Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
343 |
268.7 |
10873516 |
97.0% |
10547310 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1232 total aligned reads displayed.
ACGGACGGTCCAGCGCCTGGCTCACTTTCACAGTAAAGGAAGGTTGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGA > CP009974/1898877‑1899146
|
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gagcagggttgctcaggggcacggtgtggctgacgacgccgctgtcggttacggttggtgaggcgggcggggtcgcggtcgtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACC < SRR10918230.689142/53‑1 (MQ=18)
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ggagttcagacgtgtgctcttccgatctccgccttcggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCG < SRR10918230.580027/63‑1 (MQ=51)
gcatacgggcccgtggtcttcggtcacctcgtcttcggtcacgttgccgtagccgagaatggtcacggtgatggtatcgatggaGTCATTGATGGTGGTCGGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCG < SRR10918230.3646508/67‑1 (MQ=43)
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gggtcacggtgtaggtgatcacgccgccttcggtgaccgtgggggaggcggtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTC < SRR10918230.2820817/68‑1 (MQ=46)
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gtgtaagtgatcacgccgccttcggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGA < SRR10918230.2405602/76‑1 (MQ=60)
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agtgatcacgccgccttcggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTG < SRR10918230.2173636/81‑1 (MQ=60)
gtgatcacgccgccttcggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGA > SRR10918230.596408/70‑151 (MQ=60)
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gttacgcttggcgaggcggtcaggttcgcggtggtggtgtcgtccgagtcgTTGATCGGGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGT < SRR10918230.2382548/100‑1 (MQ=60)
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TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGT > SRR10918230.5461116/1‑59 (MQ=39)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAG > SRR10918230.5144094/1‑58 (MQ=36)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAG < SRR10918230.195801/58‑1 (MQ=36)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCC > SRR10918230.4123675/1‑56 (MQ=30)
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TGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGC > SRR10918230.2354107/1‑151 (MQ=60)
GATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCT < SRR10918230.1844143/151‑1 (MQ=60)
GATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCT > SRR10918230.1490732/1‑151 (MQ=60)
GATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTGCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCT < SRR10918230.5336846/151‑1 (MQ=60)
ATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTT > SRR10918230.2591997/1‑151 (MQ=60)
CGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCagatctgtagagcacacgtctgaactccagtcacggacatcaacctcgtatgctgtctgctgct > SRR10918230.1246125/1‑87 (MQ=60)
CGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAaccagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcacggacatcaacctcgtatgccgccctctgct > SRR10918230.3263435/1‑84 (MQ=60)
GTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcacggacatcaatctcgtatgccgtcttctg > SRR10918230.1333614/1‑89 (MQ=60)
GGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAAC < SRR10918230.1704677/151‑1 (MQ=60)
GGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACG > SRR10918230.2496740/1‑151 (MQ=60)
GGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTggagcggtcgagcgcccgtgtgtagacgagtcacggacaccaggctcttctcgcttctacg > SRR10918230.127380/1‑90 (MQ=60)
GGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCTTCAACG > SRR10918230.4506892/1‑151 (MQ=60)
TCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGAagatcgggcgggcacacttctggactctagtcacggacatcaatttcgtgttgcgtcggctgcttgacacataaaaggt > SRR10918230.347400/1‑72 (MQ=60)
CTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTG > SRR10918230.3876290/1‑151 (MQ=60)
TGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGA > SRR10918230.4183392/1‑151 (MQ=60)
|
ACGGACGGTCCAGCGCCTGGCTCACTTTCACAGTAAAGGAAGGTTGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGA > CP009974/1898877‑1899146
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
