CGGTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCAAACAGCC > SRR3722129.1243195/1‑151 (MQ=60)
GTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTTTCATGATGGCCGCGGTTAGCAAGAGCCGTATGTGGCGCTCAAACAGCCTG > SRR3722129.518865/1‑151 (MQ=60)
GTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCCGTATGTGGCGCTCAAACAGCCTG > SRR3722129.954766/1‑151 (MQ=60)
GTATTGCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCAAACAGCCTG > SRR3722129.904920/1‑151 (MQ=60)
GCTGGTTAGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCAAACAGCCTGCGGT < SRR3722129.1011871/150‑1 (MQ=60)
AGCCACGACCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGActgtctcttatacacatctccgagcccccgagactaaggcgaatatcgtatgccgt > SRR3722129.181906/1‑95 (MQ=60)
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GAACCGCTTGCTGCTGGCGCGTTTGTTCCTCAAACCAAGCAACTTATTGATTCTTGACGAACCGACCAACGATCTTGATGTCGAAACGCTGGAACTGCTGGAAGAACTGATCGACAGCTATCAGGGCACGGTATTGCTGGTTAGCCACGATCGTCAGTTTGTCGATAACACCGTTACAGAATGTTGGATCTTCGAAGGCGGCGGTAAAATTGGTCGTTATGTCGGCGGTTATCATGATGCCCGTGGTCAGCAAGAGCAGTATGTGGCGCTCAAACAGCCTGCGGTGAAAAAAA > NZ_CP009273/1006757‑1007049
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
